대학병원 등 대형종합병원 인근의 ‘문전약국(門前藥局)’들이 환자를 유치하려는 영업행위의 일환으로 셔틀버스를 운행함으로써 기존의 동네약국이나 대형약국들은 환자의 감소로 경영에 곤란을 겪게 되었고, 이로 인하여 다른 약국들도 셔틀버스를 경쟁적으로 운행함에 따라 그 운행구간과 운행횟수도 확대 또는 증가되어 기존의 여객운송사업자와 갈등이 야기되었다. 따라서 이 사건 법률조항은 약국의 셔틀버스운행으로 말미암은 동네약국 및 여객운송사업자와의 분쟁해결과 무상운송으로 인한 여객운송질서의 문란방지 및 이용자의 안전확보에 그 취지가 있다고 할 것이므로 그 입법목적의 정당성이 인정된다. 나아가 의사의 처방전에 따른 일률적인 약의 조제와 약의 조제에 대한 균일한 보험급여로 인하여 약국간에 차별성이 존재하지 않으므로 셔틀버스의 운행 여부가 환자들의 약국선택에 중요한 요소가 될 것이고, 이로 인해 약국들간의 셔틀버스운행경쟁이 심화될 것이 예상되는데 백화점 등 대형유통업체의 셔틀버스운행에서 본 것과 같이 이러한 분쟁이 약국간의 자율적인 감축노력이나 사후적인 조정수단으로 해결될 성질의 것이 아니라고 할 것이므로, 부득이 이를 금지할 수밖에 없는 것이다. 또한 병원과 약국 사이를 운행하는 대중교통수단이 없거나, 있다고 하더라도 그 접근이 어려운 경우에는 시·도지사의 허가를 받아 셔틀버스를 운행할 수 있도록 하고 있고, 셔틀버스운행금지로 인하여 제한되는 청구인들의 영업의 자유도 직업의 수행을 위한 간접적이고도 부수적인 영역에 대한 제한에 불과하므로 수인한도 내의 제한이라 할 것이어서 청구인들의 영업의 자유를 침해한다고 볼 수 없고, 나아가 같은 취지에서 그 이용자들의 평등권을 침해한다고 볼 수 없다.
재판관 김영일, 재판관 김경일의 헌법불합치의견
문전약국의 셔틀버스운행실태를 보면 운행노선과 운행거리는 인근 대형종합병원에서 약국까지로 1~2㎞ 정도에 그치고, 운행차량도 25인승 이하의 승합차 1~2대 정도이며, 동일한 약의 조제에 대해서는 균일한 보험급여가 지급되고 약품가격도 비교적 엄격히 통제되고 있으므로 백화점 등의 경우와는 달리 셔틀버스의 운행비용을 소비자에게 전가시킬 수 있는 상황도 아니다. 나아가 그 운행구간의 확대에 따라 발생할 수 있는 대중교통상 문제는 운행구간이나 운행횟수 등을 제한하는 단속적인 방법으로도 해결할 수 있는 것이고, 이로 인해 불편한 몸을 이끌고 약국을 이용하려는 환자들의 경우에는 부득이 자가용 또는 택시를 이용하거나 걸어가는 수밖에 없다고 할 것이므로, 이로 인하여 얻는 공익이 침해되는 사익에 비해 결코 크다고 볼 수도 없다. 또한 한정된 운행구간 및 이용범위에 비추어, 금융기관이나 병원의 이용자를 위한 셔틀버스의 운행과 달리 취급할 정도의 큰 차이가 있다고 보기 어렵다.