1. 세무조사라 함은 세무공무원이 각 세법에 규정되어 있는 질문검사권 내지 질문조사권을 행사하여 납세의무자 등에게 직무상의 필요에 따라 질문을 하고 또 관계서류·장부 기타 물건을 조사하거나 그 제출을 명하는 행위를 의미하고{법인세법 제122조, 소득세법 제170조, 조사사무처리규정(국세청 훈령) 제2조 제1호 등 참조}, 국세기본법 제81조의4, 같은 법 시행령 제63조의2 및 조사사무처리규정 제13조에서 규정하고 있는 중복세무조사금지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자의 영업의 자유, 프라이버시를 침해할 뿐만 아니라 과세관청에 의한 자의적인 세무조사의 위험도 있어 과세관청에 의한 세무조사의 남용을 방지함에 있다. 따라서 관련규정들을 종합하여 보면 국세기본법 제81조의4 제2항 각호 및 같은 법 시행령 제63조의2 각호에 규정된 예외적인 사유에 해당하는 경우가 아니면 중복세무조사는 허용되지 않으며 세무조사착수 후에도 중복세무조사 사실이 확인되는 경우에는 과세관청은 즉시 조사철회 및 조사반철수 등 필요한 조치를 취해야 하고(조사사무처리규정 제13조 제1항), 부분조사가 이루어진 부분에 대하여 전부조사라는 명목으로 다시 조사할 수도 없다고 봄이 상당하다(조사사무처리규정 제13조3항). 2. 다만 자료상혐의자료, 위장가공자료, 범칙조사 파생자료 중 세무조사에 의하지 아니하고 단순사실 확인만으로 처리할 수 있는 업무, 세무조사과정에서 실시하는 납세자의 거래처 또는 거래상대방에 대한 사실여부확인, 민원처리 등을 위한 현지출장·확인이나 탈세제보자료, 과세자료 등의 처리를 위한 일회성 확인업무 등의 현지확인은 중복세무조사금지원칙에 따라 금지되어야 하는 조사에 해당되지는 않는다(조사사무처리규정 제13조1항 단서, 제2조 제2호). 3. 중복조사금지원칙은 납세자의 영업의 자유 및 프라이버시 침해방지 및 자의적인 세무조사에 대한 사전적 통제를 통하여 납세자의 권리를 절차적인 측면에서 보장함을 목적으로 하고 있는 점에 비추어 중복조사금지원칙에 위배한 세무조사에 기초하여 이루어진 과세처분은 위법하다.