펀드에서 일정 주식을 매수하자 위 펀드의 유한책임조합원인 법인인 원고가 위 주식매수의 실질적 당사자라고 전제하여 원고에게 법인세 등을 부과한 사건에서, 비법인사단인 펀드가 아닌 위 펀드의 유한책임사원인 원고가 위 주식매수의 당사자로 볼 수 없다고 본 판결 1. 판단 가. 이 사건 주식의 매수 당사자 및 소득세의 부과대상 (1) 피고의 과세근거 피고는 '이 사건 펀드들은 민법상 조합으로서 독립된 권리의무의 주체가 될 수 없을 뿐만 아니라 세법상 도관에 해당하므로 이 사건 거래로 인한 법률효과가 조합원인 원고에게 귀속된다. 또한 실질과세의 원칙에 따르더라도 이 사건 주식을 실질적으로 매수한 자는 원고이다'라고 주장한다. (2) 이 사건 펀드들의 사법상 성격 그러나 다음 사정에 의하면, 이 사건 펀드들은 법인격 없는 사단으로서의 실체를 가진다. ① 이 사건 펀드들은 중소기업창업투자조합으로서, 중소기업의 창업자에게 투자하고 그 성과를 배분하는 내용의 고유의 목적을 가지고 설립되었다[구 중소기업창업법(2013. 3. 23. 법률 제11690호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 중소기업창업법’이라 한다) 제2조 제5호]. ②이 사건 펀드들은 창업투자조합의 효율적인 운영, 관리 및 재산의 배분 등을 위하여 업무집행조합원과 유한책임조합원 간에 합의된 사항을 규약으로 정하였는데, 위와 같은 규약은 이 사건 펀드들의 사단적 성격을 표상한다. ③이 사건 펀드들은 의사결정기관으로 조합원 총회를 두고 조합운영에 관한 중요한 사항을 의결하고 의사결정기관인 조합원 총회의 소집 및 운영에 관한 상세한 규정을 두고 있다. ④ 이 사건 펀드들의 업무집행조합원은 ○○○○이고, ○○○○는 조합재산의 관리, 운영, 투자대상 기업의 선정 및 투자 등 조합 전반에 관한 업무를 수행하고 조합에 관한 재판상 또는 재판 이외의 모든 행위에 대하여 조합을 대표하는 집행기관으로서의 역할을 수행한다. ⑤이 사건 펀드들의 규약에 의하면 조합원총회의 결의는 원칙적으로 일반 결의(총 출자좌수 1/2 이상에 해당하는 출자자의 출석 및 출석한 출자자의 1/2 이상의 찬성)에 의하거나(○○○○ 펀드 규약 제22조 제4항) 특별결의(총 출자좌수 2/3 이상의 찬성)에 의하도록 되어 있어(○○○ 펀드규약 제21조 제4항), 의사결정기관의 의결 방법이 미리 정하여져 있다. (중략) 이와 같이 이 사건 펀드들이 독립된 권리의무의 주체인 비법인사단에 해당하는 이상, 이 사건 거래에 따른 법률효과 또한 이 사건 펀드들에게 귀속되고, 그 출자자에 불과한 원고에게 이 사건 거래에 따른 법률효과가 귀속된다거나 원고를 매수 당사자로 볼 수는 없다. 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제1항에 의하면 중소기업창업투자조합이 창업자, 벤처기업 또는 신기술창업전문회사에 출자함으로써 취득한 주식 또는 출자지분을 양도하는 경우 이를 양도소득의 범위에서 원칙적으로 제외된다. 구 조세특례제한법 제14조 제5항은 중소기업창업투자조합에 귀속되는 소득으로서 이자소득(소득세법 제16조 제1항 각호) 및 집합투자기구로부터의 이익(같은 법 제17조 제1항 제5호)에 대하여는 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수한다고 정하고, 같은 조 제6항은 위 소득은 총수입금액에서 해당 조합이 지출한 비용을 뺀 금액으로 한다고 규정한다. 즉 구 조세특례제한법에 의하면 원칙적으로 중소기업창업투자조합 단계에서는 양도소득이 과세되지 아니하나, 중소기업창업투자조합에게 귀속된 소득의 경우 비용을 제외하여 소득금액을 계산한 후 조합원에게 그 소득을 실제로 지급하는 시점에 그 조합원에게 법인세 등 납세의무(중소기업창업투자조합의 법인세 등 원천징수의무)가 발생하는 것이다. 그런데 이 사건 펀드들은 이 사건 거래로 인한 소득을 원고에게 지급하지 아니하였고, 그 출자자에게 소득이 분배된 바도 없다. 그럼에도 피고는 이 사건 거래로 발생한 세무상의 효과를 곧바로 원고에게 귀속시켜 과세하였는바, 이는 중소기업창업투자조합에 대하여 과세특례를 정하고 해당 조합원에게 그 소득을 지급할 때 소득세 또는 법인세를 원천징수하는 구 조세특례제한법의 규정 및 취지에 정면으로 반하는 것이다. 이에 관하여 피고는 이 사건 펀드들이 중소기업창업투자조합으로서 그 주식의 양도차익에 대해 과세되지 아니한다는 점을 근거로 이 사건 펀드들이 세법상 ‘도관’에 해당한다고 주장한다. 그러나 이러한 과세특례 규정은 벤처투자자에 대한 조세감면의 일환으로 투자조합을 통해 간접투자하는 경우에도 직접 투자하는 것과 동일하게 투자자인 조합원에게 조세감면의 혜택을 부여하는 것을 주된 내용으로 하는 것이다. 나아가 위와 같은 과세특례는 중소기업창업투자조합의 창업자에 대한 투자에 대하여만 부여되는 혜택이고, 창업자 등 이외의 자에 대한 투자에 대해서는 과세된다(구 중소기업창업법 제21조 제3항). 따라서 중소기업창업투자조합의 거래 중 구 조세특례제한법상 비과세 및 과세특례가 적용되는 거래가 존재한다는 이유만으로 이를 세법상 도관으로 보아 거래의 세법상 효과가 조합원들에게 막바로 귀속되는 것으로 볼 수는 없다.

사학진흥기금조성사업의 준비금 손금부인 1. 판단 가. 피고가 부인한 손금이 이 사건 기금조성사업 준비금인지 여부 구 법인세법 제29조 제1항의 규정에 의하면, 원고는 고유목적사업에 ‘지출’하기 위하여 고유목적사업준비금을 손금으로 계상한 경우 일정한 범위 내에서 사업연도의 소득금액 계산에 있어 이를 손금에 산입할 수 있다. 살피건대, ① 원고는 이 사건 융자사업에서 얻은 이자소득 등을 이 사건 기금에 편입시킨 후 이 사건 기금을 사학기관에게 대출하는 방식으로 이 사건 융자사업을 수행하였다고 인정되는 점, ② 원고가 자신 소유의 자금을 이 사건 기금에 편입한 것은 위 자금의 성격을 법령과 정관이 정한 이 사건 기금으로 확정한 것이므로, 이 사건 기금에 편입된 자금은 이 사건 융자사업과 같은 이 사건 기금의 용도에 한하여 지출되는 점, ③ 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금을 사학기관에 대출하기 전에 별도로 이 사건 기금조성사업에 '지출'하는 현금거래 또는 금융거래를 하였음을 인정할만한 증거는 제출되지 않은 점 등을 종합하면, 원고가 고유목적사업준비금이라고 계상한 자금은 '이 사건 기금조성사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이 아니라 '이 사건 융자사업에 지출하기 위하여' 보관된 것이라고 할 것이니, 이와 다른 전제에 선 원고의 위 주장은 더 살필 것 없이 이유 없다. 나. 이 사건 융자사업 준비금의 손금 산입 여부 1) '수입이 발생하는 사업' 요건 앞서 본 바와 같이 비영리내국법인의 법령 또는 정관에 규정된 설립목적을 직접 수행하는 사업이라고 하더라도, 그 사업이 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 즉 '한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)'에 해당할 경우, 구 법인세법 시행령 제56조 소정의 '고유목적사업'에 해당하지 아니하고, 그 경우 그 사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없다. 2) 인정사실 ① 원고는 아래와 같이 2011년부터 2015년까지 사학기관을 상대로 계속적, 반복적으로 자금을 융자하는 방법으로 이 사건 융자사업을 하였다. ② 이 사건 융자사업은 2011년부터 2015년까지의 기간 동안 대출금리가 조달금리보다 높아 이익이 발생하였고, 그 결과 이 사건 융자사업에 지출된 비용을 공제한 후에도 이익잉여금이 매년 지속적으로 발생하여 2015년 사업연도말까지 발생한 누적 이익잉여금은 303,636,157,018원에 이른다. 3) 이 사건 융자사업의 성격과 손금산입 허용 여부 다음과 같은 사정을 종합하면, 이 사건 융자사업은 법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업 즉 ‘한국표준산업분류에 의한 각 사업 중 수입이 발생하는 것(구 법인세법 시행령 제2조 제1항 각 호가 정한 사업은 제외)’에 해당하므로, 이 사건 융자사업에 지출하기 위하여 적립한 준비금은 손금에 산입할 수 없어 원고의 위 주장 역시 이유 없다. ① 이 사건 융자사업으로부터 얻은 이자소득은 소득세법 제16조 제1항 제11호 소정의 '비영업대금(非營業貸金)의 이익' 또는 제12호의 '금전 사용에 따른 대가로서의 성격이 있는 것'에 해당하므로, 그 사업에서 수입이 발생하였다고 봄이 타당하다. ② 원고는 이 사건 융자사업을 통해 얻은 이자소득을 다시 융자사업을 위한 재원으로 편입하여 운용해왔고 원고가 과세기간 동안 사학기관을 상대로 융자사업을 영위한 방법, 내역, 규모 등에 비추어 보면, 이 사건 융자사업은 '보험 또는 연금목적 이외의 자금을 조성하고 이를 재분배, 공급 및 중개하는 산업활동'으로서 구 한국표준산업분류 중 금융업에 속하고, 사업활동으로서 요구되는 계속성과 반복성도 갖추고 있다. ③ 원고가 법령이나 정관의 규정에 의하여 공익적 목적을 달성한다거나 관할 관청의 관리·감독을 받아야 하는 사정은, 정부가 원고에 대한 출연자로서의 권리를 행사하는 데에 따른 결과이거나 수익사업과 비수익사업을 불문하고 비영리법인의 공공성을 유지·확보하기 위한 주무관청의 관리감독에 불과하므로 원고가 수행하는 사업이 '법인세법 시행령 제2조 제1항의 규정에 해당하는 수익사업'인지 여부를 판단하는 기준이 될 수 없다. ④ 원고가 2011년도부터 2015년도까지 법인세를 신고하면서 이 사건 융자사업의 이자소득을 고유목적사업준비금 명목으로 손금으로 계상한 점에 비추어 원고 역시 이 사건 융자사업이 ‘수입이 발생하는 사업’에 해당한다고 이해하였던 것으로 보인다. ⑤ 원고가 손금산입의 근거로 들고 있는 대법원 2005. 9. 9. 선고 2003두12455 판결은, 비영리법인이 융자사업을 하였더라도 대출금리가 조달금리보다 현저히 낮아 매년 이차손실이 발생한 경우에 대한 것이므로, 이차손실이 전혀 발생하지 않은 이 사건의 융자사업과는 사실관계가 다르다. 다. 소결 따라서 이 사건 처분이 원고 주장의 준비금에 대하여 손금을 부인하여 이를 과세 대상으로 인정한 것은 적법하므로, 원고의 주장은 이유 없다.