지방자치단체가 용역계약을 맺고 대금과 부가가치세를 지급하였는데 부가가치세 면세대상임이 뒤늦게 밝혀졌을 때, 상대방이 반환하여야 하는 금액은 매입세액이 공제된 후의 금액이라는 판결(2019다200126, 대법원 민사 3부, 주심 노정희 대법관)이 나왔다.
지방자치단체인 원고는 피고와 폐기물 처리에 관한 용역계약을 체결하고, 계약에 따라 용역대금과 부가가치세를 피고에게 지급했다. 원고는 이후 내부감사를 통해 이 용역이 부가가치세 면세대상임을 발견하고, 국세청에 확인을 받았다. 이에 따라 원고는 피고에게 지급한 부가가치세의 반환요청을 하였다. 피고는 과세관청에 부가가치세 경정청구를 하여 환급받은 금액을 원고에게 반환했으나, 이 금액은 피고의 매입세액이 공제된 후의 금액이었다.
원심은, 원고와 피고들이 위와 같이 공통으로 착오에 빠져 있지 않았다면 원고가 부가가치세를 부담하는 내용의 약정은 체결하지 않았을 것으로 보는 것이 당사자의 진정한 의사에 부합하므로, 이 사건 각 용역계약에서 부가가치세 약정 부분은 제외하는 것으로 수정하여 해석하는 것이 타당하다고 하면서 피고들은 특별한 사정이 없는 한 원고에게 미반환 부가가치세 상당액을 부당이득금으로 반환할 의무가 있다고 판시하였다.
그러나 대법원은, 계약당사자가 착오로 인해 구체적인 부가가치세 약정을 하지 않았다면, 그 착오가 없었을 경우의 약정 내용으로 계약을 보충해 해석할 수 있다고 하면서, 구 지방계약법에 따르면 매입세액이 예정가격에 포함되는 등의 사정을 고려하였을 때 피고들은 이 사건 용역과 관련된 매입세액을 공제받을 수 있다는 계산 하에 각 입찰에 참가하였던 것으로 보인다고 설시하였다. 이에 따라 원심이 피고에 대하여 원고가 지급한 부가가치세 전액 상당의 부당이득반환의무를 부담한다고 판단한 것은 잘못이라고 지적하며 원심을 파기 환송하였다.
(2023년 8월 18일 판결)