조세당국이 세무조사를 통해 과세처분을 하고, 추후 다시 실시된 조사에서 별 다른 조치를 하지 않았음에도 같은 기간 같은 대상에 대해 재차 중복세무조사를 통해 종합소득세 등 부과처분을 했다면 위법한 처분으로서 취소해야 한다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정1-2부(김종호·이승한·심준보 부장판사)는 7일 변호사인 A 씨가 반포세무서장과 서초세무서장을 상대로 낸 종합소득세 부과처분 등 취소소송(2021누37801)에서 원고일부승소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다. A 씨는 공군 비행장 인근 주민들을 원고로 모집해 국가를 상대로 소음 피해로 인한 손해배상을 구하는 집단소송과 한국전력공사의 고압선 경유지 소유자들을 원고로 모집해 한국전력공사를 상대로 선하지(토지위에 고압선이 가설되어 있는 토지) 무단 점유에 따른 부당이득 반환 청구에 대한 집단소송을 수행했다. A 씨는 이들 소송 원고들에게 소송 결과에 따라 승소판결금을 자신의 계좌로 수령한 후, 변호사 보수 명목으로 지급받기로 한 금원을 제외한 나머지 금원을 승소한 원고들에게 지급하는 방식으로 성공보수금을 지급받기로 약정했다. 이에 따라 소음소송 57건과 선하지소송 41건에 대한 승소판결금을 지급받았다. A 씨는 이 승소판결금 중 11%의 비율로 계산한 금액에 해당하는 성공보수금(부가가치세 포함)을 지급받은 것을 전제로 2011년 귀속 종합소득세 및 2011년 제1기 및 제2기 귀속 부가가치세를 신고·납부했다. 그런데 서울남부지검은 2017년 11월 서울지방국세청에 A 씨가 소음소송과 관련해 부가가치세 및 소득세를 포탈했다며 조세범처벌법 위반사범에 대한 고발을 의뢰했다. 이에 서울지방국세청은 2018년 1월 A 씨에 대해 2개월 가량의 기간을 두고 2011 사업연도에 대한 개인통합조사에 착수했다. 서울고검은 2018년 2월 서울지방국세청에 A 씨가 집단소송 관련 부가가치세 및 소득세를 포탈한 혐의가 있다며 추가 고발을 의뢰했다. 그러자 서울지방국세청은 당초 세무조사를 조세범칙조사로 전환했고 조사 결과 △A 씨가 소음소송의 성공보수를 승소판결금의 16.5%로, 선하지소송의 성공보수를 임차료의 33%와 지연손해금으로 약정했음에도 허위로 작성된 약정서 및 입금증 등을 근거로 집단소송에 대한 현금 매출의 신고를 누락하고 △허위세금계산서 수취 등을 통해 가공경비를 계상하는 등 사기 기타 부정한 행위로 2011년 귀속 종합소득세 50억여 원 및 부가가치세 13억여 원을 포탈했다는 혐의로 서울고검에 A 씨를 고발하고 해당 과세자료를 반포세무서와 세초세무서에 통보했다. 두 세무서는 과세자료를 통보받고 집단소송 관련 A 씨의 2011년 귀속 매출신고 누락액을 합계 126억여 원으로 산정해 총 136억여 원의 종합소득세 및 부가가치세를 부과처분했고, 이에 불복한 A 씨는 소송을 제기했다. 앞서 서울지방국세청은 2012년 7월에 A 씨에 대한 개인제세 통합조사(1차 조사)를 실시한 바 있으며, 서초세무서는 선하지소송 성공보수금과 관련해 탈세 제보를 받고 2014년 9월 원고의 부가가치세에 대한 적정신고 여부를 확인하고자 현장확인 조사(2차 조사)를 비롯해 이미 3차례 조사를 실시했다. 그 결과 2012년 7월 조사에 대해서는 매출신고 일부를 누락했다며 2009년~2011년까지의 종합소득세 및 부가가치세에 대한 과세처분이 이뤄졌고, 2014년 9월 조사에 대해서는 A 씨가 수입금액 신고를 누락한 부분이 없다고 판단해 별다른 조치를 하지 않았다. 이후 세 번째 조사가 시작됐을 때 A 씨가 서울지방국세청에 “1·2차 조사와 동일한 세목 및 과세기간에대한 것이어서 중복조사금지원칙에 위반되므로 중단해달라”는 취지로 권리보호요청을 했고, 이것이 받아들여져 조사가 중단됐다. 이번 소송의 원인이 된 조사가 진행되자 A 씨는 재차 같은 취지로 중단해달라며 권리보호요청을 했으나 서울지방국세청 납세자보호위원회에서 기각 의결됐다. 재판부는 "국세기본법은 재조사가 예외적으로 허용되는 경우를 엄격히 제한하고 있고, 한정적으로 열거된 요건을 갖추지 못한 경우 같은 세목 및 같은 과세기간에 대한 재조사는 원칙적으로 금지되고 이러한 중복세무조사금지의 원칙을 위반한 때에는 과세처분의 효력을 부정하는 방법으로 통제할 수밖에 없는 중대한 절차적 하자가 존재한다"며 “A 씨에 대한 세무조사는 재조사가 예외적으로 허용되는 경우에 해당하지 않고, 중복조사가 허용되는 다른 예외사유에도 해당하지 않아 중복세무조사금지의 원칙을 위반해 위법하다"고 밝혔다. 이어 "2차 조사 결과, A 씨의 수입금액 신고 누락 금액이 없다는 판단을 내렸고, 납세자보호담당관이 작성한 검토서에는 '조사청은 1차 및 2차 세무조사를 통해 A 씨에 대한 강도 높은 세무조사를 실시했음이 명백하다'라고 기재된 부분이 있다"며 "서울지방국세청은 늦어도 제3차 조사에 착수하기 이전엔 이미 상당한 양의 검찰 수사기록을 확보해 검토했음은 물론이고, 검찰 수사기록에 A 씨 직원들의 참고인 진술조서 등 A 씨가 약정서를 위조해 제출한 사실을 뒷받침하는 자료들이 포함돼 있다고 해서 이를 조세탈루 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 '새로 밝혀진 경우'에 해당한다고 볼 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "A 씨에 대해 재조사가 허용되는 예외사유에 해당한다고 볼 경우, 과세관청으로 하여금 최초 세무조사를 부실하게 시행했더라도 이를 통해 확보한 자료에 기재된 내용과 동일한 사실에 관한 일부 자료만이라도 추후 보완된다면 재조사를 몇 번이고 얼마든지 시행할 수 있다는 결론에 이르게 된다"며 "이는 과세관청의 부실한 세무조사를 조장할 우려가 있고 재조사를 금지하는 입법 취지에도 반해 허용할 수 없다"고 판시했다.

영업비밀 유출에 따른 합의금을 '지적재산 사용료'로 판단해 용역의 공급대가로서 부가가치세를 부과한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김순열 부장판사)는 지난해 12월 22일 A 사가 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021구합60304)에서 원고승소 판결했다. 실리콘제품의 제조, 판매 등을 하는 A 사는 미국에 본점을 두고 있는 B 사의 자회사다. B 사는 그곳에서 15년 간 근무하다가 퇴사한 후 C 사 실리콘영업부 부장으로 영입된 D 씨가 B 사 서버에 저장된 주요 자료 파일들을 임의로 반출하면서 C 사와 실리콘 제품 제조 관련 영업비밀 등 침해 관련 분쟁을 겪게 됐다. 이 과정에서 A 사와 B 사는 C 사에 지적재산 침해 등에 대한 손해배상 등을 요구했고, 수차례 협상 과정을 거쳐 전직 직원 채용 및 영업비밀 등 침해와 관련한 C 사와 임직원의 모든 민·형사상 책임을 면책하고 그 대가로 C 사는 A 사와 B 사에 각 1700만 달러 씩 총 3400만 달러의 합의금을 지급하기로 했다. 이에 따라 C 사는 2015년 4월부터 2017년 12월까지 A 사에게 4회에 걸쳐 해당 금액을 지급했고, 이를 '지급수수료(기술자문료)'로 회계처리한 후 사용료소득으로 15%의 법인세를 원천징수했다. 한편, 서울지방국세청장은 2017년 12월부터 2018년 3월 C 사에 대한 세무조사를 실시했는데 해당 합의금은 지적재산 사용에 따른 사용료에 해당해 지적재산 사용기간에 안분해 손금산입하도록 조정해야 한다는 취지로 C 사의 관할세무서에 통보하면서 역삼세무서에도 부가가치세 매출누락 자료를 통보했다. 이에 따라 역삼세무서는 해당 합의금이 A 사의 사용료 매출 누락임을 전제로 2020년 6월과 8월 A 사에 부가가치세 합계 30억여 원을 부과했다. 이 처분에 불복한 A 사는 같은해 9월 조세심판원에 심판청구를 했지만 기각결정을 받자 소송을 제기했다. A 사는 "부가가치세법 제4조 제1호는 부가가치세의 과세대상을 사업자가 행하는 재화 또는 용역의 공급으로 규정하고, 손해배상금이나 위약금은 재화 또는 용역의 공급대가가 아니어서 부가가치세의 과세표준에 포함될 수 없다"며 "해당 합의금은 C 사의 지적재산 침해라는 위법행위에 대한 손해배상금일 뿐, 용역의 공급에 대한 대가로 볼 수 없어 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 주장했다. 재판부는 A 사의 주장을 받아들였다. 재판부는 "해당 합의금은 지적재산 침해에 따른 손해배상금의 성격을 가진다고 보는 것이 타당하고 단순히 지적재산에 대한 장래의 사용료에 해당한다고 보기 어렵다"며 "만일 합의서가 '지적재산 사용료'에 관한 것이었다면 그 전문에 당사자 사이의 분쟁 존재 사실과 분쟁에 따른 불확실성 등을 피하기 위한 취지가 기재될 이유가 없다"고 설명했다. 이어 "해당 합의금은 실제 합의 이전에 발생한 영업비밀 등 침해 행위로부터 C 사와 그 임직원을 면책하기 위해 지급된 돈"이라며 "'용역의 공급대가'라는 전제에서 이뤄진 역삼세무서의 처분은 위법하다"고 판시했다.

이재현 CJ그룹 회장이 국세청이 부과한 증여세 등 세금 1674억원이 부당하다며 소송을 냈지만 사실상 패소했다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김국현 부장판사)는 이 회장이 서울중부세무서장을 상대로 낸 증여세 등 부과처분 취소소송(2017구합52436)에서 "가산세 일부인 71억원만 취소하라"며 최근 원고일부승소 판결했다. 재판부는 "주식 취득자금이 모두 이 회장 자금"이라며 "이 회장의 재산을 관리하는 직원들이 이 회장의 지시에 따라 영국령 버진아일랜드에 페이퍼컴퍼니를 설립한 뒤 그 명의로 해외 금융기관에 명의신탁을 한 것도 인정되고 조세회피 목적도 인정된다"고 밝혔다. 다만 "이 회장이 해외 금융기관에 명의신탁을 한 뒤 주식을 취득한 것은 조세회피 목적을 넘어 신탁 사실을 적극 은폐해 부당한 방법으로 과세표준을 무신고 한 경우에 해당한다고 보기는 어렵다"며 "증여세 부과처분 중 부당 무신고 가산세 부분은 취소한다"고 판시했다. 이 회장은 1990년대 중후반 조세피난처에 설립된 페이퍼컴퍼니를 통해 국내외 계열사 주식을 사고팔아 이득을 보면서도 세금을 내지 않은 혐의로 2013년 7월 구속기소됐다. 세무당국은 같은해 9월 세무조사에 착수해 이 회장에게 증여세 2081억원 등 총 2614억원을 부과했다. 이 회장은 같은 해 12월 이에 불복해 조세심판을 청구했고, 조세심판원은 2016년 11월 "형사 판결 가운데 무죄가 난 부분 등을 포함해 940억원을 취소하라"고 결정했다. 이 회장은 지난해 1월 "나머지 1674억원도 취소해달라"며 법원에 소송을 냈다.

과세처분의 근거규정에 위헌 결정이 내려졌다면 그 이후에 내려진 집행을 위한 압류처분도 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 전원합의체(주심 신영철 대법관)는 16일 이모(40)씨가 서초세무서를 상대로 제기한 압류등처분무효확인소송 상고심(☞2010두10907)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "조세부과의 근거가 됐던 법률규정이 위헌으로 선언됐다면, 비록 그에 기한 과세처분이 위헌결정 전에 이뤄졌고 그 과세처분에 대한 제소기간이 이미 경과해 조세채권이 확정됐고 집행을 위한 압류처분의 근거규정 자체에 대해서는 따로 위헌결정이 내려진 바 없다고 하더라도, 위헌결정 이후에 조세채권의 집행을 위한 새로운 압류 등 체납처분에 착수하거나 이를 속행하는 것은 더 이상 허용되지 않는다"며 "위헌결정의 효력에 위배돼 이뤄진 압류처분은 그 사유만으로 하자가 중대하고 객관적으로 명백해 당연히 무효라고 봐야 한다"고 밝혔다. 이에 대해 안대희·신영철·김용덕 대법관은 "압류처분 등 체납처분은 과세처분과는 별개이므로 과세처분 근거규정이 직접 적용되지 않고 체납처분 관련 규정이 적용될 뿐이므로, 과세처분 근거규정에 대한 위헌결정의 기속력은 체납처분과는 무관하다"며 "과세처분에 기초한 체납처분 절차의 진행을 중단시키기 위해서는 과세처분 근거규정에 대한 위헌결정 효력의 범위를 확정해 과세처분의 효력을 배제시키는 절차를 두거나 체납처분 절차의 진행을 제한하는 등의 별도의 입법이 필요하다"는 반대의견을 냈다. 이씨의 아버지와 이씨는 A주식회사에 대해 각각 67%, 3%의 지분을 가지고 있었다. 1997년 세초세무서는 A사에 법인세 및 부가가치세를 부과했으나, 회사 재산이 납세액에 미치지 못하자 구 국세기본법에 따라 이씨를 2차 납세의무자로 지정하고 과세처분을 내렸다. 헌법재판소는 다음 해 5월 이씨에 대한 과세처분 근거가 되는 국세기본법 조항에 대해 위헌결정을 내렸다. 2005년 10월 서초세무서는 14억여원에 달하는 이씨의 국세 체납액을 징수하기 위해 이씨의 예금을 압류하는 처분을 내렸다.