회사 대표의 자녀들이 회사로부터 비상장주식을 헐값에 산 후, 주식이 상장돼 막대한 차익을 얻게됐더라도 증여세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 상속세 및 증여세법(상증세법) 제41조의3 제1항 '상장차익의 증여의제' 규정은 회사 대표가 자녀들에게 비상장주식을 증여하거나 양도한 후 주식이 상장된 경우에만 차익에 증여세를 부과할 수 있는 것으로 해석해야 한다는 이유에서다. 세법 전문가들은 "입법 불비로 주식이 회사 대표의 자녀들에게 헐값에 매각돼 편법적인 부의 세습이 발생하더라도 이를 제재할 방법이 없게 됐다"며 신속한 법개정을 주문했다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 14일 김모씨 형제가 용산세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송(2011구합19451)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "상증세법 제41조의3 규정은 기업의 내부정보를 이용해 한국증권거래소 상장 또는 한국증권업협회 등록에 따른 거액의 시세차익을 얻게 할 목적으로 최대주주가 자녀 등 특수 관계자에게 비상장주식을 증여하거나 유상으로 양도함으로써 변칙적으로 부를 세습시키거나 이전하는 것을 방지하기 위한 것"이라며 "이 규정의 '최대주주'에 최대주주의 특수관계자까지 포함되는 것으로 해석하면 기업의 내부정보를 이용할 수 있는 지위에 있지 아니한 소수주주인 사용인도 최대주주가 돼 입법취지에 어긋나는 결과가 초래될 수 있다"고 밝혔다. 재판부는 "입법자는 상증세법 제63조3항에서 최대주주인 당해주주와 그의 특수관계자를 함께 규율하면서 '최대주주 및 그와 특수관계에 있는 주주'라는 표현을 사용해 상증세법 제41조의3 제1항1호와는 다른 표현을 사용하고 있다"며 "상증세법 제63조3항의 문언과 다른 표현을 사용한 상증세법 제41조의3 제1항1호의 '최대주주'를 최대주주인 당해주주와 그의 특수관계자를 모두 가리키는 것으로 보기 어렵다"고 설명했다. 상증세법 제41조의3 제1항1호는 최대 주주와 특수 관계에 있는 자가 최대주주로부터 당해 법인의 주식 등을 증여받거나 유상으로 취득한 후 주식이 한국증권거래소에 상장되거나 한국증권업협회에 등록된 경우 그 상장차익을 증여재산가액으로 의제하도록 규정하고 있다. 김씨 형제는 지난 2003년 각각 자신들의 아버지 A씨가 대표이사로 있는 M사의 비상장주식 5000주를 1주당 만원씩 5000만원에 사들였다. M사는 2005년 1월 코스닥에 상장됐다. 이후 중부지방국세청은 2008년 8월 김씨 형제들이 각각 A씨로부터 2000만원을 증여받아 M사의 비상장주식 2000주를 사들인 것을 확인한 후 이에 대한 상장차익인 3억5661만원에 대해 증여세 9000만원을 부과했고 김씨 형제는 이를 납부했다. 하지만 용산세무서가 지난해 10월 '나머지 3000주 역시 증여세 부과대상'이라며 상장차익 4억7478만원에 대해 증여세 1억7033만원을 추가로 부과하자 김씨 형제가 소송을 냈다. 법원 판결이 나오자 법조계에서는 최대주주의 특수관계인들이 내부 정보를 통해 상장 직전 회사의 주식을 양수하는 관행을 막을 수 있도록 법개정이 이뤄져야 한다는 지적이 나오고 있다. 재경법원의 한 판사는 "법률이 명확하게 최대주주에게서 증여받거나 양도받은 경우에만 주식의 상장차익을 증여로 의제하도록 규정하고 있기 때문에 직접 회사의 주식을 사들인 후 상장차익을 얻은 경우에는 증여로 의제되는 것으로 해석할 수가 없다"며 "이미 국세청이 내부 통칙에 따라 최대주주의 특수관계인이 회사의 주식을 사들인 후 얻은 상장차익을 증여로 의제하고 있고, 그러한 취지가 바람직한 것이라면 상증세법을 개정하는 것이 우선돼야 할 것"이라고 말했다.

조례 시행일 이전인 지방세법 개정 시로 소급해 부과된 원자력발전 지역개발세는 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 전원합의체(주심 이인복 대법관)는 2일 한국수력원자력(주)이 "지역개발세의 과세시기를 조례의 시행일이 아닌 개정 지방세법의 시행일로 소급해 부과한 것은 소급과세금지원칙에 반해 무효"라며 경주시 등을 상대로 낸 지역개발세 부과처분 취소소송 상고심(☞2008두17363)에서 재판관 전원일치 의견으로 원고일부승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "조세법률주의를 규정한 헌법 제38조와 59조의 취지에 의하면 국민에게 새로운 납세의무나 가중된 납세의무를 부과하는 규정은 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용 대상으로 삼을 수 있음이 원칙"이라며 "법률에서 특별히 예외규정을 두지 아니하였음에도 하위법령인 조례에서 새로운 납세의무를 부과하는 요건에 관한 규정을 신설하면서 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건 사실에 소급해 이를 적용하도록 하는 것은 허용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "구 지방세법 제253조에 따라 원자력발전에 대한 지역개발세는 부과요건의 하나인 부과지역에 관한 조례가 정해져야만 비로소 부과지역이 대외적으로 확정돼 부과할 수 있다"며 "조례의 부칙규정들은 지역개발세의 부과요건에 관한 규정을 시행시기 이전에 이미 종결한 과세요건 사실에 소급해 적용하도록 하는 것으로서 헌법 제38조와 59조의 취지에 반한다"고 설명했다. 한국수력원자력에 부과한 원자력 발전량을 기준으로 하는 과세는 2006년 1월 원전에 대한 지역개발세를 신설한 지방세법이 개정·시행되면서 시작됐다. 그런데 경상북도 및 전라남도는 과세와 관련된 조례를 제정하면서 세금부과 시점을 개정 지방세법 시행 후 발전량부터 적용했고, 경주시 등은 이에 따라 1월 발전량부터 세금을 부과했다. 대법원 관계자는 "이번 판결은 법적 안정성 또는 당사자의 신뢰보호를 위해 국민에게 새로운 납세의무를 부과하는 규정은 특별한 사정이 없는 한 시행 이후에 부과요건이 충족되는 경우만을 적용대상으로 삼을 수 있다는 조세법령 불소급의 원칙을 재확인한 데에 의의가 있다"고 말했다.

2차 증여를 받은 후 신고 기한 내에 2차 증여가액에 1차 증여가액을 합산해 신고해야 하는 의무(합산신고의무)를 이행하지 않았더라도 과소신고 가산세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 구 상속세 및 증여세법 제47조2항은 1,000만원 이상의 1차 증여를 받은 후 10년 이내에 동일인(증여자가 직계존속일 경우 그 배우자를 포함)에게 2차 증여를 받은 경우 1차 증여가액과 2차 증여가액을 합산해 증여세를 신고하도록 하고 있다. 또 구 국세기본법 제47조의3 제1항은 납세의무자가 신고한 과세표준이 신고해야할 과세표준보다 적을 경우 신고불성실가산세를 추가로 부과하도록 규정하고 있다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 6일 A씨가 서울 삼성세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송(2011구합10010)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "구 국세기본법 제47조의3 제1항 소정의 과소신고 가산세 조항은 '납세자가 법정신고기한 내에 세법에 따른 과세표준신고서를 제출한 경우'를 전제로 신고불성실가산세를 부과할 수 있는 규정"이라며 "원고가 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출하지 않은 이상 구 국세법 제47조의2 제1항의 무신고가산세 조항을 근거로 신고불성실가산세를 부과할 수 있을지언정 과소신고가산세 조항을 근거로 신고불성실가산세를 부과할 수 없다"고 판단했다. 재판부는 이어 합산신고의무를 이행하지 않았더라도 1차 증여의 합산신고 불이행 부분에 대해서는 무신고 가산세를 부과할 수 없다고 판단했다. 재판부는 "1차 증여 시 증여세를 정상적으로 신고했음에도 2차 증여 시 증여세 신고를 하지 않아 결과적으로 1차 증여재산가액에 대한 합산신고의무도 이행하지 않은 것이 됐다는 이유로 1차 증여재산가액에 대해서도 신고를 하지 않은 금액에 포함된다고 해석한다면 이는 1차와 2차 증여 모두를 신고하지 않은 경우보다 오히려 불리해진다"며 "2차 증여를 신고하지 않은 경우 1차 증여재산 합산신고 불이행분에 대해서는 구 국세기본법상 무신고가산세 조항을 근거로 신고불성실가산세를 부과할 수 없다"고 설명했다. 한편 국회는 지난해 12월27일 국세기본법을 개정해 2차 증여 시에 신고의무를 이행하지 않았거나 과소신고를 한 경우 1차 증여분을 제외한 2차 증여분에 한해서만 무신고 또는 과소신고 가산세를 부과하도록 했다. 개정된 국세기본법은 올해 1월1일부터 시행되고 있다.

아들이 대표로 있는 1인 회사의 결손금을 막아주기 위해 아버지가 그 법인에게 금전을 무상으로 빌려줬다면 이는 증여행위로 의제돼 증여세 부과대상이 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정12부(재판장 장상균 부장판사)는 A씨가 서울 역삼세무서장을 상대로 제기한 증여세부과처분취소 소송(2010구합26704)에서 지난 3일 원고 일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "'구 상속세 및 증여세법' 제41조의 증여의제 규정은 결손법인 등의 주주 또는 출자자와 특수관계에 있는 자가 당해 법인에 재산이나 용역을 무상으로 제공하는 경우 당해 법인이 얻은 경제적 이익에 따른 주식가치 상승분을 주주 등이 증여받은 것으로 봐 증여세를 과세하도록 함으로써 변칙적인 증여행위를 방지하기 위해 마련된 것"이라며 "이와 같은 법령의 개정연혁, 규정 내용, 입법취지에 따르면 금전의 무상대부는 구 상속세 및 증여세법 제41조가 증여세 과세대상거래로 규정하는 '재산을 무상제공하는 거래'에 포함된다"고 판단했다. A씨가 주식 100%를 소유하고 있는 C주식회사에 2003년부터 2004년까지 자본액의 감소(결손금)가 발생하자 A씨의 아버지 B씨는 C주식회사에 약 40여 억 원을 무상으로 빌려줬다. 이에 역삼세무서는 이같은 무상금전대부가 '구 상속세 및 증여세법'상의 과세대상거래에 해당한다며 무상금전대부로 이익을 얻은 A씨에게 증여세 1억8,000여 만원을 부과했다. 이후 A씨는 "무상금전대부는 증여세의 과세대상에 해당하지 않는다"며 국세청에 불복심사청구를 했지만 80여만원 정도 줄어드는데 그치자 소송을 냈다.

헌법불합치 결정으로 개정된 국세징수법 제78조2항을 부칙이 헌법재판소 결정일인 2009년4월30일 이후부터 적용하도록 하고 있더라도, 헌재의 헌법불합치결정 당시 법원에 소송계속 중이던 사건에는 개정된 법조항을 적용해야 한다는 판결이 나왔다. 이는 "헌법불합치결정에 의한 개선입법의 소급적용여부와 그 범위에 대해서는 원칙적으로 입법자의 재량에 맡기되 예외적으로 헌법불합치결정의 취지나 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면 등을 고려해 헌법불합치결정 당시에 법원에 계속 중인 사건에도 소급효가 미친다고 해야 한다"는 대법원판례(대법원 2003다52647 등)에 따른 것이다. 서울행정법원 행정5부(재판장 이진만 부장판사)는 A씨가 "위헌인 구 국세징수법 제78조2항 후문에 따라 결정된 배분거부처분을 취소해 달라"며 한국자산관리공사를 상대로 제기한 배분거부처분취소소송(2010구합32013)에서 지난 16일 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "헌법재판소가 헌법불합치결정을 통해 법률조항을 합헌적으로 개정 또는 폐지하는 임무를 입법자의 형성재량에 맡긴 이상 그 개선입법의 소급적용여부와 소급적용의 범위 역시 원칙적으로 입법자의 재량에 달린 것"이라면서도 "(해당조항의 적용중지를 명하는) 이 사건 헌법불합치결정의 주문 및 결정취지와 위헌법률심판에서의 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면을 고려할 때 적어도 이 사건 헌법불합치결정을 하게 된 당해 사건 및 헌법불합치결정 당시에 이 사건 법률조항의 위헌여부가 쟁점이 돼 법원에 계속 중인 사건에 대해서는 헌법불합치결정의 소급효가 미친다고 해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "개정된 국세징수법의 부칙이 이 사건을 개정규정의 적용범위에 포함하지 않더라도 이 사건에 대해서는 종전의 법률을 그대로 적용할 수는 없고 위헌성이 제거된 개정규정이 적용되는 것으로 봐야한다"고 판단했다. 한국자산관리공사는 지난 2007년8월 지방세가 체납된 부동산을 매각하고 그 대금을 임차권자인 A씨 등 채권자들에게 배분했다. 이 과정에서 공사는 공매대금 미납으로 인한 보증금은 국가에 귀속됐다는 이유로 배분금액에 포함시키지 않았다. 이에 A씨는 공매대금의 국가귀속을 규정한 국세징수법 제78조2항을 이 사건 배분처분에 적용한 것은 위법이라며 소송을 냈다. 이후 소송 계속 중이던 2009년4월 헌법재판소 "대금미납으로 매각결정이 취소된 경우 납부한 계약보증금을 국가에 귀속시키도록 규정한 국세징수법 제78조2항 후문은 헌법이 보장한 평등의 원칙 등에 위반된다"며 서울행정법원이 낸 위헌법률심판 제청사건(2007헌가8)에서 재판관 8대 1의 의견으로 헌법불합치결정을 내렸다(법률신문 2009년5월4일자 5면). 이에 따라 국회는 지난 1월 헌재결정 취지에 맞도록 국세징수법을 개정했지만, 개정규정이 헌재 결정일인 2009년4월30일 이후 매각결정이 취소된 경우에만 적용되도록 부칙조항을 둬 논란이 됐다.

변호사나 한의사 등 일정규모 이상의 개인사업자에게 사업용계좌개설을 강제한 소득세법 관련조항은 합헌이라는 헌재결정이 나왔다. 헌법재판소 전원재판부는 하모씨 등 서울변회 소속 변호사 8명이 "변호사에게 사업용계좌사용을 의무화한 소득세법 제160조의5 제1항 및 제3항은 직업수행의 자유 등을 침해한다"며 낸 헌법소원(☞2007헌마1191)에서 최근 재판관 전원일치로 합헌결정했다. 재판부는 "이 법률조항들은 세원의 투명성 확보를 통한 공평과세의 실현이라는 조세법의 기본원칙을 달성하기 위해 과세당국이 과세사업자의 금융거래내역 등 실물자료를 대조할 수 있는 장치를 마련하고자 하는 것으로 입법목적이 정당하다"고 밝혔다. 재판부는 또 "이 법률조항은 납세의무자에게 성실신고를 유도해 세원의 투명성을 확보함으로써 공평과세를 실현하기 위한 것"이라며 "복식부기의무자에게 사업용계좌를 별도로 개설·신고하고 사용하도록 하는 것은 이같은 목적을 달성하기 위해 효과적이고 적합한 방법"이라고 설명했다. 재판부는 이어 "세원의 투명성 확보를 통한 공평과세의 실현이라는 공익은 복식부기의무자가 부담하는 사업상 거래와 그 외의 거래를 구별해 계좌를 사용해야 하는 불이익에 비해 크므로 법익의 균형성도 인정된다"고 덧붙였다. 하씨 등 서울변회 소속 변호사 8명은 지난 2006년12월 소득세법이 개정되면서 변호사와 같은 일정규모 이상의 개인사업자(복식부기의무자)에게 사업용계좌 개설 및 신고가 강제되자 "과잉금지의 원칙에 위배해 청구인의 직업수행의 자유, 사생활의 비밀과 자유, 재산권 등을 침해한다"며 지난 2007년10월 헌법소원을 냈었다.

국세기본법 제24조2항의 '연대하여'라는 글귀만으로 공동상속인에게 연대납세의무를 부과할 수는 없다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 공동상속인의 연대납세의무부과를 위법하다고 본 첫 판결로 상급심의 판단이 주목된다. 국세기본법 제24조2항은 상속인이 2인 이상인 때에는 피상속인에게 부과되거나 납부할 국세·가산금과 체납처분비를 민법 제1009조·제1010조 및 제1012조의 규정에 의한 상속분에 따라 안분해 계산한 세금을 상속으로 인해 얻은 재산을 한도로 '연대하여' 납부할 의무를 진다고 규정하고 있다. 서울행정법원 행정5단독 전대규 판사는 지난 15일 강모(37·여)씨가 종로세무서를 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송(2009구단2514)에서 "양도소득세 23억여원의 부과처분을 취소한다"며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "국세기본법 제24조2항에 의하면 공동상속인의 경우 납세의무승계로 인해 납세의무를 부담하는 범위는 '상속분에 따라 안분해 계산한' 국세 등이라고 봄이 상당하다"며 "'연대하여'라는 글귀가 있다는 이유만으로 강씨가 상속으로 인해 얻은 재산만을 계산한 후 피상속인의 양도소득세 전액을 부과한 처분은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "조세법률주의의 원칙상 조세법규는 침해규범이므로 문언해석을 엄격하게 해야 하고 행정편의적으로 확장해석을 하거나 유추해석을 하는 것은 허용되지 않는다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "국세기본법을 개정한 입법자의 입법의도가 공동상속인에게 연대납세의무를 부과하려고 했다 해도 문언상 공동상속인이 부담하는 범위는 '상속분에 따라 안분해 계산한 국세 등'에 한정된다고 봐야 한다"며 "'연대하여'라는 문구가 추가됐다해도 각 공동상속인이 부담하는 납세의무의 범위가 달라진다고 볼 수 없다"고 설명했다. 강씨는 지난 2007년 종로세무서가 24억여원의 귀속 양도소득세를 부과하자 조세심판원 심판청구를 거쳐 지난 2월 소송을 냈다. 종로세무서는 조세심판원의 결정에 따라 일부 감액해 3월 23억여원으로 세액을 변경했다.

유가증권평가이익을 과세대상으로 한 구 교육세법시행령 규정은 무효라는 판결이 나왔다. 구 교육세법시행령 제4조1항 제4호는 '기타 대통령령이 정하는 금액'의 유형으로서 미실현이익인 '유가증권평가익'을 과세표준에 포함시키고 있었다. 2004년 개정된 교육세법시행령은 유가증권평가익을 과세대상에서 삭제했다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김종필 부장판사)는 (주)한국외환은행이 남대문세무서장을 상대로 낸 교육세부과처분취소소송(☞2009구합8212)에서 "16억여원의 교육세부과처분을 취소한다"며 지난 11일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "모법인 교육세법 제5조3항에서 구체적·개별적으로 열거한 금액은 모두 금융·보험업자의 실질적이고 현실화된 수익으로서 미실현이익인 유가증권평가익과는 그 성질을 전혀 달리한다"며 "하위법령에서 '유가증권평가익'을 추가적으로 과세대상으로 규정하게 되면 모법과 하위법령에서 실현이익과 평가이익을 각각 중복적으로 과세표준으로 삼는 결과가 돼 규정체계가 비합리적"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "미실현이익인 유가증권평가익에 대한 과세는 여러 과세기간에 걸쳐 유가증권의 가격상승과 하락이 반복되는 경우 유가증권의 매각익·상환익과의 중복과세로 인한 원본잠식을 가져올 수 있다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "교육세법 제5조3항은 금융·보험업자의 현실적이고 실질적인 수입금액을 그 과세대상으로 해 구체적인 수입항목을 시행령에 위임한 것"이라며 "구 교육세법시행령 제4조1항 제4호 중 '유가증권평가익' 부분은 이러한 모법이 정한 수권범위를 넘어서는 것으로서 조세법률주의에 위반해 무효"라고 설명했다. 재판부는 "기업회계기준에 따라 지분법으로 평가하면서 발생한 지분법평가이익이 '유가증권평가익'에 해당한다는 전제에서 이를 교육세 과세표준에 포함시켜 과세한 부과처분은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 대출채권매각이익에 대해서도 "실질적 수익이 아니고 장부상 계상된 수익에 불과하다"며 교육세부과는 조세법률주의에 위반해 위법하다고 지적했다. 외환은행은 2001~2004년 매년도 말에 외환리스 주식회사 등 16개 회사에 출자한 주식을 지분법으로 평가해 발생한 지분법평가이익 2,349억여원과 부실 대출채권을 매각하면서 발생한 대출채권매각이익 570억여원을 과세표준에서 제외하고 교육세를 신고했다. 하지만 남대문세무서는 2006년 신고누락을 이유로 16억여원의 교육세를 경정·고지했고 외환은행은 지난 3월 소송을 냈다.

과세관청이 법인세 부과를 둘러싸고 론스타 펀드와 벌인 소송에서 또 패소했다. 론스타펀드(LSF) 유동화전문회사인 LSF NPL Investment사와 LSF CHB Investment사는 2000년 한국자산관리공사(KAMCO)와 조흥은행(CHB)으로부터 각각 부실채권을 양수해 유동화증권(ABS)을 발행했다. 발행된 ABS는 론스타 계열의 아일랜드법인인 KD사와 NPLCD사로 인수됐고 LSF NPL사와 LSF CHB사는 이 회사들에 이자를 지급했다. 그런데 서울지방국세청은 2003년과 2005년 세무조사를 통해 LSF NPL사와 LSF CHB사가 KD사와 NPLCD사에 정상이자율을 초과하는 이자를 지급했다는 결론을 내렸다. 해외에 지급한 이자는 손금으로 산입할 수 있어 높은 이자를 지급할 수록 법인세를 덜 내게 되는데 서울지방국세청은 정상이자율 13.31%를 초과하는 금액을 손금불산입해 법인세를 부과해야 한다고 판단한 것이다. 세무조사결과에 따라 역삼세무서는 2006년 LSF NPL사와 LSF CHB사에 모두 6억여원의 법인세를 부과했고 LSF NPL사 등은 2007년12월 소송을 냈다. 서울지방국세청은 정상이자율을 산정하면서 비교대상거래로 국내의 유동화증권 발행이자율을 선택했다. 과세관청은 지난해 11월 법인세 부과를 위해 정상이자율을 산정하면서 비교대상거래로 차입거래를 선택했다는 이유로 론스타 펀드에 패소(2007구합47145)한 바 있어 이번 판결결과에 관심이 집중됐다. 하지만 결과는 론스타의 승리였다. 서울행정법원 행정5부(재판장 이진만 부장판사)는 지난 13일 LSF NPL사와 LSF CHB사가 역삼세무서를 상대로 낸 법인세부과처분취소 소송(2007구합47121)에서 "6억여원의 법인세 부과처분을 취소한다"며 원고승소 판결을 내렸다. 2000년과 2001년 사업연도에 대해서는 중복세무조사를 이유로, 2002년도 사업연도에 대해서는 정상이자율 산정의 위법을 이유로 취소했다. 재판부는 판결문에서 "구 국세조세법 제5조2항 등에 따르면 정상가격 산출기준 중 하나로 '특수관계가 있는 자간의 국제거래와 특수관계가 없는 자간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것'을 규정하고 있다"며 "2004년 개정으로 '국제거래'에서 '거래'로 변경됐고 개정내용은 2005년 과세분부터 적용된다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "개정이유는 정상가격산출을 위한 비교대상거래를 '국제거래'로 한정한 탓에 자료확보가 어려운 점 등의 문제가 발생했기 때문"이라며 "2005년 이전 과세연도에 대해 '국제거래'가 아닌 '국내거래'를 비교대상거래로 한 것은 구 국세조세법 제5조2항 등에 위반된다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "설령 국내거래를 정상가격산출을 위해 선정한 것이 적법하다해도 과세관청은 비용계산방식의 근거를 제시하지 않는등 정상이자율 산정이 합리적이지 못해 위법하다"고 설명했다.

사업시행인가전에 사업시행자에게 토지를 양도한 경우에도 과세특례규정을 적용해 기준시가로 양도소득세를 산정해야 한다는 판결이 나왔다. 사업시행인가전 양도시 과세특례규정 적용여부에 대해 항소심에서 나온 첫 판결로 동일한 쟁점으로 법원에 계류중인 재판들에 영향을 미칠 것으로 보인다. A씨는 지난 2006년12월 마포구 서교동 소재의 토지를 B사에 매도했다. 서교동 일대는 그 이전인 3월에 도시환경정비구역으로 지정·고시됐고 B사는 정비사업을 시행하기 위해 토지를 매입하는 중이었다. A씨는 이어 2007년2월 ‘실지거래가액’을 기준으로 양도소득세 4억6,000여만원을 신고·납부했다. 한편 마포구는 5월 B사를 사업시행자로 하는 도시환경정비구역 사업시행인가 통지 및 고시를 했다. 그러자 A씨는 사업시행자에게 양도한 경우에 해당해 구 조세특례제한법의 과세특례가 적용된다며 ‘기준시가’를 기준으로 양도소득세를 계산해 차액인 3억7,000여만원을 돌려달라며 마포세무서에 경정청구를 했다. 2006년1월부터 시행된 개정 소득세법 제96조1항은 ‘기준시가’가 아니라 ‘실지거래가액’에 따라 양도소득세를 부과하도록 했다. 다만 구 조세특례제한법 제85조는 정비구역을 지정한 날 이전에 취득한 토지를 2006년 12월31일 이전에 사업시행자에게 양도하는 경우에는 ‘기준시가’에 의해 양도가액을 산정할 수 있도록 했다. 하지만 마포세무서는 A씨가 토지를 양도할 당시 B사가 공익사업시행자로 지정되지 않았다며 2007년8월 경정청구를 거부하는 처분을 했다. 그러자 A씨는 “실제 사업시행을 하면서 토지의 양도·양수 이후 사업시행인가를 받은 사업시행자도 포함해 해석해야 한다”며 지난해 4월 소송을 내 1심에서 승소했다. 서울고법 행정4부(재판장 윤재윤 부장판사)는 지난 21일 A씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세과세표준과세액의경정 청구소송(2009누2056)에서 “사업시행인가전 사업시행자에게 양도한 경우에도 과세특례규정이 적용된다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “조특법은 사업시행자에 관해 인가받은 사업시행자라고 명백히 규정하고 있지 않다”며 “도시 및 주거환경정비법도 사업시행자를 정비사업을 시행하는 자를 말한다고 규정하고 있을 뿐 사업시행자로 인정되기 위한 요건으로 사업시행인가를 받아야 된다는 규정을 두고 있지 않다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “납세자의 세부담 완화와 공익사업의 원활한 시행을 도모하려는 입법취지에 비춰 사업시행인가 이전의 사업시행에 협조해 토지를 양도한 자를 사업시행인가 이후에 양도한 자에 비해 더 불리하게 과세특례규정을 특별히 배제해야 할 합리적인 이유가 있다고 보이지 않는다”고 덧붙였다.