대법원에서 심리불속행으로 기각된 사건에 대해 당사자가 대법원에 재심을 청구했다가 재심사유가 없어 기각됐다면 당초 판결에 적용된 심리불속행 특례법에 관해 헌법소원을 낼 수 없다는 헌재결정이 나왔다. 이 경우에는 재판의 전제성이 인정되지 않아 심리불속행 판결의 당부를 판단할 수 없다는 취지다. 헌법재판소는 세무서의 세금부과처분에 불복해 소송을 낸 이모씨가 자신의 사건이 대법원에서 심리불속행 상고기각되자 재심을 청구한 뒤 "심리불속행을 규정하고 있는 상고심특례법은 대법원의 최종적 심사를 받을 국민의 권리를 제한한다"며 낸 헌법소원(2009헌바169)을 최근 재판관 5(각하)대 4(반대)의 의견으로 각하했다. 헌재는 결정문에서 "특례법 제4조1항 제1·2호는 '재심청구 자체의 적법여부에 대한 재판'에 적용되는 법률조항이 아니라 '본안사건에 대한 재판'에 적용될 법률조항인데 당해 법원은 '상고이유가 상고심절차에 관한 특례법 소정의 심리불속행사유에 해당한다고 봐 더 나아가 심리를 하지 않고 상고를 기각한 경우에는 상고이유에 관한 판단유탈이 있을 수 없다'고 판단해 재심청구를 기각했다"고 밝혔다. 헌재는 이어 "이같이 당해사건에서 재심사유가 인정되지 않아 본안판단에 나아갈 수 없는 이상 이 법률조항들은 당해사건의 본안재판에 적용될 여지가 없어 이 부분 심판청구는 재판의 전제성이 없어 부적법하다"고 판단했다. 반면, 김종대·목영준·이정미 재판관은 "특례법이 헌법에 위반되는 것으로 판단돼 그 효력이 상실되면 상고의 당부에 대한 판단을 누락한 심리불속행 판결을 정당화하는 법률조항이 더이상 존재하지 않게 되고 결국 심리불속행 판결은 판단유탈의 재심사유가 발생하게 되므로 이 법률조항은 재판의 전제성이 인정된다"며 반대의견을 냈다. 또 조대현 재판관도 "법원의 재판에 대한 헌법소원이 허용되지 않고 있기 때문에 심리불속행 기각판결에 대해 재심을 청구한 뒤 심리불속행 기각판결의 근거법률의 위헌성을 주장하게 할 필요가 있다"며 반대의견을 냈다. 세무서의 양도소득세부과처분에 불복해 2006년 행정소송을 제기한 이씨는 1·2심에서 모두 패소하고 대법원에서도 2009년3월 심리불속행으로 사건이 기각되자 재심을 청구했다. 이후 재심소송 진행 중 '상고심절차에 관한 특례법' 제4조1항 제1·2호가 재판청구권 등을 침해한다며 위헌법률심판제청신청을 했으나 법원에서 기각되자 2009년7월 헌법소원을 냈다. 헌재가 이 사건을 심리하던 중 대법원에서 이씨의 청구는 기각됐다.

납세자가 세무당국의 과세처분에 이의신청을 해 재조사를 한다는 결정을 받은 경우 국세청에 심사청구를 할 수 있는 기간은 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산돼야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이는 대법원이 재조사결과에 대한 행정소송의 제소기간은 원칙적으로 납세자가 재결정을 하기 이전의 원결정을 받은 날부터 기산된다는 취지의 종전 대법원판결(96누10768 등)을 변경한 것이다. 그동안 납세자는 후속 처분의 통지를 받기 전에 곧바로 불복여부를 결정할 수 밖에 없어 납세자의 재판청구권 침해논란이 없지 않았으나 판례가 변경됨에 따라 재판청구권을 실질적으로 보장받게 됐다. 대법원 전원합의체(주심 이홍훈 대법관)는 지난 24일 화물운수업자 박모(54)씨가 양천세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 소송 상고심(☞2007두12514)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 "재조사결정은 처분청으로 하여금 하나의 과세단위의 전부 또는 일부에 관해 당해 결정에서 지적된 사항을 재조사해 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정하거나 당초 처분을 유지하는 등의 후속 처분을 하도록 하는 형식을 취하고 있다"면서 "이에 따라 재조사결정을 통지받은 이의신청인 등은 그에 따른 후속 처분의 통지를 받은 후에야 비로소 다음 단계의 쟁송절차에서 불복할 대상과 범위를 구체적으로 특정할 수 있게 된다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "이같은 재조사결정의 형식과 취지, 그리고 행정심판제도의 자율적 행정통제기능 및 복잡하고 전문적·기술적 성격을 갖는 조세법률관계의 특수성 등을 감안하면, 재조사결정은 당해 결정에서 지적된 사항에 관해서는 처분청의 재조사결과를 기다려 그에 따른 후속 처분의 내용을 이의신청 등에 대한 결정의 일부분으로 삼겠다는 의사가 내포된 변형결정에 해당한다고 볼 수밖에 없다"고 설명했다. 재판부는 "그렇다면 재조사결정은 처분청의 후속 처분에 의해 그 내용이 보완됨으로써 이의신청 등에 대한 결정으로서의 효력이 발생한다고 할 것이므로, 재조사결정에 따른 심사청구기간이나 심판청구기간 또는 행정소송의 제소기간은 이의신청인 등이 후속 처분의 통지를 받은 날부터 기산된다고 봄이 상당하다"고 지적했다. 반면, 김영란·양승태·안대희 대법관은 다수의견과 달리 "재조사결정은 단지 효율적인 사건심리를 위해 처분청에 재조사를 지시하는 사실상 내부명령에 불과해 그로써 이의신청 등에 대한 결정이 있었다고 할 수 없고, 후속처분에 의해 그 효력이 발생한다고 의제할 수도 없다"며 "따라서 이의신청인 등에게 재조사결정이나 후속 처분이 통지됐다고 하더라도 그 후 다시 재결청이 국세기본법에 규정된 유형의 결정을 해 이의신청인 등에게 통지할 때까지는 심사청구기간 등이 진행되지 않는다고 봐야 한다"는 별개의견을 냈다. 화물운수업을 하던 박씨는 2005년4월 매출신고를 하지 않는 사실이 드러나 양천세무서로부터 1억여원에 이르는 부가가치세를 부과받았다. 박씨는 7월29일 실지거래사실을 재조사해 그 결과에 따라 과세표준과 세액을 경정할 것을 명하는 내용의 재조사결정서를 송달받았다. 양천세무서는 박씨가 조사내용을 번복할 자료를 내지 않자 3개월 후 당초 처분을 유지한다는 내용의 후속 처분을 했다. 그러자 박씨는 10월28일 국세청장에게 심사청구를 했으나, 국세청은 "재조사결정을 통보받은 7월29일을 기준으로 해야 하는데 이씨의 청구는 심사청구기간인 90일을 지났다"며 심사청구를 각하했다. 이씨는 2006년3월 양천세무서를 상대로 행정소송을 제기했다. 1심은 "박씨는 재조사 결과를 통보받은 날을 기준으로 90일 이내에 국세청에 심사청구를 할 수 있다"며 본안판단을 했으나 "박씨가 부가가치세신고를 하지 않은 사실을 추인할 수 있다"며 원고패소 판결을 했다. 그러나 2심은 "박씨에게 과세를 할 수 있는 근거가 부족하다"며 원고승소 판결을 내렸다. 국세기본법은 이의신청이나 심사청구·심판청구에 대한 결정은 "이의신청 등이 신청기간 또는 청구기간이 경과한 후에 있었거나 보정기간 내에 필요한 보정을 하지 않은 때에는 그 신청이나 청구를 각하하는 결정을, 이의신청 등이 이유없다고 인정된 때에는 그 신청이나 청구의 대상이 된 처분의 취소·경정 또는 필요한 처분의 결정을 한다"고 규정하고 있다. 또, 법은 심사청구 등의 제소기간에 관해 "이의신청을 거친 후 심사청구 또는 심판청구를 하고자 할 때는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 하고, 행정소송은 행정소송법 제20조의 규정에 불구하고 심사청구 또는 심판청구에 대한 결정통지를 받은 날부터 90일 이내에 제기해야 한다"고 규정하고 있다.