일반지주회사의 자회사가 금융회사를 손자회사로 지배하는 행위를 금지한 독점규제법에 구멍이 뚫렸다. 정부가 법을 개정하면서 위법행위를 저지른 기업에 과징금을 산정·부과하는 기준을 누락해 과징금을 부과할 수 없게 된 것이다. 이는 경제계에 큰 영향을 미칠 수 있는 사안이어서 국회가 법 개정을 서둘러야 할 것으로 보인다. 서울고법 행정2부(재판장 김창보 부장판사)는 10일 SK네트웍스가 "위반행위에 대한 과징금 산정·부과 기준이 독점규제법에 없다"며 공정거래위원회를 상대로 낸 시정명령 취소소송(2012누9019)에서 "50억 8500만원의 과징금 납부명령을 취소한다"며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "독점규제법 제8조의2 제3항3호가 일반지주회사의 자회사가 금융업을 영위하는 회사를 손자회사로 지배하는 행위를 금지하고 있고 이를 위반하는 행위에 대해 제17조4항이 과징금을 부과할 수 있도록 규정하고 있으나, 과징금을 산정·부과하기 위한 기준에 관한 근거규정이 누락돼 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "SK네트웍스의 법 위반행위에 대해 독점규제법 제16조1항에서 정한 시정명령은 가능하나, 이에 대해 과징금을 산정·부과할 수는 없다"고 지적했다. 공정위는 재판과정에서 "과징금을 산정·부과하기 위한 기준에 관한 근거규정이 법률 개정 과정에서 단순히 누락된 것에 불과하다"며 "입법연혁·입법취지·법 규정에 대한 목적론적 해석 등을 종합해 보면 헌법상 명확성의 원칙에 반하지 않는다"고 주장했다. 하지만 재판부는 "입법연혁상 과징금을 산정·부과하기 위한 기준에 관한 근거규정이 계속 존재해 오다가 법 개정시 실수로 누락됐다 해도, 이는 입법자의 실수에 불과하므로 이에 관한 책임을 사업자에게 돌릴 수는 없다"며 받아들이지 않았다. 공정위는 지난해 11월 "지주회사 SK의 자회사인 SK네트웍스가 유예기간 4년이 만료됐는데도 금융사인 SK증권을 계속 지배하고 있어 법을 위반했다"며 주식처분명령과 함께 과징금 50억 8500만원을 부과했다. SK는 2007년 지주회사로 전환함에 따라 자회사인 SK네트웍스가 금융사인 SK증권을 소유하고 있어 공정거래법의 금융 자회사 보유금지 조항에 저촉됐지만 그동안 유예기간을 적용받아왔다.

국민카드 합병과 관련해 부과된 4천억원대의 법인세를 취소해달라며 소송을 낸 국민은행이 항소심에서도 승소했다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 12일 국민은행이 "국민카드가 적립한 대손충당금을 합병 후 회계처리해 손금으로 인정받은 것은 부당회계가 아니다"라며 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누13417)에서 1심과 같이 원고승소 판결을 내렸다. 대손충당금이란 외상 매출금이나 대출금 등에서 받지 못할 것으로 예상해 장부상으로 처리하는 추산액을 말한다. 재판부는 판결문에서 "국민카드의 대손충당금 손금불산입은 부적절한 회계관리로 비난받을 여지가 크기는 하지만, 세법상 명시적으로 규정돼 있는 납세자의 선택권을 박탈할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "법인세법 제34조1항은 결산상 대손충당금의 적립여부를 납세자가 선택하도록 규정했다"며 "세법 규정에 저촉되지 않는 이상 납세자가 세무상 유리한 방향으로 세법 규정을 적용해 세무 조정 및 신고를 하는 것은 허용되고, 명시적인 조항이 있는 경우 납세자의 선택은 더욱 존중돼야 한다"고 지적했다. 재판부는 또 "2003년 카드사태로 총체적인 경제위기 문제가 대두되자 정부는 은행들에게 계열 카드사를 재편해 조기정상화를 추진할 것을 요구했다"며 "국민은행은 국민카드의 부실채권을 인수해 카드 사업을 지속했다는 점에서 합병 전 국민카드의 사업에서 발생한 손실에 대해 국민은행이 손금을 인정받는 것을 심히 부당하다고 단정하기도 어렵다"고 설명했다. 국민은행은 지난 2003년 9월 국민카드와의 흡수합병 과정에서 국민카드의 대손충당금 9320억원을 국민은행의 손금으로 회계처리해 법인세 신고를 했다. 이후 세무당국이 '회사 손실을 과장해 조세 부담을 부당하게 감소시켰다'며 법인세 4118억원을 부과하자 2010년 6월 소송을 내 1심에서 승소판결을 받았다.

수입 외제차의 정상 거래가격을 산출하기 위해 의류와 화장품의 수입 거래를 비교 대상 거래로 선정한 것은 위법하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 하종대 부장판사)는 1일 독일제 벤츠 차량 수입 도매업체인 M사가 서울 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분취소소송(2011구합4701)에서 원고일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "수입 차량과 비교 대상 회사의 의류, 화장품 등은 그 재화의 종류가 다를 뿐만 아니라 가격, 내구성, 유통단계 등에 있어서도 큰 차이가 있어 비슷한 거래라고 할 수 없기 때문에 비교 대상 거래로 의류와 화장품 등의 거래를 선정해 산정한 법인세 부과처분은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 "정상 가격 산출을 위한 비교 대상 거래 선정은 재화의 종류, 거래 단계, 거래 수량, 계약 조건, 거래 시기, 판매자 또는 구매자가 수행하는 기능, 부담하는 위험, 사용하는 무형자산, 사업 전략, 시장 진입 시기, 정부 규제, 시장 상황 등을 검토해야 한다"고 설명했다. M사는 영업 초기인 2003년 사업연도에 약 3억9900만원의 당기순손실을 입었으나, 2004년부터 2009년 사업연도에는 꾸준하게 42억원 이상의 당기순이익을 얻었다. 역삼세무서는 M사가 2003년 사업연도에 손실을 입은 이유는 벤츠를 고가로 매입했기 때문이라고 판단하고, 새로운 정상 거래가격을 산출한 다음 법인세 25억1395만원 등을 부과했다. 하지만 M사는 세무서가 정상가격을 이탈리아 명품 의류브랜드인 막스마라와 화장품을 수입하는 K사 등의 평균 거래 순이익률의 중위값을 기초로 산정하자 "비교 대상 거래 선정이 잘못됐다" 등의 이유로 소송을 냈다.

금괴 수출업체들이 세금을 포탈할 목적으로 금괴 변칙유통을 하고 최종적으로 적법한 세금계산서를 제출했어도 국가는 변칙유통 단계에서 발생한 세금을 징수할 수 있다는 대법원판결이 나왔다. 그동안 금지금 변칙유통과 관련해 업체들에 과세가 가능하다는 판결과 그렇지 않다는 판결이 각급 법원에서 엇갈려왔으나 이번 대법원판결로 논란은 정리됐다. 국가는 현재 진행 중인 금지금(金地金:순도 99.5% 이상 금괴) 세금관련소송과 행정심판 중인 사건까지 포함해 5,790여억원 정도의 부가가치세를 업체들로부터 받아낼 수 있을 전망이다. 대법원 전원합의체(주심 양승태 대법관)는 부가가치세법상 금지금 수출에는 세금이 부과되지 않는 것을 악용해온 A금괴 수출업체가 세무서로부터 과세를 당하자 종로세무서장을 상대로 낸 부가가치세등 부과처분취소 소송 상고심(☞2009두13474)에서 원고 일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 20일 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비춰 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래되는 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 금지금을 단기간 내에 매입·수출하면서 매매차익을 누린 것은 그 전 단계의 악의적 사업자가 세액을 포탈해 이를 이윤으로 삼을 의도하에 금지금을 시가보다 낮은 가격으로 공급하면서 매출세액을 포탈하는 부정거래를 했기 때문"이라며 "원고가 금지금을 수출해 판로를 확보해주지 않고서는 악의적 사업자의 부정거래가 원칙적으로 불가능하므로 이들은 상호 의존관계에 있다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "악의적 사업자가 세액을 포탈하는 상황에서 원고의 환급주장을 허용하면 국가는 부득이 다른 조세수입으로 그 환급을 실시할 수밖에 없으므로 이는 국고의 유출에 해당하기 때문에 원고의 환급주장은 국세기본법상 신의성실의 원칙에 반해 허용될 수 없다"고 판단했다. 반면 전수안 대법관은 "사업자는 적법한 세금계산서의 수취를 완결적 요건으로 해 매입세액을 공제받을 수 있고 그 거래상대방이 부가가치세신고를 했는지, 신고세액을 납부했는지 여부를 묻지 않으므로 사업자가 적법한 세금계산서를 수취한 이상 국고의 손실이 초래된다는 이유로 매입세액 공제·환급을 제한해서는 안된다"며 반대의견을 냈다. 정부측을 대리해 직접 소송에 나선 구충서 정부법무공단 변호사실장은 "이번 판결로 금괴 수출업자들에게 약 447억원의 부정환급금이 즉시 환급되는 사태가 방지됐고 금지금 변칙거래 및 이를 모방한 알루미늄괴 등의 사기적 거래에 대해 약 3조원 상당을 과세할 수 있는 법적근거도 마련됐다"고 말했다.

3채 이상의 주택을 보유한 사람에게 양도소득세를 중과세하도록 규정한 소득세법 규정은 합헌이라는 헌재결정이 나왔다. 이번 결정으로 참여정부 당시 수도권 아파트의 가격상승을 막기 위해 도입된 양도소득세법을 두고 빚어진 위헌논란은 종지부를 찍었다. 헌법재판소는 주택 6채를 보유하고 있던 윤모씨가 "1세대가 3주택 이상의 주택을 보유한 경우 목적을 묻지 않고 장기보유특별공제를 배제, 60%의 양도소득세를 부과한 것은 평등권을 침해한다"며 낸 헌법소원(☞2009헌바67)을 지난달 28일 재판관 전원일치 의견으로 기각했다. 헌재는 결정문에서 "소득세법 관련 조항은 입법자가 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 주택소유를 억제해 주택가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위해 사실상 1세대 3주택 이상의 주택소유를 억제할 수 있는 정도의 세율을 정하고 그것도 과세구간에 따른 누진세율이 아니라 고율의 단일세율을 정한 것이라 침해의 최소성을 벗어나지 않았다"고 밝혔다. 헌재는 이어 "이 사건 장기보유특별공제 배제조항에 의해 예외적인 상황이라면 부칙조항이 정한 유예기간 내에 주택을 양도함으로써 1세대 3주택 이상의 요건을 피할 수 있는 길이 열려 있어 장기보유특별공제 배제조항으로 인해 명목소득만이 발생하고 실질소득이 없는 경우에도 양도소득세를 부담할 수 있다는 사정만으로는 침해의 최소성 원칙을 벗어났다고 볼 수 없다"고 판단했다. 헌재는 또 "1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제, 일반 양도소득세율 제도가 변함없이 존속될 것이라는 청구인의 신뢰는 헌법상 특별히 보호해야 할 가치나 필요성이 있는 것이라고 보기 어렵다"고 덧붙였다. 주택 6채를 보유하고 있던 윤씨는 2007년1월께 서울 송파구 A아파트를 16억원에 매도했다. 윤씨는 1세대 3주택자에 해당하는 세율의 양도소득세 8억9,000여만원을 세금으로 신고하면서 그 중 7,000만원을 납부했다. 그러나 이듬해인 2008년7월 삼성세무서에 "1세대 3주택자에게 양도소득세를 중과세하도록 규정한 것은 헌법상 무효"라고 주장하며 양도세를 3억6,000여만원으로 낮춰달라고 청구했으나 거부당하자 같은해 12월 행정법원에 소송을 제기했다. 윤씨는 재판부에 소득세법 관련조항이 위헌이라며 위헌제청을 신청했으나 거부당하자 직접 헌재에 헌법소원을 냈다.

제주시는 대한주택공사가 공공임대아파트를 건설하기 위해 취득한 토지에 부과한 취득세와 등록세를 취소하라는 법원의 판결이 나왔다. 광주고법 제주행정부(재판장 박흥대 법원장)는 대한주택공사가 "주택종합계획에 따라 공공임대아파트를 건설하기 위해 취득한 토지에 과세를 한 것은 부당하다"며 제주시장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소소송 항소심(2010누100)에서 원고승소 판결했다고 6일 밝혔다. 재판부는 "원고가 제1, 2토지를 취득한 것은 지방세법 제289조 제1항의 '국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위해 일시 취득한 것'에 해당하지 않는다"는 피고의 주장에 대해 "'2007년도 주택종합계획'은 구 주택법 제7조 제1, 2항의 주택종합계획 수립·시행에 따라 수립한 것이며, 지방세법 제289조 제1항의 '공급'은 반드시 소유권 이전을 전제로 하는 개념은 아니며 공공임대주택을 건설하기 위해 토지를 취득한 경우에도 제3자에게 공급할 목적으로 취득한 경우에 해당한다"며 과세처분은 위법하다고 판시했다. 또 2008년도 사업부지였던 제2토지에 대해 재판부는 "원래 2008년도 사업부지였던 제2토지는 제1, 2토지 모두 하귀1지구 도시개발사업시행지구 내에 서로 인접해 있어 사실상 같은 사업이며, '2007년도 주택건설사업계획'에도 단순히 '하귀1지구'라고 표시가 됐을 뿐 제1, 2토지를 구별짓지 않고 있다"고 설명했다. 대한주택공사는 정부의 임대주택 공급 확대방안에 따라 하귀1지구 도시개발사업 시행지구에 공공임대주택을 건설하기로 하고 제1, 2토지를 매수했다. 주택공사는 2009년 토지에 대한 소유권이전등기신청하며 토지 취득이 국가 계획에 따른 사업이므로 세금을 면제해줄 것을 요청했으나 제주시가 과세하자 이에 소송을 냈다.

헌법재판소가 종합부동산세법 자체에 대해서는 입법목적의 정당성을 인정하면서도 핵심조항을 헌법에 어긋난다고 판단함에 따라 종부세제도가 사실상 유명무실해졌다. ◇ 주요 쟁점 2가지 위헌, 헌법불합치= 종부세의 위력을 유지시키는 큰 축인 세대별 합산조항은 위헌결정이 나 곧바로 효력을 상실했다. 재판부는 “세대별 합산규정은 조세회피를 방지하고자 하는 것으로 그 입법목적의 정당성은 수긍할 수 있다”면서도 “정당한 증여의사에 따라 가족간에 소유권을 이전하는 것도 국민의 권리에 속하는 것이며, 이미 헌법재판소는 자산소득에 대해 부부간 합산과세에 대해 위헌을 선언한 바 있다(2001헌바82)”고 밝혔다. 재판부는 이어 “조세회피의 방지 등 공익은 입법정책상의 법익인데 반해 혼인과 가족생활의 보호는 헌법적 가치라는 것을 고려할 때 법익균형성도 인정하기 어렵다”고 지적했다. 또 1주택 장기보유자에 대한 세금부과에 대해서도 헌법불합치 결정이 내려져 종부세 부과 폭은 더욱 좁아지게 됐다. 다만 주택분 종합부동산세 부과규정은 2009년 12월31일을 기한으로 개선입법이 이루어질 때까지 잠정 적용된다. 재판부는 “주거목적으로 한 채의 주택만을 보유한 자 중 조세지불능력이 거의 없는 자 등에 대해서는 그 보유의 동기나 기간, 조세지불능력 등과 같이 정책적 과세의 필요성 등을 고려해 납세의무자의 예외를 두거나 세율을 조정해야 한다”고 판단했다. 이에 대해 목영준 재판관은 “납세의무자의 주관적 요소에 따라 납세의무자 여부와 적용세율을 달리하는 것은 재산세의 성격에 비추어 타당하지 않다”면서도 “과세표준에 대한 조정장치를 마련하지 않은 것은 헌법상 과잉금지 원칙에 위반해 주택장기보유자의 재산권을 침해한 것”이라고 일부 헌법불합치 의견을 냈다. 반면 조대현 재판관은 “1주택의 경우에 일률적으로 과세하는 것이 헌법에 위반된다고 볼 수 없고, 세대별 합산과세제도는 세대원들의 소유명의 분산을 통한 조세회피행위를 방지해 종부세 부담의 실질적 공평을 도모하려는 것이므로 합헌”이라고 의견을 밝혔다. 김종대 재판관도 “주택의 사용은 세대를 이루어 사는 가족들의 공동주거로 쓰이는 특수성이 있다”며 “과세단위에 관한 논리상의 결함도 없고, 1주택 보유자에 대한 과세예외조항에 관해서도 입법재량의 한계를 일탈했다고 보기 어렵다”고 합헌의견을 밝혔다. ◇ 헌법상 쟁점 합헌, 기본권 침해도 인정 안돼= 미실현 이득에 대한 과세 및 원본잠식의 문제나 이중과세 문제 등은 모두 합헌결정이 내려졌다. 재판부는 “재산세와 동일한 과세대상 부동산이더라도 지방자치단체에서 재산세로 과세되는 부분과 국가에서 종합부동산세로 과세되는 부분이 서로 나뉘어져 재산세를 납부한 부분에 대해 다시 종부세를 납부하는 것이 아니다”라며 “양도소득세 사이에서는 각각 그 과세의 목적 또는 과세물건을 달리하는 것이므로 이중과세의 문제는 발생하지 않는다”고 밝혔다. 재판부는 또 “종부세가 일부 수익세적 성격이 있더라도 미실현 이득에 대한 과세의 문제가 전면적으로 드러난다고 보기 어렵고, 원본인 부동산가액의 일부가 잠식되는 경우가 있더라도 곧바로 위헌이라 할 수 없다”며 “입법정책상 종부세를 국세로 규정했다고 해서 자치재정권의 본질을 훼손하는 것이라고 보기 어렵다”고 설명했다. 평등권·거주이전의 자유·생존권 침해 등도 인정하지 않았다. 헌재는 거주이전의 자유가 사실상 제약당할 여지는 있지만 재산권에 대한 제한이 수반하는 반사적인 불이익에 지나지 않는다고 판단했고, 종부세 과세대상 주택 등의 가액에 비추어 보면 종부세 납세의무자는 최소한의 물질적인 생활을 유지할 수 있는 지위에 있으므로 생존권 등을 침해한다고 보기 어렵다고 덧붙였다. ◇ 논란 계속될 듯= 헌재의 결정으로 후속입법 수위를 놓고 공방이 벌어질 것으로 보인다. 특히 강만수 기획재정부 장관의 ‘헌재 접촉’및 ‘위헌예상’발언을 놓고 국회의 진상조사가 진행중인 가운데 강 장관의 예상대로 세대별 합산조항에 대해 위헌결정이 나와 종부세 논란은 계속 될 것으로 보인다. 또 1주택 장기보유자는 2009년까지 종부세가 잠정적용이 되기 때문에 환급은 받지 못하지만 앞으로 감세 등을 담은 세부안이 나올지 관심이 모아지고 있다. 종부세 환급 등과 관련한 경정청구도 잇따를 것으로 보인다. 정부는 올해부터 인별합산 방식으로 종부세를 부과하고 가구별 합산으로 걷은 종부세는 12월 15일 이전에 돌려주는 내용을 담은 후속조치를 14일 내놓으면서 환급 수혜자에 새로 제시하는 경정신청서와 계좌만 적어 신청하면 돌려받을 수 있다고 밝혔다. 그러나 자진신고를 하지 않은 납세자들은 경정청구를 할 수 없어 구제책이 마련될지도 주목된다. 한편 정부의 정책에 따른 입법이 위헌결정을 받으면서 혼란이 생길 수 있어 입법이 신중하게 이루어져야 한다는 지적도 힘을 얻고있다. 종부세와 비슷한 맥락에서 진행됐던 노태우 전정권의 토지공개념 도입작업은 1990년에 도입됐으나 택지소유상한에 관한 법률과 토지초과이득세법이 결국 위헌결정을 받았었다.

헌법재판소가 13일 오후2시 대심판정에서 종합부동산세(종부세)에 대한 헌법소원사건 등을 선고한다고 3일 밝혔다. 헌재는 그동안 강남구 주민 등이 낸 헌법소원사건과 올 4월 서울행정법원이 종부세의 세대별 합산조항에 대해 위헌제청한 사건(2006헌바112, 2008헌가12 등) 등 모두 7건을 심리해왔다. 종부세 위헌소송 사건에서는 세대별로 합산한 부동산의 금액을 과세기준금액으로 정하게 한 조항과 1가구 1주택 장기보유자에 대해서도 같은 종부세가 부과되는 점 등이 큰 쟁점이다. 앞서 헌법재판소 전원재판부는 지난 9월 종부세 부과의 위헌성 여부를 두고 공개변론을 벌이기도 했다. 공개변론에서 청구인들은 종합부동산세 부과는 재산권 침해라고 주장했고, 정부측은 부동산 가격을 안정시키기 위한 합법적인 세제라고 맞섰다. 그러나 정부는 지난달 입장을 바꿔 '조세원칙에 맞지 않는 종부세를 정상화 할 필요가 있다'는 내용을 담은 위헌취지의 의견서를 제출해 정부측의 입장 번복이 선고에 영향을 줄지도 관심이 모아지고있다.

종합부동산세 부과를 둘러싼 논란이 헌법재판소에서 불붙었다. 헌법재판소 전원재판부는 18일 강남구 주민 등이 낸 헌법소원사건과 서울행정법원이 세대별 합산조항에 대해 위헌제청한 사건 등 7건의 종부세사건(2006헌바112, 2008헌가12 등)에 대해 공개변론을 열었다. 이날 변론에는 청구인측 대리를 맡은 민한홍·전정구 변호사와 이전오 성균관대 교수가 참고인으로 나왔으며, 국세청 등 정부측을 대리하고 있는 서규영·이선희·손호철 변호사와 안경봉 국민대 교수가 참고인으로 나와 찬반양론을 펼쳤다. 부동산 투기억제 등을 위한 종합부동산세는 2005년 공시가격 9억원 초과주택, 공시지가 6억원 초과 나대지 등에 부과하도록 제정돼 시행됐다. 2006년부터는 부과대상이 확대되고 과세방법도 개인별 합산에서 가구별로 합산하도록 개정됐다. 그러자 청구인들은 종합부동산세 부과는 재산권 침해라고 주장하며 헌법소원을 제기했고, 정부측은 부동산가격을 안정시키기 위한 합법적인 세제라고 맞서고 있다. 이날 가장 큰 쟁점은 세대별 합산조항과 종부세가 미실현 이득에 대한 이중과세인지 등의 여부다. 또 투기와 관계 없는 1가구 1주택 장기보유자에 대해서도 똑같이 종부세를 부과하는 것의 정당성에 대해서도 양측이 격돌했다. 부동산에 대한 세금은 국세가 아닌 지방세로 해야한다는 주장과 이는 단지 입법정책에 따라 판단해야 한다는 반론도 이어졌다. 청구인측 전정구 변호사는 모두변론을 통해 “종부세는 미실현이득에 대한 과세, 이중과세 금지원칙 위반 등 헌법상의 재산권보호를 위반한 것”이라고 주장했다. 민한홍 변호사는 “종부세를 1년에 3,000만원을 내야한다고 하면 한달에 월세 250만원을 내는 것과 마찬가지”라며 “국민들에게 국가의 재산에 세들어 살게한다는 비참한 마음을 가지게 한다”는 다소 독특한 주장을 내놓기도 했다. 이에 대해 정부측 대리를 맡은 정부법무공단의 서규영 변호사는 “종부세는 토지의 공공재적인 성격을 강화해 보유세를 현실화한 것에 불과하다”며 “종부세는 고가주택 보유자에게 부과되는 세금이므로 인간다운 생활을 할 권리를 침해했다고 보기 어렵다”고 덧붙였다. 세대별 합산조항에 대한 논의도 뜨거운 쟁점으로 떠올랐다. 이전오 성균관대 교수는 “2002년 헌재에서는 자산소득의 부부합산과세에 대해 위헌결정을 내린 바 있었고 이번 세대별 합산도 그 연장선상에서 봐야한다”며 “조세회피는 과징금이나 증여세 등 다른 방침으로도 얼마든지 막을 수 있다”고 강조했다. 반면 서 변호사는 “종부세법 제정 당시 세대 구성원간 증여사례가 눈에 띄게 증가해 2006년도에 세대별 합산과세를 도입한 것”이라며 “혼인한 자에 대해 사회관념에 위배되지 않는 합리적인 차별은 인정될 수 있고 세대별 합산은 자산분배를 통한 조세회피방지에 실효적인 방안”이라고 강조했다. 1가구 1주택 장기보유자에 대한 형평성 문제도 거론됐다. 청구인측 민 변호사는 “종부세는 1가구 1주택자, 특히 다른 재산이 없는 노년층 및 장기 보유자 등에 대해서도 세금을 부과하고 있다”며 “주택은 인간생활을 위한 필수품이고 이를 가지고 있는 1가구 1주택자를 투기자로 볼 수 없고 이는 헌법이 정한 구체적 평등에 어긋난다”고 밝혔다. 서 변호사는 “종합부동산세 제도라고 하는 전체 시스템을 놓고 봤을 때 1가구 1주택에 대한 특별한 보호는 입법목적달성에 지장이 생길 수 있다”며 “또 1가구 1주택 보호 필요성 있다고 해서 30~40억 하는 주택 소유자에게도 특별한 보호를 허용하는 것이 헌법적으로 옳은지 의문”이라고 반박했다.

세대별로 합산한 부동산의 금액을 과세기준금액으로 정하게 돼 있는 종합부동산법 규정에 대해 법원이 위헌법률심판을 제청했다. 종부세 관련 조항에 대해 법원이 위헌법률심판제청을 한 것은 이번이 처음으로 헌법재판소의 최종 판단이 주목된다. 서울행정법원 행정5부(재판장 김의환 부장판사)는 17일 "세대별 합산조항은 독신생활자 등과 비교해 지나치게 불리하다"며 지난 2006년 종부세 2,885만원을 부과받은 서울강남구 주민 이모씨가 낸 위헌법률심판제청신청(☞2007아1573)을 받아들였다. 재판부는 결정문에서 "'세대별 합산' 규정 때문에 결혼 등으로 가족을 구성한 세대는 새로 종부세 과세대상이 되는 등 독신, 이혼한 부부, 사실혼 관계의 부부 등에 비해 상당한 조세상 불이익을 입고 누진세율 구조상 그 불이익은 더 커지게 된다"면서 "이 규정으로 인해 혼인한 부부 및 세대원에게 가해지는 기본권 침해는 이를 통해 달성하고자 하는 부동산투기방지 등 공익에 비해 훨씬 크다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "부동산 보유에 대한 과세의 경우 미국은 개인별로 과세하고 있고 영국, 일본을 비롯한 외국도 단순합산이 아니라 가족할당을 하는 등 혼인으로 인해 불합리한 차별이 생기지 않도록 충분한 배려를 하고 있다"며 "그러나 우리나라의 경우 그러한 제도를 마련하지 않은 점에서 혼인과 가족에 대한 자유권을 보장하는 헌법 제36조1항을 위반했다"고 덧붙였다. 이씨는 본인과 부인 명의로 공시가격 9억5,300만원의 아파트와 아들 명의인 3억6,500만원 상당의 아파트 한 채 등 22억7,100만원의 주택과 31억원에 이르는 토지를 보유하고 있으면서 신고기한인 2006년12월까지 종부세를 납부하지 않아 역삼세무서로부터 세대별 합산규정이 적용된 종합부동산세 2,885만원을 부과받았다. 이씨는 세무서를 상대로 종합부동산세 취소소송을 제기하면서 위헌법률심판 제청신청도 함께 했다. 참여정부는 부동산 가격안정과 고액부동산 소유자에 대한 조세 형평성 차원에서 지난 2005년 종합부동산세법을 제정·시행해 오다 부동산 가격이 불안정하다고 판단, '8.31 부동산 종합대책'의 일환으로 세대별 합산규정을 신설했었다.