토지거래허가구역에 있는 토지를 관청의 허가 없이 매수한 다음 제3자에게 전매하고 소유권이전등기를 최초 매도인에게서 곧바로 최종 매수인으로 마친 경우 중간 매도인이 양도차익을 얻었다면 양도소득세를 내야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이번 판결로 토지거래허가구역의 토지거래계약이 허가를 받지 않아 무효 상태에 있다면 매매대금이 지급됐더라도 이를 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없다고 판시한 종전 대법원 판결(98두5811등)은 모두 변경됐다. 대법원 전원합의체(주심 김능환 대법관)는 21일 송모(71)씨가 평택세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소청구소송 상고심(☞2010두23644)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "매매 등 계약이 법률상 무효라는 이유로 매도인 등이 얻은 양도차익에 대해 양도소득세를 과세할 수 없다고 보는 것은 과세 없는 양도차익을 향유하게 하는 결과가 돼 조세정의와 형평에 어긋난다"고 밝혔다. 이어 "토지거래허가구역 내의 토지를 매도했으면서 매매가 아닌 증여가 이뤄진 것처럼 꾸며 이전등기를 마친 경우 또는 거래허가를 받지 않고 이전등기를 마치지도 않은 채 토지를 제3자에게 전매해 대금을 수수하고서도 최초 매도인이 제3자에게 직접 매도한 것처럼 계약서를 작성해 이전등기를 마친 경우 등에는 중간의 매도인 등에게 자산양도로 인한 소득이 있다고 봐야 하고 이는 양도소득세 과세대상이 된다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "원심이 이 사건 매매계약과 전매계약이 무효인 이상 양도소득세 부과대상인 자산의 양도가 있다거나 자산양도로 인한 소득이 있다고 볼 수 없다는 이유로 세금부과처분이 위법하다고 단정한 것은 잘못"이라고 지적했다. 반면, 박시환·김지형·전수안·차한성·이인복·이상훈 대법관은 "토지거래허가구역 내의 토지에 관한 매매계약이 처음부터 허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 이뤄진 경우에는 확정적으로 무효이며, 매매계약이 무효인 이상 그 매매대금이 양도인에게 지급됐더라도 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없다"며 반대의견을 냈다. 송씨는 2005년 4월께 황모씨로부터 서울 강남구 토지거래허가구역 안에 있는 토지를 20억여원에 산 직후 권모씨 등 7명에게 27억여원을 받고 전매한 뒤 황씨와 권씨 등을 직접 당사자로 하는 토지거래허가를 받아 권씨 등의 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 송씨는 2009년 평택세무서가 "최종 매수인들에게 토지를 전매한 것은 사실상 유상양도에 해당하므로 양도소득세 부과대상이 된다"며 6억6000여만원의 양도소득세를 부과하자 소송을 냈다. 1,2심은 모두 "허가받지 않은 거래는 무효이므로 과세대상에 해당하지 않는다"며 원고승소 판결했다. 대법원 관계자는 "토지거래허가구역 내에서 당사자가 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 계약을 체결해 매도인 등이 매매대금을 수수하고 최종 매수인에게 이전등기를 마친 결과 그 경제적 이익이 매도인에게 귀속돼 있는데도 불구하고 매도인에게 양도소득세를 부과할 수 없는 부당한 결과를 시정함으로써 조세정의 실현에 기여한 판결"이라고 의미를 설명했다. 토지거래허가제도는 특정 토지에서 투기거래가 성행하거나, 그러한 가능성이 있는 지역, 지가가 급격히 상승하거나 상승할 우려가 있는 지역을 토지거래허가구역으로 지정해 계약 전에 허가를 받고 거래하도록 하는 제도다. 따라서 이 구역의 토지를 계약하려면 사전에 시장, 군수, 구청장으로부터 토지거래계약허가를 받아야 한다.

주유소 토지에 대한 과세 여부를 판단할 때는 주유소 건물과 터널식 세차기 등 부속시설의 시가표준액을 기준으로 별도 합산하거나 종합 합산해야 한다는 첫 판결이 나왔다. 구 지방세법 제182조와 법시행령 제131조의2는 건축물의 시가표준액이 부속토지의 시가표준액의 3% 이상이면 부속 토지가 재산세 별도합산과세대상이 된다고 규정하고 있다. 반면 3% 미만이면 부속 토지는 종합합산과세대상이 돼 중과세된다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 13일 S회사가 서울 마포구청장을 상대로 제기한 재산세등부과처분취소소송(2011구합4145)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 "시설물과 주유소 건축물을 합친 시가표준액이 부속토지의 시가표준액에서 차지하는 비율이 3%를 넘으므로 주유소 토지를 종합합산과세대상으로 한 부과처분은 위법하다"고 지적했다. 재판부는 터널식 세차기에 대해 "건축법과 그 시행령이 기계식 세차설비가 주유소에 포함된다고 규정하고 있는 만큼 지방세법상 시가표준액 계상대상인 건물에 부수하는 시설물에 해당한다"고 밝혔다. 이어 주유소의 특수방화벽과 콘크리트바닥에 대해서도 "화재가 난 경우 불이 번지는 것을 방지하기 위한 것으로 사회통념상 주유소와 일체가 돼 경제적 효과를 증가시키는 시설물로 봐야 하므로 시가표준액 계상대상인 건축물에 해당한다"고 설명했다. 또 주유소 배관에 대해서는 주유소 지하에 설치된 저유조와 주유기를 연결하기 위해 설치된 시설이라는 이유로, 폐수처리시설은 세차장에서 발생하는 폐수를 저장한 다음 일부는 재사용하고 일부는 방류시키는 설비라는 이유로 각각 '지방세법상 시가표준액 계상대상인 저장시설과 이에 부수되는 시설'에 해당된다고 판단했다. 마포구청은 2006년부터 2009년까지 S회사가 소유한 주유소의 부속 토지가 별도합산과세대상에 해당한다고 보고 재산세 및 지방교육세를 부과해왔다. 하지만 지난 2009년 구청은 주유소 건물의 시가표준액이 토지 시가표준액의 3%에 미치지 못하므로 토지가 종합합산과세대상에 해당한다는 이유로 재산세 및 지방교육세 8257만 원을 추가로 부과했다. 이에 S회사는 조세심판원에 심판을 청구했지만 일부만 감액되자 소송을 냈다.

기업의 주요업종이 변경된 후 3년이 지났더라도 정상적 매출발생기간이 3년 미만이라면 증여세 과세의 기준이 되는 비상장주식의 가치를 최근 3년간 순손익액의 가중평균액으로 산정해서는 안 된다는 법원판결이 나왔다. 업종의 변화가 있은 후 단기간에 높은 소득이 발생했더라도 이는 정상적인 매출이라고 보기 어려워 감정 등의 방법에 의해 주식가치를 평가해 증여세를 부과하는 것이 합리적이라는 이유에서다. 서울고법 행정1부(재판장 김창석 부장판사)는 최근 친·인척 등으로부터 A사의 비상장주식을 저가로 인수 또는 증여받은 후 거액의 증여세부과처분을 받은 B씨 등 4명이 성남세무서장 등을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송 항소심(2010누20951)에서 "과세관청의 증여세부과가 적법하다"는 1심을 깨고 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "구 상속세법 및 증여세법시행령 제54조와 제56조는 비상장주식 증여시 증여세 과세산정의 기준인 비상장주식 1주당 가액을 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'을 '순손익가치환원율'로 나눈 금액으로 계산토록 하면서 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'은 원칙적으로 각 연도별 순손익액을 중심으로 일정산식에 의해 계산토록 하고 있지만 '주요업종에 있어서 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우' 등 재정경제부령(동법 시행규칙)이 정하는 예외적인 경우에는 회계법인 등의 감정평가액을 기준으로 산정토록 하고 있다"며 "'주요업종에서 매출발생기간이 3년 미만인 경우'를 '법인설립 후의 전 사업기간 중 매출발생기간이 3년 미만인 경우'로 해석한다고 하더라도 동법 시행규칙이 '평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병·분할·증자 또는 감자를 했거나 주요 업종이 바뀐 경우'까지도 원칙적 계산방법에 의해 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 평가하는 것이 불합리한 예외적인 경우로 규정하고 있는 점 등을 고려할 때 '주요 업종이 바뀐 경우 그 후의 사업기간 중 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우'도 '주요업종에서 매출발생기간이 3년 미만인 경우'에 포함된다고 해석해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "A사는 금융업을 주된 사업목적으로 운영하다 지난 1999년5월 주택건설업 등으로 주된 사업목적을 변경했고, 사업목적이 변경되기 전인 1998년도 매출액은 2,400여만원이었으나 사업목적이 변경된 후인 1999년~2001년도까지는 매출액이 전혀 없다가 2002년과 2003년도에 매출액이 각 5,100만원, 5억2,300백만원인 사실을 인정할 수 있는데 이는 이 사건 주식거래일(저가인수·증여일)인 2004년10월을 기준으로 주요업종에 있어서 매출발생기간이 3년 미만인 경우에 해당한다 할 것이므로 이 사건 주식 1주당 최근 3년간의 순손익액을 구 시행령 제56조1항1호의 산식에 따라 산정해 부과한 것은 위법하다"고 판단했다. 서울지방국세청은 2008년10월 A사에 대한 주식이동 조사결과 B씨 등이 친·인척 등으로부터 A사 비상장주식을 시가보다 낮은 가액으로 인수한 것을 발견하고 증여의제규정을 적용, 주식 1주당 평가액을 1만4,495원으로 산정한 과세자료를 성남세무서장 등에게 통보했고, 이에따라 B씨 등 4명에게 모두 7억1,600여만원의 증여세부과처분이 내려졌다. B씨 등은 "2003년 매출액이 급증한 것은 주택건설추진을 위해 구입했던 토지일부가 도로부지로 편입돼 이를 모두 매각하면서 얻은 양도차익 때문으로 이는 비정상적으로 순손익액이 증가한 때에 해당한다"며 소송을 냈다. 하지만, 1심은 "증여세부과가 적법하다"며 원고패소 판결했다(2010구합1569). 성남세무서장 등은 항소심 판결에 불복, 대법원에 상고했다.

회원제 골프장의 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 보고 세금을 부과한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 부산지법 행정1부(재판장 고규정 부장판사)는 4일 골프장을 운영하는 A사가 "골프장 내 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 분류해 과세한 것은 부당하다"며 양산세무서를 상대로 낸 종합부동산세등 취소소송(☞2008구합1055)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "대중골프장과 다른 차별화를 시도해 개방형이 아닌 폐쇄형으로 운영되면서 체육기회 제공 외에 재산으로 인식되고 있는 회원제 골프장의 특성과 원형보전임야는 골프장과 임야를 차단하는 역할을 하고 있어 일반인이 아닌 골프장 이용자만이 접근할 수 있는 점 등을 고려하면 수익이 창출되는 운동시설용 토지 등과 동일하고 골프장사업과 무관한 '골프장에 연접한 단순임야'와는 본질적으로 다르다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "골프장의 원형보전임야에 대한 종합부동산세의 부담이 크지만, 경제적 부담을 감수하더라도 골프장을 취득해 사업을 운영할 것인가는 경제적 선택의 문제이지 골프장업의 운영을 법률적으로나 사실상으로 금지하는 것은 아니다"라고 설명했다. A사는 경남 양산시에서 회원제 골프장을 운영해왔다. 2006년12월 A사는 골프장 내 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 분류해 종합부동산세 4억5,400여만원과 농어촌특별세 9,100여만원을 납부했다. 2007년6월 A사는 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 분류한 종합부동산세법과 구 지방세법은 조세평등의 원칙과 직업선택의 자유를 침해하는 위헌적인 규정이라며 세금을 환급해달라고 세무서에 청구했으나 거부당하자 소송을 제기했다.

수분양자들에게 아파트 전유부분에 대한 소유권이전등기가 완료되고 전유부분이 인도됐다면 아파트 신축 시행자가 아파트의 대지부분 소유권을 가지고 있더라도 이에 대해 종합부동산세를 부과해선 안 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 지난 4일 A시행사가 서울 역삼세무서장을 상대로 제기한 종합부동산세부과처분취소 소송(2010구합33351)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "종합부동산세법이 재산세의 납부의무자로 규정하고 있는 재산의 '사실상 소유자'라 함은 공부상 소유자로 등재된 여부를 불문하고 당해 재산에 대한 실질적인 소유권을 가진 자를 말한다(대법원 2005두15045)"며 "원고는 아파트 전유부분의 소유권을 취득한 수분양자들에게 그 대지지분의 소유권이전등기를 마쳐줄 지위에 있을 뿐 토지를 사실상 사용·수익·처분할 수 있는 권한을 가지고 있다고 할 수 없다"고 판단했다. 대전 용운동 일대에서 아파트 주택건설사업을 추진하던 A시행사는 지난 2005년12월 자금운용상의 어려움 등으로 도산했다. 이후 A사로부터 아파트 주택건설사업을 이어받은 대한주택보증은 아파트를 완공한 뒤 수분양자들에게 건물 전유부분에 대한 소유권이전등기를 해주고 인도했다. 하지만, 2008년6월 대한주택보증이 A사로부터 아파트 대지부분에 대한 소유권을 이전받아 수분양자들에게 넘겨주는 과정에서 서울 역삼세무서장은 등기부상 소유권자가 A사로 되어 있는 점 등을 근거로 토지의 사실상 소유자가 A사라며 종합부동산세 1억3,000여만원을 부과했다. 이에 A사는 "해당 토지가 신축된 아파트의 부지로 사용되고 있어 자신은 사실상의 소유자가 아니다"며 소송을 냈다.

주유소 진출입로에 대한 도로점용료를 주유소 지가를 기준으로 산정해 부과해온 지방자치단체의 관행에 법원이 제동을 걸었다. 이에따라 지금까지 과다하게 산정된 도로점용료를 내왔던 정유업체들의 줄소송이 이어질 전망이다. 서울행정법원 행정4단독 정성완 판사는 지난 22일 국내 정유업체인 GS칼텍스가 서울 강북구청장과 도봉구청장, 동작구청장, 송파구청장을 상대로 제기한 도로점용료부과처분 무효확인소송(2010구단10566등)에서 모두 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "도로점용료의 산정기준 등 점용료의 징수에 관한 조례가 인접한 토지의 개별공시지가를 도로점용료 산정의 기준으로 삼도록 한 취지는 도로 자체의 가격산정이 용이하지 않아 인근에 있는 성격이 유사한 다른 토지의 가격을 기준으로 함으로써 합리적인 점용료를 산출하고자 하는 데 있다"며 "여기서 말하는 인접한 토지란 점용도로의 인근에 있는 토지로서 도로점용의 주된 사용목적과 동일 또는 유사한 용도로 사용되는 토지를 의미한다(대법원 2009두12730)"고 밝혔다. 재판부는 이어 "도로점용료의 산정기준이 된 원고의 토지는 주유소 부지로 사용되고 있는 반면 원고가 점용하고 있는 도로는 주유소에 출입하는 차량을 위한 진출입로로 사용되고 있다"며 "원고가 도로를 점용하는 주된 사용목적과 비교할 때 주유소 부지인 원고의 토지는 점용부분의 사용목적과 동일 또는 유사한 용도로 사용되고 있다고 할 수 없는 것이어서 도로점용료 산정의 기준토지가 될 수 없다"고 판단했다. 이번 판결에 따라 구청들로부터 유사한 도로점용료 부과처분을 받아왔던 주유소업계의 줄소송이 이어질 것으로 보인다. 주유소 부지가 아닌 인근 도로의 개별공시지가를 기준으로 도로점용료를 산정할 경우 엄청난 액수의 도로점용료를 절약할 수 있기 때문이다. 실제 강북구청이 지난 2009년1월 강북구 수유동에 있는 GS칼텍스 소유의 주유소 진출입로에 대한 도로점용료를 산정하면서 기준으로 삼은 주유소용지의 개별공시지가는 1㎡ 당 350만원이었지만 진출입로와 비슷한 용도로 쓰이는 인근 도로의 개별공시지가는 1㎡ 당 109만원에 불과하다. 이처럼 인근 도로가 산정기준 토지가 되면 이 주유소의 진출입로에 대한 도로점용료는 437여만원에서 136여만원으로 줄어들게 된다. 이 때문에 전문가들은 관련 소송이 쏟아지기 전에 도로점용료 산정기준이 되는 '인접한 토지'에 대한 명확한 가이드라인을 마련하는 것이 시급하다고 지적하고 있다. 원고측 소송대리를 맡은 소택영 변호사(사법연수원 36기)는 "이번 판결이 도로점용료 산정기준에 관한 가이드라인을 마련하는데 일조할 것으로 생각한다"고 말했다.

특정 사업을 위해 소송이 제기된 경우 소송비용 전액이 해당 사업을 시행하는 법인의 손비에 해당한다는 판결이 나왔다. 손비란 일정기간동안 기업의 생산 및 판매활동 등 이익창출과정에서 발생하는 비용으로 현행 법인세법은 손비가 발생한 부분만큼을 기업의 과세대상에서 제외하고 있다. 서울행정법원 행정2부(재판장 하종대 부장판사)는 지난 9일 부동산개발업체인 M사가 서울 종로세무서장을 상대로 낸 법인세등부과처분 취소소송(2010구합19898)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법은 손비를 법인의 사업과 관련해 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 규정하고 있다"며 "원고가 종로구청장을 상대로 제기했던 도심재개발사업시행인가처분 취소소송과 관련해 지출한 소송비용이 손비에 해당하는지 여부를 살피기 위해서는 결국 해당 소송비용이 원고의 사업과 관련해 지출된 비용인지 여부를 따져보아야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 당시 소송을 제기한 것은 재개발사업 등 원고의 목적사업을 위한 것일 뿐만 아니라 취소소송의 효익이 각 토지의 소유자들에게 미치는 것은 부수적인 것이고 주된 효익은 역시 원고에게 귀속된다고 봄이 상당하다"며 "원고가 지출한 소송비용 전부를 원고의 업무와 관련된 비용으로 봐야한다"고 판단했다. 원고측 소송대리를 맡았던 강창문(사법연수원 26기) 변호사는 "이번 판결은 법원이 사업시행과 관련된 소송의 소송비용전액을 사업을 수행하는 법인의 손비에 해당한다고 인정한 첫 사례로 향후 유사한 사건에서도 충분히 적용될 수 있을 것"이라고 의미를 강조했다. 서울 종로구 중학동 지역에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 등 부동산개발을 추진 중이던 M사는 지난 2002년 서울시가 이 지역을 도심재개발구역으로 지정하고 다른 업체를 시행자로 선정해 사업이 무산될 위기에 처하자 서울 종로구청장을 상대로 도심재개발사업시행인가처분 취소소송을 제기해 2005년 대법원으로부터 승소확정판결을 받았다. 이와관련 M사는 소송비용인 8억6,800여만원을 2002~2005 사업연도 손금에 산입해 매입세액을 공제했다. 하지만 종로세무서는 "취소소송에 따른 효익이 M사는 물론 해당 부동산개발사업 구역내에 있는 다른 토지소유자에게도 미쳐 토지소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 소송비용 역시 M사와 토지소유자인 개인이 나눠 부담해야 한다"며 소송비용 중에서 M사가 소유한 토지비율만큼만을 공제해 법인세를 부과했다. M사는 이에 불복해 소송을 냈다.

제주시는 대한주택공사가 공공임대아파트를 건설하기 위해 취득한 토지에 부과한 취득세와 등록세를 취소하라는 법원의 판결이 나왔다. 광주고법 제주행정부(재판장 박흥대 법원장)는 대한주택공사가 "주택종합계획에 따라 공공임대아파트를 건설하기 위해 취득한 토지에 과세를 한 것은 부당하다"며 제주시장을 상대로 낸 취득세등부과처분취소소송 항소심(2010누100)에서 원고승소 판결했다고 6일 밝혔다. 재판부는 "원고가 제1, 2토지를 취득한 것은 지방세법 제289조 제1항의 '국가의 계획에 따라 제3자에게 공급할 목적으로 대통령령이 정하는 사업에 사용하기 위해 일시 취득한 것'에 해당하지 않는다"는 피고의 주장에 대해 "'2007년도 주택종합계획'은 구 주택법 제7조 제1, 2항의 주택종합계획 수립·시행에 따라 수립한 것이며, 지방세법 제289조 제1항의 '공급'은 반드시 소유권 이전을 전제로 하는 개념은 아니며 공공임대주택을 건설하기 위해 토지를 취득한 경우에도 제3자에게 공급할 목적으로 취득한 경우에 해당한다"며 과세처분은 위법하다고 판시했다. 또 2008년도 사업부지였던 제2토지에 대해 재판부는 "원래 2008년도 사업부지였던 제2토지는 제1, 2토지 모두 하귀1지구 도시개발사업시행지구 내에 서로 인접해 있어 사실상 같은 사업이며, '2007년도 주택건설사업계획'에도 단순히 '하귀1지구'라고 표시가 됐을 뿐 제1, 2토지를 구별짓지 않고 있다"고 설명했다. 대한주택공사는 정부의 임대주택 공급 확대방안에 따라 하귀1지구 도시개발사업 시행지구에 공공임대주택을 건설하기로 하고 제1, 2토지를 매수했다. 주택공사는 2009년 토지에 대한 소유권이전등기신청하며 토지 취득이 국가 계획에 따른 사업이므로 세금을 면제해줄 것을 요청했으나 제주시가 과세하자 이에 소송을 냈다.

취득세 감면대상인 임대주택을 지을 목적으로 토지를 취득한 경우 2년 동안 주택을 착공하지 않았다면 취득세를 부과할 수 있다는 판결이 나왔다. 대구고법 행정1부(재판장 최우식 부장판사)는 임대주택용 토지에 대해 취득세 등 총 1억5,600여만원의 세금을 부과한 대구광역시 북구청장을 상대로 A주식회사가 낸 취득세등부과처분취소소송 항소심(☞2009누1533)에서 원심을 취소하고 "A주식회사는 감면받은 지방세를 모두 납부하라"며 원고패소 판결했다고 지난달 28일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "구 대구광역시세감면조례 제13조1항에 의해 지방세가 감면되는 것은 임대할 목적으로 건축 또는 최초로 분양받는 공동주택"이라며 "임대주택을 건설할 목적으로 그 부속토지를 우선적으로 취득하는 경우에는 토지에 대해 2년 이내에 공동주택을 착공해야만 토지가 감면대상에 해당한다"고 설명했다. 재판부는 그러므로 "2년이 경과할 때까지는 과세가 유예되는 것이며, 2년이 경과하도록 공동주택의 착공을 하지 않는 경우는 감면대상에서 제외되어 그 시점부터 취득세 등의 부과대상이 된다고 해석하는 것이 조세법률 엄격해석의 원칙에 부합한다"고 판시했다. 원심에서는 "취득세 등의 처분은 이미 감면된 지방세에 대한 추징처분이며, 감면조례 제13조나 제34조가 처분의 근거규정이라 할 수 없어 아무런 법적 근거없이 이뤄진 것으로 위법하다"며 원고승소 판결했다. A주식회사는 임대주택을 건설할 목적으로 토지를 샀으며 2002년 12월9일 대구광역시 북구청장으로부터 토지에 대한 취득세 및 등록세 전액에 대해 지방세를 감면받았다. 그런데 그후 A주식회사가 토지 취득일로부터 2년내에 공동주택을 착공하지 않자 북구청장은 이를 이유로 2008년1월11일 취득세 5,500여만원, 농어촌특별세 396만원, 등록세 8,200여만원, 지방교육세 1,500여만원을 각각 부과했다. A주식회사는 이 처분에 대해 대구광역시장에게 이의신청했으나 기각되자 소송을 냈다.

서울시가 조례로 취득세를 면제하고 있는 '아파트형 공장부지'의 범위에는 직원 숙소 등 지원시설도 포함된다는 대법원판결이 나왔다. C사는 지난 2002년 아파트형 공장을 건설하기 위해 서울 영등포구 문래동 지역의 토지를 사들인 뒤 영등포구청으로부터 취득세 등을 감면받았다. 아파트형 공장부지는 서울특별시가 조례로 취득세를 면제하고 있기 때문이다. 공장과 창고, 기숙사 등 근린생활시설 공사를 모두 마치고 사용승인을 받은 C사는 공장이 지어진 부지에 대한 취득세를 제외한 나머지 부지의 취득세 2억2,000여만원을 구청에 납부했다. 그러나 한달 뒤 구청은 C사에 "공장부지 일부가 근린생활시설로 전용됐다"며 다시 취득세를 부과했다. C사가 구입부지 39,800.87㎡ 가운데 38,209.3㎡에 공장을 짓고 나머지 부지에는 근린생활시설로 활용했다는 이유에서였다. 근린생활부지 1,591.57㎡는 면세대상이 아니므로 취득세를 내야한다는 것이 구청측 입장이었다. 이에 C사는 영등포구청장을 상대로 처분취소소송을 냈지만 1심은 "아파트형 공장에 대해 취득세 등 면제혜택을 부여했을 뿐 근린생활시설 등 지원시설까지 면제대상으로 확대 해석할 수 없다"며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 "조례 제19조1항 본문이 취득세 등의 면제대상을 '아파트형 공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산'으로 정했을 뿐 공장에 한정하거나 지원시설을 제외한다는 문구를 두지 않았다"며 원고승소 판결했다. 대법원의 판단도 같았다. 대법원 특별3부(주심 박시환 대법관)는 C사가 영등포구청장을 상대로 낸 취득세부과처분 취소소송 상고심 (☞ 2007두11184)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 판결문에서 "서울특별시세 감면조례의 취득세면제대상인 아파트형 공장에는 공장시설과 벤처기업시설 외에 지원시설도 포함된다"며 "따라서 공장시설을 지원시설로 용도를 변경해 분양하는 등의 경우는 추징사유에 해당하지 않는다"고 밝혔다.