삼성SDS가 2010년 삼성네트웍스와 합병 이후 얻게 된 이익과 관련한 1000억여 원의 법인세 소송 항소심에서 승소했다.
서울고법 행정1-1부(재판장 심준보, 김종호, 이승한 부장판사)는 20일 삼성SDS(소송대리인 법무법인 율촌 김동수, 신기선, 전영준, 조윤희, 홍문기, 한원교 변호사)가 잠실세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2020누39275)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결했다.
삼성SDS는 2010년 삼성네트웍스와 합병하면서 삼성네트웍스 주주들에게 합병신주 및 합병교부금 명목으로 총 9045억여 원을 지급했다. 삼성SDS는 이 9045억여 원과 삼성네트웍스의 순자산가액 3214억여 원과의 차액 5831억여 원 중 1656억여 원을 무형자산으로, 나머지 4174억여 원은 영업권으로 계상했다. 이후 삼성SDS는 2010 사업연도 법인세 신고 시 무형자산으로 평가해 계상한 금액 중 1611억여 원을 합병평가차익으로 보아 이를 이익에 산입했으나, 영업권에 대해선 손금 산입을 유보하고 같은 금액을 손금불산입하는 것으로 세무조정을 했다.
서울지방국세청은 2013년 11월 삼성SDS에 대한 실지조사를 실시한 결과, 삼성SDS가 영업권으로 계상한 4174억여 원이 합병평가차익에 해당하는 것으로 판단해 2010 사업연도 귀속 법인세 1490억여 원을 결정·고지했다.
이에 불복한 삼성SDS는 2016년 3월 감사원에 심사청구를 했으나 2018년 12월 기각되자 소송을 제기했다.
재판부는 "삼성SDS와 삼성네트웍스의 합병이 적격합병에 해당한다는 점에 관해 당사자 사이에 다툼이 없다"며 "두 회사의 합병은 상호 역량 보완을 통한 대외경쟁력 강화 및 경영 효율성 제고 등 '동반상승 효과'를 극대화함으로써 기업가치를 높이기 위한 것으로서, 단지 합병 시 현금 흐름을 더욱 안정화해 회사의 재무 구조를 건실화하고 유동성을 증대시키는 것뿐만 아니라, 합병법인의 영업에 미치는 영향까지 고려해 이뤄진 것으로 볼 수 있다"고 밝혔다.
이어 "두 회사 모두 합병 당시 동일한 기업집단인 삼성그룹에 속해 있는 계열회사로서 대표이사도 같았고, 삼성SDS가 합병으로 인해 계열회사인 삼성네트웍스의 상호, 거래관계, 영업상의 비밀 등을 이용할 필요성이 있었다고 단정하기도 어렵다"며 "수익가치 산정 시 삼성네트웍스의 2009년, 2010년 매출액 등을 추정할 때에도 과거 실적추이 및 최근까지의 실적, 추정손익계산서 등을 기초로 했을 뿐 삼성네트웍스의 상호나 거래관계, 영업상 비밀 등을 초과수익력 있는 무형자산의 요소로서 추정에 반영한 것으로 볼 수는 없다"고 설명했다.
그러면서 "삼성SDS는 합병 당시 한국채택국제회계기준을 따랐는데, 영업권의 경우 내용연수가 비한정인 무형자산으로 상각하는 대신 매 결산기에 손상검사를 해야 한다"며 "삼성SDS도 이에 따라 영업권에 관해 상각하지 않는 대신 매 사업연도마다 손상검사를 수행했고, 손상차손을 인식하지 않았다는 사정만으로 삼성SDS가 합병 당시 영업권에 대해 사업상 가치를 평가해 그 대가를 지급했다고 단정하기는 어렵다"고 판시했다.