[제11행정부 2023. 8. 23. 선고] <조세> □ 사안 개요 - 원고는 다국적기업 P그룹이 상표를 소유한 담배브랜드의 담배완제품을 국내에서 제조·판매하기 위해 ① 상표를 보유한 P의 계열사(라이선서)와 사이에 상표 등 사용에 관한 라이선스계약을 체결하여 로열티를 지급하고, ② P의 다른 계열사 또는 비계열사로부터 담배재료(담뱃잎, 향료, 필터, 상표가 부착된 포장재 등, 이하 ‘이 사건 물품’)를 수입하여 국내 담배제조공장에서 완제품을 제조·판매함 - 피고는, 이 사건 로열티는 이 사건 물품과 관련되고 그 거래조건으로 지급된 권리사용료라는 전제에서 이 사건 물품의 거래가격을 가산·조정하여 98억 원의 관세 등을 부과함. 피고는 구 '수입물품 과세가격 결정에 관한 고시'(관세청 고시 제2014-88호) 제9조 제2호 단서 및 제4호 가목에 따라 이 사건 로열티 전부에 완제품 가격에서 이 사건 물품 가격이 차지하는 비율을 곱하는 방식으로 거래가격에 가산할 권리사용료를 산출함 □ 쟁점 - 이 사건 로열티와 이 사건 물품 사이에 관련성 및 거래조건성을 인정할 수 있는지 및 권리사용료 가산방법이 적법한지(적극) □ 판단 - 로열티의 지급대상인 권리로서 담배완제품에 관한 상표, 특허, 디자인, 노하우, 영업비밀 등 제반 무형재산권이 이 사건 물품에 구현·체화되어 있으므로 위 로열티와 물품 사이에 관련성이 인정됨 - 원고가 로열티를 지급하지 않았다면 물품을 구매할 수 없었을 것이므로 이 사건 로열티는 이 사건 물품의 거래조건으로 지급됨 - 권리사용료 가산방식도 적법함. ① 이 사건 로열티에 이 사건 물품이나 이를 재료로 하여 제조되는 완제품과 관련이 없는 ‘국내에서의 그 밖의 사업 등에 대한 활동대가’가 포함되어 있다고 볼 수 없음 ② 이 사건 로열티 지급대상인 권리 중 상표권 역시 이 사건 물품을 포함한 담배 완제품과 관련이 있으므로 위 고시 제9조 제2호 단서, 제4호 가목에 따라 거래가격에 가산할 권리사용료를 안분하기에 앞서 이 사건 로열티에서 ‘상표권에 대한 대가’를 공제하여야 할 것도 아님 ③ 이 사건 로열티의 지급대상인 권리에 ‘이 사건 물품 수입 후 국내에서 이루어지는 담배 완제품 제조 공정에 관한 노하우나 영업비밀’이 포함되어 있더라도, 이는 이 사건 물품을 재료로 하여 생산되는 담배 완제품의 생산 활동에 대한 대가에 해당하므로 위 고시 규정을 적용하기에 앞서 이 사건 로열티에서 국내에서의 담배 완제품 제조 공정에 관한 노하우, 영업비밀 등에 대한 대가 부분을 공제하여야 하는 것도 아님 ④ 그밖에 피고가 이 사건 물품의 거래가격에 가산할 권리사용료를 산출한 것에 어떠한 위법이 있다고 볼 만한 자료가 없음 (원고패)

2022누47294 양도소득세경정거부처분취소 [제3행정부 2022. 12. 8. 선고] <조세> □ 사안 개요 원고는 종전 주택을 보유하던 중 2014. 2. 26. 신규 주택에 관한 분양계약을 체결하고 중도금은 공급자의 연대보증 아래 중도금 대출을 받아 지급하였으며, 2016. 11. 22. 잔금을 지급한 뒤 2016. 12. 7. 중도금 대출금을 상환한 후 입주증을 수령하여 신규 주택에 입주하고 소유권이전등기를 마침. 한편 원고는 2019. 10. 5. 종전 주택을 매도하고 2019. 12. 5. 제3자에게 소유권이전등기를 마쳐주었는데, 피고는 신규 주택의 대금 청산일이 2016. 11. 22.이라는 전제 아래 원고가 신규 주택을 사용승인일인 2016. 11. 30. 취득함으로써 그때부터 3년이 경과한 후 종전 주택을 양도하였다고 보아 1세대 1주택 비과세 감면대상에 해당하지 않는다고 봄 □ 쟁점 - 분양계약에 따른 신규 주택의 취득시기를 소득세법상 언제로 볼 것인지 □ 판단 - 대출확약서 및 입주안내문에 따르면 원고는 중도금 대출금을 상환하지 아니하여 공급자의 인적담보를 해소하지 않으면 신규 주택에 입주하거나 소유권이전등기를 마치는 것이 불가능하였음. 비록 원고가 신규 주택의 분양계약에 따른 잔금을 최종적으로 지급한 날짜가 인적담보 해소일 이전인 2016. 11. 22.이기는 하지만, 잔금 지급만으로 대금이 청산되었다고 보는 것은 분양계약의 실질이나 공급자 및 수분양자의 의사에 부합하지 않음. 또한 이 사건에서 신규 주택의 취득시기를 중도금 대출금 상환에 따른 인적담보 해소일로 보더라도 납세자의 자의를 배제하고 과세의 공평을 기하기 위한 소득세법 제98조와 소득세법 시행령 제162조 제1항의 입법 취지가 몰각된다고 보기 어려움. 따라서 원고가 이 사건 중도금 대출금을 상환하여 인적담보를 해소한 2016. 12. 7. 대금을 청산함으로써 신규 주택을 취득하였다고 봄이 타당하고, 그때부터 3년 이내에 종전 주택을 양도한 이상 1세대 1주택 특례가 적용됨. (원고승)

2022누53299 법인세부과처분취소 [제1-1행정부 2023. 3. 21. 선고] <조세> □ 사안 개요 A회사의 주주인 원고 법인이 A회사가 발행한 신주인수권부사채 인수 및 신주인수권 행사를 통해 A회사에 대한 지분율을 기존 5.44%에서 9.84%로 증가하게 됨. 피고는, 원고가 기존 지분율에 비례하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 시가보다 낮은 가액으로 취득함으로써 A회사의 개인주주들(원고의 주주들이기도 한 원고의 특수관계인)로부터 이익을 분여받았다고 보아, 위 이익금액 등을 익금산입하여 원고의 2014사업연도 법인세를 증액경정하고 2013사업연도 결손금을 감액함(피고는 처분사유에 관한 기존 주장 중에서 이를 제외한 부분은 당심에서 철회함) □ 쟁점 - 법인주주가 아닌 개인주주를 이익분여의 주체로 하여 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정하기 전의 것) 제88조 제1항 제8호의2 규정을 적용할 수 있는지(소극) □ 판단 - 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 “제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 다른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 ‘법인의 이익’을 분여하였다고 인정되는 경우”를 부당행위계산의 한 유형으로 정하고 있음 - 첫머리의 ‘제8호 외의 경우로서’라는 문구는, 기본적으로 제8호의2가 같은 항 제8호를 보충하는 규정의 성격을 띠고 있음을 시사하는데, 같은 항 제8호가 자본거래로 인하여 주주 등인 ‘법인’이 ‘특수관계인’인 다른 주주에게 이익을 분여하는 경우를 전제로 하는 점, 같은 항 제8호의2는 물론 그 보충 규정이라 할 수 있는 같은 항 제9호도 ‘법인의 이익을 분여’하였을 것을 요건으로 부당행위계산의 요건으로 삼고 있는데, 같은 항 제8호의2의 ‘이익을 분여한 특수관계인’에 개인 주주까지 포함한다고 볼 경우, 그가 분여하는 이익은 ‘주식 발행 법인에 대하여 그 개인 주주가 갖는 이익’이지 그 ‘법인의 이익’이 아닌 점 등에 비추어 보면, 같은 항 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’으로 보아야 함 - 1심과 달리 중복세무조사에 관한 원고 주장은 배척하였으나, 위와 같은 이유로 이 부분 처분을 취소한 결론을 유지함. [항소기각(원고일부승)]

2022누49221 양도소득세부과처분취소 [제1-1행정부 2022. 12. 13. 선고]<조세> □ 사안 개요 - A가 이 사건 주택을 2018. 1. 10. 매도하고 약 한 달 뒤 사망하였고, A의 배우자인 원고는 1세대 1주택으로 양도소득세를 신고 납부함. 피고(과세관청)는 원고가 소유하던 오피스텔 2채를 모두 주거용으로 사용(임대)하여 A가 1세대 3주택자에 해당한다고 보아 양도소득세를 경정 고지함 □ 쟁점 - 공부상 용도가 주택이 아닌 건물의 경우 이를 사실상 주거용으로 사용하였다는 점에 대한 증명책임의 소재(= 과세관청) 및 그 판단기준 □ 판단 - 1세대 1주택에 해당하여 양도소득세 비과세요건을 충족하고 있다는 사실에 관하여는 달리 특별한 사정이 없는 한 납세의무자에게 입증책임이 있지만(대법원 2005. 12. 23. 선고 2005두8443 판결 등), 다른 한편, 구 소득세법(2018. 12. 31. 법률 제16104호로 개정하기 전의 것)은 제88조 제7호에서 주택을 “허가 여부나 공부상의 용도 구분에 관계없이 사실상 주거용으로 사용하는 건물을 말한다. 이 경우 그 용도가 분명하지 아니하면 공부상의 용도에 따른다.”라고 명확히 정의하고 있는바, 이처럼 실제 용도가 불분명한 경우, 굳이 ‘공부상의 용도’에 따르도록 별도의 규정을 둔 이상, ‘공부상의 용도가 주택이 아닌 건물’의 경우에는 구 소득세법 제88조 제7호 후문에 따라 이를 사실상 주거용으로 사용하였다는 점에 관한 입증책임이 과세관청인 피고에게 있다고 봄이 타당하며, 특히 지정지역의 부동산으로서 1세대 3주택에 해당한다는 점은 구 소득세법 제104조 제4항 제1호의 중과세 요건이므로, 과세관청인 피고가 입증책임을 지는 것이 당연함. 즉, 납세의무자가 1주택을 제외한 나머지 소유 건물의 공부상의 용도가 주택이 아니라는 점만 입증하면, 위 1주택의 양도 당시 나머지 건물을 사실상 주거용으로 사용하였다는 점은 과세관청이 입증하여야 함 - 과세 대상 주택의 양도 당시 오피스텔의 사실상 용도가 주거용이었는지 아닌지는, 실제 사용자가 해당 오피스텔로 주민등록법상 전입신고를 마쳤는지, 해당 건물의 전기, 가스, 수도의 각 사용량 등 이용 실태와 밀접한 각종 지표들, 해당 오피스텔의 실제 사용자, 건물 관리인이나 이웃 오피스텔 사용자 등 제3자의 진술 내용, 그리고 마지막으로 해당 오피스텔에 관한 임대차계약이 있으면 그 구체적 내용 등 제반 사정을 두루 종합하여 판단하여야 함 (원고승)

◇ 1. 거주자인 사업자가 특수관계인에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우 소득세법상 부당행위계산 부인의 기준이 되고 부가가치세법상 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가의 의미 ◇ ◇ 2. 명의신탁 증여의제에서 부당무신고가산세의 요건인 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당하는지에 대한 판단기준 ◇ 1. 소득세법 제41조 제1항, 소득세법 시행령 제98조 제2항 제2호, 구 부가가치세법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 전부 개정되기 전의 것) 제13조 제1항 제4호, 구 부가가치세법 시행령(2013. 6. 28. 대통령령 제24638호로 전부 개정되기 전의 것) 제50조 제1항, 제52조 제1항 등에 따르면, 거주자인 사업자가 특수관계인에게 부당하게 낮은 대가를 받고 부동산을 임대한 경우 소득세법상 부당행위계산 부인의 기준이 되고 부가가치세법상 과세표준이 되는 부동산임대용역의 시가는 거주자인 사업자가 특수관계인 외의 자와 해당 거래와 유사한 상황에서 계속적으로 거래한 가격 또는 제3자 간에 일반적으로 거래된 가격에 의하여야 하고, 그와 같은 가격이 없거나 시가가 불분명한 경우에는 「부동산가격공시 및 감정평가에 관한 법률」에 따른 감정평가법인이 감정한 가액 등 법령이 정한 방법으로 계산한 금액에 의하여야 한다. 2. 구 국세기본법(2013. 6. 7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것) 제47조의2 제2항은 납세의무자가 ’부정행위‘로 법정신고기한까지 세법에 따른 국세의 과세표준 신고를 하지 아니한 경우에는 산출세액 등의 100분의 40에 상당하는 금액을 가산세로 하도록 규정하고 있다(2011. 12. 31. 법률 제11124호로 개정되기 전의 구 국세기본법 제47조의2 제2항도 같은 취지이다. 이하 위 각 국세기본법을 구분하지 않고 ’구 국세기본법‘이라 통칭한다). 구 국세기본법 제47조의2 제2항 등에 규정된 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’란 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 위계 기타 부정한 적극적인 행위를 말하고, 적극적 은닉 의도가 나타나는 사정이 덧붙여지지 않은 채 단순히 세법상의 신고를 하지 않거나 허위의 신고를 함에 그치는 것은 여기에 해당하지 않는다(대법원 2017. 4. 13. 선고 2015두44158 판결 참조). 또한 명의신탁재산 증여의제의 경우 명의신탁자가 명의수탁자에게 주식을 명의신탁하면서 주식의 매매 등이 있었던 것과 같은 외관을 형성하여 그 형식에 따른 계약서나 계좌거래내역 등을 토대로 과세관청에 신고하는 것은 주식의 명의신탁에 통상 뒤따르는 부수행위에 불과하다고 볼 수 있다(대법원 2018. 12. 13. 선고 2018두36004 판결 참조). 따라서 이와 같은 경우에는 명의신탁의 결과 명의수탁자가 부담할 증여세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 정도에 이르렀다는 등의 특별한 사정이 없는 한, 증여세 부당무신고가산세의 요건인 ‘사기나 그 밖의 부정한 행위’ 또는 ‘부정행위’에 해당한다고 볼 수 없다. ☞ 원고 1이 종전에 자신이 직접 임대하였던 이 사건 건물을 자신이 받은 임대료보다 낮은 가액으로 정해진 임대료로 특수관계인인 ○○○개발에 임대하였고, ○○○개발은 원고 1이 받은 임대료와 동일한 조건으로 이 사건 건물을 전대한 사안에서, ○○○개발이 원고 1 대신 부담하기로 한 각종 비용과 책임 등을 고려하여 원고 1과 ○○○개발이 임대료를 약정한 사정에 비추어 볼 때, ○○○개발이 부담하게 된 이러한 비용과 책임 등에 대한 고려 없이 ○○○개발이 전대료로 원고 1이 종전에 받은 임대료와 같은 금액을 받았다는 사정만으로 그 전대료 상당액이 바로 원고 1이 ○○○개발에 제공한 이 사건 건물에 관한 임대용역의 시가라고 단정할 수 없다는 이유로, 원고 1이 ○○○개발에 제공한 이 사건 건물에 관한 임대용역의 시가를 ○○○개발이 받은 전대료 상당액으로 본 원심판결을 파기함. ☞ 또한, 원고 1이 ○○○개발 주식을 원고 2 내지 7에게 명의신탁하면서 ‘원고 2, 3이 자신들의 자금으로 출자금을 납입하고, 원고 4 내지 7 역시 자신들의 자금으로 주식양수대금을 지급한’ 외관을 형성한 것은 주식의 명의신탁에 통상 뒤따르는 부수행위로 평가할 수 있다는 등의 이유로, 명의신탁 당시의 위와 같은 자금거래가 구 국세기본법 제47조의2 제2항 등이 정한 부정행위에 해당한다고 본 원심판결을 파기한 사례.

◇ 1. 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서에 기재된 문언 내용 등에 비추어 원천징수의무자 등 납세자가 세율이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 납세고지서에 기재된 다른 문언과 종합하여 정당한 세율에 따른 세액의 산출근거를 쉽게 알 수 있어 납세자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 않을 정도라면 그에 관한 징수처분을 위법하다고 볼 수 있는지 여부(소극) ◇ ◇ 2. 재산권에 관한 매매계약에 있어 매수인이 외국법인인 매도인에게 국내에서 계약금을 지급하였다가 매매계약에서 정한 채무를 불이행함으로써 계약금을 위약금으로 하는 내용의 약정에 따라 계약금이 몰취된 경우, 구 법인세법(2008년 12월 26일 법률 제9267호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘구 법인세법’이라 한다) 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천소득인 위약금에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있는지 여부(적극) ◇ 1. 납세고지서에 해당 본세의 과세표준과 세액의 산출근거 등이 제대로 기재되지 않았다면 특별한 사정이 없는 한 그 징수처분은 위법하다. 그러나 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서에 기재된 문언 내용 등에 비추어 원천징수의무자 등 납세자가 세율이 명백히 잘못된 오기임을 알 수 있고 납세고지서에 기재된 다른 문언과 종합하여 정당한 세율에 따른 세액의 산출근거를 쉽게 알 수 있어 납세자의 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 초래하지 않을 정도라면, 납세고지서의 세율이 잘못 기재되었다는 사정만으로 그에 관한 징수처분을 위법하다고 볼 것은 아니다. 2. 재산권에 관한 매매계약에 있어 매수인이 외국법인인 매도인에게 국내에서 계약금을 지급하였다가 매매계약에서 정한 채무를 불이행함으로써 계약금을 위약금으로 하는 내용의 약정에 따라 계약금이 몰취된 경우, 매수인은 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천소득인 위약금에 대한 법인세를 원천징수하여 납부할 의무가 있다고 보아야 한다. ☞ 납세고지서에 세율이 0.00%로 잘못 기재되었다고 하더라도 납세고지서상 기재된 과세표준과 산출세액, 기타 문언 등을 고려할 때 원고가 그 처분에 대한 불복 여부의 결정이나 불복신청에 지장을 받았을 것이라고 평가할 수 없으므로 그에 관한 법인세 본세 징수처분은 위법하다고 보기 어렵고, 내국법인이 외국법인에게 지급한 계약금이 추후 위약금으로 몰취된 경우에도 내국법인은 구 법인세법 제98조 제1항 제3호에 따라 외국법인의 국내원천기타소득에 대한 원천징수의무를 부담한다는 이유로, 이와 다른 취지의 원심판결을 전부 파기한 사례.

국세징수법상의 공매절차에서도 민사집행법상의 경매절차와 마찬가지로 배분이의가 취하됨으로써 당초 배분계산서가 그대로 확정되는지 여부 살피건대, 국세징수 관련 법령의 내용과 취지, 형식, 체계 및 앞서 본 행정행위 철회에 관한 법리 등에 더하여 위 인용증거들과 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 세무서장 등 공매기관은 배분이의의 취하 후에도 압류부동산의 매각대금이 국세 기타 채권의 총액에 부족하고 체납국세에 우선하는 선순위 근저당권이 무효라고 판단하는 경우에는 그 선순위 근저당권에 대한 배분을 거부하여 배분계산서를 수정할 수 있고, 이 경우 수정된 배분계산서의 내용에 대하여 이의가 있는 채권자는 그 배분처분의 취소를 구하는 방식으로 불복할 수밖에 없다고 할 것이다. ① 앞서 관련 법리에서 보았듯이, 행정행위를 한 처분청은 특별한 사정이 없는 한 사정변경이 생겼거나 또는 중대한 공익상의 필요가 발생한 경우에는 그 효력을 상실케 하는 별개의 행정행위로 이를 철회할 수도 있다. ② 또한, 배당이의에 관한 민사집행법의 규정은 공매절차에 준용될 수 없으므로, 결국 배분계산서의 내용에 대하여 이의가 있는 채권자는 배분처분의 취소를 구하는 방식으로 불복할 수밖에 없다. ③ 국세징수법에 의한 체납처분절차는 세무서장이 그 절차의 주관자(다만, 이 사건의 경우처럼 한국자산관리공사에 그 절차를 위탁할 수 있다)이면서 동시에 그 절차에 의하여 만족을 얻고자 하는 채권(국세)의 채권자로서의 지위도 겸하고 있다(대법원 2002. 3. 15. 선고 99다35447 판결 등 참조). 이와 같이 세무서장은 스스로 배분을 하는 자이기 때문에 배분처분 후 그 배분처분의 취소를 구할 수 있는 자격이 없다고 할 것이므로, 애당초 배분계산서를 작성함에 있어 매각대금이 국세 기타 채권의 총액을 만족시키기에 부족한 때에는 자신의 채권(국세)이 무효인 선순위 근저당권에 의해 침해되지 않도록 배분계산서를 작성하거나 그 확정 전에 이를 수정할 수 있는 권한이 있다고 보아야 한다. 즉, 민사집행법에 의한 강제집행절차라면 조세채권자인 국가는 선순위 근저당권의 무효를 주장하여 배당이의를 함으로써 자신의 조세채권을 보호할 수 있지만, 체납처분절차에서는 절차의 주관자인 세무서장에게 배당이의에 준하는 절차가 인정될 수 없으므로, 배분계산서를 작성하거나 확정하는 절차에서 이를 반영할 권한이 주어져야 한다. 국세징수법 제81조 제4항이 '세무서장은 매각대금이 제1항 각호의 국세·가산금과 체납처분비 기타의 채권의 총액에 부족한 때에는 민법 기타 법령에 의하여 배분할 순위와 금액을 정하여 배분하여야 한다'고 규정하고 있는 것도 이러한 취지를 포함하고 있다고 할 것이다. ④ 만약 위와 같이 보지 않는다면, 공매절차에서 국세채권자인 세무서장(국가)은 잘못 작성된 배분계산서에 대하여 배분이의도 하지 못하고, 무효의 의심이 있는 선순위 근저당권에 대한 배분금이 확정된 후 별개의 민사소송에서 해당 근저당권의 무효를 주장하여 근저당권자에게 지급한 돈에 대한 부당이득반환을 청구하여야 하는데, 이는 체납처분절차라는 이유만으로 조세채권자에게 일방적으로 이중의 절차 및 불이익을 강요하는 결과가 되어 부당하다. ⑤ 국세징수법이 배분계산서에 대한 이의 유무 등에 따라 배분계산서가 자동으로 확정되는 형식으로 규정하지 않고, 세무서장이 배분계산서를 원안대로 즉시 확정하거나 이를 수정하여 확정하도록 규정함으로써, 세무서장의 추후 확정 절차를 예정하고 있는 것도 이러한 취지를 포함하고 있다고 할 것이다. ⑥ 이 사건과 같이 일단 당초 배분계산서 중 이 사건 배분금에 대한 배분이의가 있었고, 이에 대하여 세무서장이 이 사건 배분금의 근거가 된 이 사건 근저당등기의 피담보채권액에 대하여 의문을 가지고 조사를 하게 된 이상, 이는 국세징수법 제83조의2 제3항에서 배분계산서를 원안대로 즉시 확정할 사유로 정하고 있는 ‘이의제기가 없거나 이의의 내용이 정당하다고 인정하지 아니하는 때’에 해당한다고 볼 수 없다.

◇외국법인 간 합병에 따라 100% 자회사인 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식이 합병법인에 이전하는 경우 법인세 과세대상인 주식의 양도에 해당하는지 여부◇ 내국법인의 경우에 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항, 제4항, 제16조 제1항 제5호, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있다. 그렇지만 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하다. 그리고 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유도 없다. 따라서 외국법인 사이의 합병에 따른 내국법인 발행주식의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 하며(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조), 이와 같이 보는 이상 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며 또한 위 경우에 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다 하더라도 마찬가지이다. ☞완전 자회사인 외국법인이 모회사인 외국법인에 흡수합병되면서 합병 당시 피합병법인이 보유한 내국법인 발행 주식이 합병법인으로 이전되자, 내국법인 발행 주식의 양도에 해당한다는 이유로 법인세 징수처분을 한 사안에서, 이러한 주식의 이전은 구 법인세법 제93조 제10호 가목에서 정한 ‘주식의 양도’에 해당하고, 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며, 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다고 하더라도 마찬가지로 보아야 한다고 판단한 사례

◇구 소득세법(2015. 3. 10. 법률 제13206호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항과 관련하여 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이 양도되는 경우 그 양도차익에 대한 장기보유특별공제가 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 한정하여 적용되는지(적극)◇ 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 ‘도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다. 2013년 1월 1일 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을 뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다. 또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다. 이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다.

◇대표이사의 보수를 상여금으로 보아 구 법인세법 시행령 제43조에 의하여 손금불산입할 수 있는지 여부(적극)◇ 1. 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적?계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 2. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다. ☞대부업을 영위하는 법인의 1인 주주이자 대표이사에게 지급된 보수(연 36억 원)가 ① 위 보수금 차감 전 법인의 전체 영업이익 대비 약 38%에서 95%에 이르는 점, ② 다른 임원 보수의 50배에 달하고, 동종업체 중 보수금 상위 3개 업체의 대표이사 평균 연봉과도 현격한 격차를 보이는 점, ③ 최초로 영업이익이 발생한 사업연도부터 갑자기 10배가 인상된 점, ④ 주주에게 공식적으로 배당금을 지급한 사실이 없는 점, ⑤ 법인 내부 문건에서 법인세를 절약하기 위하여 대표이사의 급여를 높인다는 취지의 내용이 기재되어 있는 등 대표이사의 보수를 전액 법인세의 손금으로 인정받아 법인세 부담을 줄이려는 주관적 의도가 뚜렷해 보이는 점 등을 이유로, 위 보수는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입 대상이라고 본 사례