2022누53299 법인세부과처분취소 [제1-1행정부 2023. 3. 21. 선고] <조세> □ 사안 개요 A회사의 주주인 원고 법인이 A회사가 발행한 신주인수권부사채 인수 및 신주인수권 행사를 통해 A회사에 대한 지분율을 기존 5.44%에서 9.84%로 증가하게 됨. 피고는, 원고가 기존 지분율에 비례하여 배정받을 수 있는 수를 초과하여 신주를 시가보다 낮은 가액으로 취득함으로써 A회사의 개인주주들(원고의 주주들이기도 한 원고의 특수관계인)로부터 이익을 분여받았다고 보아, 위 이익금액 등을 익금산입하여 원고의 2014사업연도 법인세를 증액경정하고 2013사업연도 결손금을 감액함(피고는 처분사유에 관한 기존 주장 중에서 이를 제외한 부분은 당심에서 철회함) □ 쟁점 - 법인주주가 아닌 개인주주를 이익분여의 주체로 하여 구 법인세법 시행령(2016. 2. 12. 대통령령 제26981호로 개정하기 전의 것) 제88조 제1항 제8호의2 규정을 적용할 수 있는지(소극) □ 판단 - 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제8호의2는 “제8호 외의 경우로서 증자·감자, 합병·분할, 상속세 및 증여세법 제40조 제1항에 다른 전환사채 등에 의한 주식의 전환·인수·교환 등 법인의 자본(출자액 포함)을 증가시키거나 감소시키는 거래를 통하여 ‘법인의 이익’을 분여하였다고 인정되는 경우”를 부당행위계산의 한 유형으로 정하고 있음 - 첫머리의 ‘제8호 외의 경우로서’라는 문구는, 기본적으로 제8호의2가 같은 항 제8호를 보충하는 규정의 성격을 띠고 있음을 시사하는데, 같은 항 제8호가 자본거래로 인하여 주주 등인 ‘법인’이 ‘특수관계인’인 다른 주주에게 이익을 분여하는 경우를 전제로 하는 점, 같은 항 제8호의2는 물론 그 보충 규정이라 할 수 있는 같은 항 제9호도 ‘법인의 이익을 분여’하였을 것을 요건으로 부당행위계산의 요건으로 삼고 있는데, 같은 항 제8호의2의 ‘이익을 분여한 특수관계인’에 개인 주주까지 포함한다고 볼 경우, 그가 분여하는 이익은 ‘주식 발행 법인에 대하여 그 개인 주주가 갖는 이익’이지 그 ‘법인의 이익’이 아닌 점 등에 비추어 보면, 같은 항 제8호의2의 이익 분여 주체 또한 제8호와 마찬가지로 ‘법인’으로 보아야 함 - 1심과 달리 중복세무조사에 관한 원고 주장은 배척하였으나, 위와 같은 이유로 이 부분 처분을 취소한 결론을 유지함. [항소기각(원고일부승)]

국세징수법상의 공매절차에서도 민사집행법상의 경매절차와 마찬가지로 배분이의가 취하됨으로써 당초 배분계산서가 그대로 확정되는지 여부 살피건대, 국세징수 관련 법령의 내용과 취지, 형식, 체계 및 앞서 본 행정행위 철회에 관한 법리 등에 더하여 위 인용증거들과 인정사실 및 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 아래와 같은 사정에 비추어 보면, 세무서장 등 공매기관은 배분이의의 취하 후에도 압류부동산의 매각대금이 국세 기타 채권의 총액에 부족하고 체납국세에 우선하는 선순위 근저당권이 무효라고 판단하는 경우에는 그 선순위 근저당권에 대한 배분을 거부하여 배분계산서를 수정할 수 있고, 이 경우 수정된 배분계산서의 내용에 대하여 이의가 있는 채권자는 그 배분처분의 취소를 구하는 방식으로 불복할 수밖에 없다고 할 것이다. ① 앞서 관련 법리에서 보았듯이, 행정행위를 한 처분청은 특별한 사정이 없는 한 사정변경이 생겼거나 또는 중대한 공익상의 필요가 발생한 경우에는 그 효력을 상실케 하는 별개의 행정행위로 이를 철회할 수도 있다. ② 또한, 배당이의에 관한 민사집행법의 규정은 공매절차에 준용될 수 없으므로, 결국 배분계산서의 내용에 대하여 이의가 있는 채권자는 배분처분의 취소를 구하는 방식으로 불복할 수밖에 없다. ③ 국세징수법에 의한 체납처분절차는 세무서장이 그 절차의 주관자(다만, 이 사건의 경우처럼 한국자산관리공사에 그 절차를 위탁할 수 있다)이면서 동시에 그 절차에 의하여 만족을 얻고자 하는 채권(국세)의 채권자로서의 지위도 겸하고 있다(대법원 2002. 3. 15. 선고 99다35447 판결 등 참조). 이와 같이 세무서장은 스스로 배분을 하는 자이기 때문에 배분처분 후 그 배분처분의 취소를 구할 수 있는 자격이 없다고 할 것이므로, 애당초 배분계산서를 작성함에 있어 매각대금이 국세 기타 채권의 총액을 만족시키기에 부족한 때에는 자신의 채권(국세)이 무효인 선순위 근저당권에 의해 침해되지 않도록 배분계산서를 작성하거나 그 확정 전에 이를 수정할 수 있는 권한이 있다고 보아야 한다. 즉, 민사집행법에 의한 강제집행절차라면 조세채권자인 국가는 선순위 근저당권의 무효를 주장하여 배당이의를 함으로써 자신의 조세채권을 보호할 수 있지만, 체납처분절차에서는 절차의 주관자인 세무서장에게 배당이의에 준하는 절차가 인정될 수 없으므로, 배분계산서를 작성하거나 확정하는 절차에서 이를 반영할 권한이 주어져야 한다. 국세징수법 제81조 제4항이 '세무서장은 매각대금이 제1항 각호의 국세·가산금과 체납처분비 기타의 채권의 총액에 부족한 때에는 민법 기타 법령에 의하여 배분할 순위와 금액을 정하여 배분하여야 한다'고 규정하고 있는 것도 이러한 취지를 포함하고 있다고 할 것이다. ④ 만약 위와 같이 보지 않는다면, 공매절차에서 국세채권자인 세무서장(국가)은 잘못 작성된 배분계산서에 대하여 배분이의도 하지 못하고, 무효의 의심이 있는 선순위 근저당권에 대한 배분금이 확정된 후 별개의 민사소송에서 해당 근저당권의 무효를 주장하여 근저당권자에게 지급한 돈에 대한 부당이득반환을 청구하여야 하는데, 이는 체납처분절차라는 이유만으로 조세채권자에게 일방적으로 이중의 절차 및 불이익을 강요하는 결과가 되어 부당하다. ⑤ 국세징수법이 배분계산서에 대한 이의 유무 등에 따라 배분계산서가 자동으로 확정되는 형식으로 규정하지 않고, 세무서장이 배분계산서를 원안대로 즉시 확정하거나 이를 수정하여 확정하도록 규정함으로써, 세무서장의 추후 확정 절차를 예정하고 있는 것도 이러한 취지를 포함하고 있다고 할 것이다. ⑥ 이 사건과 같이 일단 당초 배분계산서 중 이 사건 배분금에 대한 배분이의가 있었고, 이에 대하여 세무서장이 이 사건 배분금의 근거가 된 이 사건 근저당등기의 피담보채권액에 대하여 의문을 가지고 조사를 하게 된 이상, 이는 국세징수법 제83조의2 제3항에서 배분계산서를 원안대로 즉시 확정할 사유로 정하고 있는 ‘이의제기가 없거나 이의의 내용이 정당하다고 인정하지 아니하는 때’에 해당한다고 볼 수 없다.

◇구 소득세법(2015. 3. 10. 법률 제13206호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항과 관련하여 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이 양도되는 경우 그 양도차익에 대한 장기보유특별공제가 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 한정하여 적용되는지(적극)◇ 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 ‘도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다. 2013년 1월 1일 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을 뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다. 또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다. 이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다.