집합건물의 관리인이 법원의 가처분 결정으로 건물관리 업무를 중단한 뒤 사업자등록 휴업 신청을 했다면 부가가치세 및 가산세를 납부하지 않아도 된다는 판결이 나왔다.
서울고법 행정9부(재판장 김시철 부장판사)는 최근 A사가 영등포세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2021누31599)에서 원고승소 판결했다.
A사는 2005년 8월 서울 여의도에 있는 지하 4층, 지상 11층 규모 건물의 관리를 목적으로 구성된 관리단의 공동관리인 3개 회사 중 하나로 선임됐다. A사 등 공동관리인으로 선임된 회사들은 같은 해 10월 건물 지하에 관리사무소를 설치하고 공동사업자로 등록했다.
이후 관리인 지위를 놓고 A사와관리단, 다른 공동관리인 사이에 분쟁이 생겨 건물에 대한 관리행위의 금지를 구하는 가처분 신청 및 업무방해 금지 가처분 신청 등 여러 소송이 있었다. A사는 2014년 6월 관리단으로부터 업무방해 금지 가처분 신청을 당했는데, 2015년 3월 법원은 "A사는 건물의 관리행위를 해서는 안 된다"며 "위반 시 1일당 200만원을 관리단에 지급하라"고 결정했다. 이에 따라 A사는 건물 관리업무를 수행할 수 없게 됐다. A사는 다만 임대료에 대해서는 부동산임대사업자의 지위에서 개별적으로 부가가치세를 신고·납부했다.
A사는 관리업무에서 배제됨에 따라 2017년 10월 영등포세무서에 사업장등록에 대한 휴업 신고를 했으나, 영등포세무서는 "건물관리 용역이 계속 제공되고 있어 휴업상태로 볼 수 없고, 다른 공동사업자의 동의가 없다"는 이유로 수리하지 않았다. 이후 관리단도 영등포세무서에 사업자등록을 신청했으나, 영등포세무서는 A사 명의로 기존 사업자등록이 돼있어 중복신청할 수 없다며 거부했다. 이에 A사는 영등포세무서장을 상대로 휴업 신고 수리 거부 처분을 취소하라는 소송을 냈고, 법원에서 승소 확정 판결을 받았다. 이후 2019년 6월 영등포세무서는 이 확정 판결의 취지에 따라 관리사무소의 상호를 관리단으로 정정했다.
서울행정법원
원고승소 판결
한편, 관리단은 사업자등록 명의가 변경되기 전인 2018년 제1기까지 종전 사업자등록 명의인 A사 등의 명의로 부가가치세 관련 세금계산서를 발급·수취했고, (A사 등의 명의로) 부가가치세를 확정신고했으나 그 신고세액을 납부하지 않았다. 그런데 영등포세무서는 2018년 9월 관리사무소에 대해 관리단이 납부하지 않은 부가가치세에 납부불성실 가산세 29만원을 포함한 2300여만원을 A사에 고지했고, 같은 해 10월 2018년 제2기분 부가가치세 2300여만원을 예정고지세액으로 결정·고지했다. 이에 반발한 A사는 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각됐고, 소송을 제기했다.
A사는 "관리인 지위에서 해임된 후 건물의 관리업무에 관여한 바 없다"며 "사업자등록 명의가 돼있었다는 사정만으로 내려진 처분은 실질과세원칙에 위반된다"고 주장했다.
재판부는 "관리단이 A사 명의로 2018년 제1기분 부가가치세를 확정신고한 것은 A사의 사업자등록 변경 등에 관한 귀책사유에서 비롯된 것이 아니고, 오히려 영등포세무서가 관리단 명의의 사업자등록을 거부한 데에서 비롯된 것으로 볼 수 있다"며 "A사로서는 장차 소송에서 승소하는 경우를 대비해 사업자등록에 대한 폐업 신고를 하기 어려웠고, 실질적으로 관리인으로서 업무를 수행하지 않았음에도 자신의 명의로 부가가치세 신고를 하도록 용인하기도 어려웠던 상황에 처해 있던 것으로 보이며, 이를 고려해 휴업 신고에 이른 것으로 보인다"고 밝혔다.
이어 "A사와 관리단 사이의 분쟁 상황을 인지하고 있었던 세무서로서는 분쟁의 성격을 반영해 관련 소송이 확정될 때까지 잠정적으로나마 관리단에 의한 부가가치세 신고를 허용하는 등의 적절한 세무행정을 했어야 하는데, 판결이 확정될 때까지 적절한 조치가 이뤄지지 않았다"며 "세무서가 A사의 휴업 신청 및 관리단 측의 공동사업자 명의 변경, 사업자등록 신청을 거부함에 따라 부득이하게 A사 명의의 부가가치세 신고가 이뤄졌다"고 설명했다.
그러면서 "판결을 통해 A사가 더 이상 관리인 지위에 있지 않다는 사실관계가 정리된 상태였으므로, 부가가치세 신고는 납세의무자가 아닌 자의 신고로서 그 하자가 중대하고도 명백하다"고 판시했다.