부동산 매수인이 가처분권자의 승낙을 받지 못한 상태에서 한 취득세 신고행위는 당연무효이므로 신고자는 세무당국으로부터 납세고지를 받더라도 신고한 취득세를 납부하지 않아도 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 지난 10일 최모(60)씨가 서울시 중랑구청장을 상대로 낸 취득세부과처분취소소송(2011구합6882)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "취득세 신고 당시 소유권이전등기에 필요한 서류를 교부받은 후 소유권이전등기신청을 했지만 부동산의 등기상 이해관계인인 가처분권자들의 승낙을 받지 못해 소유권이전등기가 사실상 불가능한 상태에 있었다"며 "따라서 부동산에 관해 등기와 같은 소유권 취득의 형식적 요건을 갖추지 못했다고 봄이 상당하므로 취득세 신고행위는 과세요건을 갖추지 못한 중대한 하자가 있다"고 밝혔다. 재판부는 "취득세에 관한 신고행위는 그 존재를 신뢰하는 제3자의 보호가 특별히 문제되지 않아 신고행위를 당연무효라고 보더라도 법적 안정성이 크게 저해되지 않는다"며 "국세에 비해 취득세의 구제수단이 상대적으로 미비함에도 취득세 신고행위로 인한 불이익을 신고자에게 그대로 감수시키는 것은 권익구제면에서 현저히 부당하다"고 설명했다. 최씨는 지난 2009년 7월 서울시 중랑구 묵동의 한 부동산을 매수하면서 서울시와 우리은행 등 부동산가처분권자들의 승낙을 받지 않은 채 구청에 부동산 취득에 따른 취득세와 농어촌특별세 19여억원을 자진신고했다. 하지만 최씨가 납부기한까지 납부하지 않자 구청은 지난해 2월 최씨에게 가산세 610여만원을 더해 납세하도록 고지했다. 최씨는 "취득세 신고행위가 위법해 취소돼야 한다"며 서울시와 조세심판원에 심판청구를 했지만 모두 기각 당하자 소송을 냈다.

사고판 이력이 있는 자동차라도 매매가 형식적으로 이뤄졌다면 신차로 보고 세금을 부과한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 대구고법 행정1부(재판장 김창종 부장판사)는 지난달 22일 자동차 매매업자 A씨가 남대구세무서를 상대로 낸 조세환급거부처분취소송 항소심(2011누397)에서 원심 판결을 취소하고 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "구 조세특례제한법상 세액을 공제할 대상인 '중고자동차'에 해당하는지는 구체적, 개별적으로 엄격하게 판단해야 한다"라며 "A씨가 실제로 신차를 수출하면서도 형식상 중간 취득자를 내세운 것에 불과한데도 세액을 공제해주는 것은 재활용 폐자원 등에 대한 부가가치세 매입세액 공제 특례제도의 취지에 정면으로 반한다"라고 밝혔다. A씨는 2009년 1~2월 28명으로부터 45대의 자동차를 사들여 해외에 수출한 다음 세무서에 5000여만원의 부가가치세 환급신청을 했다. 세무서는 2009년 4월 "A씨가 개인들에게 중고차를 산 게 아니라 타인 명의를 빌려 형식상 중고매입을 했을 뿐, 사실상 자동차 제조회사들로부터 신차를 사들여 수출했다"며 환급 신청액 중 재활용폐자원 매입세액 3700여만원을 환급하지 않았다.

A회사가 자신의 대주주의 출자 비율이 30% 미만인 B회사와 거래를 했다면 B사는 A사의 '특수관계자'가 아니라는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이 판결은 이같은 경우 A회사를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 일방관계설과, A갃회사 모두를 기준으로 해 특수관계자 해당 여부를 판단해야 한다는 쌍방관계설 가운데 일방관계설을 따른 것이다. 대법원은 과거 쌍방관계설에 따라 B회사도 특수관계인에 해당한다고 본 종래 대법원 판결(88누7248등)들을 모두 변경했다. 이번 판결에 대해서는 대법원이 조세법률주의 원칙을 재확인했다는 긍정적인 평가가 있는 반면, 기업들의 일감 몰아주기 관행을 근절해야 한다는 사회 분위기에 역행한다는 부정적인 비판도 나오고 있다. 대법원 전원합의체(주심 안대희 대법관)는 21일 A사가 "대주주가 30% 미만을 출자한 법인과의 거래를 부당거래로 간주해 법인세를 부과한 것은 부당하다"며 천안세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송 상고심(☞2008두150)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법의 위임에 따라 법인세법시행령 제87조1항은 '법인과 각호의 1의 관계에 있는 자'를 특수관계자로 규정하고 있으므로 문언상 법인(A회사)을 기준으로 각호의 1의 관계에 있는 자만이 특수관계자에 해당한다"며 "이와 달리 법인과 거래를 한 상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1의 관계에 있는 경우 거래상대방이 특수관계자에 해당한다고 보는 것은 시행령 조항의 문언에 반해 허용될 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "시행령 제87조1항 제4호는 '법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인'을 특수관계자로 규정하고 있으므로, 그 문언대로 법인의 주주가 30% 이상을 출자하고 있는 다른 법인만이 특수관계자에 해당하고, 법인의 주주가 30% 미만을 출자하고 있는 다른 법인은 그 다른 법인의 주주가 법인의 발행주식 30% 이상을 소유하고 있다 하더라도 특수관계자에 해당하지 않는다"고 설명했다. 반면, 김능환·전수안·안대희·차한성 대법관은 반대의견을 통해 "법인세법 제52조1항의 부당행위계산부인 제도의 취지는 조세회피 행위를 방지하려는 데 있다"며 "자신에게 30% 이상을 출자하고 있는 주주가 출자하고 있는 다른 법인과 거래를 하는 경우에도 경제적 합리성이 없는 거래를 함으로써 조세의 부담을 부당히 경감 내지 배제시킬 가능성이 다분히 있다"고 지적했다. 이들 대법관들은 "법인(A회사)을 기준으로 해 거래상대방이 법인세법시행령 제87조1항 각호의 1에 해당하는 경우뿐만 아니라 거래상대방(B회사)을 기준으로 해 법인이 각호의 1에 해당하는 경우에도 그 거래상대방이 법인의 특수관계자에 해당한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 원고 A사는 2004년 회사 주식 48.6%를 보유한 대주주 김모씨가 지분 20%를 소유한 B사에게 주식을 양도하고 금원을 대여했다. 그러나 세무서가 이를 부당행위계산으로 간주해 1999~2001년 사업연도에 법인세 148억원을 부과하자 원고는 이 가운데 51억원을 취소하라며 소송을 냈다. 1,2심은 B사를 특수관계자로 간주해 과세한 것이 정당하다며 A사의 청구를 받아들이지 않았다. 대법원 관계자는 "주주 입장에서는 A회사에 이익을 귀속시키는 것이 B회사에 귀속시키는 것보다 유리하기 때문에 A회사가 손해를 보면서까지 B회사에 고가로 일감을 몰아주는 경우는 그리 많지 않을 것"이라고 말했다.

토지거래허가구역에 있는 토지를 관청의 허가 없이 매수한 다음 제3자에게 전매하고 소유권이전등기를 최초 매도인에게서 곧바로 최종 매수인으로 마친 경우 중간 매도인이 양도차익을 얻었다면 양도소득세를 내야 한다는 대법원 전원합의체 판결이 나왔다. 이번 판결로 토지거래허가구역의 토지거래계약이 허가를 받지 않아 무효 상태에 있다면 매매대금이 지급됐더라도 이를 양도소득세 과세대상인 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없다고 판시한 종전 대법원 판결(98두5811등)은 모두 변경됐다. 대법원 전원합의체(주심 김능환 대법관)는 21일 송모(71)씨가 평택세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소청구소송 상고심(☞2010두23644)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "매매 등 계약이 법률상 무효라는 이유로 매도인 등이 얻은 양도차익에 대해 양도소득세를 과세할 수 없다고 보는 것은 과세 없는 양도차익을 향유하게 하는 결과가 돼 조세정의와 형평에 어긋난다"고 밝혔다. 이어 "토지거래허가구역 내의 토지를 매도했으면서 매매가 아닌 증여가 이뤄진 것처럼 꾸며 이전등기를 마친 경우 또는 거래허가를 받지 않고 이전등기를 마치지도 않은 채 토지를 제3자에게 전매해 대금을 수수하고서도 최초 매도인이 제3자에게 직접 매도한 것처럼 계약서를 작성해 이전등기를 마친 경우 등에는 중간의 매도인 등에게 자산양도로 인한 소득이 있다고 봐야 하고 이는 양도소득세 과세대상이 된다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "원심이 이 사건 매매계약과 전매계약이 무효인 이상 양도소득세 부과대상인 자산의 양도가 있다거나 자산양도로 인한 소득이 있다고 볼 수 없다는 이유로 세금부과처분이 위법하다고 단정한 것은 잘못"이라고 지적했다. 반면, 박시환·김지형·전수안·차한성·이인복·이상훈 대법관은 "토지거래허가구역 내의 토지에 관한 매매계약이 처음부터 허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 이뤄진 경우에는 확정적으로 무효이며, 매매계약이 무효인 이상 그 매매대금이 양도인에게 지급됐더라도 양도소득세의 과세대상인 자산의 양도에 해당한다고 할 수 없다"며 반대의견을 냈다. 송씨는 2005년 4월께 황모씨로부터 서울 강남구 토지거래허가구역 안에 있는 토지를 20억여원에 산 직후 권모씨 등 7명에게 27억여원을 받고 전매한 뒤 황씨와 권씨 등을 직접 당사자로 하는 토지거래허가를 받아 권씨 등의 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 송씨는 2009년 평택세무서가 "최종 매수인들에게 토지를 전매한 것은 사실상 유상양도에 해당하므로 양도소득세 부과대상이 된다"며 6억6000여만원의 양도소득세를 부과하자 소송을 냈다. 1,2심은 모두 "허가받지 않은 거래는 무효이므로 과세대상에 해당하지 않는다"며 원고승소 판결했다. 대법원 관계자는 "토지거래허가구역 내에서 당사자가 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 계약을 체결해 매도인 등이 매매대금을 수수하고 최종 매수인에게 이전등기를 마친 결과 그 경제적 이익이 매도인에게 귀속돼 있는데도 불구하고 매도인에게 양도소득세를 부과할 수 없는 부당한 결과를 시정함으로써 조세정의 실현에 기여한 판결"이라고 의미를 설명했다. 토지거래허가제도는 특정 토지에서 투기거래가 성행하거나, 그러한 가능성이 있는 지역, 지가가 급격히 상승하거나 상승할 우려가 있는 지역을 토지거래허가구역으로 지정해 계약 전에 허가를 받고 거래하도록 하는 제도다. 따라서 이 구역의 토지를 계약하려면 사전에 시장, 군수, 구청장으로부터 토지거래계약허가를 받아야 한다.

주유소 토지에 대한 과세 여부를 판단할 때는 주유소 건물과 터널식 세차기 등 부속시설의 시가표준액을 기준으로 별도 합산하거나 종합 합산해야 한다는 첫 판결이 나왔다. 구 지방세법 제182조와 법시행령 제131조의2는 건축물의 시가표준액이 부속토지의 시가표준액의 3% 이상이면 부속 토지가 재산세 별도합산과세대상이 된다고 규정하고 있다. 반면 3% 미만이면 부속 토지는 종합합산과세대상이 돼 중과세된다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 13일 S회사가 서울 마포구청장을 상대로 제기한 재산세등부과처분취소소송(2011구합4145)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 "시설물과 주유소 건축물을 합친 시가표준액이 부속토지의 시가표준액에서 차지하는 비율이 3%를 넘으므로 주유소 토지를 종합합산과세대상으로 한 부과처분은 위법하다"고 지적했다. 재판부는 터널식 세차기에 대해 "건축법과 그 시행령이 기계식 세차설비가 주유소에 포함된다고 규정하고 있는 만큼 지방세법상 시가표준액 계상대상인 건물에 부수하는 시설물에 해당한다"고 밝혔다. 이어 주유소의 특수방화벽과 콘크리트바닥에 대해서도 "화재가 난 경우 불이 번지는 것을 방지하기 위한 것으로 사회통념상 주유소와 일체가 돼 경제적 효과를 증가시키는 시설물로 봐야 하므로 시가표준액 계상대상인 건축물에 해당한다"고 설명했다. 또 주유소 배관에 대해서는 주유소 지하에 설치된 저유조와 주유기를 연결하기 위해 설치된 시설이라는 이유로, 폐수처리시설은 세차장에서 발생하는 폐수를 저장한 다음 일부는 재사용하고 일부는 방류시키는 설비라는 이유로 각각 '지방세법상 시가표준액 계상대상인 저장시설과 이에 부수되는 시설'에 해당된다고 판단했다. 마포구청은 2006년부터 2009년까지 S회사가 소유한 주유소의 부속 토지가 별도합산과세대상에 해당한다고 보고 재산세 및 지방교육세를 부과해왔다. 하지만 지난 2009년 구청은 주유소 건물의 시가표준액이 토지 시가표준액의 3%에 미치지 못하므로 토지가 종합합산과세대상에 해당한다는 이유로 재산세 및 지방교육세 8257만 원을 추가로 부과했다. 이에 S회사는 조세심판원에 심판을 청구했지만 일부만 감액되자 소송을 냈다.

법무법인이 받은 기업자문료가 직원의 실수로 거래내역이 불명확한 수입(가수금)으로 처리돼 매출액에서 누락됐더라도 이를 사외유출로 봐 대표변호사의 상여로 의제하는 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 현행 법인세법은 법인이 고의로 매출액을 누락한 경우 이 금액이 사외로 유출된 것으로 보고 있고, 법시행령은 사외유출이 분명한 금액은 법인의 대표자에게 귀속된 것으로 간주해 일반적인 경우보다 고율의 소득세를 부과하고 있다. 서울행정법원 행정6부(재판장 김홍도 부장판사)는 지난 8일 A법무법인이 서울 역삼세무서장을 상대로 낸 소득금액변동통지취소소송(2011구합10485)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "법인의 매출액이 장부에 기재되지 않은 경우 특별한 사정이 없는 한 매출누락액이 사외로 유출된 것으로 봐야 하지만, 이 금액이 가수금으로 입금돼 가수금계정에 상정돼 있다면 과세관청이 사외로 유출된 사실을 입증해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "기업자문료 금액이 가수금 계정에 계상돼 있었고 그 내용이 대표자로부터의 차입금 거래를 기장한 것도 아니므로 사외로 유출됐다고 보기 어렵다"고 설명했다. B법무법인은 지난 2006년 H회사로부터 자문료 1억1,000만 원을 지급받았지만 직원의 실수로 이를 장부에 '기타 가수금 입금'으로 처리, 매출액에서 누락시킨 채 법인세를 신고했다. 이후 B법무법인은 국세청으로부터 '과세자료 해명안내'를 받고 부가가치세와 법인세를 수정신고 했다. 하지만 역삼세무서는 누락된 자문료가 법무법인의 대표변호사에게 사외유출된 것으로 간주하고 B법무법인에 대표변호사를 소득자로 한 소득금액변동통지를 했다. 이에 B법무법인이 조세심판을 신청했지만 기각당하자 소송을 냈다. 한편 B법무법인은 지난 2009년 C법무법인과 합병해 A법무법인으로 명칭을 변경했다.

자동차가 견인돼 차주가 차량을 사용할 수 없었더라도 자동차세는 납부해야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정7부(재판장 안철상 수석부장판사)는 16일 A씨가 서울 송파구청장을 상대로 제기한 부당행정집행취소소송(2010구합36428)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "자동차세는 자동차의 소유 사실을 과세요건으로 해 부과되는 재산세의 성질을 가진 조세이고, 자동차의 소유 여부는 자동차 등록원부 상의 등록 여부로 결정된다"며 "실제 자동차를 사용할 수 없는 사유가 발생해 그 운행이익을 향유하지 못하고 있더라도 자동차등록원부 상 말소등록 절차를 거치지 않았다면 여전히 소유권을 보유하고 있다고 할 것"이라고 판단했다. 서울 송파구청은 2009년8월 송파구의 한 이면도로를 생활도로로 조성하기로 결정하고 이 지역에 거주자우선 주차구획을 배정받은 A씨에게 주차구획 배정이 철회됐으므로 주차된 차량을 다른 곳으로 옮기라고 통지했다. 하지만 A씨가 구청의 일방적인 주차구획 배정 철회가 부당하다며 자동차를 그대로 방치해두자 구청은 A씨의 자동차를 견인해 차량견인보관소에 보관해 버렸다.

수출업체가 국내거래를 하면서 외국환은행으로부터 받은 구매확인서를 세무서에 제출하지 않았다면 부가가치세법상 영세율을 적용받을 수 없다는 대법원판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 신영철 대법관)는 수출용 의료용구 제조업자 문모씨가 수원세무서를 상대로 낸 부가가치세부과처분취소 소송 상고심(☞2011두2774)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세에서 영세율 적용은 이중과세를 방지하기 위해 원칙적으로 수출의 경우에만 인정되고 국내의 공급소비에 대해서는 수출에 준하는 경우로서 외국환의 관리 및 부가가치세의 징수질서를 해하지 않는 범위 내에서 외화획득의 장려라는 국가정책상의 목적에 부합되는 경우에만 법령이 정하는 바에 따라 예외적·제한적으로 인정된다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "구매확인서 등에 의해 국내에 공급하는 재화를 수출하는 재화에 포함시켜 영세율을 적용하는 법령은 엄격히 해석해야 한다"며 "원고가 국내 거래처에 물품을 공급하면서 구매확인서 등에 의하지 않았다면 그 거래는 영세율 적용대상에 해당되지 않는다"고 판단했다. 의료용 특수주사바늘 제조업을 하는 문씨는 2006년7월부터 2007년6월까지 총 15억원의 물건을 해외기업 한국지점에 공급하고 세무서에 부가가치세를 영세율을 적용해 신고했다. 세무서는 이후 부가가치세 환급현지확인조사를 실시했고 수출업체가 국내거래를 하면서 영세율을 적용받으려면 내국신용장이나 구매확인서를 첨부서류로 제출해야 하는데 문씨가 이를 첨부하지 않았다며 1억6,500여만원의 세금부과처분을 했다. 문씨는 2008년3월 조세심판원장에게 심판청구를 했으나 기각되자 소송을 냈다. 1·2심은 "문씨의 사업은 영세율을 적용받을 수 있는 실체적인 요건을 충족하고 있기 때문에 구매확인서 등이 첨부되지 않았다는 형식적인 이유만으로 영세율 적용을 배제한 것은 실질과세의 원칙에 반한다"며 원고승소 판결을 내렸다.

고객이 원화를 예금하면 예금액을 다시 엔화로 바꿔 만기가 되면 원화로 지급하는 '엔화스왑예금'에서 생긴 외환매매차익은 과세대상이 아니라는 대법원판결이 나왔다. '엔화스왑예금'은 고객이 맡긴 원화를 엔화로 바꿔 넣어두고 만기가 되면 일정한 선물환율에 엔화를 되팔아 원리금을 원화로 돌려주는 예금거래방식이다. 현행 소득세법은 예금의 이자소득은 과세대상으로 정하고 있지만 환율차이로 발생하는 외환매매이익은 과세대상으로 보지 않아 은행들은 외환매매이익이 비과세라는 점을 이용해 금융상품을 판매해 왔다. 씨티은행도 지난 2003년부터 2006년 초반까지 엔화정기예금계약과 선물환계약을 함께 체결해 일반정기예금의 이율보다 높은 이율을 보장하는 금융상품인 '엔화스왑예금'을 개발해 판매했다. 하지만 국세청이 2006년 법인제세 통합조사를 실시한 후 선물환거래로 발생하는 이익도 소득세법에서 정한 이자소득에 해당한다며 원천징수 이자소득세 부과처분을 했다. 은행측은 2008년3월 소송을 냈고 1·2심은 모두 원고승소 판결을 내렸다. 대법원의 판단도 마찬가지였다. 대법원 특별1부(주심 이인복 대법관)는 (주)한국씨티은행이 남대문세무서를 상대로 낸 법인원천징수이자소득세 부과처분취소 소송 상고심(2010두3916)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 판결문에서 "엔화스왑예금거래를 통해 고객이 얻은 선물환차익은 자본이익의 일종인 외환매매이익에 불과할 뿐 소득세법에서 정한 예금의 이자 또는 이와 유사한 소득으로 볼 수 없어 이자소득세의 과세대상에 해당하지 않는다"고 판단했다. 재판부는 또 "소득세법이 유형적 포괄주의의 형태로 규정돼 있다고 해 이를 근거로 채권이나 증권이 아닌 외국통화의 매도차익인 선물환차익에 관해서도 이자소득세의 과세대상이라고 확대해석하는 것은 조세법률주의의 원칙에 비춰 허용할 수 없다"고 덧붙였다. 이 소송을 대리한 김앤장 법률사무소의 백제흠 변호사는 "이번 판결에서 대법원은 조세법률주의에 따른 엄격해석의 입장을 견지했고, 소득구분에 관한 유형별 포괄주의 조항에 대해서도 그 범위를 제한적으로 해석하는 입장을 취했다"며 "파생금융상품의 과세문제에 대해 중요하고도 의미있는 판시를 했다"고 평가했다.

당초 조세감면결정을 받았던 기술이 시간이 흘러 보편적인 기술이 됐다면 조세감면대상에서 제외해도 신뢰보호원칙을 위반한 것이 아니라는 대법원판결이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 전수안 대법관)는 수질오염물질처리사업체 (주)A사가 기획재정부를 상대로 낸 조세감면거부처분 취소소송 상고심(2008두19659)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "국립환경연구원은 2002년 이 사건 기술현황에 대해 2001년부터 2002년까지 국내 26개 업체가 이 기술 또는 유사한 환경신기술 보유업체로 지정받은 점을 근거로 해 원고의 기술은 국내의 활발한 기술개발로 인해 상용화됨으로써 기술이전효과가 미약하다는 취지의 의견을 표명했다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "이 사건 투자는 이 같은 의견표명이 있은 후에 이뤄졌고 법에서 말하는 기술은 신규성과 고도성 및 파급력 등을 요건으로 하므로 시간의 경과에 따라 그 해당여부에 대한 판단이 달라질 수밖에 없다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "기재부가 사정변경으로 이 기술이 법에서 정한 기술에 해당하지 않게 된 이후에 이뤄진 투자에 대해서도 조세감면대상사업에 해당한다는 견해표명을 했다고 할 수 없어 이 사건 처분이 사전확인통보의 취지에 반한다고 하더라도 신의성실의 원칙에 위반된다고 할 수 없다"고 판단했다. 하수처리시설의 건설 등을 위해 2001년 설립된 A사는 인천광역시와 협약을 체결하고 사업을 하던 중 자신들의 사업이 조세특례제한법에서 정한 '고도의 기술'을 이용하고 외국인의 투자를 받았다며 기획재정부에 조세감면신청을 해 조세감면결정을 받았다. 이후 A사는 2004년께 사업을 진행하면서 다시 기재부에 조세감면신청을 했으나 거부당하자 소송을 냈다. 1심은 "시간이 지나면 조세감면대상에 해당하는지 여부는 달라질 수 있어 이 사건 처분이 신뢰보호원칙에 위배된다고 할 수 없다"며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 이를 뒤집어 원고승소 판결을 내렸다. 현행 조세특례법은 '고도의 기술을 수반하는 사업, 국내에서 개발수준이 낮거나 개발이 되지 않은 기술을 수반하는 사업으로서 국내사업의 국제경쟁력 강화를 위해 필요하다고 인정되는 사업'에 대해서는 법인세 등을 감면한다고 규정하고 있다.