중소기업이 결손금 소급공제를 받았지만 이후 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환하도록 규정하면서 법 시행 이전에 받은 소급공제도 반환하도록 한 법인세법 부칙은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. A사는 2003년 7월 수원시 팔달구의 한 오피스텔 건물을 신축해 분양했고, 2007년 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했다. A사는 건설업을 주된 사업으로 하는 법인이라며 2008년 6월 법인세법 제72조1항 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청해 수원세무서로부터 4억300만여원을 환급받았다. 하지만 수원세무서는 2009년 11월 A사가 건설업이 아닌 부동산 공급업을 주된 사업으로 하는 기업이라며 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 A사가 환급받은 법인세액에 이자를 가산한 4억6700여만원을 징수하는 처분을 했다. A사는 수원지법에 징수처분 취소소송을 냈지만 패소했고, 항소심에서 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 2012년 3월 헌법소원을 냈다. A사는 결손금 소급공제에 의한 환급 규정을 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용하도록 한 법인세법 부칙 제9조가 위헌이라고 주장했다. 헌재는 24일 A사가 법인세법 부칙 제9조는 위헌이라며 낸 헌법소원사건(2012헌바105)에서 재판관 전원일치 의견으로 위헌 결정했다. 재판부는 "부칙은 개정 후 법인세법 시행 이전에 결손금 소급공제 대상이 아닌데도 법인세를 환급받은 법인에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이미 종결한 과세요건사실에 소급해 적용할 수 있도록 하는 것이어서 헌법에서 원칙적으로 금지하는 진정소급입법에 해당한다"고 밝혔다. 또 "법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자를 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라는 신뢰는 보호할 필요가 있다"며 "진정소급입법을 허용할 수 있는 사정이 없어 소급입법 과세금지 원칙에 위반된다"고 지적했다.