1. 헌법재판소법 제68조 제2항 헌법소원심판청구의 대상은 재판의 전제가 되는 형식적 의미의 법률 및 그와 동일한 효력을 가진 명령이므로, 시행규칙 조항을 대상으로 한 심판청구는 부적법하다.
2. 치료감호기간 조항은 정신성적 장애인이 치료감호시설에 수용될 수 있는 기간의 상한을 정함으로써 치료의 필요성 및 재범의 위험성에 따라 탄력적으로 치료감호를 집행하는 동시에, 정신성적 장애인의 기본권이 과도하게 제한되는 것을 방지하고자 하는 것으로서 입법목적의 정당성 및 수단의 적정성이 인정된다. 정신성적 장애는 그 증상이나 정도, 치료의 방법 등에 따라 치료의 종료 시기가 달라질 수 있으므로 이를 일률적으로 예측하기 어렵고, 그에 따른 재범의 위험성 소멸시기를 예측하는 것도 어려우므로 정신성적 장애인에 대한 치료감호는 그 본질상 집행단계에서 기간을 확정할 수밖에 없다. 구 치료감호법은 치료의 경과 및 재범의 위험성의 소멸 정도에 따라 기간 만료 전에도 가종료나 종료 결정에 의해 치료감호소를 퇴소할 수 있도록 하는 등 구체적·개별적 사안마다 치료감호시설의 수용 계속 여부를 적절하게 심사·결정할 수 있는 장치를 마련하여 기본권 제한을 최소화하고 있다. 치료감호기간 조항으로 인하여 청구인은 상당 기간 신체의 자유가 제한되는 불이익을 입을 수 있으나 계속적인 치료감호를 통하여 해당 정신성적 장애의 증상으로부터 벗어나는 이익을 얻을 수도 있으므로, 청구인이 입는 사익의 침해는 달성하려는 공익에 비하여 결코 크다고 볼 수 없다. 따라서 치료감호기간 조항은 과잉금지원칙을 위반하여 청구인의 신체의 자유를 침해하지 않는다.
3. 약물·알코올 중독자에 대한 치료감호기간의 상한을 2년으로 정하고 있는 것과 달리, 치료감호기간 조항은 정신성적 장애인에 대한 치료감호기간의 상한을 15년으로 정하고 있어 정신성적 장애인을 약물·알코올 중독자와 달리 취급하고 있다. 약물·알코올 등의 남용·중독은 중독현상을 치료할 수 있는 치료법이 있는 질환으로 비교적 단기간의 집중적인 치료를 통하여 극복될 수 있는 반면, 정신성적 장애는 뇌 기능 손상의 정도나 원인·증상 등에 따라 치료방법 및 치료기간이 다양할 수밖에 없고, 왜곡된 성인식을 개선하기 위한 근본적인 치료가 필요하다. 이처럼 마약·알코올 중독자와 정신성적 장애인은 그 증상이나 치료방법, 치료에 필요한 기간 등에서 많은 차이가 있으므로, 치료감호기간 조항이 정신성적 장애인을 약물·알코올 중독자와 달리 취급하는 것에는 합리적인 이유가 있다. 따라서 치료감호기간 조항이 청구인의 평등권을 침해한다고 볼 수 없다.