서울고법 형사2부(재판장 김동오 부장판사)는 20일 자신이 대주주로 있는 회사 자금을 유용한 혐의 등으로 기소된 조희준(48) 전 국민일보 회장의 항소심(2013노428)에서 징역 2년을 선고한 1심을 깨고 징역 1년6월에 집행유예 3년을 선고했다. 재판부는 "조 전 회장은 자신이 부담하고 있던 체납세금의 납부와 일본에서의 생활비 조달을 넥스트미디어홀딩스 대표인 이모씨에게 요구하고 이씨는 조 전 회장이 대주주로 있는 엔크루트닷컴으로부터 대여받는 방법으로 자금을 마련했다"며 "이씨가 엔크루트닷컴 법인계좌에서 7억4900만원을 인출해 조 전 회장의 조세납부 등으로 사용함으로써 조 전 회장은 이씨와 공모해 횡령한 점이 인정된다"고 밝혔다. 재판부는 7억4900만원을 제외한 나머지 부분에 대해서는 "범죄의 증명이 없다"며 무죄로 판단했다. 재판부는 "조 전 회장이 범행을 주도하기보다는 일본에 장기간 체류하면서 범행을 용인하는 형태로 가담한 것으로 보인다"고 양형 이유를 설명했다. 여의도순복음교회 조용기 원로목사의 장남인 조 전 회장은 2004∼2005년 사이에 자신이 대주주로 있던 엔크루트닷컴 자금 25억여원을 자신의 밀린 세금과 생활비 등으로 사용한 혐의 등으로 2011년 10월 기소됐다.

벌과금 22조9460억여원을 미납하고 있는 김우중 전 대우그룹 회장이 내야할 세금이 21억여원 늘어났다. 법원이 공매 처분을 통해 추징금을 징수하는 과정에서 발생한 지방세는 추징금으로 낼 수 없다고 판결했기 때문이다. 추징금은 국가로 귀속되지만, 지방세는 지방자치단체로 귀속되기 때문에 이번 판결이 확정되면 국가의 수익은 늘어나는 반면 지자체의 세수는 줄어들 것으로 보인다. 최근 검찰이 김 전 회장과 전두환 전 대통령 등 고액 벌과금 체납자의 추징을 적극 추진하겠다고 밝힌 가운데 나온 판결이어서 상급심의 판단이 주목된다. 서울행정법원 행정14부(재판장 진창수 부장판사)는 최근 김 회장의 거주지인 서울 서초구가 한국자산관리공사를 상대로 낸 공매대금 배분처분 취소소송(2012구합35016)에서 원고패소 판결했다. 서울중앙지검은 2008년 김 전 회장의 체납 추징금 징수를 위해 김 전 회장의 소유의 베스트리드리미티드 비상장주식 700만여주를 압류해 한국자산관리공사에 공매대행을 의뢰했다. 공사가 920억여원에 주식을 매각하자 서초구는 지난해 9월 주식을 매각하면서 발생한 양도소득세 등 21억여원을 배분해 달라고 공사에 요구했으나 거부당했다. 서초구는 "공사가 배분계산서를 작성하기 전까지 배분 요구를 했기 때문에 공매대금을 배분해야 한다"며 지난해 10월 소송을 냈다. 재판부는 판결문에서 "공매절차는 채무자의 재산에 대한 압류를 전제로 진행되고, 공매대금 교부청구도 압류의 효력이 존속함을 전제로 한다"며 "공매대금이 완납되면 소유권이 제3자에게 이전되고 압류의 효력도 소멸되기 대문에 공매대금 완납 전까지는 교부청구의 대상이 되는 조세채권이 성립·확정돼 있어야 한다"고 밝혔다. 법원 관계자는 "김 전 회장의 주식을 공매하면서 생긴 양도소득세는 공매대금이 완납된 후에 성립된 세금이기 때문에, 추징금 징수 과정에서 발생한 세금을 공매대금으로는 낼 수 없다"면서 "앞으로 고액 벌과금 체납자 재산을 추징하는 과정에서 같은 문제가 생길 수 있다"고 말했다. 앞서 김 전 회장도 추징금보다 세금을 먼저 내겠다며 지난해 10월 소송을 냈다. 사건을 맡은 서울행정법원 행정1부(재판장 이승택 부장판사)는 다음 달 19일 선고할 예정이다.

건물 관리인은 파산한 회사의 밀린 관리비를 파산 회사의 강제관리인에게 직접 청구할 수 없다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 강제관리인은 파산한 회사의 대리인이 아니므로 회사의 채무에 대해 직접 책임을 지지 않는다고 본 첫 판결이다. 서울고법 민사23부(재판장 이광만 부장판사)는 지난달 24일 ㈜테마알앤디가 "밀린 관리비 3억여원을 지급하라"며 파산자인 ㈜한국부동산신탁의 강제관리인 A변호사를 상대로 낸 체납관리비 청구소송 항소심(2012나89926)에서 1심과 같이 원고패소 판결했다. 민사집행법 제169조1항은 강제관리인은 강제관리 대상 건물의 수익에서 부동산이 부담하는 조세, 그 밖의 공과금을 뺀 뒤에 관리비용을 변제하도록 규정하고 있다. 그동안은 강제관리인이 부동산 수익에서 관리비용을 먼저 변제하지 않을 때 채권자는 누구를 상대로 변제를 청구할 수 있는지 명확하지 않았다. 재판부는 판결문에서 "민사집행법에서 강제관리인에게 관리비용을 변제하도록 규정하고 있더라도, 이는 강제관리인에게 관리비용을 변제할 실체법상의 의무를 부과하는 조항이라고 해석할 것이 아니다"라며 "강제관리인은 집행법원을 대신해 부동산을 관리하는 역할을 담당하면서, 집행보조기관으로서 절차상의 의무를 부담할 뿐"이라고 밝혔다. 또 "강제관리인이 건물의 수익금을 관리비용으로 우선적으로 변제하지 않은 경우에는 민사집행법에 따라 배당에 이의 신청을 하거나, 강제관리인을 상대로 선량한 관리자의 주의의무 위반으로 인한 손해배상청구 소송을 내야 한다"고 덧붙였다. 한국부동산신탁은 1995년 성남시 분당구에 토지에 종합터미널과 복합쇼핑몰인 테마폴리스를 신축해 임대·관리했고 건물 일부를 구분소유하고 있다. 이후 한국부동산신탁은 파산했고 법원은 부동산 강제관리인으로 A변호사를 선임했다. 테마폴리스를 관리하던 테마알앤디는 그동안 한국부동산신탁이 체납한 공용관리비와 지연손해금 3억원을 내라며 지난해 3월 소송을 냈다.

법인세 공제대상인 기업부설 연구소 직원들의 인건비에는 퇴직급여 충당금도 포함된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 최근 (주)현대자동차가 서초세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송(2012구합44058)에서 원고승소 판결했다. 조세특례제한법과 시행령은 기술개발과 문화산업 진흥을 위한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 등을 포함한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 지난해 시행령이 개정되기 이전에는 인건비에 퇴직급여 충당금을 명문으로 제외하고 있지는 않았다. 재판부는 판결문에서 "인건비는 명칭을 불문하고 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여 충당금은 법인이 퇴직금을 사전 적립한 것으로, 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이기 때문에 퇴직급여 충당금에 대해 법인세를 공제하더라도 입법 취지에 반하지 않는다"고 밝혔다. 또 "지난해 2월 조세특례제한법 시행령에 '인건비에서 퇴직급여 충당금은 제외한다'는 규정을 신설한 점을 고려하면 개정 전의 시행령의 인건비에는 퇴직급여 충당금에도 포함된다고 보는 것이 타당하다"고 덧붙였다.

외제수입차 판매업자가 고객이 시승하는 데 제공하는 차량은 부가가치세 매입세액으로 공제할 수 있는 영업용 차량에 해당한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 함상훈 부장판사)는 지난 19일 메르세데스벤츠코리아(주)가 남대문세무서를 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2012구합27657)에서 원고일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "벤츠코리아가 제공하는 시승용 차량은 소비자들의 구매의사를 강화해 판매 촉진에 기여한다"며 "소비자가 시승 후 차량을 구매하면 결국 벤츠코리아의 매출이 증대하기 때문에 시승용 차량은 영업용 차량에 해당한다"고 밝혔다. 독일에서 벤츠 차량을 수입해 딜러들에게 판매하는 메르세데스벤츠코리아(주)는 "시승용 차량은 영업용"이라며 시승용 차량을 매입세액에 포함시켜 세액을 신고했지만, 남대문세무서는 시승용 차량은 영업용으로 볼 수 없다며 매입세액에서 제외하고 부가가치세 29억여원을 부과했다. 벤츠코리아는 2011년 조세심판원에 심판을 청구했지만 받아들여지지 않자 지난해 8월 소송을 냈다.

대법원이 헌법재판소의 한정위헌 결정의 기속력을 부인하는 기존 입장을 재확인하는 판결을 내려 한정위헌결정의 효력을 둘러싼 대법원과 헌재의 해묵은 갈등이 재연되고 있다. 대법원 행정1부(주심 김창석 대법관)는 지난달 28일 (주)KSS해운이 "헌법재판소가 한정위헌 결정을 내린 구 조세감면규제법 부칙 23조에 근거한 법인세 부과를 취소해 달라"며 서울 종로세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 상고심에 대한 재심청구사건(2012재두299)에서 청구를 기각했다. 재판부는 "헌재가 한정위헌이라는 명목 하에 법원에 법률의 해석 또는 적용기준을 제시하고 이를 따르도록 기속하는 것은 헌법상 권력분립의 원리에 반하고 사법권의 독립을 침해하는 것"이라고 밝혔다. 그 사이 한정위헌 결정을 근거로 법원에 재심을 청구한 당사자들에 대한 구제는 사실상 어려워진 상태다. ◇대법원 '조세정의' vs 헌재 '조세법률주의'=KSS해운은 상장을 전제로 기업에 조세감면 혜택을 주는 구 조세감면규제법 56조에 따라 1989년 사업연도 법인세를 신고납부했다. 그러나 정해진 시한까지 상장하지 못하자 종로세무서는 구 조세감면규제법 부칙 제23조에 따라 감면받은 법인세와 방위세 65억원을 다시 부과했다. 부칙 23조는 정해진 기간 안에 상장하지 않는 경우 감면받은 법인세를 다시 부과하는 내용이다. KSS해운은 "조세감면규제법이 전면 개정되면서 부칙을 따로 입법하지 않았으므로 세금을 물릴 근거가 없다"며 소송을 냈지만 하급심과 대법원에서 모두 패소하자 헌재에 헌법소원을 냈다. 헌재는 KSS해운의 주장을 받아들여 한정위헌 결정(2009헌바35)을 내렸고, KSS해운은 대법원에 재심을 청구했다. 하지만 대법원은 재심 청구를 기각했다. 구법 부칙조항을 유효하다고 보지 않으면 조세정의에 반하는 불합리한 결과가 나온다는 이유에서다. 대법원은 "조세감면규제법 부칙규정에 따라 세제혜택을 누린 기업들은 상장기한 내 주식을 상장하지 않을 경우 혜택 받은 액수만큼의 과세처분을 받는다는 사실을 당연히 예상하고 있었던 점, 부칙규정이 기업들 입장에서 상장기한 연장이라는 유리한 결과도 가져온 점 등을 고려할 때 조세감면규제법 부칙규정은 효력을 유지해야 할 특별한 사정이 있는 경우라고 볼 수 있다"며 "KSS해운에 대한 과세연도는 1989년이므로 전면개정법이 적용되지 않고, 부칙규정이 포함된 이전 법률이 적용된다고 봐야 하므로 이를 근거로 한 과세처분은 정당하다"고 밝혔다. 반면 헌재는 이에 앞서 지난해 구 조세감면규제법 부칙에 대해 한정위헌 결정을 내리면서 "법률이 전부 개정된 경우에는 기존 법률을 폐지하고 새로운 법률을 제정하는 것과 마찬가지여서, 종전의 본칙은 물론 부칙 규정도 그에 관한 경과규정을 두거나 이를 계속 적용한다는 등의 규정을 두지 않는 이상 전부개정법률의 시행으로 인해 실효된다"고 밝혔다. 또 "1993년 전문개정된 법에 계속 적용에 관한 규정을 두지 않았고 부칙조항을 대체할 만한 별도의 경과규정을 두지 않았으므로, 1990년 개정 조세감면규제법 부칙조항은 전문개정법이 시행된 1994년 1월 1일자로 실효됐다고 봐야 한다"고 설명했다. ◇재심청구 당사자들, 재판소원 진행해도 구제될 지는 '불확실'= 이번 사건에 적용된 구 조세감면규제법 부칙 23조에 대해 헌법소원을 내 한정위헌 결정을 받은 회사는 GS칼텍스와 AK리테일, KSS해운, 교보생명 등 4개사다. 이 가운데 교보생명은 정해진 시한까지 상장하지 못한 정당한 사유가 있다고 인정받아 지난달 대법원에서 승소가 확정돼 재심을 청구할 이유가 없어졌다. GS칼텍스와 AK리테일은 서울고법에 재심을 청구했지만, 대법원이 한정위헌의 기속력을 인정하지 않는 기존 입장을 재확인한 만큼 재심이 기각될 확률이 높다. 구 조세감면규제법 부칙 23조 적용여부에 따라 달라지는 세액은 KSS해운의 경우 65억원, GS칼텍스는 707억원, AK리테일은 103억여원으로 총액이 875억원에 이른다. 재심청구가 기각되자 KSS해운의 소송대리인인 법무법인 율촌 관계자는 "헌재에서 법원 재판이나 원행정처분을 취소해준다면 종로세무서가 세금부과처분을 취소할 수도 있기 때문에 재판소원을 내는 것을 검토하고 있다"고 밝혔다. 원칙적으로 법원의 재판은 헌법소원 대상이 될 수 없지만, 헌재는 1997년 양도소득세의 과세기준에 대한 구 소득세법 사건에서 사법사상 처음으로 위헌인 법령을 근거로 재판을 했다는 이유로 대법원 판결을 취소하며 예외를 인정했다(96헌마172). 이 사건은 과세관청이 세금부과를 취소하면서 일단락됐다. 한 대형로펌의 변호사는 "이번 사건은 액수가 워낙 커 과연 과세관청이 예전처럼 헌재 결정에 따라 처분을 취소해 줄지는 의문이지만, 당사자 입장에서는 재판소원을 진행하는 것 외에는 딱히 선택할 구제수단이 없다"고 말했다. 한정위헌이 내려진 형사처벌 규정에 따라 유죄판결을 받은 당사자들도 구제받기 어렵기는 마찬가지다. 2011년 헌재는 소셜네트워크서비스(SNS)를 이용한 사전선거운동을 금지한 공직선거법 조항에 대해 한정위헌 결정을 내렸다. 이후 이 조항으로 유죄 판결을 받은 이들도 서울고법에 재심을 청구한 상태다. 조세감면규제법 부칙과 관련한 사건은 그나마 향후 과세관청이 과세처분을 취소할 가능성을 기대해볼 수 있지만, 형사재판의 당사자들은 재심이 받아들여지지 않으면 이후 재판소원을 통해 재판을 취소받더라도 마땅히 실질적인 구제책이 없다. ◇헌재, "변형결정 명문화해야" VS 대법원, "심급체계 무너지는 것"= 헌재 관계자는 "헌법재판소법을 개정해 한정위헌 등 변형결정도 기속력이 있다는 명문규정을 두면 당사자 구제나 권한범위 문제 등이 해결될 수 있다"고 말했다. 헌재가 단순위헌결정만 내리게 되면 입법공백으로 인한 부작용을 막을 길이 없어지고, 독일 등 다른 나라도 국회 입법권을 존중해 변형결정의 기속력을 인정하고 있다는 점을 논거로 든다. 그러나 대법원 관계자는 "한정위헌결정의 기속력을 인정하게 되면 재판 당사자가 대법원 확정판결 이후에도 헌법소원을 통해 재심을 청구할 수 있게 되고, 사실상 4심제를 인정하는 셈이 돼 심급체계가 흔들리게 된다"며 "헌법재판소법이 법원의 재판을 헌법소원에서 제외하고 있는 것을 감안하면 변형결정의 기속력을 인정하는 입법은 법 체계에도 맞지 않다"고 말했다. 또 "우리나라와 달리 연방헌재의 지위를 최고사법기관으로 정하고 있는 독일이 변형결정의 기속력을 인정하는 사례를 우리와 단순비교하는 것은 곤란하고, 우리와 유사하게 대법원과 헌재가 상호독립적인 지위를 유지하는 오스트리아에서는 변형결정의 기속력을 인정하지 않고 있다"고 덧붙였다.

국가 로펌인 정부법무공단이 기업이 낸 500억원대 세금 환급 소송에서 승소해 주목을 끌고 있다. 정부법무공단(이사장 김필규)은 로또 1기 사업자인 ㈜코리아로터리서비스(KLS)가 천안세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2011두12856)에서 정부 측인 세무서를 대리해 상고심 재판에 나섰다. 서울 서초구에 본사를 두고 있던 KLS는 2003년 회사를 천안시로 이전했는데, 자신들이 구(舊) 조세특례제한법상 지방이전기업에 해당해 법인세 감면 대상에 해당함에도 불구하고 국가가 2003~2007년까지 5년간 503억여원의 법인세를 부과한 것은 부당하다는 소송을 내 1, 2심에서 승소한 상태였다. 구 조세특례제한법은 일정 업종에 해당하는 기업이 수도권 과밀억제권역 외의 지방으로 본사를 이전하면 10년간 법인세 감면 혜택을 주도록 했다. 공단은 상고심에서 KLS가 지방이전을 해도 법인세 감면 혜택을 받을 수 없는 '복권발행업'에 해당한다는 점을 적극 주장했다. KLS는 1심 때부터 "국민은행이 복권발행업자이며, 우리는 국민은행의 복권발행업무를 기술적으로 지원한 것에 불과하다"고 주장해왔다. 하지만 공단은 KLS가 로또 발매시스템 구축에서부터 마케팅 지원까지 전 과정을 전담해 사실상 복권발행업을 대행했다는 주장을 펼쳤다. 특히 KLS가 5년간 국민은행에서 로또 발행 수수료로만 1조 3737억원을 벌어 들였는데 수수료 지급방식이 복권 매출액에 따라 일정 비율을 받는 방식을 취해 사실상 로또 판매업까지 한 것이라고 강조했다. 공단은 또 구 조세특례제한법상 법인세 감면규정이 수도권 집중 완화와 실질적인 지방 경제 활성화를 위해 만들어진 것인데, KLS는 전직원이 10여명에 불과해 이같은 입법 목적에도 맞지 않는다고 지적했다. 공단의 소송 전략은 맞아 떨어졌다. 대법원 행정2부(주심 김용덕 대법관)는 최근 KLS의 손을 들어줬던 원심을 깨고 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세 감면 제외 업종인 '복권발행업'에는 복권사업자가 자기의 계정과 책임 하에 복권을 발행하는 산업활동뿐만 아니라 복권사업자와 계약에 의해 복권발행의 전반적인 업무를 대행하는 산업활동도 포함된다"고 밝혔다. 재판부는 "KLS가 단순히 복권 발매시스템의 구축과 유지관리용역 제공에 그친 것이 아니라, 단말기 제작 및 유지보수, 마케팅 지원, 판매유통망 관리 등 온라인 복권 발행사업의 전반적인 운영 용역을 제공했을 뿐만 아니라 용역 대가 역시 복권 매출액에 연동해 받았다"면서 "KLS가 복권 발행의 전반적인 업무를 대행했다고 볼 수 있어 조세감면대상에서 제외되는 '복권발행업'에 해당한다"고 판단했다. 사건을 담당한 손호철(44·사법연수원 35기) 변호사는 "법인세 감면 대상 업종을 판단할 때는 사업 내용의 실질과 근거 조항의 입법취지를 고려해야 한다는 것이 판결의 취지"라며 "이번 대법원 판결이 공평·실질 과세 등 조세 정의를 실현하는 데 크게 기여할 것으로 기대한다"고 말했다. 2008년 2월 출범한 공단은 각종 국가·행정소송과 헌법소송에서 정부측을 대리해 무려 80％에 육박하는 승소율을 보이고 있다. 특히 지난 2011년에는 금지금(金地金) 사건을 맡아 승소해 무려 3조원의 부가가치세 부당 환급을 막아냈다. 공공기관 법률자문과 정부 발주 연구용역 과제도 수행해 법치행정이 뿌리내리는 데도 기여하고 있다.

인터넷 오픈마켓 운영자가 상품 구매자에게 지급한 할인쿠폰 금액만큼 상품 판매자의 오픈마켓 이용료를 공제했다면 부가가치세를 부과해서는 안된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정6부(재판장 함상훈 부장판사)는 지난달 25일 G마켓을 운영하는 이베이코리아가 "쿠폰으로 할인판매한 금액은 부가가치세 대상이 아니다"며 역삼세무서장을 상대로 낸 부가가치세 부과처분 취소소송(2011구합20390 등)에서 "부가가치세 184억4200여만원을 취소하라"며 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 에누리액은 재화 또는 용역의 공급 당시 통상의 공급가액에서 일정액을 직접 공제하는 금액"이라며 "이베이가 시행하는 쿠폰할인으로 판매회원이 상품판매 가격을 인하한 만큼 G마켓 서비스 이용료를 공제한 것은 부가가치세 과세표준에 포함되지 않는 에누리액에 해당한다"고 밝혔다. 역삼세무서는 이베이가 할인금액 상당의 판매대금 일부를 구매회원을 대신해 판매회원에게 지급해 준 것이라고 주장했지만, 재판부는 "쿠폰할인은 판매 증진을 통한 수익 증대라는 이베이와 판매회원의 공통 이해관계를 연결고리로 해 상품가격 할인이 이뤄지면 같은 금액만큼 서비스 이용료의 할인이 이뤄지는 것"이라며 받아들이지 않았다. 이베이는 2003년부터 쿠폰 지급 등 각종 할인제도를 시행하면서 구매회원에게 물품 가격을 할인해 주고, 판매회원에게는 서비스 이용료에서 쿠폰 할인액만큼을 공제해줬다. 하지만 감사원은 2010년 "쿠폰할인은 이베이가 매출증대를 위해 부담하는 판매촉진비 성격이지 에누리액은 아니다"라며 역삼세무서에 감사결과를 통보했고, 역삼세무서는 639억8200여만원의 부가가치세를 부과했다. 이베이는 조세심판원에 심판을 청구해 455억3900여만원의 부가가치세를 취소한다는 처분을 받았지만, 나머지 부가세처분도 취소해 달라며 2011년 6월 소송을 냈다.

금융기관이 기업에 대출한 금액을 출자해 주식으로 전환할 때 법인세가 면제되는 주식발행 액면 초과액(발행가액-액면가액)의 범위를 제한한 법인세법 시행령은 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 법인세법 제17조는 주식발행 액면초과액은 법인의 사업연도 소득산정시 익금에 산입하지 않도록 하고 있지만, 같은 법 시행령 제15조는 출자전환으로 주식을 발행하는 경우 주식의 시가가 액면가액 이상이고 발행가액 이하인 경우에는 시가에서 액면가액을 차감한 금액만 액면초과액으로 하고 있다. 대법원 전원합의체(주심 박보영 대법관)는 22일 (주)쌍용양회공업이 남대문세무서를 상대로 낸 법인세경정청구거부처분 취소소송 상고심(☞ 2010두17564)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "법인세법 제17조에서 말하는 '주식발행 액면초과액'이란 문언상 액면 이상의 주식을 발행한 경우 그 액면을 초과한 금액, 즉 주주가 납입한 주식의 인수가액에서 액면가액을 뺀 금액을 의미한다"고 밝혔다. 재판부는 "2003년 대통령령으로 개정된 법인세법 시행령 제15조 제1항은 법인세법 제17조 제1호가 규정한 주식발행액면초과액의 범위에서 주주가 납입한 주식의 인수가액과 시가의 차액에 상당하는 금액 부분을 제외해 결과적으로 법인세의 과세 대상이 되는 수익의 범위를 확장하고 있다"며 "시행령 조항이 납세자에게 불리한 방향으로 법인세의 과세대상을 확장하는 것은 법인세법 제17조 제1호의 규정과 부합하지 않을 뿐만 아니라 위임한 모법의 규정을 찾아볼 수 없으므로 조세법률주의의 원칙에 반해 무효"라고 설명했다. 쌍용양회는 2001년 채권금융기관과 채무를 출자전환하는 경영정상화 계약을 체결했다. 당시 쌍용양회의 주식 1주의 액면가액은 5000원이었고, 금융기관의 인수가액은 4만원이었다. 쌍용양회는 1주당 3만5000원을 법인세가 면제되는 '액면 초과액'으로 계산해 법인세를 납부했으나, 남대문세무서는 "시행령에 따라 1주당 인수가액인 4만원에서 시가 1만5800원을 뺀 2만4200원은 실질상 채무면제액으로 액면초과액으로 볼 수 없다"며 7800억여원을 법인세가 부과되는 이익금에 산입했다.

동아제약이 보고투자개발 유상증자 참여해 실권주를 고가에 인수했다가 납부하게 된 37억7800여만원의 법인세를 돌려받게 됐다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 동아제약(소송대리 소순무 변호사)이 동대문세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 항소심(2012누5451)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 "실권주의 고가 인수에서 경제적 이익의 분여는 실권주 인수자와 실권 주주 사이에 생기고 실권주를 발행한 법인은 당사자가 될 수 없다"며 "실권주 발행법인인 보고투자개발에 이익을 분여한 것으로 보고 구 법인세법 시행령 제88조1항 제1호를 적용한 과세처분은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 "법인이 실권주를 평가액보다 높게 발행한다고 해서 실권주 인수인인 주주와의 관계에서 이익이 발생하지 않는다"며 "실권주 발행법인으로서는 그 발행시점에 무상으로 인수가액을 출연받았다가 청산 시 남아 있는 자기자본을 지분비율대로 돌려주면 그만이기 때문에, 그 과정에서 법인에 차익이 생길 수가 없다"고 설명했다. 동아제약은 2003년 지분의 53.4%를 보유하고 있던 보고투자개발이 동원상호저축은행으로부터 대출받은 채무에 대해 180억원 한도로 지급보증을 했다. 자본잠식 상태였던 보고투자개발은 2004년에 300만주를 유상증자했고, 동아제약은 다른 주주들이 인수를 포기한 실권주 139만주를 포함해 모든 유상증자 주식을 인수하고 150억원을 납입했다. 유상증자 대금은 1주당 5000원이었지만, 시가는 2317원에 불과했다. 보고투자개발은 150억원을 동아제약이 보증을 선 대출금을 갚는 데 사용했다. 그러자 동대문세무서는 2009년 동아제약이 유상증자라는 형식으로 신주를 고가에 매수해 보고투자개발에 이익을 나누어 준 것으로 보고, 2005~2006년 법인세로 37억 7800여만원을 부과했다. 동아제약은 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각결정을 받았고, 지난해 7월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.