서울고법 행정8부와 행정5부는 모두 '위법 상태', '사회적 해악'이라는 표현을 통해 리베이트의 위법성을 인정하면서도 손금산입 인정여부에 대해서는 다른 판단을 내놨다. 위법성이 있는 비용의 손금 산입에 대해 대법원은 지난 2009년 6월 "위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대해서도 손금 산입을 인정하는 것이 사회질서에 심히 반하는 등의 특별한 사정이 없는 한 손금으로 산입함이 타당하다"고 판시했다(2008두7779). 행정8부는 "리베이트 관행은 사회적으로 용인되는 통상적인 것이 아니고, 업계의 잘못된 관행으로 사회질서에 심히 반한다"며 "리베이트 경비 지출이 법인 순자산의 감소를 가져오는 것이라고 하더라도 손비로서 인정될 수는 없다"고 판단했다. 리베이트 자금 조성과정의 불법성을 이유로 리베이트 관행을 '사회질서에 심히 반하는 특별한 사정'으로 해석한 것이다. 행정8부는 또 "조세법이 리베이트 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법한 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 반면 행정5부는 "사회적 해악이 작지 않다"며 위법성을 인정했지만 "사회질서에 심히 반하는 것은 아니다"라는 입장이다. 재판부는 "리베이트는 실질에 있어서 다량 거래를 계속한 거래처에게 사전 약정에 따라 판매대금 중 일부를 환급해 준 것으로, 기업회계상 매출금에서 감액하도록 돼 있고 세무회계에서도 동일하게 취급되고 있다"고 지적했다. 이런 맥락에서 행정5부는 리베이트의 손금산입이 허용돼야 한다고 본 것이다. 행정5부는 또 "리베이트 관행은 기본적으로 의약품 유통구조, 의료보험 체계 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 설명했다. 이에 대해 서울고법의 한 판사는 "조세법률주의 원칙에 따라 세법 규정을 엄격하게 해석한 것으로 보인다"고 평가했다. 두 재판부는 리베이트 수수행위의 형사처벌 가능성에 대해서도 다르게 판단했다. 행정8부는 "만약 국공립대 병원 의사에게 리베이트를 제공했다면 의사와 제공자는 뇌물수수와 뇌물공여죄로, 사립대 병원이라면 배임수재와 배임증재죄로 형사처벌을 받을 위험성이 크다"고 지적했다. 하지만 행정5부는 "사례금을 지급받은 상대방 중 뇌물죄 적용이 가능한 사람은 없었고, 이들이 병원이나 약국 등 몰래 개인적인 용도로 사용하기 위해 돈을 지급받은 것도 아니라면 배임죄가 성립될 여지도 없다"고 판단했다.

의약품 거래와 관련한 사례금(리베이트)을 법인세 산정시 손비금액에 포함할지를 두고 판결이 엇갈리고 있다. 손비(損費)금액이란 법인 순자산을 감소시키는 거래로 인해 발생하는 금액으로, 판매한 상품의 매입가액이나 자산의 평가차손 등을 말한다. 서울고법 행정5부(재판장 김문석 부장판사)는 지난달 22일 의약품 도매업체 T사가 "약국과 도매상 등에 지급한 리베이트는 판매 부대비용이므로 손금에 산입해야 한다"며 성동세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누17938)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 "법인세 2억5200여만원 및 대표자에 대한 소득금액변동통지 14억6900여만원의 부과처분을 취소하라"며 원고일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법에는 위법소득을 얻기 위해 지출한 비용이나 지출 자체에 위법성이 있는 비용에 대한 손금산입을 부인하는 특별규정을 마련해 두고 있지 않다"며 "법령이나 사회질서를 어기는 행위를 제재하기 위해 세법을 확대 적용하면 국민의 재산권 보장과 조세법률주의의 원칙에 반하는 결과를 초래할 위험이 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "의약품 거래와 관련한 사례금 수수관행은 회계처리하지 않는 비자금 조성과 연결돼 탈세 등 폐해를 낳게 되고, 건강보험 재정 부실화를 초래하는 등 사회적 해악이 작지 않은 것은 맞지만, 이러한 관행은 의약품 유통구조 등 구조적 요인에서 기인하는 것으로 무리하게 세법을 확대 적용한다고 해서 해결될 수 있는 것이 아니다"라고 지적했다. 재판부는 또 개정 약사법 시행규칙이 시행된 2008년 12월 14일 이전에 의약품 도매상이 의약품 판매촉진 목적으로 의료기관 등 개설자에게 지급한 사례금은 약사법령에 정한 준수사항을 위반한 것이 아니라고 설명했다. 개정 전에는 '현상품·사은품 등 경품류'만 금지하고 있었으나, 개정 후에는 '금전, 물품, 향응 그밖의 경제적 이익'으로 금지 대상이 확대됐다. 재판부는 "제약회사와 도매상, 도매상 상호 간 사례금 수수는 현재까지도 약사법에서 금지된 사항이 아니다"라며 "T사가 사례금을 지급한 S사가 병원이 우회 설립한 도매상이라고 하더라도 S사에 지급한 사례금을 의료기관에 지급한 것과 동일하게 평가할 수는 없다"고 지적했다. 서울지방국세청은 T사에 대한 2004~2008년 사업연도 법인세 통합조사를 하면서 제약회사에 대한 외상매입금 채무를 현금 변제했다고 회계처리한 18억6900여만원을 손금산입에서 제외했다. 이에 T사는 "이 금액은 약국, 제약사, 도매상 등에 사례금으로 지급됐으니 손금으로 처리해야 한다"며 법인세 5억3400여만원과 대표자에 대한 소득금액변동통지 19억9700여만원을 취소해달라며 2010년 3월 소송을 냈으나, 1심에서는 패소했다. 한편 지난달 3일 서울고법 행정8부(재판장 김인욱 부장판사)는 W제약이 수원세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2010누43466)에서 "리베이트 제공은 위법한 비용의 지출로서 손금산입 인정은 사회질서에 심히 반한다"며 원고패소 판결을 내렸다. 당시 재판부는 "리베이트 자금은 분식회계 등을 통해 조성된 비자금으로 집행될 수밖에 없고, 비자금은 횡령·분식회계·조세포탈·불공정거래행위 등을 전제로 하고 있으며, 조세법이 그러한 비용을 손금으로 산입해 과세소득에서 공제한다면 위법 상태를 무한정 용인하는 것이 된다"고 지적했다. 두 판결 모두 리베이트의 위법성을 인정했지만 손금산입을 인정할지에 대해서는 입장이 상반됐다. 행정8부는 리베이트를 '위법 상태'로 평가해 손금산입을 할 수 없다는 입장이지만, 행정5부는 '사회적 해악'을 인정하면서도 세법의 확대 적용은 안 된다고 판시했다. 2심에서 이처럼 엇갈린 판결이 나옴에 따라 대법원이 리베이트의 위법성과 손금산입 여부에 대해 어떤 판단을 내놓을지 관심이 집중되고 있다. 공정거래위원회 등에 따르면 지난해 제약사의 병·의원 리베이트 금액은 적발된 것만 약 969억원이며, 실제 연간 리베이트 규모는 3조원 가량으로 추정된다.

배기량을 기준으로 자동차세를 정하도록 한 지방세법 규정은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 지난달 23일 배기량 2902CC의 9인승 LPG 자동차 소유자 이모씨가 지방세법에 대해 제기한 헌법소원사건(2010헌바85)에서 합헌결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "자동차세는 재산세 성격도 있지만, 도로이용 및 파손에 대한 사용자부담금의 성격과 교통혼잡과 대기오염을 발생시키는 행위에 대한 부담금으로써의 성격도 있다"며 "자동차세의 올바른 산정을 위해서는 자동차에 대한 재산으로서의 평가 뿐만 아니라 도로이용 내지 교통혼잡, 대기오염 유발에 대한 사회·경제적 평가 등 다양한 변수와 조건을 고려해 가변적으로 규율하는 것이 필요하다"고 밝혔다. 헌재는 "지방세법이 자동차세의 과세표준을 오로지 배기량에 따라 5단계로 구분함으로써 동일한 배기량의 차종에 대해서는 자동차 가액이나 연료의 종류를 고려하지 않고 일률적으로 동일한 세액을 부과하도록 하고 있는데, 일반적으로 자동차의 가액은 배기량에 비례하므로 배기량을 기준으로 자동차세를 정하는 것이 특별히 불합리하다고 보기 어렵고, 경유 자동차가 휘발유 자동차에 비해 대기오염을 일으킬 여지가 크지만 경유 자동차에 대해서는 별도의 법률을 통해 환경개선비용부담금을 부과하고 있으므로 지방세 부과단계에서 경유 자동차에 대한 부담을 지우는 것이 불필요하다고 본 입법자의 판단은 합리적인 것으로 수긍이 된다"며 "법률조항이 배기량을 기준으로 자동차세를 과세한다고 해서 조세평등주의에 위반된다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 이씨는 2009년 서초구가 자동차세 17만4290원과 지방교육세 5만2280원을 부과하자 서울행정법원에 부과처분을 취소해달라는 소송을 제기했고, 지방세법에 대해 위헌법률심판제청을 신청했으나 기각당하자 2010년 2월 헌법소원을 냈다.

토지거래허가구역에 있는 토지를 관청의 허가 없이 사들여 제3자에게 전매한 뒤, 최종 매수인이 최초 매도인에게서 곧바로 산 것처럼 소유권이전등기를 마치도록 해 양도소득세를 내지 않았다면 조세포탈죄로 형사처벌할 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 토지거래허가구역 내의 토지에 대해 관청의 허가를 받지 아니한 상태에서 매매계약을 체결하고 계약금을 지급한 후 취득한 '부동산을 취득할 수 있는 권리'를 전매하고 그 대금을 전부 지급받은 경우에도 양도소득세 과세대상인 '자산의 양도'로 볼 수 있다고 판단한 지난해 7월 행정소송에서의 대법원 전원합의체 판결(2010두23644)을 형사재판에 소급적용한 것이다. 대법원 형사1부(주심 안대희 대법관)는 지난달 23일 토지거래허가구역 내 토지를 사들이고 중간매수 단계를 숨긴 채 토지를 팔고 세금을 내지 않은 혐의(특가법상 조세포탈)로 기소된 김모(64)씨에 대한 상고심(☞2007도9143)에서 무죄를 선고한 원심을 파기하고 사건을 부산고법으로 되돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "소득세법상의 '양도'는 자산에 대한 등기 또는 등록에 관계없이 매도, 교환, 법인에 대한 현물출자 등으로 인해 그 자산이 유상으로 사실상 이전되는 것이라고 규정하고 있을 뿐, 원인이 된 매매 등 계약이 법률상 유효할 것까지를 요구하고 있지 않다"며 "매매 등 계약이 처음부터 토지거래허가를 배제하거나 잠탈할 목적으로 이뤄졌고, 당사자 사이에서는 그 매매 등 계약이 유효한 것으로 취급돼 대금을 그대로 보유하고 있다면 경제적 이익이 매도인에게 있다고 할 것이므로 계약이 법률상 무효라는 이유로 매도인 등이 그로 인해 얻은 양도차익에 대해 과세할 수 없다고 보는 것은 그 매도인에게 과세 없는 양도차익을 누리게 하는 결과로 조세정의와 형평에 심히 어긋난다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "김씨가 토지에 대한 거래허가를 받거나 소유권이전등기를 마칠 의사 없이 S주식회사로부터 토지를 매수해 이모씨 등 2명에게 토지를 취득할 수 있는 권리를 양도했으므로 이씨 등이 자신들과 S사를 매매당사자로 토지거래허가를 받았다고 하더라도 S사와 김씨, 김씨와 이씨 등 사이의 양도계약은 모두 확정적으로 무효라고 할 것이지만 무효인 계약에 기해 S사로부터 이씨 앞으로 소유권이전등기가 마쳐진 채 말소되지 않았고, 김씨는 이씨로부터 받은 양도대금을 그대로 보유하고 있으므로 김씨는 토지를 취득할 수 있는 권리의 양도로 인한 소득이 있고 그것은 양도소득세의 과세대상이 된다"고 판단했다. 김씨는 2005년 부산의 토지거래허가구역에 있는 S사 소유 토지를 토지거래허가서를 허위로 작성한 뒤 토지를 매수하고 등기하지 않은 채 이씨에게 토지를 취득할 수 있는 권리를 팔았다. 김씨는 이씨에게 자신이 아닌 S사 명의로 매매계약서를 작성해줬고, 이 과정에서 19억9000여만원의 전매차익을 챙겼음에도 양도소득세 9억7000만원을 내지 않았다. 지난해 7월 대법원 전원합의체 판결이 나오기 전에 이뤄진 1,2심은 토지거래허가서를 위조한 혐의만 유죄로 판단하고 징역 10월에 집행유예 2년을 선고했으며, 김씨의 세금탈루 부분에 대해서는 무죄를 선고했다. 특정범죄가중처벌 등에 관한 법률은 연간 세금탈루액이 5억원 이상 10억원 미만인 경우 3년 이상의 유기징역에 처하도록 규정하고 있다.

과세처분의 근거규정에 위헌 결정이 내려졌다면 그 이후에 내려진 집행을 위한 압류처분도 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 전원합의체(주심 신영철 대법관)는 16일 이모(40)씨가 서초세무서를 상대로 제기한 압류등처분무효확인소송 상고심(☞2010두10907)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "조세부과의 근거가 됐던 법률규정이 위헌으로 선언됐다면, 비록 그에 기한 과세처분이 위헌결정 전에 이뤄졌고 그 과세처분에 대한 제소기간이 이미 경과해 조세채권이 확정됐고 집행을 위한 압류처분의 근거규정 자체에 대해서는 따로 위헌결정이 내려진 바 없다고 하더라도, 위헌결정 이후에 조세채권의 집행을 위한 새로운 압류 등 체납처분에 착수하거나 이를 속행하는 것은 더 이상 허용되지 않는다"며 "위헌결정의 효력에 위배돼 이뤄진 압류처분은 그 사유만으로 하자가 중대하고 객관적으로 명백해 당연히 무효라고 봐야 한다"고 밝혔다. 이에 대해 안대희·신영철·김용덕 대법관은 "압류처분 등 체납처분은 과세처분과는 별개이므로 과세처분 근거규정이 직접 적용되지 않고 체납처분 관련 규정이 적용될 뿐이므로, 과세처분 근거규정에 대한 위헌결정의 기속력은 체납처분과는 무관하다"며 "과세처분에 기초한 체납처분 절차의 진행을 중단시키기 위해서는 과세처분 근거규정에 대한 위헌결정 효력의 범위를 확정해 과세처분의 효력을 배제시키는 절차를 두거나 체납처분 절차의 진행을 제한하는 등의 별도의 입법이 필요하다"는 반대의견을 냈다. 이씨의 아버지와 이씨는 A주식회사에 대해 각각 67%, 3%의 지분을 가지고 있었다. 1997년 세초세무서는 A사에 법인세 및 부가가치세를 부과했으나, 회사 재산이 납세액에 미치지 못하자 구 국세기본법에 따라 이씨를 2차 납세의무자로 지정하고 과세처분을 내렸다. 헌법재판소는 다음 해 5월 이씨에 대한 과세처분 근거가 되는 국세기본법 조항에 대해 위헌결정을 내렸다. 2005년 10월 서초세무서는 14억여원에 달하는 이씨의 국세 체납액을 징수하기 위해 이씨의 예금을 압류하는 처분을 내렸다.

모회사가 과점주주에 대한 간주취득세(看做取得稅,취득세로 간주하는 세금) 면탈을 위해 별도의 자회사들을 설립해 부동산 회사의 지분을 50% 이하로 각각 매수해 전체 지분 절반 이상을 취득한 경우 모회사에게 과점주주 지위를 인정해 간주취득세를 부과한 것은 정당하는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 IMF(국제통화기금) 구제금융 이후 국내에 들어온 외국계 자본이 부동산 회사들을 인수해 처분하는 과정에서 막대한 이익을 누리면서도 취득세나 양도소득세 등의 세금을 면하기 위해 명목회사에 불과한 자회사들의 명의를 이용하는 변칙적 거래 관행에 제동을 건 것이다. 대법원 전원합의체(주심 박병대 대법관)는 19일 네덜란드의 V사가 종로구를 상대로 제기한 취득세등부과처분취소소송 상고심(☞2008두8499)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 되돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "V사의 자회사인 R사와 J사는 I사와 C사의 주식 등을 보유하다가 그 중 일부를 처분하는 방식으로 재산을 보유·관리하고 있을 뿐 그 외 별다른 사업실적이 없고, 회사로서의 인적 조직이나 물적 시설을 갖추고 있는 것도 없어서 독자적으로 의사를 결정하거나 사업목적을 수행할 능력이 없는 것으로 보인다"며 "그 결과 이 사건 주식 등의 취득자금은 모두 V사가 제공한 것이고 그 취득과 보유 및 처분도 전부 V사가 관장했으며, R사가 취득한 I사 주식 75%도 사정이 같다"고 밝혔다. 이어 "이 사건 주식 등을 V사가 직접 취득하지 않고 자회사들 명의로 분산해 취득하면서 주식 등의 취득 자체로는 과점주주의 요건에 미달하도록 구성한 것은 오로지 구 지방세법에 의한 취득세 납세의무를 회피하기 위한 것이라고 보기에 충분하다"고 지적했다. 이에 대해 전수안·이상훈 대법관은 "원고의 자회사들이 지분을 분산해 취득한 것이 취득세 회피를 위한 것이더라도 민법상 가장행위에 해당하지 않고 자회사들의 법인격을 부인할 수 없는 이상, 원고가 지방세법에서 구체적으로 규정하고 있는 과점주주의 요건을 충족할 수 없으므로 조세법률주의의 원칙상 원고에게 과점주주로서의 취득세 납세의무가 있다고 할 수 없다"며 반대의견을 냈다. 네덜란드 법인인 V사는 1998년 한국법인인 R사를 설립한 후 2003년에는 J사를 설립했다. R사는 I사의 주식 75%를 보유하고 있었고, J사는 2005년 7월 I사의 나머지 주식 25%를 사들였다. 2003년 R사와 J사는 C사의 지분을 50%씩을 각각 사들였다. 2006년 종로구는 V사에 대해 I사 주식 25% 매입으로 인한 세금 6억여원, C사 주식 100% 매입으로 인한 세금 19억여원을 부과했다.

국민카드 합병과 관련해 부과된 4천억원대의 법인세를 취소해달라며 소송을 낸 국민은행이 항소심에서도 승소했다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 12일 국민은행이 "국민카드가 적립한 대손충당금을 합병 후 회계처리해 손금으로 인정받은 것은 부당회계가 아니다"라며 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 항소심(2011누13417)에서 1심과 같이 원고승소 판결을 내렸다. 대손충당금이란 외상 매출금이나 대출금 등에서 받지 못할 것으로 예상해 장부상으로 처리하는 추산액을 말한다. 재판부는 판결문에서 "국민카드의 대손충당금 손금불산입은 부적절한 회계관리로 비난받을 여지가 크기는 하지만, 세법상 명시적으로 규정돼 있는 납세자의 선택권을 박탈할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "법인세법 제34조1항은 결산상 대손충당금의 적립여부를 납세자가 선택하도록 규정했다"며 "세법 규정에 저촉되지 않는 이상 납세자가 세무상 유리한 방향으로 세법 규정을 적용해 세무 조정 및 신고를 하는 것은 허용되고, 명시적인 조항이 있는 경우 납세자의 선택은 더욱 존중돼야 한다"고 지적했다. 재판부는 또 "2003년 카드사태로 총체적인 경제위기 문제가 대두되자 정부는 은행들에게 계열 카드사를 재편해 조기정상화를 추진할 것을 요구했다"며 "국민은행은 국민카드의 부실채권을 인수해 카드 사업을 지속했다는 점에서 합병 전 국민카드의 사업에서 발생한 손실에 대해 국민은행이 손금을 인정받는 것을 심히 부당하다고 단정하기도 어렵다"고 설명했다. 국민은행은 지난 2003년 9월 국민카드와의 흡수합병 과정에서 국민카드의 대손충당금 9320억원을 국민은행의 손금으로 회계처리해 법인세 신고를 했다. 이후 세무당국이 '회사 손실을 과장해 조세 부담을 부당하게 감소시켰다'며 법인세 4118억원을 부과하자 2010년 6월 소송을 내 1심에서 승소판결을 받았다.

서울고법 형사3부(재판장 최규홍 부장판사)는 22일 조세포탈과 뇌물공여 및 입찰방해 혐의로 기소된 박연차(66) 전 태광실업 회장에 대한 두번째 파기환송심(2011노2920)에서 징역 2년6월에 벌금 291억원을 선고했다. 이날 판결에서 징역형은 그대로 유지됐으나 벌금은 첫번째 파기환송심에 비해 101억원이 늘어났다. 재판부는 "박 전 회장이 태광실업을 세계적인 OEM 신발 제조업체로 성장시키는 등 경제발전에 많은 기여를 했고, 민간외교 활성화 등에 노력을 기울여 온 점은 인정된다"면서도 "박 전 회장을 통해 적지 않은 공직자들이 부정한 금품을 수수함으로써 공직사회의 기강이 문란해졌다"고 지적했다. 이어 "부정부패·정경유착의 비리를 근절하고자 하는 염원을 가진 국민들에게 큰 실망을 안겨줘 실형 선고가 불가피하다"고 밝혔다. 박 전 회장은 세종증권·휴켐스 주식 차명거래에 따른 양도소득세 44억원과 홍콩법인 APC 배당이익의 종합소득세 242억원 등 모두 286억원의 세금을 탈루한 혐의(특정범죄가중처벌법상 조세포탈)로 지난 2008년 12월 기소됐다. 이외에도 농협 자회사인 휴켐스를 태광실업이 유리한 조건에 인수할 수 있게 해달라며 정대근 전 농협회장에게 20억원과 미화 250만달러를 건네고 박정규 전 청와대 민정수석, 정상문 전 청와대 총무비서관, 이택순 전 경찰청장에게 뇌물을 준 혐의 등도 공소사실에 포함됐다. 1심은 모든 공소사실을 유죄로 인정해 징역 3년6월에 벌금 300억원을 선고했으나, 2심은 양형부당 주장을 받아들여 징역형을 2년6월로 낮췄다. 하지만 지난 1월 대법원은 양도소득세 포탈세액과 배임증재 혐의 부분을 다시 판단하라며 2심 판결을 파기하고 사건을 서울고법에 돌려보냈다. 이에 서울고법은 파기환송심에서 포탈세액을 줄이고 배임증죄 부분을 무죄로 판단, 징역 2년6월과 벌금 190억원을 선고하고 박 전 회장을 법정구속했다. 당시 재판부는 원래 항소이유에 포함돼 있지 않던 국제조세조정 부분까지 직권심판사항에 포함시켜 일부 무죄로 판단했다. 하지만 지난 10월 대법원은 국제조세조정 부분은 이미 1차 상고심에서 유죄가 확정된 부분이기 때문에 일부 무죄를 선고한 것은 위법하다며 다시 파기환송했다.

2008년 12월 개정된 종합부동산세법 시행규칙에 따른 공제 대상 재산세액 산정기준은 정당하다는 항소심 판결이 나왔다. 그동안 재산세는 종부세의 과세 대상에서 공제돼 왔지만, 개정법은 부과된 재산세액에 공정시장가액비율을 곱해 산출한 세액만을 공제하도록 해 공제받지 못한 재산세 부분에 대해서 이중과세라는 논란이 있었다. 서울고법 행정3부(재판장 이대경 부장판사)는 15일 건설공제조합 등 25개 기업이 각 관할지역 세무서장을 상대로 낸 종합부동산세부과처분등취소소송 항소심(2011누21593)에서 1심을 깨고 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "개정된 종부세 시행규칙에 따르더라도 주택 등 과세표준에 대한 재산세액은 모두 공제돼 이중과세의 위험이 없다"며 "설령 종부세 과세 대상에 대한 재산세액이 일부 공제되지 않는 결과가 생긴다고 하더라도 납부한 재산세액을 전액 공제해야 한다는 헌법적 원칙이 있는 것이 아니므로 재량을 벗어났다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "종부세법 시행규칙의 공제재산세액 계산법에 따르면 과세대상 공시지가에 재산세와 종부세의 공정시장가액비율을 각각 곱한 뒤 재산세율을 적용한다"며 "이는 공제대상 재산세액의 기준이 되는 금액이 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경됨에 따라 계산식을 변경한 것에 불과하다"고 설명했다. 또 "종전 법에 따른 재산세액 과대공제의 불합리를 개선한 것이며, 실질과세 원칙 및 과세형평을 관철하기 위한 규정으로 조세법률주의에 어긋나지 않는다"고 덧붙였다. 2008년 12월 개정된 종합부동산세법과 그 시행령은 공제 대상 재산세액의 기준 금액을 종전 과세기준 초과금액에서 과세표준(과세기준 초과금액에 공정시장가액비율을 곱한 금액)으로 변경했다. 개정된 법령에 따라 2009년분 종부세를 납부한 건설공제조합 등 25개 기업은 지난해 8월 재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다고 소송을 냈다. 1심은 "현행법은 공제 가능한 재산세액의 범위를 축소해 조세법률주의에 위반된다"며 "재산세액을 일부 공제하지 않은 채 종부세를 부과한 부분은 이중과세에 해당해 위법하다"고 판단했다.

중소기업 유예기간 중에 있던 기업이 다른 중소기업을 흡수합병했더라도 여전히 중소기업에 해당한다는 판결이 나왔다. 중소기업법 제2조3항은 중소기업이 규모의 확대 등으로 중소기업에 해당하지 않게 된 경우 그 사유가 발생한 연도의 다음 연도부터 3년 간은 유예기간으로 하여 중소기업으로 보도록 하고 있다. 서울행정법원 행정1단독 최호식 판사는 6일 유명 게임업체 N사의 주주인 박모씨 등 5명이 서울 역삼세무서장 등을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소소송(2011구단8065)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "중소기업으로 보는 기업과 중소기업이 합병하는 경우에 중소기업 유예제도에 의한 유예기간을 허용하지 않는 중소기업법 시행령 제9조1호는 중소기업이 주체가 돼 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업과 합병하는 경우에 합병의 주체인 중소기업에게 유예기간을 허용하지 않는다는 것"이라며 "반대로 이 규정이 중소기업으로 보는 기간 중에 있는 기업이 중소기업을 합병하는 경우에 중소기업으로 보는 기업에게 기존에 부여된 유예기간이 실효되는 근거 규정으로 보기 어렵다"고 밝혔다. 재판부는 "단지 합병결과의 규모에만 중점을 두고 조세평등의 원칙을 내세워 중소기업 유예 중에 있는 기업이 합병의 주체가 돼 다른 중소기업을 합병하는 경우까지 중소기업 유예가 실효된다고 확장해석하는 것은 조세법률주의 원칙상 허용되지 않는다"고 설명했다. 법원의 판단에 따라 N사와 같은 중소기업 유예 기간 중 다른 중소기업을 합병한 기업의 주식을 양도한 경우, 양도소득세는 중소기업 주식의 양도에 대한 세율인 10%를 적용해야 한다. 소득세법 제104조1항은 중소기업의 주식을 양도한 경우 10%의 세율을 적용한 양도소득세를, 중소기업이 아닌 기업의 주식을 양도한 경우 20%의 세율을 적용한 양도소득세를 부과하도록 하고 있다.