◇ 법인에 대한 제2차 납세의무자로 과점주주를 규정하고 있는 국세기본법 제39조 제2호가 과점주주의 과점주주에까지 적용되는지 여부(소극) ◇ 국세기본법 제39조 본문은 '법인의 재산으로 그 법인에 부과되거나 그 법인이 납부할 국세·가산금과 체납처분비에 충당하여도 부족한 경우에는 그 국세의 납세의무 성립일 현재 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자는 그 부족한 금액에 대하여 제2차 납세의무를 진다'라고 규정하고 있다. 그 중 국세기본법 제39조 제2호(이하 ‘이 사건 조항’이라고 한다)에 의하여 제2차 납세의무를 지는 자는 주주 또는 유한책임사원 1명과 그의 특수관계인 중 대통령령이 정하는 자로서 그들의 소유주식 합계 또는 출자액 합계가 해당 법인의 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 50을 초과하는 이른바 과점주주이면서 그에 관한 권리를 실질적으로 행사하는 자들을 말한다. 국세기본법 제39조에 규정된 제2차 납세의무는 조세징수의 확보를 위하여 원래의 납세의무자인 법인의 재산에 대하여 체납처분을 하여도 징수하여야 할 조세에 부족이 있다고 인정되는 경우에 사법질서를 어지럽히는 것을 최소화하면서 실질적으로 법인의 운영을 지배할 수 있는 출자자에 한하여 법인으로부터 징수할 수 없는 액을 한도로 하여 보충적으로 납세의무를 부담케 하는 제도이다(대법원 1995. 6. 13. 선고 94누1463 판결 등 참조). 한편 이 사건 조항의 취지는, 회사의 경영을 사실상 지배하는 실질적인 운영자인 과점주주는 회사의 수익은 자신에게 귀속시키고 그 손실은 회사에 떠넘김으로써 회사의 법인격을 악용하여 이를 형해화시킬 우려가 크므로 이를 방지하여 실질적인 조세평등을 이루려는 데 있다(헌법재판소 1997. 6. 26. 선고 93헌바49 등 결정 참조). 그러나 과점주주의 제2차 납세의무는 사법상 주주 유한책임의 원칙에 대한 중대한 예외로서 본래의 납세의무자가 아닌 제3자에게 보충적인 납세의무를 부과하는 것이기 때문에 그 적용 요건을 엄격하게 해석하여야 한다. 그런데 이 사건 조항은 법인에 대한 제2차 납세의무자로 과점주주만을 규정하고 있을 뿐 그 법인의 과점주주인 법인(이하 ‘1차 과점주주’라고 한다)이 제2차 납세의무자로서 체납한 국세 등에 대하여 1차 과점주주의 과점주주(이하 ‘2차 과점주주’라고 한다)가 또다시 제2차 납세의무를 진다고 규정하지 않고 있다. 따라서 2차 과점주주가 단지 1차 과점주주의 과점주주라는 사정만으로 1차 과점주주를 넘어 2차 과점주주에까지 그 보충적 납세의무를 확장하여 이 사건 조항에서 규정한 과점주주에 해당한다고 보는 것은 앞서 본 이 사건 조항의 취지와 엄격해석의 필요성에 비추어 특별한 사정이 없는 한 허용되지 않는다고 봄이 타당하다. ☞ A 법인이 체납한 2010 사업연도 법인세에 대하여 A 법인의 과점주주인 B 법인이 피고로부터 납부통지된 제2차 납세의무를 이행하지 않자, 피고가 B 법인의 과점주주인 원고를 제2차 납세의무자로 지정하고 위 법인세를 납부통지한 사안에서, 이 사건 조항의 취지 등에 비추어 2차 과점주주는 특별한 사정이 없는 한 이 사건 조항에서 규정한 과점주주에 해당한다고 볼 수 없다는 이유로, 같은 취지에서 피고가 원고를 B 법인의 제2차 납세의무자로 지정하고 법인세를 납부통지한 이 사건 처분이 위법하다고 판단한 원심판결을 수긍하여 상고기각한 사례.

◇외국법인 간 합병에 따라 100% 자회사인 피합병법인이 자산으로 보유하던 내국법인의 발행주식이 합병법인에 이전하는 경우 법인세 과세대상인 주식의 양도에 해당하는지 여부◇ 내국법인의 경우에 구 법인세법(2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제80조 제1항, 제4항, 제16조 제1항 제5호, 제2항, 구 법인세법 시행령(2006. 2. 9. 대통령령 제19328호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제122조 제1항, 제14조 제1항 제1호 가목, 다목은 합병에 따른 자산의 이전도 양도차익이 실현되는 자산의 양도에 해당한다고 보아 그 양도차익의 산정방법을 규정하면서, 예외적으로 구 법인세법 제44조 제1항 제1호 및 제2호의 요건을 갖춘 경우에 한하여 피합병법인이 대가로 받은 주식의 액면가액을 양도대가로 의제함으로써 사실상 양도차익이 산출되지 않도록 하여 합병법인이 해당 자산을 처분하는 시점까지 그에 대한 과세를 이연하는 정책적 특례를 제공하고 있다. 그렇지만 외국법인의 경우에는 구 법인세법 제93조 제10호 가목 등에서 내국법인이 발행한 주식 등의 양도로 인하여 발생하는 소득을 과세대상으로 규정하고 있을 뿐 외국법인 사이의 합병에 따른 주식 등의 이전에 대하여 과세를 이연하는 정책적 특례규정을 두고 있지 아니하다. 그리고 외국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전을 내국법인 사이의 합병에 따른 국내 자산의 이전과 달리 양도차익이 실현되는 자산의 양도로 보지 않을 합리적인 이유도 없다. 따라서 외국법인 사이의 합병에 따른 내국법인 발행주식의 이전은 양도차익이 실현되는 자산의 양도로서 구 법인세법 제93조 제10호 가목의 ‘주식의 양도’에 해당한다고 보아야 하며(대법원 2013. 11. 28. 선고 2010두7208 판결 참조), 이와 같이 보는 이상 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며 또한 위 경우에 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다 하더라도 마찬가지이다. ☞완전 자회사인 외국법인이 모회사인 외국법인에 흡수합병되면서 합병 당시 피합병법인이 보유한 내국법인 발행 주식이 합병법인으로 이전되자, 내국법인 발행 주식의 양도에 해당한다는 이유로 법인세 징수처분을 한 사안에서, 이러한 주식의 이전은 구 법인세법 제93조 제10호 가목에서 정한 ‘주식의 양도’에 해당하고, 합병법인이 합병 전에 피합병법인의 주식 전부를 보유하고 있는 경우라고 하여 달리 볼 것은 아니며, 합병법인의 주식이나 합병교부금이 피합병법인 주주에게 교부되지 아니하였다고 하더라도 마찬가지로 보아야 한다고 판단한 사례

◇구 소득세법(2015. 3. 10. 법률 제13206호로 개정되기 전의 것) 제95조 제2항과 관련하여 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이 양도되는 경우 그 양도차익에 대한 장기보유특별공제가 관리처분계획 인가 전의 양도차익에 한정하여 적용되는지(적극)◇ 구 소득세법(2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제95조 제1항, 제2항 본문 및 제89조 제2항은 주택재건축사업 또는 주택재개발사업을 시행하는 정비사업조합의 조합원이 도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획의 인가로 인하여 취득한 조합원입주권을 양도하는 경우 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 30의 공제율을 곱하여 계산한 금액을 장기보유특별공제액으로 하여 이를 양도차익에서 공제하도록 규정하면서, 제95조 제2항 본문 중 세 번째 괄호(이하 ‘이 사건 괄호 규정’이라고 한다)에서 그 자산의 양도차익을 ‘도시 및 주거환경정비법 제48조에 따른 관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정하고 있다. 그리고 제95조 제2항 단서에서는 대통령령으로 정하는 1세대 1주택에 해당하는 자산의 경우에는 그 자산의 양도차익에 보유기간별로 최대 100분의 80의 공제율을 적용하도록 규정하고 있다. 2013년 1월 1일 법률 제11611호로 개정되기 전의 소득세법 제95조 제2항은 1세대 1주택에 해당하는지에 따라 장기보유특별공제율을 본문과 단서에서 다르게 규정하였을 뿐, 자산 양도차익의 범위에 대해서는 1세대 1주택인 경우와 그렇지 아니한 경우를 따로 구분하지 않았고, 이러한 조문의 기본 구조는 위 조항이 개정되면서 장기보유특별공제 대상에 조합원입주권이 추가되고 이 사건 괄호 규정이 신설된 이후에도 동일하다. 또한 장기보유특별공제는 물가상승에 따른 명목소득의 상승도 포함되어 있는 양도소득에 대하여 물가상승분을 공제하여 주기 위하여 마련된 제도라는 점에 비추어 볼 때, 입법자는 이 사건 괄호 규정의 신설 당시 조합원입주권에 대하여는 양도차익 중 재개발ㆍ재건축에 따른 개발이익을 장기보유특별공제 대상에서 제외하기 위하여 그 적용대상이 되는 양도차익의 범위를 관리처분계획인가 전으로 한정한 것으로 보이고, 이는 1세대 1주택으로 의제되는 조합원입주권이라고 하여 달리 볼 수 없다. 이러한 관련 규정의 문언 및 체계, 개정 연혁과 취지를 종합하여 보면, 조합원입주권이 구 소득세법 시행령(2015. 12. 28. 대통령령 제26763호로 개정되기 전의 것) 제155조 제17항에 따라 제154조 제1항 소정의 1세대 1주택으로 의제되고 9억원을 초과하는 고가주택에 해당하는 경우, 장기보유특별공제의 대상은 이 사건 괄호 규정에 따라 조합원입주권의 양도차익 중 ‘관리처분계획인가 전 토지분 또는 건물분의 양도차익’으로 한정되는 것이지, 그 단서 소정의 공제율이 적용된다고 하여, 장기보유특별공제의 대상이 ‘1세대 1주택이 아닌 경우’와 달리 조합원입주권의 전체 양도차익으로까지 확대되는 것은 아니라고 봄이 타당하다.

◇대표이사의 보수를 상여금으로 보아 구 법인세법 시행령 제43조에 의하여 손금불산입할 수 있는지 여부(적극)◇ 1. 법인이 임원에게 직무집행의 대가로서 지급하는 보수는 법인의 사업수행을 위하여 지출하는 비용으로서 원칙적으로 손금산입의 대상이 된다. 하지만 앞서 본 규정들의 문언과 법인의 소득을 부당하게 감소시키는 것을 방지하기 위한 구 법인세법 제26조, 법인세법 시행령 제43조의 입법취지 등에 비추어 보면, 법인이 지배주주인 임원(그와 특수관계에 있는 임원을 포함한다)에게 보수를 지급하였더라도, 그 보수가 법인의 영업이익에서 차지하는 비중과 규모, 해당 법인 내 다른 임원들 또는 동종업계 임원들의 보수와의 현저한 격차 유무, 정기적?계속적으로 지급될 가능성, 보수의 증감 추이 및 법인의 영업이익 변동과의 연관성, 다른 주주들에 대한 배당금 지급 여부, 법인의 소득을 부당하게 감소시키려는 주관적 의도 등 제반 사정을 종합적으로 고려할 때, 해당 보수가 임원의 직무집행에 대한 정상적인 대가라기보다는 주로 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 대외적으로 보수의 형식을 취한 것에 불과하다면, 이는 이익처분으로서 손금불산입 대상이 되는 상여금과 그 실질이 동일하므로 법인세법 시행령 제43조에 따라 손금에 산입할 수 없다고 보아야 한다. 2. 또한 증명의 어려움이나 공평의 관념 등에 비추어, 위와 같은 사정이 상당한 정도로 증명된 경우에는 보수금 전체를 손금불산입의 대상으로 보아야 하고, 위 보수금에 직무집행의 대가가 일부 포함되어 있어 그 부분이 손금산입의 대상이 된다는 점은 보수금 산정 경위나 그 구성내역 등에 관한 구체적인 자료를 제출하기 용이한 납세의무자가 이를 증명할 필요가 있다. ☞대부업을 영위하는 법인의 1인 주주이자 대표이사에게 지급된 보수(연 36억 원)가 ① 위 보수금 차감 전 법인의 전체 영업이익 대비 약 38%에서 95%에 이르는 점, ② 다른 임원 보수의 50배에 달하고, 동종업체 중 보수금 상위 3개 업체의 대표이사 평균 연봉과도 현격한 격차를 보이는 점, ③ 최초로 영업이익이 발생한 사업연도부터 갑자기 10배가 인상된 점, ④ 주주에게 공식적으로 배당금을 지급한 사실이 없는 점, ⑤ 법인 내부 문건에서 법인세를 절약하기 위하여 대표이사의 급여를 높인다는 취지의 내용이 기재되어 있는 등 대표이사의 보수를 전액 법인세의 손금으로 인정받아 법인세 부담을 줄이려는 주관적 의도가 뚜렷해 보이는 점 등을 이유로, 위 보수는 대표이사의 직무집행에 대한 정상적 대가라기보다는 법인에 유보된 이익을 분여하기 위하여 보수의 형식을 취한 것으로서 실질적인 이익처분에 해당하여 손금불산입 대상이라고 본 사례

일반적으로 증여세의 납세의무자는 해당 재산을 양수한 수증자이고, 증여자의 증여세 납부의무는 주된 채무인 수증자의 납세의무에 대한 종된 채무이다. 따라서 증여자의 연대납세의무는 주된 납세의무자인 수증자의 납세의무가 확정된 뒤의 연대납부책임으로 보아야 한다(대법원 1992. 2. 25. 선고 91누12813 판결, 대법원 1994. 9. 13. 선고 94누3698 판결 등 참조). 반면 구 상증세법 제45조의2 제1항이 규정하는 명의신탁재산 증여의제는 조세회피목적의 명의신탁행위를 방지하기 위하여 실질과세원칙의 예외로서 실제소유자로부터 명의자에게 해당 재산이 증여된 것으로 의제하여 증여세를 과세하도록 하는 제도이므로 일반적인 증여세 및 그에 따른 연대납세의무와는 그 성격을 달리한다. 이러한 취지에서 구 상증세법은 명의신탁재산 증여의제 규정의 목적과 효과를 부정하는 결과가 초래되는 경우를 방지하고자 2002. 12. 18. 법률 제6780호로 개정되면서부터 일반적인 증여세와 달리 수증자에 대한 조세채권의 확보가 곤란하지 아니하여도 명의신탁자가 증여세 연대납세의무를 부담하도록 하였고, 제4조 제1항 단서에 후단을 신설하여 명의신탁재산 증여의제에 따른 증여세에 있어서는 명의자인 영리법인이 면제받더라도 실제소유자가 해당 증여세를 납부할 의무가 있다는 규정을 두고 있다. 또한 구 상증세법은 명의신탁자가 증여세 연대납세의무를 부담하는 경우에 대하여 구 국세기본법 제25조의2의 특례규정을 두고 있지 않을 뿐만 아니라 관련 규정의 해석에 의하더라도 위 규정의 적용이 배제된다고 볼 수 없다. 이러한 규정들의 내용과 체계, 구 상증세법 제4조의 개정연혁과 입법취지 등을 종합적으로 고려하여 보면, 명의신탁재산 증여의제의 과세요건을 충족하여 명의신탁자의 증여세 연대납세의무가 성립한 이상, 비록 과세처분에 의하여 그러한 납세의무가 확정되기 전이라고 하더라도 민법 제416조, 제419조, 제421조에 해당하는 경우 이외에는 명의수탁자에 관한 사항이 명의신탁자의 증여세 연대납세의무에 영향을 미치지 않는다고 할 것이고, 명의수탁자가 사망하여 그 상속인이 명의수탁자의 증여세 납세의무를 상속재산의 한도에서 승계하였다고 하더라도 달리 볼 것은 아니다. ☞주식의 명의수탁자가 사망하여 그 상속인이 명의수탁자의 증여세 납세의무를 상속재산의 한도에서 승계하였음에도 명의신탁자인 원고에게 명의수탁자의 증여세와 같은 액수의 증여세가 부과된 사건으로, 명의수탁자 측의 그러한 사정은 원고의 증여세 연대납세의무에 영향을 미치지 않는다는 이유로 위 부과처분이 적법하다고 판단한 사안임.