1. 후보자난립 방지를 위하여 기탁금제도를 두더라도 그 금액이 현저하게 과다하거나 불합리하게 책정된 것이라면 허용될 수 없다.기탁금은 공직선거법상 유효투표총수의 10~15%의 득표를 받을 경우에 50%가 반환되고, 15% 이상의 득표를 받을 경우에만 전액 반환되므로, 그러한 지지율에 못 미칠 경우 5억원을 기꺼이 희생할 수 있는 사람이 아니라면 피선거권 행사를 못하게 될 것이다. 헌법재판소는 1995. 5.25. 선고 92헌마269등 결정에서 대통령선거에서 3억원의 기탁금을 규정한 구 대통령선거법 제26조 제1항을 합헌으로 결정하였으나, 당시 선거법은 기탁금으로 선거인명부 및 부재자신고인명부의 사본작성비용, 그리고 TV와 라디오를 통한 각 1회의 후보자 및 연설원의 연설비용을 국가가 부담하면서 7% 이상 득표하지 못한 경우 기탁금에서 공제하도록 하였지만, 현행 공직선거법은 선거인 명부 작성비용을 기탁금으로 부담하게 하는 제도를 폐지하였고 선거방송비용도 선거방송토론위원회가 주관하는 대담·토론회 및 정책토론회 외에는 전적으로 후보자 개인부담으로 하였다.
따라서 현행 선거법 하에서 대통령선거의 기탁금 액수가 종전과 같이 3억원이 되어야 할 필요성은 오히려 약해졌는데도 기탁금이 5억으로 증가되어 있고, 또 기탁금이 반환되는 유효투표총수의 득표율은 더 높아졌다. 결국, 이 사건 조항은 개인에게 현저하게 과다한 부담을 초래하며, 이는 고액 재산의 다과에 의하여 공무담임권 행사기회를 비합리적으로 차별하므로, 청구인의 공무담임권을 침해한다.
2. 이 사건 조항이 헌법에 위반되는 이유는 기탁금제도 자체에 있는 것이 아니라 기탁금 액수가 지나치게 고액이라는 데에 있으므로, 입법자가 기탁금 액수를 합헌적 범위 내로 조정하는 것과 함께 무소속후보자의 추천요건을 강화하는 방안이 고려될 수 있는바, 이러한 권한은 입법자에게 있으므로 이 사건 조항에 대하여 단순위헌 선언을 하여 조항 자체를 폐지시키는 것 보다는 추후 입법자가 여러 사정을 고려하여 합헌적으로 개정할 수 있도록 헌법불합치 선언을 하여야 한다.
<재판관 김종대, 재판관 이동흡의 단순위헌의견>
이 사건 조항이 청구인의 기본권을 침해하는 이유는 다수의견과 같으나, 다음 대통령선거는 2012년으로 예정되어 있어 이 사건 조항을 단순위헌으로 선언하더라도 입법자는 충분한 기간 내에 기탁금제도를 후보자가 조달할 수 있는 합헌적인 범위로 정할 수 있으므로, 헌법불합치결정을 할 것이 아니라 단순위헌결정을 하여야 한다.
<재판관 조대현의 단순위헌의견>
공직선거의 후보자로 등록하려면 기탁금을 납부하여야 하고 일정한 비율 이상의 득표를 하지 못하면 기탁금을 반환하지 아니하는 제도는, 입법목적의 정당성을 인정할 수 없고, 합리적 사유 없이 기탁금을 납부하거나 포기할 경제적 능력 없는 국민의 후보자 등록을 어렵게 하여 차별하는 것이어서, 전부 헌법에 위반된다.
<재판관 이공현의 반대의견>
대통령선거에서는 후보난립 방지필요성이 절실하며, 현재 대통령 선거에서 각 후보자들이 막대한 금액을 선거비용으로 지출하고 있고, 개정된 정치자금법 제6조가 대통령선거 후보자 및 예비후보자로 하여금 후원회를 지정할 수 있게 하였으므로 2,500명 이상 5,000명 이하의 추천을 받을 수 있는 능력과 자질을 갖춘 무소속후보자라면 우리의 경제현실에 비추어 그와 같은 기탁금액을 마련하는 것이 불가능하거나 현저히 어렵다고 할 수 없으며, 기탁금액은 불성실한 입후보자에 대한 실질적 제재 효과를 거둘 수 있는 금액이어야 한다는 것 등을 고려하면, 기탁금 5억원이 목적달성에 필요한 금액으로서 과도하다고 볼 수 없다.