1. 장기보유특별공제 조항에 의한 소득공제 비율은 가장 높은 경우에도 양도소득금액의 30%(1세대 1주택의 경우 최고 45%)로 한정되어 있고, 장기보유특별공제가 배제되더라도 이 사건 가중세율조항에 의하여 양도소득 과세표준에다 60%라는 단일세율이 적용되어 양도소득 과세표준 금액 중 일부에 대하여만 양도소득세가 부과되는 것이고, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항에 의하여 장기보유특별공제가 배제되어 명목소득만이 발생할 수 있는 예외적인 상황이라면 이 사건 부칙조항이 정한 유예기간 내에 주택을 양도함으로써 1세대 3주택 이상의 요건을 피할 수 있는 길이 열려 있으므로, 이 사건 장기보유특별공제 배제조항으로 인하여 명목소득만이 발생하고 실질소득이 없는 경우에도 양도소득세를 부담할 수 있다는 사정만으로는 침해의 최소성 원칙을 벗어났다고 볼 수 없다.
2. 이 사건 가중세율조항에 의한 세율이 일반 양도소득세율과 비교하여 높기는 하지만, 입법자가 1세대 3주택 이상에 해당하는 자의 주택 소유를 억제하여 주택 가격의 안정과 주거생활의 안정을 도모하기 위하여 사실상 1세대 3주택 이상의 주택 소유를 억제할 수 있는 정도의 세율을 정하고 그것도 과세구간에 따른 누진세율이 아니라 고율의 단일세율을 정한 것으로, 이 사건 가중세율조항의 위와 같은 입법목적, 이 사건 부칙조항과 같은 유예기간을 두고 있는 점 등을 고려하면, 이 사건 가중세율조항이 일반 양도소득세율에 비하여 고율의 단일세율이라는 이유만으로 침해의 최소성 원칙을 벗어났다고 볼 수는 없다.
3. 조세의 정책적 기능, 이 사건에 있어서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 주택 양도에 따른 양도소득세 강화를 통한 주거생활의 안정이라는 정책적 목적과 조세·재정정책의 탄력적·합리적 운용 필요성에 따른 조세에 관한 법규·제도의 신축적 변화 가능성 등을 고려하면, 1세대 3주택 이상에 해당하는 자들에 대한 장기보유특별공제 조항과 일반 양도소득세율의 존속에 대한 청구인의 기대는 불확실하고 잠정적인 것에 불과하다고 할 것이다. 따라서 1세대 3주택 이상에 해당하는 자에 대한 양도소득금액을 정함에 있어 장기보유특별공제, 일반 양도소득세율 제도가 변함없이 존속될 것이라는 청구인의 신뢰는 헌법상 특별히 보호하여야 할 가치나 필요성이 있는 것이라고 보기 어렵다.
<< 재판관 김종대의 별개의견 >>
헌법상 국민이 부담하는 기본의무는 국가공동체의 보존·유지를 목적으로 하여 헌법이 직접적으로 설정한 의무이므로, 헌법 제37조 제2항에 따라 기본권을 제한할 때 국민이 부담하게 되는 수인의무와는 그 차원과 성격이 다르기 때문에, 헌법상 기본의무 부과에 관한 법률의 위헌심사에서는 헌법 제37조 제2항을 적용하는 것은 우리 헌법의 규범체계와 맞지 않다. 이 사건 법률조항들과 같은 납세의무를 부과하는 법령의 위헌심사기준으로 일응, ⅰ) 부과 목적의 공공성, ⅱ) 부과 내용의 합리성, ⅲ) 부과 방식의 공평성, 3가지 기준을 제시할 수 있을 것으로 생각하고, 이 기준에 의하더라도 이 사건 법률조항들은 모두 헌법에 위반되지 아니하므로, 재산권에 대한 비례심사를 거칠 것 없이 합헌이다.