구제역 백신 부작용으로 한우를 잃은 축산업자에게 피해보상을 하도록 한 법령이 시행되고 있는데도 도지사가 지침을 통해 일부 피해자들에게 보상을 하지 않도록 했다면 이 지침은 상위법령에 위배돼 무효이므로 기초자치단체는 축산업자에게 보상금을 지급해야 한다는 판결이 나왔다. 창원지법 행정1부(재판장 김경수 부장판사)는 축산업자 강모씨가 "한우가 구제역 백신을 맞고 쇼크사했으므로 보상금을 달라"며 남해군수를 상대로 낸 보상금지급신청 기각결정 취소소송(2014구합1299)에서 최근 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "가축전염병 예방법은 백신으로 인해 죽은 가축의 소유자에게 보상금을 지급해야 한다고 정하고 있고, 같은 법 시행령 제11조 1항과 2항은 '보상금의 지급기준'에 대해 정하고 있을 뿐"이라며 "이를 지방자치단체에 '지급대상의 범위'까지 제한할 수 있는 권한을 준 것은 아니므로, 시행령을 근거로 보상금 지급대상이 아니라고 정한 이 사건 지침은 상위법령에 위배돼 무효"라고 밝혔다. 가축전염병 예방법 15조 1항, 제48조 1항 1호는 '농림축산식품부장관, 시·도지사 또는 시장·군수·자치구의 구청장은 가축전염병이 발생하거나 퍼지는 것을 막기 위해 가축의 소유자 등에게 가축에 대하여 주사 등의 조치를 받을 것을 명할 수 있고, 국가나 지방자치단체는 위 주사 등으로 인하여 죽거나 부상당한 가축의 소유자에게 대통령령으로 정하는 바에 따라 보상금을 지급해야 한다'고 규정하고 있다. 재판부는 "예방접종에는 아무런 시술상 문제가 없었고 한우의 폐사는 접종 부작용이 아니라 비위생적인 축사 환경으로 인한 것이라 보상금 지급대상이 아니라는 남해군의 주장은 당초 처분 사유와 다르므로, 처분 사유를 추가하는 것은 불허한다"고 덧붙였다. 경남 남해군에서 한우를 키우던 강씨는 2012년 2월 남해군청 소속 공수의에게 한우 7마리의 구제역 예방접종을 받았다. 이후 한우 1마리가 폐사하자 강씨는 예방접종으로 인한 쇼크사라고 주장하며 군청에 보상금을 청구했으나 군청은 경상남도지사의 2011년 5월 지침에 의해 구제역 백신 피해보상이 폐지됐다며 보상금 지급을 거부하자 소송을 냈다.

백신 예방접종 후 복합부분발작 장애 증세를 보인 자가 간질장애 판정을 받은 경우에는 '예방접종으로 인한 장애'를 인정해야 한다는 판결이 나왔다. 법원이 이례적으로 백신 예방접종과 간질장애 등 후유장애 사이에 인과관계를 인정한 것이다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 18일 A씨(14)가 질병관리본부장을 상대로 제기한 '예방접종으로인한장애인정거부처분취소소송(☞2009구합25101)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "△예방접종 하루 만에 경련과 강직 등 복합부분발작 장애 증세가 나타났고, 예방접종 이외에는 다른 원인이 개재 되지 않은 점 △질병관리본부가 A씨에게 예방접종 피해보상액으로 진료비 및 정액간병비를 지급한 점 △A씨와 같은 복합 열성 경련의 경우 간질 발병의 빈도가 높다는 연구결과가 있어 이 사건 예방접종과 영구적인 간질 발병과의 관련성이 전혀 없다고 단정하기 어려운 점 △관련 민사사건(의정부지법 99가단45413)에서도 이 사건 예방접종과 A씨의 후유장애 사이의 인과관계를 인정한 점 등을 종합적으로 보면 이 사건 예방접종과 A씨의 후유장애 사이에는 상당인과관계가 있다고 봄이 상당하다"고 판단했다. A씨는 1998년 보건소에서 디프테리아와 백일해, 파상풍의 혼합백신인 DTaP를 예방접종 받고 다음 날부터 경련과 안구 편위증상, 왼팔 강직 등의 복합부분발작 장애 증세를 보였다. 이에 A씨의 아버지인 B씨는 보건복지부에 진료비와 정액간병비를 신청해 예방접종 피해보상액으로 약 240여만 원을 지급받았다. 이후 A씨가 증세 악화로 2008년 간질장애 2급 및 지적장애 3급 판정을 받자 B씨는 보건복지부에 추가로 장애일시보상금을 신청했지만 보건복지부로부터 위임받은 질병관리본부가 "예방접종과 난치성 간질 사이에는 인과관계가 없다"며 거부하자 소송을 제기했다.