공익근무요원과 달리 산업기능요원의 복무기간을 공무원 재직기간에 산입하지 않도록 한 법률은 합헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. 헌재는 23일 산업기능요원으로 병역의무를 마치고 9급 공무원으로 임용된 우모씨가 제대군인지원에 관한 법률(제대군인지원법) 제16조1항과 공무원연금법 제23조 등에 대해 낸 헌법소원사건(☞2010헌마328)에서 재판관 5(합헌):3(각하)의 의견으로 합헌결정을 내렸다. 헌재는 결정문에서 "제대군인지원법 조항은 본인의 의사와 상관없이 징집 또는 소집돼 열악한 근무환경 속에서 국토방위 또는 공익 목적의 근무를 수행하는 현역병 및 공익근무요원 등의 공로를 공무원 재직기간 산입이라는 제도를 통해 보상하려는 목적을 가진다"고 밝혔다. 헌재는 이어 "산업기능요원은 공익근무요원과는 달리 자신의 자율적 의사에 따라 그 복무를 선택하고, 그 복무를 공무수행관계로 보기도 어렵다"며 "사기업체에서 자유로운 근무환경에서 일하고 본래 자신이 가진 전공이나 기술을 활용할 수 있으며 정식 직원에는 못미칠지라도 상당한 보수도 지급받는 산업기능요원의 복무기간을 공무원 재직기간에 산입하지 않는 것은 공익근무요원과 비교해 합리적 차별이므로 평등권 침해가 아니다"라고 설명했다. 반면 이강국·김종대·이동흡 재판관은 "공무원연금법 제23조3항은 공무원 임용 전 군 복무기간을 공무원 재직기간으로 산입할 수 있도록 하는 근거조항일 뿐이고 시행령에 의해 비로소 산업기능요원의 복무기간이 공무원 재직기간에 산입되지 않게 되므로 공무원연금법에 대한 청구는 각하돼야 한다"는 의견을 냈다. 우씨는 4등급 보충역 판정을 받고 2002년 5월부터 2004년 8월까지 방위산업체에서 산업기능요원으로 복무한 뒤 2009년 9급 지방직공무원 채용시험에 최종합격해 2010년 지방자치단체의 지방시설서기보로 임용됐다. 우씨는 산업기능요원의 복무기간을 공무원 재직기간의 산입대상에서 제외하는 것은 다른 제대군인들에 비해 공무원 호봉, 임금과 연금 산정에서 불합리한 차별이라며 헌법소원을 냈다.