종교적인 이유 등으로 병역이행을 거부한 이른바 '양심적 병역거부자'를 형사처벌하도록 한 병역법 조항에 대해 합헌 결정이 다시 내려졌다. 양심적 예비군 훈련 거부자들을 형사처벌할 수 있게 한 향토예비군설치법 조항에 대해서도 합헌 판단이 나왔다. 헌법재판소는 지난 2004년 같은 병역법 조항에 대해 "양심의 자유를 침해하는 것이라고 볼 수 없다"며 재판관 9명 중 7(합헌)대 2(위헌)의 의견으로 합헌 결정을 내렸으나, 이번에는 재판관 2명이 위헌의견이 아니라 한정위헌 의견을 냈다는 점에서 헌재가 보수적인 입장으로 변한 것으로 보인다. 헌재는 30일 춘천지법이 "현역병 입영 거부 행위를 3년 이하의 징역에 처할 수 있게 한 구 병역법 제88조1항 제1호는 양심의 자유와 행복추구권 등을 침해한다"며 제청한 위헌법률심판사건(☞2008헌가22 등)에서 재판관 7(합헌)대 2(한정위헌)의 의견으로 합헌결정을 내렸다. 헌재는 또 울산지법이 "예비군 훈련 거부 행위를 1년 이하의 징역 혹은 벌금형 등에 처할 수 있게 한 향토예비군설치법 제15조8항이 양심의 자유를 침해한다"며 제청한 위헌법률심판사건(2007헌가12)에서도 재판관 7(합헌)대 2(한정위헌)의 의견으로 합헌결정을 내렸다. 이날 결정의 평의는 조대현 전 재판관 퇴임전 이뤄졌기 때문에 정족수는 9인이다. 헌재는 "병역법 조항으로 인해 양심적 병역거부자의 양심의 자유가 제한되지만, 국가안보 및 병역의무의 형평성이라는 중대한 공익을 실현하고자 하는 것으로 입법목적의 정당성과 수단성의 적합성이 인정된다"고 밝혔다. 헌재는 이어 "대체복무제를 허용하더라도 공익 달성에 아무런 지장이 없다는 판단을 쉽사리 내릴 수 없는 이상 대체복무제를 도입하지 않은 채 형사처벌 규정만을 두고 있다 해도 최소침해원칙에 위반되지 않고 법익균형성 또한 갖추고 있으므로 양심의 자유를 침해하지 않는다"고 설명했다. 반면, 이강국·송두환 재판관은 "절대적이고 진지한 양심의 결정에 따라 병역의무를 거부한 청구인들에게 최소 1년6월 이상의 징역형이라는 무거운 형벌을 부과하는 것은 인간의 존엄과 가치를 심각하게 침해한다"며 "'정당한 사유'에 양심에 따른 병역거부를 포함하지 않는 것으로 해석하는 한 위헌"이라며 한정위헌 의견을 냈다. 이에 대해 목영준 재판관은 "병역의무의 이행에 따른 손실의 보상 등이 전혀 이뤄지지 않는 현재의 상황에서 양심의 자유에 의한 대체복무를 허용하는 것은 병역제도의 근간을 흔들고 사회 통합을 저해할 수 있다"며 합헌의견에 대한 보충의견을 냈다. 여호와의 증인 신도인 안모씨는 지난 2007년 8월 입영통지를 받고도 이를 거부한 행위로 기소됐다. 안씨 등 양심적 입영거부자 4명은 1심 법원에서 징역 1년6월을 선고받았고, 항소심을 담당한 춘천지법은 "병역법 관련 조항에 위헌 소지가 있다"면서 2008년 9월 위헌제청을 했다. 병역법 제88조1항은 현역입영 통지서를 받은 사람이 정당한 사유 없이 3일 이내에 입영을 거부한 경우 3년 이하의 징역에 처한다고 규정하고 있으며, 구 향토예비군설치법 제15조8항은 예비군 훈련을 정당한 사유없이 받지 않은 사람에 대해 1년 이하의 징역, 200만원 이하의 벌금 등의 처벌을 할 수 있도록 정하고 있다.