특별법원인 군사법원은 군형법상 범죄와 함께 경합범으로 공소제기된 일반 범죄에 대해서는 재판할 수 없다는 첫 대법원 전원합의체 결정이 나왔다. 군형법상의 범죄는 군사법원이, 일반 범죄는 일반 법원이 각각 재판권을 가진다는 것이다. 대법원은 지금까지 이 같은 경우 일반 범죄까지도 군사법원이 한꺼번에 재판할 수 있다는 입장을 취해왔는데, 이번 결정을 통해 판례(2003도8253 판결 등)를 변경했다. 이번 결정은 군사법원의 재판 관할권이 일반 국민에게 무분별하게 확장되는 것을 막아 헌법상 국민의 '법률에 정한 법관에 의한 재판 받을 권리'를 한층 더 두텁게 보장했다는 평가를 받고 있다. 대법원 전원합의체(주심 권순일 대법관)는 16일 군용물 절도와 허위공문서 작성 혐의 등으로 기소된 예비역 대령 김모(66)씨가 자신에 대한 재판권이 일반 법원인 서울중앙지법과 관할 보통군사법원 가운데 어디에 있는지 가려달라며 낸 재판권 쟁의에 대한 재정신청사건(2016초기318)에서 "서울중앙지방법원은 군용물절도 부분을 제외한 나머지 부분에 대해 재판권이 있다"고 결정했다. 재판부는 "헌법 제27조 1항은 '모든 국민은 헌법과 법률이 정한 법관에 의하여 법률에 의한 재판을 받을 권리를 가진다'고 규정함으로써 재판청구권을 보장하고 있고, 같은 조 2항은 헌법과 법률이 정한 예외적인 경우를 제외하고는 일반 국민은 군사법원에서 재판을 받지 아니한다고 함으로써 군사법원의 재판을 받지 아니할 권리를 기본권으로 선언하고 있다"며 "이에 따라 군사법원법은 일반 국민에 대하여 중대한 군사범죄로서 군의 조직과 기능을 보존하는 데에 구체적인 위험을 야기하는 초병이나 군용물에 관한 죄 등 특정 군사범죄에 한해 일반 국민에 대한 군사법원의 신분적 재판권을 인정하고 있다"고 밝혔다. 이어 "이 같은 헌법 취지를 고려할 때 군사법원이 예외적으로 일반 국민에 대해 신분적 재판권을 가진다고 하더라도 그 재판권의 범위에 관한 법률의 규정은 확장해석하거나 유추적용해서는 안 된다"면서 "군사법원이 특정 군사범죄를 범한 일반 국민에 대해 재판권을 가진다고 하더라도 일반 국민이 범한 특정 군사범죄 외의 다른 죄까지 군사법원이 재판권을 가진다고 해석하는 것은 헌법과 법률에 의하지 않고 군사법원의 재판권을 창설하는 것으로 허용될 수 없다"고 설명했다. 그러면서 "따라서 일반 국민이 군형법상의 범죄를 범해 군사법원이 그 범죄에 대한 재판권을 가지게 되었다고 하더라도 군형법상의 범죄와 경합범으로 공소제기 된 다른 일반 범죄에 대해서까지 군사법원이 재판권을 가진다고 할 수 없다"며 "특정 군사범죄는 군사법원이, 이 밖의 일반 범죄에 대해서는 일반 법원이 재판권을 갖는다"고 판시했다. 이 같은 다수의견에 대해 김용덕·박상옥 대법관은 "특정 군사범죄의 재판권은 군사법원에 전속되나, 일반 범죄는 군사법원 또는 일반 법원의 재판권이 인정될 수도 있으므로 대법원이 여러 사정을 검토하여 재정결정에 의해 일반 범죄의 재판권이 어느 법원에 있는지를 결정해야 한다"며 "이 사건의 일반 범죄에 대하여는 일반 법원의 재판권을 인정할 수 있다"는 별개의견을 냈다. 반면 박병대·김창석·김신 대법관은 "일반 범죄에 대한 군사법원의 재판권을 인정하지 않는 헌법 정신을 고려할 때 특정 군사범죄와 일반 범죄가 경합범으로 기소돼 함께 재판을 해야 하는 경우에는 일반 법원이 공소사실 전체에 대한 재판권을 갖는다고 봐야 한다"는 반대의견을 냈다. 하지만 이기택 대법관은 "사람에 대한 재판권은 사건별로 분리될 수 없고, 헌법과 군사법원법 등이 일반 법원의 재판권에 대한 특별규정으로서 군사법원의 재판을 받을 수 있는 신분적 재판권을 인정하고 있는 이상 일반 범죄에 대해서도 군사법원의 재판권이 인정된다"는 반대의견을 냈다. 김씨는 육군사관학교 교수로 재직하던 2009년 두 차례에 걸쳐 육사에서 쓰는 실탄 300여발을 외부업체로 반출(군용물 절도)하고, 2009년 12월에는 한 방위사업체가 만든 방탄유리의 성능을 시험한 사실이 없음에도 다른 업체의 시험 결과를 도용해 허위 시험평가서를 작성해 발급한 혐의(허위공문서 작성 및 행사)로 기소됐다. 검찰은 김씨가 이미 전역해 민간인 신분이라 군사법원이 아닌 서울중앙지법에 김씨를 기소했다. 그러자 군사법원은 "군형법에 따라 군용물절도죄는 민간인도 군사법원에서 재판을 받아야 하는 특정 군사범죄에 해당한다"며 서울중앙지법에 재판권을 주장했다. 이에 김씨는 대법원에 "어느 법원에 재판권이 있는지를 가려달라"며 재정신청을 냈다. 이번 대법원 결정에 따라 김씨는 결국 군용물 절도죄에 대해서는 군사법원에서, 허위공문서 작성 및 행사죄에 대해서는 서울중앙지법에서 판단을 받게 됐다. 대법원 관계자는 "미국 연방대법원도 '일반 법원이 제대로 기능하고 있음에도 불구하고 일반 국민을 군사법원에서 재판하는 것은 위법하며 모든 국민은 군사법원의 재판을 받지 않을 권리가 있다'고 선언한 바 있다"며 "이번 결정은 일반 국민에 대한 군사법원의 재판권이 확장되는 것을 제한해 헌법과 법률이 정한 법관으로부터 공정하고 신속한 재판을 받을 기본권의 본질적인 내용이 침해되어서는 안 된다는 점을 명시적으로 선언했다는 점에서 큰 의미가 있다"고 말했다.

헌법재판소에 접수되는 효력정지가처분 신청이 급증하고 있는 것으로 나타났다. 그러나 가처분신청에 대한 인용률은 극히 미미한 것으로 밝혀졌다. 헌재의 위상이 점차 높아짐에 따라 앞으로 가처분 신청사건은 더욱 늘어날 전망이다. 22일 헌법재판소에 따르면 지난 한 해동안 모두 31건의 효력정지가처분신청이 접수됐다. 가처분신청은 2001년 16건, 2002년 15건, 2003년 16건, 2004년 32건이 접수, 꾸준한 증가세를 보이고 있다. 올 들어서도 벌써 7건의 가처분신청 사건이 접수된 상태여서 이같은 증가 추세는 앞으로 계속늘어날 것으로 보인다. 헌재 관계자는 가처분 신청사건의 증가 추세에 대해“최근 헌법소원 사건이 증가하고 있는 추세와 맞춰 국민의 권리의식 신장과 헌재 기능에 대한 인식 확산이 주요 원인”이라며“입법과정에서 대립된 이익 집단간의 대화와 설득이 부족해 완전한 합의를 이루지 못한 상태에서 입법이 되는 것도 결국 전체 헌소사건의 증가와 가처분신청사건의 증가원인으로 보인다”고 분석했다. 헌재 창설이후 현재까지 접수된 가처분 신청사건은 모두 1백47건으로 이중 1백10건이 처리됐으나 단 3건만이 인용됐고 나머지 89건은 기각, 7건은 각하, 11건은 취하됐다. 결국 인용률이 2.7%에 불과한 것으로 나타났다. 헌재가 지난 99년 3월 공원구역의 진입도로에 대한 경기도지사의 지정인가처분에 대해 종국 결정 선고시까지 효력을 정지시킨 경우(98헌사98)와 2000년 12월 사법시험 응시횟수를 3회로 한정한 사법시험령 제4조 제3항에 대해 효력을 정지시킨 경우(2000헌사471), 2002년4월 군사법원법에 따라 재판을 받는 미결수용자의 면회횟수를 주2회로 정하고 있는 군행형법시행령에 대한 가처분 결정(2002헌사129)사례가 인용된 사건의 전부다. 이처럼 낮은 인용률에 대해 헌재가 법령의 효력정지라는 가처분 권한을 갖고 있으면서도 파급효과가 두려워 소극적으로 인용하고 있는 것이 아니냐는 비판도 있다. 헌재 관계자는 “가처분 인용의 사회적 파장이 크므로 신중을 기할 수 밖에 없다”면서 “하지만 지금까지 본안에서 위헌으로 결정될 만한 사안에 대한 가처분신청도 별로 없었다”고 말했다. 현재 계류 중인 37건과 각하·취하된 19건, 동일인이 두 번 청구했던 사건을 한 건으로 처리했을 경우 남는 91건에 대한 관련 본안사건의 종국 결과를 보면 각하 52건, 기각·합헌 24건, 헌법불합치 2건, 위헌·한정위헌·인용 5건, 심리 중 5건, 본안사건에 대한 신청이 없었거나 취하된 경우가 3건이었다. 위헌·한정위헌·인용된 5건 마저도 2건은 가처분이 받아들여졌었고 한 건은 자격정지 이상의 형의 선고유예를 받은 경우에 군공무원직에서 당연히 제적하도록 규정한 군인사법 조항에 대해 위헌 결정(2003헌마293)을 내렸지만“가처분의 효력은 원칙적으로 장래효를 가지므로 가처분의 효력이 제적당시까지 소급하지 않아 권리보호이익이 없다”는 이유였고 나머지 2건은 한정위헌 결정이었다. 법조 일각에서는 헌재의 가처분제도에 대해 일부 논란이 있어 왔다. 헌법재판소법은 57조와 65조에서 권한쟁의심판사건과 정당해산심판사건에서만 가처분 제도를 규정한 채 위헌법률심판사건이나 헌법소원사건에 대해서는 가처분제도의 명확한 규정을 두고 있지 않다. 헌재는‘특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 민사소송에 관한 법령의 규정을 준용한다’라는 헌법재판소법 제40조에 따라 헌법소원 등에도 가처분이 허용된다는 입장이다. 헌재의 헌법소원 사건 등에 대한 가처분이 허용되지 않는다는 입장도 있으나 위헌이 명백한 법률에 대해 본안결정전 가처분으로 미리 그 효력을 정지시킬 필요성이 있는 만큼 헌재의 가처분 제도를 허용해야 한다는 의견이 정설로 굳어져 있다. 하지만 헌재의 가처분제도가 법령 등의 적용을 정지시키는 효과를 발생시켜 법원 재판 절차에 영향을 미칠 수도 있어 법원과의 관계에서는 껄끄러운 것이 사실이다.