국민은행이 자회사인 국민카드를 합병하면서 부과받은 4000억원대의 세금이 취소됐다. 대법원 특별2부(주심 신영철 대법관)는 15일 ㈜국민은행이 중부세무서를 상대로 낸 법인세 등 부과처분 취소소송 상고심(2012두4111)에서 원고승소 판결한 원심을 확정했다. 재판부는 판결문에서 "대손충당금의 설정은 납세자에게 손급산입 여부에 대한 선택권이 부여된 것이기 때문에 국민카드가 대손충당금의 설정 여부를 선택할 수 있다"며 "국민카드가 대손충당금을 설정하지 않은 이상 합병법인인 국민은행은 대손충당금을 설정하지 않은 국민카드의 금전채권을 장부가액으로 승계할 수밖에 없었다"고 밝혔다. 이어 "국민은행이 흡수합병에 따라 국민카드로부터 채권을 장부가액으로 승계했다고 하더라도 이는 합병에 따른 효과일 뿐 비정상적인 거래형식을 택한 것으로 볼 수 없다"며 "국민카드의 회계처리가 기업회계기준에 위배된다고 하더라도 국민은행이 흡수합병함에 따라 취득한 채권의 실질 가치가 달라지는 것도 아니어서, 국민카드가 채권에 관해 대손충당금을 설정하지 않은 상태에서 국민은행이 흡수합병에 따라 장부가액으로 승계한 것이 부당행위계산부인의 대상이 된다거나 경제적 합리성을 결여한 것으로 볼 수 없다"고 지적했다. 재판부는 "국민은행의 대손충당금 설정이 소득신고의 오류·탈루로서 과세관청의 경정결정의 대상이 된다거나 실질과세의 원칙 또는 신의성실의 원칙에 위배된다는 과세당국의 주장은 받아들일 수 없다"고 판결했다. 국민은행은 2003년 9월 자회사인 국민카드를 흡수합병하면서 국민카드가 보유한 채권에 대해 대손충당금을 1조2660억여원을 적립해야 했다. 하지만 국민카드가 대손충당금을 모두 회계장부에 계상하지 않은 상태로 합병이 이뤄졌고, 국민은행은 장부가액대로 채권을 승계했다. 국민은행은 합병 후 2003사업연도에 대한 결산을 하면서 대손충당금 9320억여원을 회계장부에 계상했고 이를 손금에 산입해 법인세 신고를 했다. 중부세무서는 이같은 흡수합병이 채권 승계를 특수관계에 있는 자와 거래해 소득에 대한 조세 부담을 감소시킨 것으로 보고 법인세 4121억원을 부과했다. 1,2심도 "국민은행의 회게처리는 납세자의 선택권이 적용돼 위법하다고 볼 수 없다"고 판결했다.