동아제약이 보고투자개발 유상증자 참여해 실권주를 고가에 인수했다가 납부하게 된 37억7800여만원의 법인세를 돌려받게 됐다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난달 26일 동아제약(소송대리 소순무 변호사)이 동대문세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 항소심(2012누5451)에서 원고패소 판결한 1심을 취소하고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 "실권주의 고가 인수에서 경제적 이익의 분여는 실권주 인수자와 실권 주주 사이에 생기고 실권주를 발행한 법인은 당사자가 될 수 없다"며 "실권주 발행법인인 보고투자개발에 이익을 분여한 것으로 보고 구 법인세법 시행령 제88조1항 제1호를 적용한 과세처분은 위법하다"고 밝혔다. 재판부는 "법인이 실권주를 평가액보다 높게 발행한다고 해서 실권주 인수인인 주주와의 관계에서 이익이 발생하지 않는다"며 "실권주 발행법인으로서는 그 발행시점에 무상으로 인수가액을 출연받았다가 청산 시 남아 있는 자기자본을 지분비율대로 돌려주면 그만이기 때문에, 그 과정에서 법인에 차익이 생길 수가 없다"고 설명했다. 동아제약은 2003년 지분의 53.4%를 보유하고 있던 보고투자개발이 동원상호저축은행으로부터 대출받은 채무에 대해 180억원 한도로 지급보증을 했다. 자본잠식 상태였던 보고투자개발은 2004년에 300만주를 유상증자했고, 동아제약은 다른 주주들이 인수를 포기한 실권주 139만주를 포함해 모든 유상증자 주식을 인수하고 150억원을 납입했다. 유상증자 대금은 1주당 5000원이었지만, 시가는 2317원에 불과했다. 보고투자개발은 150억원을 동아제약이 보증을 선 대출금을 갚는 데 사용했다. 그러자 동대문세무서는 2009년 동아제약이 유상증자라는 형식으로 신주를 고가에 매수해 보고투자개발에 이익을 나누어 준 것으로 보고, 2005~2006년 법인세로 37억 7800여만원을 부과했다. 동아제약은 조세심판원에 심판청구를 했으나 기각결정을 받았고, 지난해 7월 소송을 냈으나 1심에서 패소했다.