상장주식의 양도로 인해 소득을 얻은 사람중 대주주에게만 양도소득세를 부과토록한 소득세법의 규정은 헌법상 평등의 원칙이나 조세평등주의 원칙에 위반되지 않는다는 법원판결이 나왔다. 서울행정법원 제2단독 金炳秀 판사는 삼성전자 주식 8천4백80주를 지난 2001년 17억3천3백58만5천원에 양도해 양도세를 부과받은 이모씨(51)가 "대주주만 양도소득세를 내는 것은 부당하다"며 강남세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(2005구단5898)에서 "세무서의 처분은 정당하다"며 14일 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법률조항에 의해 상장주식의 양도로 인한 소득을 얻은 자중 대주주에 대해서만 양도소득세를 부과한 결과를 가져온다 하더라도 이는 합리적인 이유가 있는 차별로서 헌법상 평등의 원칙이나 조세평등주의 원칙에 위반된다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 또 "과세대상 여부가 문제된 본인이 소유한 주식만이 아니라 그 특수관계자가 소유한 주식까지 합산해 일정수준 이상의 보유비율(3%) 또는 시가총액(1백억원)에 이른 경우 본인과 그 특수관계자들 모두 대주주로 보고 양도소득세의 과세대상으로 규정한 구 소득세법시행령 제157조4항은 특정회사의 주식을 분산해 보유한 특수관계자들은 주권의 행사나 주식의 거래에 있어 쉽게 담합해 회사를 지배하거나 주식시장의 가격형성에 영향력을 미칠 수 있다는 점에서 그 주식이 1인에게 집중된 경우와 같은 결과를 초래한다"며 "특수관계자들이 그들 소유의 주식을 합산한 결과 일정수준 이상의 보유비율 또는 시가총액에 이르게 된 경우 세법상 1인의 소유주식이 일정수준 이상의 보유비율 또는 시가총액에 이르게 되는 경우와 달리 취급할 이유가 없으며, 이들 모두를 대주주로 보아 양도소득세의 과세대상으로 삼더라도 자본시장의 위축이라는 부정적인 영향이 적고, 비정상적으로 형성된 투기적인 자본이익에 대해 보다 엄격한 과세를 할 필요가 있다"고 설명했다. 이씨는 지난 2001년 자신이 가지고 있던 삼성전자 주식 8천4백80주를 17억3천3백58만여원에 양도했는데, 강남세무서가 이씨와 가족들이 가지고 있는 주식이 모두 1백억원을 넘어 대주주에 해당한다며 양도소득세 3억2천1백76만여원을 부과하자 소송을 냈었다.