중소기업이 결손금 소급공제를 받았지만 이후 소급공제 대상이 아니라는 이유로 다시 반환하도록 규정하면서 법 시행 이전에 받은 소급공제도 반환하도록 한 법인세법 부칙은 위헌이라는 헌법재판소 결정이 나왔다. A사는 2003년 7월 수원시 팔달구의 한 오피스텔 건물을 신축해 분양했고, 2007년 사업연도에 32억원이 넘는 결손이 발생했다. A사는 건설업을 주된 사업으로 하는 법인이라며 2008년 6월 법인세법 제72조1항 결손금 소급공제에 의한 환급을 신청해 수원세무서로부터 4억300만여원을 환급받았다. 하지만 수원세무서는 2009년 11월 A사가 건설업이 아닌 부동산 공급업을 주된 사업으로 하는 기업이라며 결손금 소급공제 대상인 중소기업에 해당하지 않는다는 이유로 A사가 환급받은 법인세액에 이자를 가산한 4억6700여만원을 징수하는 처분을 했다. A사는 수원지법에 징수처분 취소소송을 냈지만 패소했고, 항소심에서 위헌법률심판제청을 신청했지만 기각되자 2012년 3월 헌법소원을 냈다. A사는 결손금 소급공제에 의한 환급 규정을 법 시행 후 최초로 환급세액을 징수하는 분부터 적용하도록 한 법인세법 부칙 제9조가 위헌이라고 주장했다. 헌재는 24일 A사가 법인세법 부칙 제9조는 위헌이라며 낸 헌법소원사건(2012헌바105)에서 재판관 전원일치 의견으로 위헌 결정했다. 재판부는 "부칙은 개정 후 법인세법 시행 이전에 결손금 소급공제 대상이 아닌데도 법인세를 환급받은 법인에도 개정조항을 적용할 수 있도록 규정하고 있다"며 "이미 종결한 과세요건사실에 소급해 적용할 수 있도록 하는 것이어서 헌법에서 원칙적으로 금지하는 진정소급입법에 해당한다"고 밝혔다. 또 "법인세를 부당 환급받은 법인은 소급입법을 통해 이자를 포함한 조세채무를 부담할 것이라고 예상할 수 없었고, 환급세액과 이자상당액을 법인세로서 납부하지 않을 것이라는 신뢰는 보호할 필요가 있다"며 "진정소급입법을 허용할 수 있는 사정이 없어 소급입법 과세금지 원칙에 위반된다"고 지적했다.

관광사업체가 금강산 관광사업 전면중단으로 손해를 입었다면 회사는 그 손해를 과세표준에 반영할 수 있다는 판결이 나왔다. 청주지법 행정부(재판장 최병준 부장판사)는 9일 금강산 관광사업체 대표 이모씨가 "금강산 관광이 전면 중단된 데 따른 결손금을 과세표준에 반영해달라"며 청주세무서장을 상대로 제기한 법인세등경정청구거부처분취소소송(☞2010구합2024)에서 원고승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "'남북사이의소득에대한이중과세방지합의서'에는 상대방의 지역에서 결손금이 발생한 경우에 일방에서 이를 처리하기 위한 규정은 두고있지 않으므로, 결국 내국법인인 원고가 북한의 금강산 지구에서 남북경제협력사업의 하나로 승인받은 사업을 영위하는 과정에서 발생한 이 사건 결손금의 처리에 대해서는 남한의 법인세법이 적용돼야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "구 법인세법에 의하면 납세지 관할세무서장 등은 과세표준과 세액신고를 한 내국법인의 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때는 이를 즉시 경정하도록 규정하고 있다"며 "청주세무서가 이씨의 2008사업연도의 법인세 과세표준 산정시 이 사건 결손금을 공제하지 않아야 한다는 전제에서 한 이 사건 처분은 위법하다"고 설명했다. 이씨는 2005년 12월 남북교류협력에관한법률에 의해 남북협력사업 승인을 받아 금강산 관광지구에 회사 지점을 설치하고 골프장 및 스파 리조트 사업을 해왔다. 2008년 7월 금강산 관광지구에서 남한관광객이 북한군의 총격으로 사망하는 사고가 발생해 금강산 관광이 전면 중단됐고, 이씨는 2008년 사업연도 중 금강산 지점에서 60여억원의 손실을 입게됐다. 이씨는 2009년3월 2008년 사업연도 소득에서 결손금을 공제하지 않고 법인세 및 농어촌특별세를 신고했다가 2009년 10월 결손금을 손금에 산입해 과세표준 및 세액경정청구를 했으나 청주세무서가 경정청구를 거부하자 소송을 제기했다.

아들이 대표로 있는 1인 회사의 결손금을 막아주기 위해 아버지가 그 법인에게 금전을 무상으로 빌려줬다면 이는 증여행위로 의제돼 증여세 부과대상이 된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정12부(재판장 장상균 부장판사)는 A씨가 서울 역삼세무서장을 상대로 제기한 증여세부과처분취소 소송(2010구합26704)에서 지난 3일 원고 일부승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "'구 상속세 및 증여세법' 제41조의 증여의제 규정은 결손법인 등의 주주 또는 출자자와 특수관계에 있는 자가 당해 법인에 재산이나 용역을 무상으로 제공하는 경우 당해 법인이 얻은 경제적 이익에 따른 주식가치 상승분을 주주 등이 증여받은 것으로 봐 증여세를 과세하도록 함으로써 변칙적인 증여행위를 방지하기 위해 마련된 것"이라며 "이와 같은 법령의 개정연혁, 규정 내용, 입법취지에 따르면 금전의 무상대부는 구 상속세 및 증여세법 제41조가 증여세 과세대상거래로 규정하는 '재산을 무상제공하는 거래'에 포함된다"고 판단했다. A씨가 주식 100%를 소유하고 있는 C주식회사에 2003년부터 2004년까지 자본액의 감소(결손금)가 발생하자 A씨의 아버지 B씨는 C주식회사에 약 40여 억 원을 무상으로 빌려줬다. 이에 역삼세무서는 이같은 무상금전대부가 '구 상속세 및 증여세법'상의 과세대상거래에 해당한다며 무상금전대부로 이익을 얻은 A씨에게 증여세 1억8,000여 만원을 부과했다. 이후 A씨는 "무상금전대부는 증여세의 과세대상에 해당하지 않는다"며 국세청에 불복심사청구를 했지만 80여만원 정도 줄어드는데 그치자 소송을 냈다.

(주)진로가 1998년 화의절차가 진행 중인 (주)진로건설의 채권을 주식평가액이 0원인 주식으로 출자전환한 것을 부당행위로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정8부(재판장 심상철 부장판사)는 지난 3일 (주)진로가 서초세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송(2006누24307)에서 1심 판결을 취소하고 “2003년도 법인세 26억여원 중 6억7,000여만원을 초과하는 부분을 취소한다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “진로의 출자전환은 손해를 조금이나마 줄이기 위해서는 채권을 그대로 보유하는 것보다는 이를 출자전환해 진로건설의 재무구조를 개선함으로써 신규공사수주가 가능하도록 해 계속기업으로서 존속하게 하는 것이 낫다는 판단하에 이뤄진 것으로 봄이 상당하다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “출자전환 당시 진로건설에 대한 채권을 회수할 가능성이 거의 없고 또 진로건설이 파산할 경우 거액의 담보 및 보증제공으로 인해 진로 또한 적지 않은 타격을 입을 것으로 예상되는 상황이었다”고 덧붙였다. 1998년 화의절차가 진행중이던 진로건설은 신주 7,000만주를 액면가인 주당 5,000원으로 발행해 주주간 균등비율에 의해 배정하는 내용으로 유상증자를 했다. 다른 주주들은 인수를 포기했고 진로가 단독으로 진로건설에 대한 3,500억원의 대여금채권을 출자전환하는 방식으로 모두 인수했다. 이후 진로건설은 서울중앙지법에서 파산선고를 받아 발생주식을 무상 소각했고 진로는 투자유가증권으로 계상했던 3,500억원을 손금에 산입해 법인세신고를 했다. 하지만 서초세무서는 구 법인세법 제20조의 부당행위계산부인규정을 적용해 진로가 신고한 이월결손금을 감액하는 결정을 했다. 이에 진로는 2003년 법인세신고에서 다시 이월결손금을 공제하고 신고했으나 서초세무서는 과다공제라며 이를 배제해 법인세를 결정·고지했다. 그러자 진로는 2005년10월 소송을 냈다.

합병법인의 상호가 피합병법인의 상호와 유사해도 이월결손금 공제를 거부할 수 없다는 판결이 나왔다. 구 법인세법시행령은 합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기한 경우 이월결손금 공제를 제한하고 있다. 서울행정법원 행정11부(재판장 서태환 부장판사)는 지난 13일 (유)듀폰이 “합병법인의 상호인 ‘주식회사 듀폰’과 피합병법인의 상호인 ‘한국듀폰주식회사’는 다르므로 이월결손금을 공제해야 한다”며 역삼세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소 소송(2008구합36036)에서 “법인세 100억여원의 부과처분을 취소하라”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “조세법률주의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는 조세감면요건을 막론하고 조세법규를 합리적 이유없이 확장·유추해석하는 것은 허용되지 않는다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “구 법인세법시행령 제8조의3에 정한 ‘합병법인의 상호를 피합병법인의 상호로 변경등기할 것’이라 함은 동일한 상호로 변경등기할 것을 의미한다고 해석하는 것이 자연스러운 문리해석”이라며 “실질적으로 동일한 상호로 변경등기하는 것도 포함된다고 해석하는 것은 확장·유추해석으로 허용되지 않는다”고 덧붙였다.

법인이 재산을 취득했을 경우 이를 무조건 주주의 이익으로 계산해 세금을 부과하는 상속세 및 증여세법시행령 제31조6항은 무효라는 판결이 나왔다. 서울고법 행정3부(재판장 유승정 부장판사)는 19일 2005년 폐업한 J상사의 주주 장모씨 등 4명이 양천세무서장 등을 상대로 낸 증여세부과처분취소 청구소송 항소심(2008누23421)에서 1심과 같이 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “상속세 및 증여세법 제41조1항은 증여 등 거래로 인해 주주가 ‘이익을 얻은 경우’에 그 이익에 상당한 금액을 주주의 증여재산가액으로 하도록 규정하고 그 ‘이익의 계산’에 관한 부분을 시행령에 위임하고 있다”며 “법이 주주가 ‘이익을 얻은 경우’에 그 계산만을 시행령에 위임하고 있음에도 법인이 재산을 취득하면 주주가 당연히 이익을 얻은 것으로 간주하여 그 이익의 계산방법을 규정한다는 점에서 모법의 위임범위를 벗어난 것”이라고 밝혔다. 재판부는 이어 “법 41조2항이 주주가 얻은 이익이 무엇인지에 관해서까지 시행령에 위임하는 취지로 본다고 하더라도, 시행령 조항은 특수관계자가 특정법인에 재산을 무상으로 제공하는 것을 바로 그 재산을 주식비율로 주주에게 제공하는 것과 같게 보는 결과가 돼 주식회사제도에 있어서 회사와 주주와의 관계를 근본적으로 해하는 것”이라고 덧붙였다. 재판부는 또 “결손법인의 경우 주주에 대한 배당을 고려할 수 없고 주식의 실가치나 잔존재산의 청산가치가 부수(-)인 경우가 대부분일 것인데, 특수관계자에 의한 재산의 무상제공이 있더라도 여전히 주식의 실가치 등이 (-)에 머물러 있는 경우라면 법인의 주주로서는 그 주식을 보유함으로서 어떤 이익도 실제로 받은 바 없다”며 “시행령 조항은 결손법인에 대한 재산의 무상제공이 있다고 해서 그 자체로 주주가 이익을 얻은 것으로 간주한다는 것이어서 실질과세의 원칙에도 어긋난다”고 설명했다. 경공업제품의 원부자재를 수입·수출하던 J사의 주주 중 한명인 장씨는 2004년 J사에 자신 소유의 건물과 대지를 증여했지만 결국 회사는 35억원이 넘는 결손금을 내고 2005년 폐업했다. 세무당국은 장씨가 회사에 부동산을 무상제공함으로써 주주들이 그 가액상당의 이익을 얻었다고 보고 각 주주들이 보유한 주식지분율을 토대로 증여세를 부과했다. 이에 불복해 장씨 등은 소송을 내 1심에서 승소했다.

법인이 얻은 이익을 무조건 주주의 이익으로 계산해 세금을 부과하는 상속세 및 증여세법시행령 제31조6항은 무효라는 법원판결이 나왔다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 지난 2005년 폐업한 J상사의 주주 장모(54)씨 등 4명이 양천·용산 세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분취소 청구소송(2008구합10676)에서 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "상속세 및 증여세법 제41조1항에서는 증여 등 거래로 인해 주주가 '이익을 얻은 경우' 그 이익의 계산 방법만을 시행령에 위임하고 있다"며 "증여 등 거래로 법인이 재산을 취득하면 주주가 당연히 이익을 얻은 것으로 간주해 그 이익의 계산방법을 정하는 시행령 제31조6항은 모법(母法)의 위임범위를 벗어났으므로 무효"라고 밝혔다. 재판부는 이어 "제41조1항의 입법취지는 결손법인에 대한 증여를 통해 법인세를 납부하지 않으면서 주주에게는 사실상 경제적 이익을 주는 변칙적인 증여를 막으려는데 있다"며 "주주와 특수관계에 있는 자가 법인에게 재산을 무상으로 제공했더라도 실제 주주가 아무런 이익을 얻지 못한 경우까지 이익을 얻었다고 간주해 주주의 주식보유비율에 따라 증여재산가액에 포함시키는 것은 지나치다"고 지적했다. 특히 "특수관계자가 결손법인에 재산을 무상제공해 주식 1주당 실가치나 청산가치가 (+)가 된다면 그 증가된 가액의 한도 내에서는 주주가 실질적으로 이익을 얻었다고 할 것이지만, 여전히 (-)라면 어떠한 이익도 실제로 받은 바 없는 것"이라며 "결손법인에 대한 재산의 무상제공행위가 있다고 해서 그 자체를 주주가 이익을 얻은 것으로 간주하는 것은 실질과세의 원칙에도 어긋난다"고 강조했다. 경공업제품의 원부자재를 수입·수출하는 J상사(주)의 주주 중 한명인 장씨는 2004년11월말 자신소유의 대지 494.9㎡와 지상 4층짜리 건물을 J상사에 증여했지만 결국 회사는 35억원이 넘는 결손금을 내고 2005년12월 문을 닫았다. 그러나 세무당국은 장씨가 회사에 부동산을 무상제공함으로써 주주들이 그 가액상당의 이익을 얻었다고 보고 각 주주들이 보유한 주식지분율을 토대로 증여세를 부과했다. 장씨 등은 이에 불복해 국세심판원에 심판청구를 했으나 받아들여지지 않자 소송을 제기했다.