의약품을 할인해서 팔면서 원래 금액대로 세금계산서를 발행했다면 나중에 할인해준 실제가격으로 수정한 세금계산서를 발행했더라도 위법하다는 판결이 나왔다. 법에서 정한 수정 사유에 해당하지 않는 이상 거래의 실질과 부합한다고 해도 구 조세범처벌법이 금지한 '사기 기타 부정한 행위로 조세를 포탈한 행위'에 해당한다는 취지다. 서울고법 형사7부(재판장 윤성원 부장판사)는 지난달 21일 2억여원의 부가가치세를 포탈한 혐의(조세범처벌법 위반)로 기소된 한국아벡스제약 대표이사 이모씨에 대한 항소심(2012노1516)에서 무죄판결한 1심을 파기하고 징역 6월에 집행유예 1년을 선고했다. 재판부는 판결문에서 "이씨는 거래처에 의약품을 25~65% 할인한 금액으로 공급하면서 세금계산서에는 정상 단가에 공급한 것처럼 기재하고 할인해 준 금액은 별도로 외상채권으로 장부에 기재했다"며 "그후 이씨는 납부해야 할 부가가치세를 줄이기 위해 '단가차액'이란 명목으로 외상채권을 감액한 수정세금계산서를 발행했다"고 밝혔다. 재판부는 "하지만 이씨가 다시 발행한 수정세금계산서는 부가가치세법에 정해진 수정세금계산서 발급사유에 해당하지 않는다"며 "이씨가 부가가치세를 포탈할 의도가 있었음이 분명하고 부가가치세 확정신고 때 수정세금계산서를 기초로 그만큼 매출액을 감소시킴으로써 과세표준과 세액에 관한 허위신고를 한 것"이라고 설명했다. 재판부는 "1심은 수정세금계산서가 약품 단가를 할인해 공급한 거래의 실질과 부합하므로 구 조세범 처벌법의 '사기 기타 부정한 행위'에 해당하지 않다고 판단해 무죄판결했다"며 "하지만 이같은 행위는 허위신고를 한 데 그친 것이 아니라 법에서 정한 사유에 해당하지 않는 수정세금계산서를 발행해 조세징수를 현저히 곤란하게 하는 적극적인 행위로 '사기 기타 부정한 행위'에 해당한다"고 지적했다.

회사가 다른 회사와 거래를 할 때 중간에 계열사를 끼워넣어 순차적으로 거래를 한 것처럼 세금계산서를 발급받았다면, 거래증빙 서류가 없는 것으로 봐야 하므로 가산세 부과 대상이 된다는 대법원 판결이 나왔다. 법인세법은 법인에 대해 부가가치세 세금계산서 등 사업과 관련된 증명서류를 작성하거나 받아서 세금신고기한이 지난 날부터 5년간 보관해야 하고, 이를 어기면 가산세를 부과하도록 규정하고 있다. 대법원 행정3부(주심 신영철 대법관)는 지난달 26일 A주식회사가 영등포세무서를 상대로 제기한 가산세부과처분 취소소송 상고심(☞2010두24654)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 되돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법 문언 내용 및 입법취지 등에 비춰 보면 사업과 관련해 재화 또는 용역을 공급받은 법인은 '실제로 거래행위를 한 자'로부터 증빙서류를 수취해야 한다"며 "A사는 실제로 재화를 공급하는 거래행위를 한 회사인 C사로부터 세금계산서를 수취한 것이 아니라 거래와 아무런 관련이 없는 B사로부터 세금계산서를 수취했을 뿐이므로 가산세 부과대상에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 "A사가 중간에 끼워 넣은 B사 명의로 된 세금계산서를 수취하기는 했으나 이를 C사로부터 거래에 관한 법정 증빙서류를 아예 수취하지 않은 경우와 같다고 볼 수 없다는 이유로 가산세 부과를 위법하다고 판단한 원심은 가산세 부과 대상에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다"고 지적했다. A사는 2004년 C사로부터 7억6000여만원의 물품을 구입했다. A사는 계열 회사인 B사가 연간 매출액이 30억원 미만이 돼 관리종목으로 지정될 것으로 예상되자 거래규모를 부풀리기 위해 서류상 C사와의 거래 중간에 끼워넣는 방법으로 B사의 외형 거래를 키웠다. 이 과정에서 세금계산서는 C사에서 B사로, B사에서 A사로 순차적으로 물품이 공급된 것처럼 작성됐고, A사는 이를 기초로 2004년분 부가가치세 및 법인세 신고를 마쳤다. 영등포세무서는 A사가 C사와의 거래에 사용한 세금계산서 등 증빙서류를 수취하지 않았다며 가산세 2700여만원을 부과하자 A사는 소송을 냈다.

금괴 수출업체들이 세금을 포탈할 목적으로 금괴 변칙유통을 하고 최종적으로 적법한 세금계산서를 제출했어도 국가는 변칙유통 단계에서 발생한 세금을 징수할 수 있다는 대법원판결이 나왔다. 그동안 금지금 변칙유통과 관련해 업체들에 과세가 가능하다는 판결과 그렇지 않다는 판결이 각급 법원에서 엇갈려왔으나 이번 대법원판결로 논란은 정리됐다. 국가는 현재 진행 중인 금지금(金地金:순도 99.5% 이상 금괴) 세금관련소송과 행정심판 중인 사건까지 포함해 5,790여억원 정도의 부가가치세를 업체들로부터 받아낼 수 있을 전망이다. 대법원 전원합의체(주심 양승태 대법관)는 부가가치세법상 금지금 수출에는 세금이 부과되지 않는 것을 악용해온 A금괴 수출업체가 세무서로부터 과세를 당하자 종로세무서장을 상대로 낸 부가가치세등 부과처분취소 소송 상고심(☞2009두13474)에서 원고 일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 20일 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "조세법 규정을 개별 사안에 그대로 적용하면 보편적인 정의관과 윤리관에 비춰 도저히 용납할 수 없는 부당한 결과가 초래되는 특별한 사정이 있다면 신의성실의 원칙에 의해 예외적으로 그 규정의 적용을 제한 또는 배제할 수 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 금지금을 단기간 내에 매입·수출하면서 매매차익을 누린 것은 그 전 단계의 악의적 사업자가 세액을 포탈해 이를 이윤으로 삼을 의도하에 금지금을 시가보다 낮은 가격으로 공급하면서 매출세액을 포탈하는 부정거래를 했기 때문"이라며 "원고가 금지금을 수출해 판로를 확보해주지 않고서는 악의적 사업자의 부정거래가 원칙적으로 불가능하므로 이들은 상호 의존관계에 있다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "악의적 사업자가 세액을 포탈하는 상황에서 원고의 환급주장을 허용하면 국가는 부득이 다른 조세수입으로 그 환급을 실시할 수밖에 없으므로 이는 국고의 유출에 해당하기 때문에 원고의 환급주장은 국세기본법상 신의성실의 원칙에 반해 허용될 수 없다"고 판단했다. 반면 전수안 대법관은 "사업자는 적법한 세금계산서의 수취를 완결적 요건으로 해 매입세액을 공제받을 수 있고 그 거래상대방이 부가가치세신고를 했는지, 신고세액을 납부했는지 여부를 묻지 않으므로 사업자가 적법한 세금계산서를 수취한 이상 국고의 손실이 초래된다는 이유로 매입세액 공제·환급을 제한해서는 안된다"며 반대의견을 냈다. 정부측을 대리해 직접 소송에 나선 구충서 정부법무공단 변호사실장은 "이번 판결로 금괴 수출업자들에게 약 447억원의 부정환급금이 즉시 환급되는 사태가 방지됐고 금지금 변칙거래 및 이를 모방한 알루미늄괴 등의 사기적 거래에 대해 약 3조원 상당을 과세할 수 있는 법적근거도 마련됐다"고 말했다.