기업의 주요업종이 변경된 후 3년이 지났더라도 정상적 매출발생기간이 3년 미만이라면 증여세 과세의 기준이 되는 비상장주식의 가치를 최근 3년간 순손익액의 가중평균액으로 산정해서는 안 된다는 법원판결이 나왔다. 업종의 변화가 있은 후 단기간에 높은 소득이 발생했더라도 이는 정상적인 매출이라고 보기 어려워 감정 등의 방법에 의해 주식가치를 평가해 증여세를 부과하는 것이 합리적이라는 이유에서다. 서울고법 행정1부(재판장 김창석 부장판사)는 최근 친·인척 등으로부터 A사의 비상장주식을 저가로 인수 또는 증여받은 후 거액의 증여세부과처분을 받은 B씨 등 4명이 성남세무서장 등을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송 항소심(2010누20951)에서 "과세관청의 증여세부과가 적법하다"는 1심을 깨고 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "구 상속세법 및 증여세법시행령 제54조와 제56조는 비상장주식 증여시 증여세 과세산정의 기준인 비상장주식 1주당 가액을 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'을 '순손익가치환원율'로 나눈 금액으로 계산토록 하면서 '1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액'은 원칙적으로 각 연도별 순손익액을 중심으로 일정산식에 의해 계산토록 하고 있지만 '주요업종에 있어서 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우' 등 재정경제부령(동법 시행규칙)이 정하는 예외적인 경우에는 회계법인 등의 감정평가액을 기준으로 산정토록 하고 있다"며 "'주요업종에서 매출발생기간이 3년 미만인 경우'를 '법인설립 후의 전 사업기간 중 매출발생기간이 3년 미만인 경우'로 해석한다고 하더라도 동법 시행규칙이 '평가기준일 전 3년이 되는 날이 속하는 사업연도 개시일부터 평가기준일까지의 기간 중 합병·분할·증자 또는 감자를 했거나 주요 업종이 바뀐 경우'까지도 원칙적 계산방법에 의해 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 평가하는 것이 불합리한 예외적인 경우로 규정하고 있는 점 등을 고려할 때 '주요 업종이 바뀐 경우 그 후의 사업기간 중 정상적인 매출발생기간이 3년 미만인 경우'도 '주요업종에서 매출발생기간이 3년 미만인 경우'에 포함된다고 해석해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "A사는 금융업을 주된 사업목적으로 운영하다 지난 1999년5월 주택건설업 등으로 주된 사업목적을 변경했고, 사업목적이 변경되기 전인 1998년도 매출액은 2,400여만원이었으나 사업목적이 변경된 후인 1999년~2001년도까지는 매출액이 전혀 없다가 2002년과 2003년도에 매출액이 각 5,100만원, 5억2,300백만원인 사실을 인정할 수 있는데 이는 이 사건 주식거래일(저가인수·증여일)인 2004년10월을 기준으로 주요업종에 있어서 매출발생기간이 3년 미만인 경우에 해당한다 할 것이므로 이 사건 주식 1주당 최근 3년간의 순손익액을 구 시행령 제56조1항1호의 산식에 따라 산정해 부과한 것은 위법하다"고 판단했다. 서울지방국세청은 2008년10월 A사에 대한 주식이동 조사결과 B씨 등이 친·인척 등으로부터 A사 비상장주식을 시가보다 낮은 가액으로 인수한 것을 발견하고 증여의제규정을 적용, 주식 1주당 평가액을 1만4,495원으로 산정한 과세자료를 성남세무서장 등에게 통보했고, 이에따라 B씨 등 4명에게 모두 7억1,600여만원의 증여세부과처분이 내려졌다. B씨 등은 "2003년 매출액이 급증한 것은 주택건설추진을 위해 구입했던 토지일부가 도로부지로 편입돼 이를 모두 매각하면서 얻은 양도차익 때문으로 이는 비정상적으로 순손익액이 증가한 때에 해당한다"며 소송을 냈다. 하지만, 1심은 "증여세부과가 적법하다"며 원고패소 판결했다(2010구합1569). 성남세무서장 등은 항소심 판결에 불복, 대법원에 상고했다.

대주주가 주식을 팔 때 먼저 취득한 주식을 양도한 것으로 간주, 양도소득세를 부과하는 것은 위법이라는 법원판결이 처음으로 나왔다. 이번 판결은 대주주가 주식을 팔 때 실제와는 달리 과세관청이 관행적으로 적용해온 양도세 부과방법에 제동을 건 것으로 법원에 계류중인 같은 종류의 사건에 영향을 끼칠 것으로 보인다. 현재 대주주가 주식을 양도할때 위탁받은 증권사는 제일 마지막에 매수한 주식부터 먼저 파는 '후입선출법'을 사용하고 있지만 세무서는 먼저 산 주식부터 양도하는 '선입선출법'으로 간주, 양도소득세를 계산해 부과하고 있다. 서울행정법원 제1단독 조성권 판사는 엔씨소프트 대주주 이모씨가 마포세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(☞2005구단3434)에서 "고객의 이익을 고려한 증권사의 후입선출법에 의한 양도주식의 방식을 과세관청도 존중해야 한다"며 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "장기보유주식의 배당소득에 대한 과세상의 혜택이 부여되는 구 조세감면규제법 제81조의3이 시행됨에 따라 소유주식이 장기보유주식인지를 구분해야 할 필요성이 생겨 대신증권을 포함한 모든 증권회사들은 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 구분·관리하게 되었고 구 조감법시행령 제80조7항에 따라 그중 일부가 양도되는 경우 후입선출법에 따라 계좌상 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 것으로 관리하는 방식으로 회계처리하는 것이 관행으로 자리잡았다"며 "1998년1월1일 이후 현재까지 업무처리의 기준으로 채택돼 관행화되어온 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식은 구 조감법시행령 제80조7항 및 고객의 이익을 고려한 것으로서 공정·타당하므로 기업회계의 존중을 규정한 국세기본법 제20조의 취지에 비춰 과세관청은 이를 존중해야 할 것"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고가 주식관리를 위탁한 대신증권은 다른 증권회사들과 마찬가지로 고객의 장기보유주식 확인을 위해 후입선출법에 의한 양도주식의 특정방식을 업무처리 기준으로 채택해 운영해왔고 원고는 이에 대해 아무런 이의를 제기하지 않은 점, 증권회사들이 고객계좌의 잔고주식을 취득일자별로 관리하고 있는 이상 수회에 걸쳐 취득한 같은 종목의 주식중 일부를 양도한 경우라도 양도된 주식을 그 취득일자에 의해 특정할 수 있는 점, 양도주식은 그 취득당시의 취득가액이 서로 다를 것이어서 적어도 양도소득세 산정을 위한 양도차익 계산에 있어서는 주식을 취득일자별로 특정해, 구분·관리하는 것이 의미가 있다는 점 등을 고려하면, 원고가 양도한 주식이 그 취득일자를 확인할 수 없는 경우에 해당한다고 볼 수도 없다"며 "원고가 양도한 주식의 취득시기가 분명하지 않다는 이유로 소득세법시행령 제162조5항에 따라 먼저 취득한 주식을 먼저 양도했다고 보고 한 피고의 이 사건 처분은 위법하다"고 덧붙였다. 이씨는 지난99년 엔씨소프트의 주식 11만4천5백48주를 가지고 있었으며 이씨의 남편도 같은 회사 주식 10만3천5백98주를 가지고 있어 총 소유주식이 엔씨소프트의 총발행주식 4백50만주의 3%를 초과해 대주주가 됐다. 이씨는 엔씨소프트가 2000년7월 코스닥시장에 등록되자 같은해 8월부터 12월까지 대신증권에 개설된 위탁자계좌를 통해 엔씨소프트 주식 2만4천8백주를 새롭게 매수했다가 다시 5만5천5백8주를 양도한후 양도가액을 54억6천7백8만여원으로, 취득가액을 대신증권 위탁계좌원장에 기재된 주식의 입고일과 매수일을 기준으로 나중에 취득한 주식을 먼저 양도한 후입선출법으로 계산한 20억9천4백88만여원으로 해 양도소득세 3억1백22만7천여원을 신고·납부했으나 마포세무서가 "양도주식의 취득시기가 확인되지 않고 취득시기가 분명하지 않다"는 이유로 선입선출법으로 재계산, 지난해 6월 2000년도 귀속 양도소득세를 3억4천55만여원으로 경정·고지하자 소송을 냈었다.