사업상 정당한 사유로 매매대금이나 용역대금이 감액됐다면 감액 부분에 대해 법인세를 부과해서는 안 된다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김용덕 대법관)는 최근 LSF-KDIC사가 역삼세무서를 상대로 낸 법인세부과처분 취소소송 상고심(2011두1245)에서 원고패소판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "법인세법은 현실적으로 소득이 없더라도 그 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생한 때에는 그 소득이 실현된 것으로 보고 과세소득을 계산하는 권리확정주의를 채택하고 있는데, 이러한 권리확정주의는 소득의 원인이 되는 권리의 확정시기와 소득의 실현시기와 시간 간격이 있는 경우에는 권리가 확정적으로 발생한 때 소득이 있는 것으로 보고 해당 사업연도의 소득을 산정하는 방식"이라며 "실질적으로는 불확실한 소득에 대해 장래 그것이 실현될 것을 전제로 미리 과세하는 것을 허용하는 것을 말한다"고 밝혔다. 재판부는 "소득의 원인이 되는 권리가 확정적으로 발생해 일단 납세의무가 성립했다고 하더라도 일정한 후발적 사유 때문에 소득이 실현되지 않은 것으로 확정됐다면, 당초 성립했던 납세의무는 그 전제를 상실해 원칙적으로 그에 따른 법인세를 부과할 수 없다고 봐야 한다"고 덧붙였다. 재판부는 "여기서 말하는 후발적 사유에는 사업상 정당한 사유로 당초의 매매대금이나 용역대금을 감액한 경우도 포함되는 것이 타당하므로, 특별한 사정이 없는 한 그 감액분을 당초의 매매대금이나 용역대금에 대한 권리가 확정된 사업연도의 소득금액에 포함해 법인세를 과세할 수는 없다"고 설명했다. LSF-KDIC사는 해밀컨설팅그룹과 부산 사상구에 위치한 종합화물터미널 부지를 매도하는 계약을 체결했다. 계약상에는 'LSF-KDIC사가 2005년 5월 30일까지 용도변경을 추진하되, 용도변경이 안 되는 경우에는 해밀이 계약을 해제하거나 환매를 요청할 수 있다'는 조건이 들어갔다. LSF-KDIC는 3차 매매계약에서 용도변경이 이뤄지는 게 불가능하다고 보고 매매대금을 1100억원에서 1030억원으로 70억원을 감액하는 조건을 제시했고, 해밀은 이를 받아들여 감액분 70억원을 반환받았다. 그러나 이 부분이 반영되지 않은 채 법인세가 과세되자 LSF-KDIC는 "부지매매대금을 감액하기로 한 것은 매매계약 해제 등으로 인한 불이익을 피하기 위한 것으로, 사업상 정당한 사유가 있는데도 이 부분에 대해 법인세가 부과된 것은 위법하다"며 소송을 냈으나, 1·2심은 원고패소판결했다.