부분적인 세무조사 이후 다른 항목에 대한 또 다른 세무조사가 이뤄졌다면 이는 영업의 자유 등을 이유로 국세기본법이 금지하고 있는 세무 재조사에 해당하므로 허용되지 않는다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김소영 대법관)는 의료기기 회사 ㈜세라젬이 "과거 세무조사와 중복되는 세무조사 실시 결정을 취소해 달라"며 서울지방국세청을 상대로 낸 세무조사 결정처분 취소소송 상고심(2014두12062)에서 원고일부승소 판결한 원심을 깨고 사건을 원고전부승소 취지로 지난달 26일 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 국세기본법 제81조의4는 조세탈루를 명백하게 인정할 만한 상황이 아니라면 같은 과세기간과 같은 세목에 대해 재조사를 할 수 없도록 규정해 세무조사가 남용되는 것을 방지하고 있다. 재판부는 판결문에서 "세무공무원이 특정 과세기간에 대해 부분 세무조사를 한 이후 같은 과세기간의 나머지 항목에 대한 세무조사를 해서 이전의 세무조사와 중복되지 않았다고 주장하더라도 이는 국세기본법에 규정된 세무조사의 재조사에 해당하기 때문에 취소해야 한다"고 밝혔다. 세라젬은 2010년 4월, 2011년 7월, 2012년 3월에 2006~2009 사업연도에 대한 세무조사를 거듭 받게 되자 재차 이뤄진 세무조사는 재조사에 해당한다며 이를 취소해 달라고 소송을 냈다. 1심은 "일부 항목에 대한 조사 후에도 재조사를 할 수 없기 때문에 2012년 3월의 세무조사는 부당하다"며 원고일부승소 판결했다. 그러나 항소심은 "같은 세목, 같은 과세기간에 대해 다시 세무조사를 하더라도 조사내용이 다른 경우에는 재조사에 해당하지 않는다"고 판결했다.

의료기기 수입업체가 다른 의료기기 업체를 합병할 경우 합병되는 회사에서 이미 허가를 받아 판매해오던 의료기기에 대해 품질관리기준 적합성 인정을 다시 받을 필요는 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 특별6부(재판장 조병현 부장판사)는 지난달 27일 의약품 및 의료기기 유통업 등을 목적으로 설립된 (주)에이엠지메디칼이 식품의약품안전청장을 상대로 낸 수입업무정지처분취소 청구소송 항소심(2006누20251)에서 “수입업무정지 6월의 처분을 취소한다”며 1심을 취소하고 원고 승소판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “원고 회사는 ‘의료용레이저조사기’에 대해 수입허가를 받은 회사를 흡수합병함으로써 그 지위를 승계했다”며 “특별한 사정이 없는 한 기존법인으로부터 품질관리기준 적합성 피인정자로서의 지위 역시 승계했다고 봐야하므로 법령상 근거가 없는 한 의료기기를 수입, 판매할 수 있다”고 밝혔다. 원고 회사는 2005년 ‘의료용레이저조사기’에 대한 수입허가를 받은 M사를 흡수합병하면서 M사가 허가받은 의료기기 수입업허가증에 대표이사 이름 등을 변경해 재교부 받았다. 이후 ‘의료용레이저조사기’를 판매해오던 원고는 식품의약청이 품질관리기준 적합성 인정을 받지 않고 판매했다는 이유로 수입업무정지 처분을 내리자 이에 불복해 소송을 내 1심에서 패소했다.