재단법인이 기본재산에 지상권을 설정할 때에는 주무관청의 허가를 받지 않아도 된다는 판결이 나왔다. 서울고법 민사12부(재판장 박형남 부장판사)는 1일 여의도 파크원 부지 소유주인 세계기독교통일신령협회 유지재단(통일교 재단)이 "부지에 시행사 명의로 설정된 지상권을 말소하라"며 시행사인 Y22프로젝트금융투자(Y22)를 상대로 낸 지상권설정등기 말소소송 항소심(☞2011나65695)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "주무관청은 재단법인의 운영에 최소한으로 개입해야 하는 것으로, 명백하게 정관 변경에 대한 허가를 필요로 하는 사안에 대해서만 허가권을 행사할 수 있다"며 "정관변경이 수반되지 않는다면 비록 재단법인의 중요한 자산의 처분에 해당할 수 있다고 하더라도 주무관청의 허가가 필요하지 않다고 보는 것이 민법의 규정에 부합한 해석"이라고 밝혔다. 재판부는 이어 "통일교 재단은 부지 소유 현황을 기본재산 목록에 기재하고 있을 뿐이고, 소유권이 변동되는 처분 이외에 지상권의 설정 등에 대해서는 정관변경의 절차를 거치도록 규정하고 있지 않다"며 "재단이 시행사인 Y22에게 기본재산인 파크원 부지에 대해 지상권을 설정함에 있어서 주무관청의 허가를 받지 않았다고 해도 지상권설정 계약이 무효라고 할 수 없다"고 설명했다. 재판부는 "이사장이 계약을 통해 재단에 막대한 손해를 가하고 시행사에 부당한 이익을 부여하고 있다고 볼 수 없고, 시행사가 이에 적극적으로 가담했다고 볼 만한 증거도 없다"고 덧붙였다. Y22는 2005년 통일교 재단과 여의도 4만6000㎡ 부지에 99년간 지상권을 설정하는 계약을 맺고 초대형 업무·상업 복합단지인 파크원 공사를 벌여왔으나, 2010년 10월 통일교 재단이 계약무효를 주장하며 소송을 낸 뒤 공사가 중단됐다. 재단은 "지상권 설정이 재단법인의 기본재산을 처분하는 것으로 정관변경에 해당돼 주무관청 허가가 필요한데 이를 받지 않은 데다, 계약도 당시 이사장의 배임행위로 이뤄진 것이어서 무효"라고 주장했으나 1심에서 패소했다.

편법적 경영권 승계 의도 없이 회사가 발행하는 총 주식의 5% 이상을 장학재단에 기부했더라도 과세관청은 장학재단에 증여세를 부과할 수 있다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정8부(재판장 김인욱 부장판사)는 19일 재단법인 구원장학재단이 수원세무서장을 상대로 낸 증여세부과처분취소소송의 항소심(2010누26003)에서 1심판결을 취소하고 원고패소 판결했다. 재판부는 우선 구 상속세 및 증여세법이 장학재단과 같은 공익법인이 출연받은 재산이 내국법인이 발행하는 주식 총수의 5% 이상인 경우에 그 초과부분에 증여세를 부과하도록 하면서도 출연자와 내국법인이 특수괸계에 있지 않다면 비과세 하도록 규정한 것은 입법자가 공익법인이 보유할 수 있는 주식에 대해 입법정책상의 한계를 미리 정해놓은 것이라고 판시했다.고 있다. 재판부는 "입법자는 공익법인의 주식 출연에 대한 정책적 필요성과 공익법인에 대한 주식출연으로 발생할 수 있는 우회적인 경제력 승계의 폐해를 막기 위한 현실적 필요성을 고려해 공익법인이 내국법인의 발행주식 총수 5% 이상을 보유한 경우라도 출연자와 특수관계에 있지 않은 내국법인의 주식이라면 증여세를 과세하지 않도록 공익법인의 주식보유에 관한 입법 정책상 한계를 설정했다"고 밝혔다. 재판부는 이 때문에 공익법인이 내국법인과 특수관계에 있는 출연자가 내국법인의 발행주식 총수의 5% 이상을 기부하더라도 출연자에게 경영권 편법승계의 의도가 없다면 비과세하는 것으로 해석한다면 적법한 법률해석의 범위를 벗어난 것이라고 설명했다. 법령에서 이미 한계를 정했는데도 법령의 해석으로 다시 한번 한계를 설정하는 것은 법적 안정성을 훼손하는 사실상의 입법행위라는 판단이다. 재판부는 "입법취지에 반하지 않는 점을 들어 법령의 해석으로 다시 한번 법령에서 정한 한계를 재설정 하는 것은 증여세 과세가액 불산입 조항에 관한 법률해석의 범주를 넘어서는 것이라고 볼 수밖에 없다"고 설명했다. 재판부는 "합헌적 조세법률을 적법하게 적용해 한 과세처분이 구체적인 경우에 형평에 반하는 등의 위헌적인 결과에 이른다고 할지라도 독일과 같이 입법을 통한 구체적인 구제제도가 없는 이상 헌법 제107조2항에 의해 법원에게 이를 시정할 권한이 주어졌다고 볼 수도 없다"고 밝혔다. 증여세 부과처분으로 출연된 주식의 대부분을 국가가 거두게 돼 사실상 공익법인의 존속을 불가능하게 하더라도 어쩔 수 없다는 설명이다. 수원교차로의 전체 주식 12만 주를 소유한 A씨와 B씨는 2003년 2월 구원장학재단에 각각 7만2000주와 3만6000주를 기부했다. 이로 인해 구원장학재단의 자산총액이 3억원에서 180억원으로 증가하자 수원세무서는 "공익법인이 법인의 의결권 있는 발행주식 총수의 5%를 초과해 출연받은 경우에 해당한다"며 구원장학재단에 증여세 140여억원을 부과했다. 구원장학재단은 감사원에 심사청구를 했지만 기각되자 소송을 냈다. 1심은 "A씨가 구원장학재단을 수원교차로의 지주회사로 만들어 경제력을 집중시키거나 세습하는 과정에서 증여세를 회피하기 위한 의도로 주식을 출연한 것으로 볼 수 없다"며 원고승소 판결했었다.

SK가 2012 여수세계박람회의 IT사업 우선협상대상자로 선정된 것을 막으려던 삼성의 노력이 저지됐다. 서울중앙지법 민사50부(재판장 최성준 수석부장판사)는 지난달 26일 삼성SDS(주)가 "SK C&C(주)를 2012 여수세계박람회 IT 인프라 구축사업 우선협상대상자로 선정한 이번 입찰은 위법하다"며 2012 여수세계박람회조직위원회를 상대로 낸 입찰절차 진행정지 등 가처분신청사건(2010카합844)에서 기각결정을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "2012 여수세계박람회조직위는 SK C&C의 산출내역서 작성방식이 다소 이례적이라고 하더라도 협상에 별다른 지장이 되지 않는다고 판단했다"며 "이에 SK C&C와의 협상절차를 계속 진행해 계약체결까지 완료한 것을 두고 입찰주관자로서의 재량범위를 벗어난 조치를 한 것으로 보기 어려운 만큼 이번 입찰절차에서 공공성과 공정성이 현저히 침해됐었다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "입찰절차에 기한 계약은 상대방과 대등한 위치에서 체결하는 사법상의 계약으로서 일반적으로 사인 사이에 체결되는 계약과 다를 바 없으므로 사적자치와 계약자유의 원칙 등 사법의 원리가 그대로 적용된다"며 "따라서 어느 업체의 입찰방식 또는 내용 중 입찰주관자가 입찰공고로써 설정한 기준에 위반되는 부분이 있다는 이유만으로 당연히 당해 업체를 낙찰자 또는 우선협상대상자로 선정한 결정이나 그에 기한 계약이 무효가 되는 것은 아니다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "입찰업체의 입찰방식 또는 내용이 입찰공고에 위반되는지 여부 및 그 위반사항이 입찰무효사유에 해당하는지 여부를 판단하는데 있어서도 입찰주관자에게 상당한 재량이 인정된다"며 "여수세계박람회가 형식상은 민법상 재단법인이나 공공적 성격을 갖고 있다"고 설명했다.

비법인인 단체가 법인으로 승격하면서 종전에 가지고 있던 부동산을 증여형식으로 취득한 경우 '부동산 취득'으로 볼 수 없어 이에 대한 취득세부과는 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 동일한 단체에 대해 법적지위가 달라졌다는 이유로 그 소유 부동산에 취득세를 부과한 것이 '실질과세 원칙'에 위배된다고 판단한 것으로 의미가 있다. 서울행정법원 13부(재판장 白春基 부장판사)는 비영리 종교단체에서 법인으로 승격한 A 재단법인이 용산구청을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(☞2004구합17839)에서 15일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "민법 제32조는 종교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 재단은 주무관청의 허가를 얻어야만 이를 법인으로 할 수 있도록 규정하고 있어 비법인 단체의 경우 법인으로 허가받기 전 설립허가에 필요한 자산으로 소유하게 된 부동산을 허가받을 법인에게 출연하는 형식을 취해 설립허가를 받은 다음 법인 명의로 소유권이전등기를 하는 경우 설립허가의 결과여부에 따라 취득세 납세의무로 해석하는 것은 실질과세 원칙 등에 반한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "설사 원고와 종전 비법인단체와의 법적규율의 정도, 법인격 등의 측면에서 다소 차이가 있더라도 재단법인 설립허가를 받음으로써 법인으로 전환된 원고가 종전 비법인단체 명의로 되어 있던 부동산에 관한 등기를 자신 명의로 하기 위한 방편으로 한 토지 증여계약은 지방세법 제105조제1항 소정의 '부동산의 취득'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. A 재단법인은 지난 2000년4월 문화관광부장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립등기를 한 후 비법인 단체시 소유하고 있던 토지를 새로운 법인명의로 등기하기 위해 형식적인 증여계약을 통해 소유권이전등기를 경료했는데, 이에 대해 용산구청이 '부동산 취득에 해당한다'며 취득세를 부과하자 소송을 냈었다.