지주회사 설립을 위해 현물출자한 사람이 현물출자로 얻은 양도차익에 대한 과세이연(세금 납부를 미뤄주는 혜택)을 받은 상태에서 공익법인에 지주회사 주식을 기부했다면 과세이연 받은 양도소득세를 즉각 납부해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 일반적으로 공익재단에 기부하면 세금이 면제되지만 지주회사 설립 과정에 관계됐던 주식에는 이를 적용할 수 없다는 취지다. 대법원 행정2부(주심 박상옥 대법관)는 강영중(66) 대교그룹 회장이 "공익법인에 기부한 주식에까지 세금을 부과하는 것은 부당하다"며 용산세무서장을 상대로 낸 양도소득세 부과처분 취소소송 상고심(2015두40569)에서 원고패소 판결한 원심을 최근 확정했다. 구 상속세 및 증여세법 제48조 1항은 공익법인에 대한 출연은 과세대상이 아니라고 규정하고 있다. 재판부는 판결문에서 "구 조세특례제한법 제38조의2가 주식 현물출자 양도차익에 과세이연 혜택을 주고 있지만 이는 지주회사 중심의 단순한 지배구조를 유도해 기업 지배구조의 투명성을 확보하고 기업구조조정을 활성화하려는 취지"라며 "그런데 강 회장은 지주회사 주식을 증여해 기업구조조정 촉진이라는 기존 목적을 상실시켰으므로 과세대상이 된다"고 밝혔다. 강 회장은 2001년 그룹을 지주회사 체제로 바꾸면서 대교홀딩스를 설립해 자신이 보유하고 있던 계열사 2곳의 주식을 출자하고, 그 대신 대교홀딩스 주식을 받았다. 강 회장은 이 과정에서 주식을 현물투자해 지주회사를 설립할 때 주식 양도차익에 대해서는 주식을 처분할 때까지 과세를 이연받을 수 있도록 규정한 구 조세특례제한법 제38조의2에 따라 2740억여원에 달하는 양도차익에 대한 세금 납부를 미룰 수 있었다. 그러다 강 회장은 2009년 자신이 이사장으로 있던 공익법인인 세계청소년문화재단에 대교홀딩스 주식 7만주(70억원 상당)를 기부했다. 재단은 강 회장의 기부가 공익법인에 대한 출연으로 증여세 과세대상이 아니라는 이유로 증여세를 납부하지 않았다. 하지만 과세당국은 과세이연 받은 양도소득세를 내야한다며 강 회장에게 양도소득세 16억8000만원을 부과했고, 강 회장은 소송을 냈다.

법인세 공제대상인 기업부설 연구소 직원들의 인건비에는 퇴직급여 충당금도 포함된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 최근 (주)현대자동차가 서초세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송(2012구합44058)에서 원고승소 판결했다. 조세특례제한법과 시행령은 기술개발과 문화산업 진흥을 위한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 등을 포함한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 지난해 시행령이 개정되기 이전에는 인건비에 퇴직급여 충당금을 명문으로 제외하고 있지는 않았다. 재판부는 판결문에서 "인건비는 명칭을 불문하고 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여 충당금은 법인이 퇴직금을 사전 적립한 것으로, 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이기 때문에 퇴직급여 충당금에 대해 법인세를 공제하더라도 입법 취지에 반하지 않는다"고 밝혔다. 또 "지난해 2월 조세특례제한법 시행령에 '인건비에서 퇴직급여 충당금은 제외한다'는 규정을 신설한 점을 고려하면 개정 전의 시행령의 인건비에는 퇴직급여 충당금에도 포함된다고 보는 것이 타당하다"고 덧붙였다.

인터넷 오픈마켓은 상품중개업자가 아니라 부가통신업자이므로 농어촌특별세를 낼 필요가 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 이인형 부장판사)는 지난 19일 인터넷 오픈마켓인 G마켓을 운영하는 이베이코리아가 역삼세무서장을 상대로 낸 농어촌특별세 부과처분 취소소송(2012구합18059)에서 "G마켓은 농어촌특별세 부과 대상이 아닌 부가통신업자"라며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "조세특례제한법 제6조에 의하면 부가통신업을 영위하는 기업은 세액의 100분의 50이 감면되고, 상품중개업을 영위하는 기업에 대해서는 세액감면이 인정되지 않는다"며 "G마켓은 인터넷 사이트에서 수행되는 전자적 기능에 의해 상품거래가 이뤄지도록 하는 설비와 관련된 기술을 보유해 사업을 영위하는 부가통신업체에 해당한다"고 밝혔다. 재판부는 "상품중개업은 판매자와 구매자를 발굴하고 이들에게 거래조건을 제시하는 등 상품매매계약이 체결되도록 하는 행위"라며 "G마켓은 회원들의 상품정보·대금결제·배송정보의 입력 및 검색 등의 전자적 기능을 이용해 정보검색망 이용을 판매회원과 구매회원에게 제공하는 부가통신업 사업을 한 것"이라고 설명했다. 이어 "G마켓을 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업으로 전제하고 법인세 감액분에 대한 농어촌특별세를 부과한 처분은 위법하다"고 지적했다. 이베이코리아는 조세특례제한법에 따라 법인세 100분의 50이 감면되는 부가통신업이라는 이유로 2005~2008년 사업연도까지 법인세를 감면받았다. 역삼세무서는 2010년 1월 이베이코리아가 법인세 감면대상이 아닌 상품중개업에 해당한다며 170억여원의 법인세를 부과했으나, 이베이코리아는 2010년 4월 조세심판원에 심판을 청구해 법인세 22억여원을 감액받았다. 역삼세무서는 2011년 8월 "G마켓은 상품중개업에 해당하므로 법인세 감액에 따른 농어촌특별세를 납부해야 한다"며 농어촌특별세 5억6000여만원을 부과했다. 이베이코리아는 농어촌특별세 부과에 불복해 2011년 10월 조세심판원에 심판을 청구했으나 기각되자 지난 6월 소송을 냈다.

주식매수선택권 비과세한도 초과액을 손금산입 처리한 것을 부당행위로 간주할 수 없다는 판결이 나왔다. 구 조세특례제한법 제15조, 시행령 제13조는 주권상장법인의 종업원이 2003년12월까지 부여받은 주식매수선택권을 행사해 얻은 이익은 1인당 5,000만원의 한도에서는 법인세법 제52조의 부당행위계산 부인규정을 적용하지 않는다고 규정해 비과세특례를 부여하고 있다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김종필 부장판사)는 지난달 29일 A사가 “특례한도액 초과액에 대한 손금산입처리를 무조건 부당행위로 간주하는 것은 부당하다”며 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세경정거부처분 취소소송(2009구합7134)에서 “법령에 따른 주식매수선택권 행사는 부당행위라고 하기 어렵다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “구 조세특례제한법 제15조의 규정은 비과세특례한도에 해당하는 부분을 실효성있게 보장하기 위해 부당행위계산 부인규정을 적용하지 않는다는 뜻을 소극적으로 명시한 것에 불과하다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “특례한도액을 넘는 이득액에 대해 부당행위계산 부인규정 자체의 요건을 완화하는 것으로 해석할 수는 없다”며 “한도액인 5,000만원을 초과하는 부분은 원칙으로 돌아가 법인세법 제52조의 적용대상이 되는지를 따져봐야 한다”고 덧붙였다. 재판부는 또 “A사의 주식매수선택권 행사는 계약체결 전 주주총회의 특별결의를 거치는 등 증권거래법을 비롯한 관계법령에 정한 요건과 절차에 따른 것임이 명백해 부당행위라고 하기 어렵다”며 “주식매수선택권 행사에 따라 A사가 자기주식을 그 행사가에 매각함으로 입은 손실은 당연히 손금에 산입돼야 한다”고 설명했다. A사는 주식매수선택권행사시 특례한도액을 초과하는 금액에 대해 착오로 손금불산입 처리를 했다며 2008년4월 법인세 6,000여만원을 감액해달라는 경정청구를 했다. 역삼세무서가 이를 거부하자 A사는 지난 2월 소송을 냈다.