같은 잘못이 매 사업연도에 반복되더라도 중복세무조사는 허용되지 않는다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정13부(재판장 정형식 부장판사)는 L유동화전문 유한회사가 역삼세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소소송(☞2007구합47152)에서 "피고는 59여억원의 법인세 부과처분을 취소하라"며 최근 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "중복세무조사금지원칙의 입법취지는 반복적인 세무조사를 허용하게 되면 납세자의 영업의 자유를 침해할 뿐만 아니라 과세관청의 자의적인 세무조사의 위험도 있기 때문"이라며 "국세기본법 제81조의4 등에서 규정한 예외적인 사유가 아닌 한 중복세무조사는 허용되지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "예외사유인 '2 이상의 사업연도와 관련해 잘못이 있는 경우'를 같은 사안에 대해 같은 잘못이 매 사업연도에 반복되는 것도 포함된다고 해석하면 중복세무조사금지원칙이 형해화될 수 있다"며 "잘못이 불가분의 일체를 이루고 있어 한 사업연도에 대한 세무조정이 다른 사업연도에 대한 세무조정에 영향을 미치는 경우로 제한적으로 해석하는 것이 타당하다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "2차 세무조사로 이자율 산정의 잘못이 발견됐어도 이자율 산정 잘못으로 인한 세무조정이 각 사업연도별로 분리될 수 있는 이상 예외사유에 해당하지 않는다"고 지적했다. 재판부는 2001년 3월과 9월, 2002년 9월 사업연도 법인세에 대해서는 중복세무조사 금지원칙위배 등을 이유로, 2003년 9월과 2004년 9월 사업연도 법인세에 대해서는 정상이자율 산정 잘못을 인정해 역삼세무서가 2005년 10월에 한 법인세 59억여원 부과처분을 모두 취소했다.