회사 설립 때 주식를 친구 명의로 해두었다가 이후 자신 명의로 전환했다면 취득세를 새로 내야 할까. 대법원은 심리에 착수한 지 5년만에 원래부터 주식을 소유하고 있었던 것이므로 취득세를 내지 않아도 된다는 결론을 내놓았다. 주식 명의신탁은 유효하다는 기존 입장을 재확인한 것이다. 대법원 민사1부(주심 김소영 대법관)는 친구에게 명의신탁한 주식을 자신 명의로 전환하는 과정에서 과세관청으로부터 7000만원의 취득세 납부 통보를 받은 중소기업 대표이사 A(51)씨가 천안시 동남구청을 상대로 낸 취득세 부과처분 취소소송(2011두26046)에서 원고패소 판결한 원심을 파기하고 최근 사건을 대전고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "실질과세의 원칙은 소득이나 수익, 재산, 거래 등의 과세대상에 관해 귀속 명의와 달리 실질적으로 귀속되는 자가 따로 있는 경우에는 형식이나 외관을 이유로 귀속 명의자를 납세의무자로 삼을 것이 아니라 실질적으로 귀속되는 자를 납세의무자로 삼겠다는 것"이라며 "취득세 납부 의무를 부담하는지 여부는 주주명부상의 주주 명의가 아니라 그 주식에 관해 의결권 등을 통해 주주권을 실질적으로 행사해 법인의 운영을 지배하는지 여부를 기준으로 판단해야 한다"고 밝혔다. 이어 "A씨의 부탁을 받은 친구 B씨는 이 사건 주식 인수과정에서 명의를 대여해 준 사람에 불과하고, 주식에 관한 권리를 실질적으로 행사했던 것은 A씨"라며 "A씨가 B씨로부터 주식 명의를 넘겨받았고 주식 소유 비율이 이전보다 증가됐다는 이유로 세금을 새로 부담하게 하는 것은 위법하다"고 판시했다 A씨는 2004년 자본금 3억원을 출연해 회사를 설립한 뒤 발행 주식의 95%를 자신과 매형의 명의로 소유했다. 주식을 100% 모두 갖는 것은 문제가 될 수 있다는 주변의 조언에 따라 나머지 5%는 친구인 B씨 명의로 보유했다. A씨는 회사 설립 두 달 뒤 발행 주식의 50%를 제3자에게 넘겼다가 2007년 B씨에게 넘겼던 주식과 제3자에게 넘겼던 주식을 모두 자신과 매형 명의로 전환했다. A씨와 가족들이 주식을 100% 소유하게 된 셈이다. 동남구청은 친족이 함께 법인의 주식 51% 이상을 소유하고 있어 과점주주가 됐다가 5년 내에 다시 과점주주가 되면 최종적으로 늘어난 지분만큼 취득세를 부과하도록 한 옛 지방세법 제105조 6항 등에 따라 B씨 명의로 있다가 전환한 주식 5%에 대한 취득세를 부과했다. A씨는 이에 반발해 소송을 냈다. 1심은 명의신탁이 유효하다며 원고승소 판결했지만, 2심은 "명의신탁이 유효하다는 종전 대법원 판례를 변경할 필요가 있다"며 "명의신탁이 무효인 이상 취득세를 내야 하는 것이 맞다"고 원고패소 판결했다.

골프장 공사가 미흡해 사실상 골프장으로 사용하는 경우로 볼 수 없다면 개장하기 전 시범라운딩을 했더라도 지방자치단체가 시범라운딩 기간 동안 토지 취득세에 중과세율을 적용한 것은 적법하다는 판결이 나왔다. 2007년 부동산신탁업을 하는 ㈜케이비는 A회사로부터 토지를 신탁받았다. 2008년 골프장 공사를 시작해 2011년 1월 완공한 A사는 2012년 4월, 27홀 가운데 22홀은 시범 라운딩 실시일인 2010년 12월 25일 사실상 지목변경이 돼 취득한 것으로 봐 취득가액 869억여원에 일반세율 2%를 적용한 취득세 등 19억여원을, 나머지 5홀은 체육시설업 등록일인 2012년 2월에 취득한 것으로 봐 중과세율 10%를 적용해 취득세 등 23억여원을 신고했다. 구 지방세법에는 골프장을 만들기 위해 2011년 1월 1일 이전에 수도권 이외의 지역의 토지를 취득한 경우에는 일반세율을, 그 이후 취득한 경우 중과세율을 부과한다고 명시하고 있었다. 그러나 영천시는 A사에게 골프장 27홀 전부 중과세율 10%를 적용해 취득세 등 87억여원을 부과했다. 이후 2012년 6월 '신탁으로 수탁자에게 소유권이 이전된 토지의 지목변경으로 인한 취득세 납세의무자는 수탁자'라는 대법원 판결이 나오자 영천시는 케이비에 취득세 등을 부과했다. 케이비는 "2010년 12월에 일부 골프장에서 시범라운딩을 실시하는 등 사실상 지목변경이 이뤄져 일부 홀에는 일반세율 2%가 적용돼야 한다"며 소송을 냈다. 대구지법 행정1부(재판장 권순형 부장판사)는 지난달 27일 케이비가 영천시를 상대로 낸 취득세등 부과처분 취소소송(2013구합11064)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "골프장에 그린으로부터 거리를 알려주는 거리 말뚝이나, 오비 말뚝 등이 설치가 안 됐고, 원고가 제출한 감리보고서를 보더라도 2010년 12월 기준 공정률이 진입도로공사는 약 68%, 클럽하우스 등 건축공사는 약 35%에 불과하다"며 "일부 홀에서 시범라운딩이 있었더라도 시범라운딩이 가능할 정도로 골프장 공사가 완료됐다고 보기 어려우므로 골프장을 사실상 사용했다고 볼 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 "골프장을 일반인에게 개방해 개장을 앞두고 회원모집을 위한 수단으로 활용하거나, 고의로 준공을 미룬 채 골프장을 운영하면서 중과세 취득세를 납부하지 않는 수단으로 시범라운딩을 악용하는 경우도 있어 '사실상 사용한 날'은 골프장 이용 대상, 목적, 이용 요금의 징수여부 등을 고려해 판단해야 한다"며 "골프장에서 극소수의 고객을 유치해 일부 홀에서 라운딩을 하도록 한 것에 불과해 실질적인 시범라운딩이 있었다고 보기 어려워 영천시의 중과세 부과처분은 적법하다"고 설명했다.

개발사업 시행자가 취득한 개발지를 개발사업자에게 20~30년 임대 후에 매각하기로 정하고 계약을 맺었다면 취득한 개발지는 '일시 취득한 부동산'에 해당하지 않아 취득세 감면을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 인천지법 행정1부(재판장 조의연 부장판사)는 지난달 24일 인천경제자유구역 청라지구 개발사업 시행자인 한국토지주택공사가 인천광역시 서구청을 상대로 낸 취득세 등 경정청구 거부처분 취소소송(2013구합10544)에서 한국토지주택공사의 청구를 기각했다. 재판부는 "한국토지주택공사는 취득한 땅이 '제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산'에 해당해 구청이 취득세 등을 면제해야 한다고 주장한다"며 "그러나 임대 후 매각 방안은 내부 위원회의 사업결정 과정에서 도출한 것에 불과하고, 법령이나 계약상 공사가 임대기간 종료 후 토지를 매각해야 할 의무를 부담하고 있지 않으므로 일시 취득했다고 볼 수 없어 감면 대상이 아니다"고 밝혔다. 재판부는 "한국토지주택공사의 토지를 취득한 뒤 제3자에게 20~30년 임대하는 방식은 사회통념상 취득한 토지를 장기간 보유하면서 관리·수익하는 것으로 봐야지 일시적 취득이라고 보기 어렵다"며 "또 한국토지주택공사법에는 '공급'과 '임대'를 구분하고 있어 감면 규정에서 말하는 '공급'에는 소유권을 넘기지 않는 '임대'는 포함되지 않는다"고 설명했다. 2003년 인천경제자유구역 개발사업 시행자로 지정된 한국토지공사는 땅 1000여만㎡를 7900여억원에 샀다. 한국토지공사는 이 땅이 '제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산'에 해당한다고 판단해 구청에 취득세와 등록세 감면신청을 해 세금을 면제받았다. 2006년 공사는 자체 위원회 논의를 거쳐 토지를 임대 후 매각하기로 결정하고 2007년 블루아일랜드개발과 130만㎡에 대해 20년 임대차 계약을 체결했다. 2011년 블루아일랜드개발이 골프장을 준공을 위해 건축승인을 내 토지 지목이 농지에서 체육시설로 변경되자 공사는 다음 해 지목 변경에 따른 취득세 등 세금 24억여원을 납부했다. 공사는 "토지가 일시 취득하는 부동산에 해당해 취득세 감면 대상"이라며 경정청구를 했고 구청이 거부하자 소송을 냈다.

신탁 토지의 지목(地目, 토지의 주된 사용 목적에 따라 종류를 구분·표시하는 명칭)이 바뀌어 수익이 났다면, 위탁자가 지목을 변경했다 하더라도 취득세를 내야하는 주체는 수탁자라는 대법원 판결이 나왔다. 지방세법은 토지의 지목을 사실상 변경해 그 가액이 증가한 경우에는 취득으로 간주해 세금을 부과할 수 있게 하고 있다. 대법원 민사2부(주심 전수안 대법관)는 최근 토지 수탁자인 (주)한국토지신탁이 "취득세 3억5000여만원을 취소해달라"며 용인시 기흥구청을 상대로 낸 취득세등 부과처분 취소소송 상고심(☞2010두2395)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "토지 취득세 과세대상이 되는 것은 토지의 소유권을 취득하거나 소유하고 있는 토지의 지목이 사실상 변경돼 그 가액이 증가한 경우인데, 부동산 신탁에 있어 수탁자 앞으로 소유권이전등기를 마치게 되면 소유권이 수탁자에게 이전되는 것이지 위탁자에게 유보되는 것은 아니다"라고 밝혔다. 재판부는 이어 "신탁법은 '신탁재산의 관리·처분·멸실·훼손 기타의 사유로 수탁자가 얻은 재산은 신탁재산에 속한다'고 규정하고 있어 신탁재산에 속하게 되는 부동산 등의 취득에 대한 취득세의 납세의무자도 원칙적으로 수탁자인 점에 비춰보면 소유권이 이전된 토지 지목의 변경으로 인한 취득세의 납세의무자는 수탁자로 봄이 타당하고, 위탁자가 그 토지의 지목을 사실상 변경했다고 해서 달리 볼 것은 아니다"라고 설명했다. 재판부는 "원심이 위탁자가 비용과 노력을 들여 지목을 사실상 변경한 경우에는 위탁자를 취득세 납세의무자라고 판단해 기흥구청의 취득세 부과처분이 위법하다는 결론을 내린 것은 법리를 오해한 것"이라고 지적했다. 한국토지신탁은 2003년 7월 김모씨와 신탁계약을 맺고 김씨의 토지를 신탁받아 소유권이전등기를 마쳤다. 한국토지신탁은 신탁받은 토지에 3동의 건물을 신축 분양했고, 기흥구청은 신탁 대상 토지 지목이 건물사용일을 기준으로 사실상 대지로 변경됐다고 판단해 한국토지신탁에 취득세 3억5000여만원을 부과했다. 1·2심은 "스스로의 비용과 노력으로 건물을 신축함으로써 토지의 지목을 변경하게 한 김씨가 그 가액의 증가분을 취득한 것으로 봐야 한다"며 원고승소 판결했다.

모회사가 과점주주에 대한 간주취득세(看做取得稅,취득세로 간주하는 세금) 면탈을 위해 별도의 자회사들을 설립해 부동산 회사의 지분을 50% 이하로 각각 매수해 전체 지분 절반 이상을 취득한 경우 모회사에게 과점주주 지위를 인정해 간주취득세를 부과한 것은 정당하는 대법원 판결이 나왔다. 이번 판결은 IMF(국제통화기금) 구제금융 이후 국내에 들어온 외국계 자본이 부동산 회사들을 인수해 처분하는 과정에서 막대한 이익을 누리면서도 취득세나 양도소득세 등의 세금을 면하기 위해 명목회사에 불과한 자회사들의 명의를 이용하는 변칙적 거래 관행에 제동을 건 것이다. 대법원 전원합의체(주심 박병대 대법관)는 19일 네덜란드의 V사가 종로구를 상대로 제기한 취득세등부과처분취소소송 상고심(☞2008두8499)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 파기하고 사건을 서울고법으로 되돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "V사의 자회사인 R사와 J사는 I사와 C사의 주식 등을 보유하다가 그 중 일부를 처분하는 방식으로 재산을 보유·관리하고 있을 뿐 그 외 별다른 사업실적이 없고, 회사로서의 인적 조직이나 물적 시설을 갖추고 있는 것도 없어서 독자적으로 의사를 결정하거나 사업목적을 수행할 능력이 없는 것으로 보인다"며 "그 결과 이 사건 주식 등의 취득자금은 모두 V사가 제공한 것이고 그 취득과 보유 및 처분도 전부 V사가 관장했으며, R사가 취득한 I사 주식 75%도 사정이 같다"고 밝혔다. 이어 "이 사건 주식 등을 V사가 직접 취득하지 않고 자회사들 명의로 분산해 취득하면서 주식 등의 취득 자체로는 과점주주의 요건에 미달하도록 구성한 것은 오로지 구 지방세법에 의한 취득세 납세의무를 회피하기 위한 것이라고 보기에 충분하다"고 지적했다. 이에 대해 전수안·이상훈 대법관은 "원고의 자회사들이 지분을 분산해 취득한 것이 취득세 회피를 위한 것이더라도 민법상 가장행위에 해당하지 않고 자회사들의 법인격을 부인할 수 없는 이상, 원고가 지방세법에서 구체적으로 규정하고 있는 과점주주의 요건을 충족할 수 없으므로 조세법률주의의 원칙상 원고에게 과점주주로서의 취득세 납세의무가 있다고 할 수 없다"며 반대의견을 냈다. 네덜란드 법인인 V사는 1998년 한국법인인 R사를 설립한 후 2003년에는 J사를 설립했다. R사는 I사의 주식 75%를 보유하고 있었고, J사는 2005년 7월 I사의 나머지 주식 25%를 사들였다. 2003년 R사와 J사는 C사의 지분을 50%씩을 각각 사들였다. 2006년 종로구는 V사에 대해 I사 주식 25% 매입으로 인한 세금 6억여원, C사 주식 100% 매입으로 인한 세금 19억여원을 부과했다.

세금회피를 위해 제3국에 페이퍼컴퍼니를 만들어 선박을 매입한 회사에 취득세를 부과한 것은 정당하다는 대법원판결이 나왔다. 대법원의 판결로 수십년간 관행적으로 외국에 조세를 회피할 목적으로 페이퍼컴퍼니를 세워 선박을 등록해온 해운회사들의 관행에 제동이 걸렸다. 지금까지 우리나라 해운사들은 조세·인건비 등이 유리한 파나마 등에 페이퍼컴퍼니를 세워 선박을 등록해 왔지만 이는 경영기법의 하나로 여겨져 크게 문제가 되지 않았었다. 대법원 행정1부(주심 이홍훈 대법관)는 A해운회사가 외국에 페이퍼컴퍼니를 만들고 선박을 매입한 것에 대해 인천 중구가 취득세 등을 부과하자 A사가 인천 중구를 상대로 낸 취득세등 부과처분취소소송 상고심(☞2008두10591)에서 원고승소 판결한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "A사는 해외에 설립한 R사 등과 선박에 관한 계약을 체결해 짧게는 1997년, 길게는 2007년까지 선박을 자신의 해운사업에 사용했고 R사는 자본금이 1달러에 불과하고 아무런 인적조직과 물적시설을 갖지 않는 명목회사이며 A사가 R사 등에 사용료를 지급하면 그들이 다시 이를 선박 원소유주에 지급했는데 그 업무일체를 A사가 관장했다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "R사는 선박계약의 명의상 당사자일 뿐이고 A사가 계약의 실질적인 당사자임에도 원심이 계약의 실질적 당사자를 R사로 봐 인천 중구청이 A사에 취득세 등을 부과한 것이 위법하다고 판단했다"며 이는 "실질과세의 원칙 등에 관한 법리를 오해해 위법하다"고 판단했다. A사는 1994~2004년 파나마 등지에 페이퍼컴퍼니인 R사를 세워 해외에서 12척의 선박을 사들였다. 이에 대해 인천광역시 중구청이 "페이퍼컴퍼니가 체결한 계약은 경제적 실체가 없고 원고가 계약에 의해 실질적으로 선박을 취득했다"며 2005년 취득세와 농어촌특별세 등을 합쳐 39억원의 세금을 부과했다. A사는 이에 불복해 소송을 냈다.

서울시가 조례로 취득세를 면제하고 있는 '아파트형 공장부지'의 범위에는 직원 숙소 등 지원시설도 포함된다는 대법원판결이 나왔다. C사는 지난 2002년 아파트형 공장을 건설하기 위해 서울 영등포구 문래동 지역의 토지를 사들인 뒤 영등포구청으로부터 취득세 등을 감면받았다. 아파트형 공장부지는 서울특별시가 조례로 취득세를 면제하고 있기 때문이다. 공장과 창고, 기숙사 등 근린생활시설 공사를 모두 마치고 사용승인을 받은 C사는 공장이 지어진 부지에 대한 취득세를 제외한 나머지 부지의 취득세 2억2,000여만원을 구청에 납부했다. 그러나 한달 뒤 구청은 C사에 "공장부지 일부가 근린생활시설로 전용됐다"며 다시 취득세를 부과했다. C사가 구입부지 39,800.87㎡ 가운데 38,209.3㎡에 공장을 짓고 나머지 부지에는 근린생활시설로 활용했다는 이유에서였다. 근린생활부지 1,591.57㎡는 면세대상이 아니므로 취득세를 내야한다는 것이 구청측 입장이었다. 이에 C사는 영등포구청장을 상대로 처분취소소송을 냈지만 1심은 "아파트형 공장에 대해 취득세 등 면제혜택을 부여했을 뿐 근린생활시설 등 지원시설까지 면제대상으로 확대 해석할 수 없다"며 원고패소 판결했다. 그러나 2심은 "조례 제19조1항 본문이 취득세 등의 면제대상을 '아파트형 공장을 설립할 목적으로 취득하는 부동산'으로 정했을 뿐 공장에 한정하거나 지원시설을 제외한다는 문구를 두지 않았다"며 원고승소 판결했다. 대법원의 판단도 같았다. 대법원 특별3부(주심 박시환 대법관)는 C사가 영등포구청장을 상대로 낸 취득세부과처분 취소소송 상고심 (☞ 2007두11184)에서 원고승소 판결한 원심을 최근 확정했다. 재판부는 판결문에서 "서울특별시세 감면조례의 취득세면제대상인 아파트형 공장에는 공장시설과 벤처기업시설 외에 지원시설도 포함된다"며 "따라서 공장시설을 지원시설로 용도를 변경해 분양하는 등의 경우는 추징사유에 해당하지 않는다"고 밝혔다.

백종헌씨가 자신이 명의신탁 형식으로 100% 소유하고 있는 프라임개발의 과점주주가 됐다는 이유로 부과된 지방세는 부당하다며 낸 소송에서 패소했다. 백씨는 1998년 프라임개발을 설립하면서 47.5%의 지분만을 인수하고 나머지는 특수관계가 없는 사람의 명의로 인수했다. 이후 백씨는 자신과 가족이 소유하고 있는 아바타엔터프라이즈로 하여금 2005년6월 제3자 배정방식으로 프라임개발의 보통주를 인수하도록 했고, 백씨 및 특수관계인의 프라임개발 지분은 57.36%가 됐다. 백씨 등은 보유지분이 과반수가 넘게 되자 8월 지방세법 제105조6항 등에 따라 주식비율에 따른 간주취득세 등 24억여원을 납부했다. 그런데 서울지방국세청이 2007년 세무조사를 실시해 백씨가 프라임개발 주식을 특수관계인에게 명의신탁한 사실을 밝혀냈고, 백씨는 증여세 28억여원을 납부했다. 이후 백씨는 조세회피 목적이 없었다며 증여세부과처분취소소송을 냈으나 서울행정법원은 지난 2월 패소판결을 내렸다(2009구합6155). 한편 백씨는 명의신탁사실을 전제로 해서 자신이 프라임개발의 주식 100%를 소유하고 있으므로 간주취득세 등을 낸 것은 부당하다며 지난해 11월 소송을 냈다. 하지만 결과는 이번에도 패소였다. 서울중앙지법 민사46부(재판장 임범석 부장판사)는 지난 9일 백씨 등이 국가 및 서울시 등을 상대로 낸 부당이득금반환소송(2008가합113559)에서 "간주취득세와 명의신탁재산에 대한 증여세부과는 취지가 서로 다르다"며 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "취득세는 신고납세방식의 조세로서 납세의무자의 신고행위가 중대하고 명백한 하자로 인해 당연무효로 되지 않는 한 그것이 바로 부당이득에 해당한다고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "백씨 등이 간주취득세를 신고납부할 당시 관할 세무관청으로서는 백씨의 신고가 없는 한 프라임개발의 발행주식을 설립 당시부터 명의신탁해 이미 과점주주에 해당했는지 알기 어려웠다"고 덧붙였다. 재판부는 또 "간주취득세는 과점주주가 법인의 자산에 대해 처분 등의 권한을 갖게 돼 실질적으로 자산을 소유하는 것으로 봐 부과하는 것"이라며 "반면 명의신탁재산에 대해 명의자에게 증여한 것으로 의제해 증여세를 부과하는 취지는 조세회피 행위를 방지해 조세정의를 실현하기 위해 실질과세원칙에 대한 예외를 인정한 것으로 취지가 서로 다르다"고 설명했다.

과밀억제권역 내에 본점을 둔 기업이 새로 본점건물을 신축·이전해도 인구유입 등의 우려가 없다면 취득세를 중과세할 수 없다는 판결이 나왔다. 지방세법 개정으로 중과세를 면탈할 가능성이 생겼다는 이유만으로 인구유입 유발여부와 무관하게 본점 부동산 신축에 일률적으로 중과세하려는 과세관청의 법해석에 제동을 건 것이다. 서울행정법원 행정3부(재판장 김종필 부장판사)는 지난 15일 A사가 "과밀억제권역 내 본점을 매각하고 같은 권역 내에 건물을 신축해 이전했다면 중과세 대상이 아니므로 취득세와 농어촌특별세 5,700여만원의 부과처분을 취소하라"며 강남구청장을 상대로 취득세 등 부과처분 취소소송(☞2008구합50742)에서 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "과밀억제권역 안에서 본점 또는 주사무소의 부동산을 취득하는 경우 3배의 취득세로 중과하는 지방세법 제112조3항의 취지는 수도권 지역내의 인구유입과 산업집중을 현저하게 유발시키는 본점 사무소 등의 신·증설을 억제하기 위한 것"이라고 설명했다. 재판부는 이어 "A사는 이미 과밀억제권역 내에 본점용 부동산인 양재동 건물을 신축해 취득한 후 중과세를 납부했고 이후 동일 권역내에 건물을 신축해 본점을 이전한 것으로 입법취지에 반한다고 할 수 없다"고 밝혔다. 강남구청은 재판과정에서 "개정 지방세법이 중과세하는 부동산의 범위에서 승계취득을 제외한 탓에 과거 판례를 적용하면 법인이 과밀억제권역 내에 사업용 부동산을 승계취득해 사용하다가 본점건물을 신축·이전하면 중과세할 방법이 없다"며 "과밀억제권역 내에서 본점 등 사업용 부동산을 신축해 본점을 이전하는 경우 반드시 중과세하는 취지로 해석해야 한다"고 주장했다.

비법인인 단체가 법인으로 승격하면서 종전에 가지고 있던 부동산을 증여형식으로 취득한 경우 '부동산 취득'으로 볼 수 없어 이에 대한 취득세부과는 부당하다는 판결이 나왔다. 이번 판결은 동일한 단체에 대해 법적지위가 달라졌다는 이유로 그 소유 부동산에 취득세를 부과한 것이 '실질과세 원칙'에 위배된다고 판단한 것으로 의미가 있다. 서울행정법원 13부(재판장 白春基 부장판사)는 비영리 종교단체에서 법인으로 승격한 A 재단법인이 용산구청을 상대로 낸 취득세등부과처분취소 청구소송(☞2004구합17839)에서 15일 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "민법 제32조는 종교 기타 영리 아닌 사업을 목적으로 하는 재단은 주무관청의 허가를 얻어야만 이를 법인으로 할 수 있도록 규정하고 있어 비법인 단체의 경우 법인으로 허가받기 전 설립허가에 필요한 자산으로 소유하게 된 부동산을 허가받을 법인에게 출연하는 형식을 취해 설립허가를 받은 다음 법인 명의로 소유권이전등기를 하는 경우 설립허가의 결과여부에 따라 취득세 납세의무로 해석하는 것은 실질과세 원칙 등에 반한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "설사 원고와 종전 비법인단체와의 법적규율의 정도, 법인격 등의 측면에서 다소 차이가 있더라도 재단법인 설립허가를 받음으로써 법인으로 전환된 원고가 종전 비법인단체 명의로 되어 있던 부동산에 관한 등기를 자신 명의로 하기 위한 방편으로 한 토지 증여계약은 지방세법 제105조제1항 소정의 '부동산의 취득'에 해당하지 않는다"고 밝혔다. A 재단법인은 지난 2000년4월 문화관광부장관으로부터 재단법인 설립허가를 받아 설립등기를 한 후 비법인 단체시 소유하고 있던 토지를 새로운 법인명의로 등기하기 위해 형식적인 증여계약을 통해 소유권이전등기를 경료했는데, 이에 대해 용산구청이 '부동산 취득에 해당한다'며 취득세를 부과하자 소송을 냈었다.