공익 신고와 무관하다는 것이 분명히 입증된다면 공익신고자에게 인사 등 불리한 조치를 하더라도 위법하지 않다는 대법원 첫 판단이 나왔다. 대법원 특별2부(주심 조재연 대법관)는 A 씨가 국민권익위원회를 상대로 낸 보호조치 기각 결정 취소 소송(2022두66576)을 원고 패소 판결한 원심을 지난달 15일 확정했다. A 씨가 근무하던 기관은 2019년 인사권자에게 A 씨에 대한 인사 조처를 요구했다. A 씨가 직원들에게 부당한 행동을 했다는 이유에서다. A 씨는 기관이 자신의 한해 전 공익 신고를 이유로 불이익을 주려고 했다며 국민권익위원회에 보호조치와 불이익 금지 조치를 동시에 신청했다. 국민권익위원회는 "A 씨의 신고는 공익신고에, 이 사건 겸직 해제 요구는 불이익 조치에 각각 해당한다"면서도 "둘 사이에 인과관계가 인정되지는 않는다"며 신청을 기각했다. A 씨는 이에 불복해 소송을 냈다. 1심은 원고승소 판결했지만, 2심은 원고패소 판결했다. 2심은 "겸직 해제 요구는 A 씨의 공익 신고와 무관하게 이뤄졌다"며 "A 씨의 신고가 없었어도 불이익 조치를 했을 만한 다른 뚜렷한 사유가 인정된다"고 판단했다. 대법원도 2심 판단을 유지했다. 재판부는 "불이익 조치가 공익 신고로 인한 것이 아님이 분명하고 오히려 다른 뚜렷한 사유로 인해 이루어졌다는 점이 피고(국민권익위원회)에 의해 증명된다면 공익신고자 보호법 제23조에 따른 '인과관계의 추정'은 번복된다"고 판시했다. 그러면서 "불이익 조치 금지 신청과 보호조치 신청은 그 신청요건이 다르고, 구체적인 불이익 조치의 내용에 따라 권익위가 취할 수 있는 보호조치의 내용도 다양하므로 불이익 조치 금지 신청과 보호조치 신청은 서로 별개의 독립된 신청이고 신청인이 주장하는 보호조치 신청 사유마다 수 개의 보호조치 신청이 있는 것으로 봐야 한다"며 "이는 하나의 신청서로 불이익 조치 금지 신청과 보호조치 신청이 함께 이루어졌고, 보호조치 신청 사유가 여러 개인 경우에도 마찬가지"라고 설명했다. 아울러 "처분이나 민원의 처리 기간을 정하는 것은 신청에 따른 사무를 가능한 한 조속히 처리하도록 하기 위한 것"이라며 "처리 기간에 관한 규정은 훈시규정에 불과할 뿐 강행규정이라고 볼 수 없고, 행정청이 처리 기간이 지나 처분을 하였더라도 이를 처분을 취소할 절차상 하자로 볼 수 없다"고 했다. 공익신고자 보호법 제23조는 공익신고 이후 2년 이내에 공익신고자가 불이익 조치를 받으면 해당 공익신고 때문에 불이익 조치를 당한 것으로 추정하도록 규정하고 있다.