법인세 공제대상인 기업부설 연구소 직원들의 인건비에는 퇴직급여 충당금도 포함된다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 최근 (주)현대자동차가 서초세무서를 상대로 낸 법인세 경정청구 거부처분 취소소송(2012구합44058)에서 원고승소 판결했다. 조세특례제한법과 시행령은 기술개발과 문화산업 진흥을 위한 전담부서에 근무하는 직원의 인건비 등을 포함한 연구·인력개발비는 법인세에서 공제하도록 규정하고 있다. 지난해 시행령이 개정되기 이전에는 인건비에 퇴직급여 충당금을 명문으로 제외하고 있지는 않았다. 재판부는 판결문에서 "인건비는 명칭을 불문하고 근로에 대한 대가로서 유상으로 지출한 일체의 것"이라며 "퇴직급여 충당금은 법인이 퇴직금을 사전 적립한 것으로, 이 충당금으로 퇴직금이 지급되는 것이기 때문에 퇴직급여 충당금에 대해 법인세를 공제하더라도 입법 취지에 반하지 않는다"고 밝혔다. 또 "지난해 2월 조세특례제한법 시행령에 '인건비에서 퇴직급여 충당금은 제외한다'는 규정을 신설한 점을 고려하면 개정 전의 시행령의 인건비에는 퇴직급여 충당금에도 포함된다고 보는 것이 타당하다"고 덧붙였다.