지방자치단체장으로부터 면허를 받아 어업권을 취득하기 전이라면 업무구역 경계에 대해 다른 어촌계와 다툼이 있을 여지가 있더라도 소송 대상이 아니라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원은 또 이와 같은 어촌계 업무구역 경계에 대한 소송은 민사소송이 아니라 행정소송으로 해야 한다는 점도 밝혔다. 서로 인접해 있는 전남 완도 노화읍 내리 어촌계와 같은 읍의 미라리 어촌계는 1985년 협정을 맺어 수역을 정해 어업을 해왔다. 그런데 1990년 철부도선(화물 철제선박)이 이 구역을 지나 운항하게 되자 어업구역을 두고 다툼이 생겼다. 어느 지역까지 어업면허를 주느냐를 두고 싸우게 된 것이다. 두 어촌계는 1990년 새 협정을 맺었지만 이후에도 갈등은 계속됐다. 2012년 내리 어촌계가 완도군수에게서 받은 어업면허가 미라 어촌계의 항의성 민원에 따라 취소되자, 내리 어촌계는 면허취소처분 취소소송을 내는 한편 미라 어촌계를 상대로 업무구역확인소송을 제기했다. 1심은 "어업면허에 대한 부분은 행정처분의 축소를 구하는 소송에서 다투면 되고 어업면허와 무관하게 업무구역에 관해서만 분쟁이 있을 경우 정관변경에 관한 인가권자인 시장·군수에 대해 정관변경 신청을 하고 그에 따른 처분에 불복하는 방법으로 해결해야지, 사적 자치가 인정되는 영역에서 권리확인을 구하는 것 같이 민사소송으로 업무구역 확인 판결을 구하는 것은 분쟁의 근본적인 해결수단이 아니다"라며 "어업면허 부분은 현재 행정소송이 계속 중이므로 별도의 민사소송으로 확인 받을 이익이 없고 나머지 구역에 관해 다투는 부분은 피고인 미라 어촌계에 당사자적격이 없다"며 각하 판결했다. 그러나 2심은 "어촌계 사이의 구체적 업무구역 범위는 군수가 정하는게 아니라 어촌계 사이의 합의에 따라 정해지는 것"이라며 "따라서 그에 대한 분쟁이 발생할 경우 일방은 상대방에게 업무구역의 범위에 관한 확인청구를 하는 것이 당사자의 권리에 대한 위험을 제거하기 위한 가장 유효·적절한 수단"이라며 내리 어촌계의 손을 들어줬다. 그러나 대법원의 판단은 달랐다. 대법원 민사2부(주심 김창석 대법관)는 내리 어촌계가 미라 어촌계를 상대로 낸 업무구역 확인 청구소송(2017다216271)에서 최근 원고일부승소 판결한 원심을 파기하고 원고의 항소를 기각했다(파기자판). 재판부는 "시장·군수·구청장 등으로부터 면허를 받아 어업권을 취득하기 전이라면 법적으로 보호되는 어촌계의 업무구역이 존재한다고 할 수 없다"며 설사 면허를 받게 될 업무구역의 경계에 관해 다른 어촌계와 다툼이 있을 여지가 있다고 하더라도 그런 사정만으로 원고의 현재의 권리 또는 법률상 지위에 어떠한 구체적인 불안이나 위험이 있다고 할 수 없으므로 이 사건 소는 부적법하다"고 밝혔다. 이어 "또한 시장·군수·구청장 등이 다른 어촌계의 업무구역과 중복된다는 등의 이유로 어업면허를 거부하거나 취소하는 등의 처분을 하는 경우에는 행정처분의 효력을 다투는 항고소송의 방법으로 그 처분의 취소 또는 무효확인을 구하는 것이 분쟁을 해결하는 데에 직접적인 수단이 되는 것이므로, 그와 별도로 민사상 다른 어촌계를 상대로 업무구역의 확인을 구하는 것은 원고의 법적 지위에 대한 불안·위험을 제거하는 데 가장 유효·적절한 수단이라고 보기도 어렵다"고 설명했다.