재정신청 기각 후 진행된 관련 민사사건에서 재정신청인에게 유리한 판결이 나왔더라도 이는 확정된 재정신청 기각 결정을 뒤집고 소추할 수 있는 '다른 중요한 증거를 발견한 경우'에 해당하지 않으므로 이를 근거로 제기된 공소는 부적법하다는 대법원 판결이 나왔다. A씨는 2007년 4월 "B씨가 잔금지급 이행 의사나 능력이 없음에도 불구하고 아파트 10세대에 대한 매매계약을 맺고 소유권이전등기를 마쳐 45억6200여만원 상당의 부당한 이익을 취했다"며 B씨를 검찰에 고소했다. 검찰은 2007년 10월 사기의 고의가 인정되기 어렵다며 불기소 처분했다. A씨는 이에 불복해 서울고법에 재정신청을 했지만 2008년 4월 기각됐다. A씨는 2012년 3월 B씨를 같은 내용으로 다시 고소하면서, 2009년 9월 이 사건과 관련해 서울고법에서 일부승소한 민사판결과 이 재판 과정에서 나타난 피해자 진술 등을 검찰에 추가로 제출했다. 검찰은 이를 받아들여 B씨를 기소했다. 재판과정에서는 A씨가 추가 제출한 민사사건 판결이 확정된 재정신청 기각 결정을 뒤집을 수 있는 새로운 증거에 해당하는지가 쟁점이 됐다. 형사소송법 제262조 4항은 재정신청 기각 결정이 확정된 사건에 대해서는 '다른 중요한 증거를 발견한 경우'를 제외하고는 소추할 수 없다고 규정하고 있다. 1심은 "민사판결은 민사적 법률관계의 측면에서 매매계약의 해석, 계약 위반의 효력 등을 판단한 것으로, 이전 수사과정에서 밝혀진 사실관계만을 토대로 하고 있을 뿐 새로운 증거조사 및 그에 입각한 사실인정에 따라 달리 판단한 것이 아니다"라며 "따라서 이 민사판결은 재정신청 기각 결정 이후 발견된 중요한 증거에 해당되지 않는다"며 공소기각 판결했다. 결정 뒤집을 ‘다른 중요한 증거를 발견한 경우’란 충분히 유죄의 확신을 가지게 될 정도의 ‘증거’ 반면 2심은 "형사재판은 관련된 민사사건 판결의 확정사실에 구속을 받는 것은 아니지만, 형사재판에 관련된 민사사건의 판결에서 인정된 사실은 공소사실에 대한 유력한 인정자료가 되므로 이러한 민사법원의 판단은 형사법원도 존중해야 한다"며 "해당 민사판결이 대법원의 최종 판단을 통해 확정됐으므로, 이 판결에서 확정된 사실인정의 결과는 관련 형사재판에 있어서도 그 결론에 충분히 영향을 미칠 수 있는 새로운 증거가 될 수 있다"고 판단했다. 이어 "민사판결에서 확정된 사실관계에 따르면 이전에 제출된 매매계약서의 내용과 피고인 및 피해자의 수사기관에서의 진술을 재검토할 여지가 있고, 피고인의 편취범의에 대한 새로운 평가가 가능하다"며 1심 판결을 파기했다. 계약 위반 등에 대한 판단은 새로운 증거로 못봐 하지만 대법원은 이를 다시 뒤집었다. 대법원 형사1부(주심 박정화 대법관)는 특정경제범죄 가중처벌 등에 관한 법률상 사기 혐의로 기소된 B씨 사건에서 2심 판결을 파기하고 검사의 항소를 기각하는 파기자판을 했다(2014도17182). 재판부는 "형사소송법 제262조에 규정된 '다른 중요한 증거를 발견한 경우'란 재정신청 기각 결정 당시에 제출된 증거에 새로 발견된 증거를 추가하면 충분히 유죄의 확신을 가지게 될 정도의 증거가 있는 경우를 말한다"고 밝혔다. 그러면서 "단순히 재정신청 기각 결정의 정당성에 의문이 제기되거나 범죄피해자의 권리를 보호하기 위해 형사재판 절차를 진행할 필요가 있는 정도의 증거가 있는 경우는 여기에 해당하지 않는다"고 설명했다. 대법원, 2심 판결 파기… 검사의 항소 기각 결정 재판부는 "이 사건 서울고법 민사판결은 민사적 법률관계 측면에서 매매계약의 해석과 계약 위반 등에 대해 판단한 것으로 판결 그 자체가 새로 발견된 증거라고 할 수는 없다"면서 "이 민사판결이나 그 판결의 기초가 되는 증거는 아파트 매매계약 당시 B씨에게 기망행위 및 편취의사가 있었다고 인정할 수 있을 정도로 충분히 유죄의 확신을 갖게 하는 새로운 증거에 해당한다고 할 수 없다"고 밝혔다. 이어 "따라서 이 사건 공소제기는 형사소송법 제262조에서 말하는 재정신청 기각결정이 확정된 후 '다른 중요한 증거를 발견한 경우'에 해당하지 않아 부적법하므로 무효인 때에 해당한다"며 공소를 기각했다.

법원이 사법사상 처음으로 검찰의 불기소처분에 대해 위법성을 인정, 국가배상 판결을 내리자 법조계에 논란이 확대되고 있다. 법원은 불기소처분도 명백히 합리성을 일탈했으면 위법행위가 될 수 있다는 입장인 반면 검찰은 이번 판결이 자칫 사법제도의 근간을 흔들 수 있는 중대한 사건으로 보고 강하게 반발하고 있다. 검찰은 기소여부에 대한 재량은 검사에게 있고, 또 불기소처분에 대해서는 항고제도나 재정신청 및 헌법소원 등 불복절차가 마련돼 있는 만큼 국가배상을 인정해서는 안된다는 입장이다. 특히 이번 사건은 고소인이 검찰의 불기소처분에 대해 헌법소원을 냈으나 헌법재판소가 기각결정을 내려 검찰의 불기소처분으로 인한 기본권 침해가 없었다고 판단한 사건이어서 논란이 확대될 전망이다. 서울중앙지법 민사48단독 최남식 판사는 지난 11일 LG전자 근무시절 내부고발을 했다는 이유로 왕따를 당하다 해고당한 정모(45)씨가 “검찰이 자신을 무고한 회사간부들에 대해 불기소처분을 반복하는 바람에 정신적 고통을 입었다”며 국가를 상대로 낸 손해배상 청구소송(2007가단7018)에서 “국가는 1,000만원을 배상하라”며 원고 일부승소 판결을 내렸다. 최 판사는 판결문에서 “검찰은 신빙성 있는 자료를 명백히 간과한 채 불기소처분을 내렸고, 원고는 단순한 고소인이 아니고 검찰의 잘못된 기소로 인해 약 3년동안이나 무죄를 받으려고 고생한 사람이었다”며 “비록 기소단계에는 그 기소가 합리적이었는지 여부에 관해 다툼이 있을 수 있어 위법이라고 보기 어려울 수 있지만 이후에 잘못된 기소로 밝혀진 이상 검찰은 이를 바로잡을 책임을 피할 수 없다”고 밝혔다. 최 판사는 또 “검사들은 적어도 정씨가 무죄판결을 받은 후에는 회사간부들의 무고혐의를 다시 조사해 결정을 내렸어야 했다”면서 “검찰의 불기소처분은 경험칙, 논리칙상 합리성을 심히 결여한 것으로 위법하다”고 지적했다. 정씨는 LG전자에 근무하던 지난 1996년 본사와 하청업체 사이의 비리의혹을 회사에 고발한 뒤 집단 따돌림을 당했고, 2000년2월 직무태만 등의 이유로 해고당했다. 회사는 같은해 7월 “정씨가 있지도 않은 ‘왕따 전자우편’을 위조했다”며 오히려 정씨를 사문서위조 혐의로 검찰에 고소했지만, 정씨는 무죄가 확정됐다. 그러자 정씨는 자신을 직접 고소하거나 이를 지시한 구자홍 회장과 한모 상무, 김모 대리 등을 고소했다. 검찰은 불기소처분을 내렸으나 고검이 항고를 받아들여 재기수가명령을 내렸으나 검찰은 또다시 불기소처분을 내렸었다. 최 판사는 판결 직후 “기소단계에서는 검찰의 판단을 존중해야 하겠지만 법원에서 정씨의 혐의에 대해 무죄판결을 한 이후에는 다시 원점으로 돌아가 판단했어야 한다”면서 “3년동안 이 사건을 담당한 검사만 30여명이 넘고 그들 내부에서도 생각이 달라 반복된 불기소처분 내려지던 사이 일부 검사들은 3번의 재기수사명령을 해 그 문제점을 지적한 적이 있었다”고 판결이유를 설명했다. 이에 대해 석동현 서울고검 송무부장은 “검사의 불기소 처분에 대해 사건관계인에게 배상판결을 내린 것은 극히 이례적이며 전례가 없는 일”이라며 즉시 항소할 뜻을 밝혔다.

납북어부 김성학씨가 이근안씨등 경찰관으로부터 당한 고문피해를 배상하라며 낸 소송에서 패소했다. 서울지법 민사합의15부(재판장 金善中 부장판사)는 14일 고문 끝에 간첩으로 기소됐다 무죄판결을 받은 김성학씨(50)가 "고문피해를 배상하라"며 국가를 상대로 낸 손해배상 청구소송(99가합105556)에서 원고의 청구를 기각했다. 재판부는 판결문에서 "김씨가 자신에 대한 수사가 종료돼 기소된 때나 국가보안법위반혐의에 대한 무죄판결이 확정된 89년 손해배상청구권이 있음을 알았다고 봐야 한다"며 "원고의 손해배상청구권은 불법행위를 한 때로부터 10년이 지나 소멸한 것이 아니라 그 손해 및 가해자를 안 날로부터 3년이 경과한 때에 해당, 소멸시효가 완성됐다"고 밝혔다. 재판부는 또 "원고는 손해배상 청구권의 소멸시효는 재정신청이 인용된 98년 10월부터 시작되는 것이라고 주장하지만 지난 89년 대법원에서 경관들의 불법구금 사실이 인정된 만큼 재정신청 인용 이전에 경관들의 불법행위는 밝혀진 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 김씨는 지난 71년 오징어잡이 조업중 납북됐다가 귀환한 뒤 85년 간첩으로 몰려 이씨 등에 의해 약 72일간 불법구금된 상태에서 고문을 당한 뒤 국가보안법상 찬양. 고무 혐의로 기소됐지만 89년 9월 대법원에서 무죄 판결이 확정됐다. 김씨는 이 전 경감 등 고문 경찰관들을 상대로 낸 고소·고발이 무혐의 처리되자 87년 법원에 재정신청을 냈고, 98년 10월 인용 결정에 따라 수원지법은 이씨를 제외한 고문 경찰관 6명에 대해서는 지난해 10월, 이씨에 대해서는 지난 2월 유죄를 선고했었다.