개발사업 시행자가 취득한 개발지를 개발사업자에게 20~30년 임대 후에 매각하기로 정하고 계약을 맺었다면 취득한 개발지는 '일시 취득한 부동산'에 해당하지 않아 취득세 감면을 받을 수 없다는 판결이 나왔다. 인천지법 행정1부(재판장 조의연 부장판사)는 지난달 24일 인천경제자유구역 청라지구 개발사업 시행자인 한국토지주택공사가 인천광역시 서구청을 상대로 낸 취득세 등 경정청구 거부처분 취소소송(2013구합10544)에서 한국토지주택공사의 청구를 기각했다. 재판부는 "한국토지주택공사는 취득한 땅이 '제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산'에 해당해 구청이 취득세 등을 면제해야 한다고 주장한다"며 "그러나 임대 후 매각 방안은 내부 위원회의 사업결정 과정에서 도출한 것에 불과하고, 법령이나 계약상 공사가 임대기간 종료 후 토지를 매각해야 할 의무를 부담하고 있지 않으므로 일시 취득했다고 볼 수 없어 감면 대상이 아니다"고 밝혔다. 재판부는 "한국토지주택공사의 토지를 취득한 뒤 제3자에게 20~30년 임대하는 방식은 사회통념상 취득한 토지를 장기간 보유하면서 관리·수익하는 것으로 봐야지 일시적 취득이라고 보기 어렵다"며 "또 한국토지주택공사법에는 '공급'과 '임대'를 구분하고 있어 감면 규정에서 말하는 '공급'에는 소유권을 넘기지 않는 '임대'는 포함되지 않는다"고 설명했다. 2003년 인천경제자유구역 개발사업 시행자로 지정된 한국토지공사는 땅 1000여만㎡를 7900여억원에 샀다. 한국토지공사는 이 땅이 '제3자에게 공급할 목적으로 일시 취득한 부동산'에 해당한다고 판단해 구청에 취득세와 등록세 감면신청을 해 세금을 면제받았다. 2006년 공사는 자체 위원회 논의를 거쳐 토지를 임대 후 매각하기로 결정하고 2007년 블루아일랜드개발과 130만㎡에 대해 20년 임대차 계약을 체결했다. 2011년 블루아일랜드개발이 골프장을 준공을 위해 건축승인을 내 토지 지목이 농지에서 체육시설로 변경되자 공사는 다음 해 지목 변경에 따른 취득세 등 세금 24억여원을 납부했다. 공사는 "토지가 일시 취득하는 부동산에 해당해 취득세 감면 대상"이라며 경정청구를 했고 구청이 거부하자 소송을 냈다.

기존 건물의 소유자들이 재건축으로 신축된 건물을 취득한 후 5년 이내에 양도하는 경우 과세관청이 양도소득세를 부과하기 위해 그동안 임의적으로 실시했던 세금계산방식이 위법하다는 법원의 판결이 나와 논란이 예상된다. 조세특례제한법은 침체된 주택건설경기를 활성화하기 위해 2003년 6월까지 신축건물에 대한 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 경우 신축건물 취득일로부터 5년 이내에 양도하면 양도소득세를 전액 감면하도록 규정하고 있다. 또 5년 이후 양도하는 경우에는 시행령에 규정된 계산식을 통해 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득세를 추산해 감면한 양도소득세를 부과하도록 규정했다. 이 계산방식은 조세특례제한법 시행령 제40조1항에 규정했다. 문제는 신축건물이 재건축된 건물인 경우다. 기존 건물의 소유자들이 재건축된 신축건물을 취득 후 5년 이내에 양도하는 경우에는 양도소득세를 계산할 방법이 없다. 이 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차이에 해당하는 양도소득세에서 취득일로부터 5년이 되는 날까지의 양도소득금액에 대한 양도소득세를 감면하는 방식으로 양도소득세를 계산해야 한다. 하지만 시행령에는 이에 대한 마땅한 계산식이 없어 그동안 과세관청은 시행령 제40조1항 계산방식을 준용해왔다. 서울 서초구 S재건축조합의 조합원인 이모(60)씨는 지난 2011년 11월 이같은 양도소득세 계산이 위법하다면 서울 성동세무서를 상대로 소송을 제기했다. 이씨는 기존 건물이 재건축된 후 신축 건물을 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우에는 기존 건물과 양도가액의 차액에 대한 양도소득세를 전액 감면하거나, 법적 근거 없이 과세관청이 임의로 계산식을 준용해서는 안 된다고 주장했다. 이에 대해 서울고법 행정1부(재판장 고의영 부장판사)는 지난달 31일 경정청구 거부처분 취소소송 항소심(2012누8931)에서 "법적 근거 없이 조세특례제한법 시행령 제40조1항의 계산식을 재건축된 신축주택을 취득한 날로부터 5년 이내에 양도하는 경우에 적용하는 것은 위법하다"고 판단했다. 재판부는 "시행령 제40조1항의 계산식은 주택재건축을 통해 취득한 신축주택의 취득일 이전의 양도소득을 전혀 염두에 두지 않고 만들어진 것이어서 계산식의 구성요소를 다르게 바꿔 적용하도록 하는 별도의 규정이 없는 이상 재건축된 신축주택의 취득일부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 적용하기에 적합하지 않은 계산식이라 할 것"이라고 말했다. 이어 "과세관청과 같이 계산할 경우 기존주택과 재건축 후 취득한 신축주택을 마치 동일한 주택인 것처럼 취급해 두 부동산의 기준시가를 단순 비교하는 오류를 범하게 되고, 감면되는 양도소득금액이 과소 산정되므로 부당하다"고 덧붙였다. 항소심의 판단이 그대로 확정될 경우 조세특례제한법 시행령에 해당 계산식을 규정하는 법 개정이 불가피할 것으로 보인다. 원고측을 대리한 손병준(47·사법연수원 25기) 법무법인 광장 변호사는 "법원의 판단대로라면 현재로서는 재건축된 신축건물을 5년 이내에 양도할 경우 양도소득세를 계산할 수 있는 방법이 존재하지 않으므로 입법적으로 해결해야 할 것"이라고 말했다. 손 변호사는 "법원에 계류 중인 유사 사건 외에도 아직 소송화되지 않은 유사 사건들이 많아 판결이 그대로 확정될 경우 상당한 파급력이 예상된다"고 전망했다.

1세대 1주택 보유자가 해외이주로 주택을 양도할 때 받는 비과세 혜택의 기산점은 취업비자 발급 시가 아니라 영주권 취득 시로 봐야 한다는 판결이 나왔다. 소득세법은 1세대 1주택 보유자가 해외이주로 출국 후 2년 이내에 주택을 양도하면 보유기간이나 거주기간에 제한 없이 양도세를 비과세하고 있다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난 9일 정모씨가 "해외이주 후 2년 내에 주택을 양도해 양도소득세 비과세 대상에 해당한다"며 송파세무서장을 상대로 낸 양도소득세 경정청구 거부처분 취소소송 항소심(2012누22227)에서 "양도소득세 1억5000여만원 부과처분을 취소한다"며 원고승소 판결했다. 송파세무서는 정씨가 취업비자를 발급받아 출국한 2004년 10월께 해외이주법상 '무연고이주'를 했으므로, 이로부터 2년이 넘은 2011년 1월에 한 아파트 양도는 비과세 대상이 아니라고 주장했다. 하지만 재판부는 "정씨가 2004년 취업비자를 발급받아 미국 회사에 취업했지만, 취업비자는 미국에 2년 6개월가량 머물 수 있는 '전문인 단기 취업비자'"라며 "취업비자 만료일이 2007년이고, 취업비자를 발급받았다는 사실만으로는 정씨가 외국에 정주할 의사로 무연고이주를 했다고 볼 수 없다"고 설명했다. 재판부는 또 "정씨가 2010년 미국 영주권을 취득해 현지이주한 것으로 봐야 한다"며 "미국 영주권을 취득한 후 7개월이 지난 시점에서 아파트를 양도했기 때문에 양도소득세 비과세 대상에 해당한다"고 덧붙였다. 2001년 유학을 위해 미국으로 출국한 정씨는 2004년 취업비자를 받아 미국 회사에서 근무하던 중 2010년 6월 미국 영주권을 취득했다.

물상보증으로 제공된 부동산을 상속받아 상속세가 부과된 후 채무자회사가 도산했다면 그 채무액을 빼고 상속세를 산정해야 한다는 판결이 나왔다. 상속개시 당시 물상보증채무를 지고 있는 경우 상속인은 주채무자에게 그 돈을 돌려받을 수 있으므로 보증채무액을 공제하지 않고 상속세를 산정한다. 그러나 상속세를 부과받은 후에 주채무자가 도산해 돈을 돌려받을 수 없는 경우에 채무액을 공제할 수 있는지에 대해서는 논란이 있었다. 이번 판결은 이런 경우에도 국세기본법상 ‘후발적 경정사유’에 해당해 상속세경정청구가 가능하다고 인정한 최초의 판결이다. 서울행정법원 행정11부(재판장 김용찬 부장판사)는 7일 근저당권이 설정된 건물과 땅을 상속받은 유모씨가 “주채무자인 회사가 도산해 구상금을 돌려받을 수 없으므로 상속세 부과처분을 경정해 달라”며 반포세무서장을 상대로 낸 상속세경정청구거부처분취소 청구소송(2006구합30744)에서 “구상금채권이 회수불능임에도 채무액을 공제받을 수 없게 하는 것은 실제 상속재산 이상으로 상속세를 부담하는 불합리가 발생해 실질과세의 원칙에 반하고 납세의무자로서는 경정청구 이외에 달리 다툴 방법이 없다”며 “상속개시 당시에는 채무액을 상속재산가액에서 공제받지 못하다가 그 후의 사정으로 구상금채권이 회수불능 상태로 확정된 경우는 국세기본법 시행령상 ‘후발적 경정청구사유’에 해당한다”고 밝혔다. 재판부는 그러나 “국세기본법상 ‘후발적 경정청구’는 두 달 이내에 청구해야 하는데, 원고는 구상금채권이 회수불능이라는 사실을 안 날로부터 두 달이 훨씬 경과한 시점에 경정청구를 했으므로 피고의 거부처분은 적법하다”고 하여 원고의 청구를 기각했다. 유씨는 아버지가 생전에 가족회사를 위해 근저당을 설정해준 강남에 있는 4층짜리 건물과 땅을 상속받아 10억여원의 상속세를 부과받았고 그 얼마 후 채무자회사가 부도처리돼 그 건물과 땅이 경매에 넘어갔다. 그는 구상금을 받을 수 없게 되자 상속세를 경정해 줄 것을 반포세무서장에게 청구했다가 거부되자 소송을 냈다.