토지거래계약 허가구역 안에 있는 토지를 산 매수인에 대한 취득세 부과 시점을 놓고 지방자치단체 사이에 혼선을 빚고 있는 가운데 취득세 부과는 잔금납부일이 아닌 '허가일' 또는 '허가구역 해제일'을 기준으로 해야 한다는 판결이 최근 잇달아 나와 대법원의 최종 판단이 주목된다. 매수인이 매도인에게 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가가 나오기까지 길게는 수년이 걸리기 때문에 잔금 납부일을 기준으로 하면 납부 지연 등을 이유로 거액의 가산세를 부과받을 수 있다. 하지만 허가일을 기준으로 하면 가산세를 낼 필요가 없어 이번 판결은 매수인에게 유리하게 작용할 것으로 보인다. 특히 국토해양부가 지난 1월 31일자로 전국 토지거래허가구역의 절반에 가까운 면적을 허가구역에서 해제해 유사한 소송이 줄을 이을 전망이다. 서울고법 행정11부(재판장 김의환 부장판사)는 지난 11일 K사의 과점 주주인 안모씨가 "토지거래계약 허가 전에 과점주주가 취득한 주식에 대해 법인의 재산 간주취득세를 부과한 것은 부당하다"며 용인시를 상대로 낸 취득세 부과처분 취소소송 항소심(2012누4144)에서 원고일부패소 판결한 1심을 취소하고 "취득세와 농어촌특별세 등 합계 18억 400여만원의 부과처분을 취소하라"며 원고승소 판결을 내렸다. 서울고법 행정5부(재판장 김문석 부장판사)도 지난달 13일 유사한 사건에서 같은 취지의 판결을 내렸다(2012누4137). 재판부는 판결문에서 "토지거래허가구역 내에 있는 토지를 매수하고 잔금을 지급한 후 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래허가구역에서 해제된 경우, 해당 토지의 취득시기는 토지거래계약 허가를 받거나 토지거래계약 허가구역에서 해제된 때라고 봐야 한다"고 밝혔다.<관련기사 4면> 재판부는 "잔금을 지급한 날을 취득 시기로 보면 과세관청은 토지거래계약 허가 후 소급해서 과세하게 된다"며 "잔금을 지급한 날과 토지거래계약 허가를 받게 된 날이 5년 이상 차이가 나면 제척기간 도과로 취득세 부과처분을 할 수 없게 된다는 점에서도 부당하다"고 지적했다. 재판부는 "소득세법 제105조1항 제1호는 토지거래허가구역에 있는 토지를 양도할 때 허가 전에 대금을 청산한 경우, 허가일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내에 양도소득세과세표준 예정신고를 하도록 규정하고 있다"며 "취득세도 토지거래계약 허가를 받은 날을 기준으로 취득세를 신고하도록 하는 것이 소득세법 규정의 취지와 맞다"고 덧붙였다. K사는 2007년 4월 토지거래허가구역인 경기 용인시 기흥구에 있는 토지 19만6360.9㎡에 대한 매매계약을 체결하고 잔금으로 1771억여원을 지급했다. K사 주식의 51%를 소유해 과점주주였던 안씨는 같은 해 10월 30.08%의 주식을 추가 취득해 81.08%를 소유하게 됐다. 2009년 1월 이 토지의 거래가 허가되거나 허가구역 해제가 결정됐고, 용인시는 매매계약 체결 후 취득한 주식 비율만큼 안씨가 토지를 취득한 것으로 봐 취득세와 농어촌특별세 11억7200여만원과 가산세 6억3200여만원 합계 18억400여만원을 부과했다. 그러자 "안씨는 허가일이나 허가 해제일을 취득시기로 봐야 하므로 세금 납부 의무가 없고, 잔금지급일이 기준이라 해도 신고가 늦은 데 정당한 사유가 있다"며 소송을 냈다. 1심은 취득 시기에 관한 안씨의 주장을 받아들이지 않았다. 다만, "과세관청도 지금까지 허가일이나 허가 해제일을 취득시기로 해석해 취득세를 부과한 사정이 엿보이고, 더구나 과점주주의 간주취득세의 경우에는 주식취득 후에 토지거래허가가 이뤄졌다면 아예 간주취득세 신고대상이 아니라고 판단했을 가능성이 매우 크다"며 가산세 6억3200여만원은 취소했다. 지방세법 제105조6항 등은 법인의 과점주주에 대해 법인의 재산을 취득한 것으로 의제해, 과점주주가 주식을 추가로 취득하면 증가분만큼 법인의 재산을 추가 취득했다고 봐 취득세를 부과하고 있다.