건설사가 도로이용계약상 대금을 지급하지 않았더라도 처음 세금계산서를 교부받은 날로부터 도로를 사용할 수 있으므로 이날부터 부가가치세부과 제척기간을 기산해야한다는 판결이 나왔다. 대전고법 행정1부(재판장 장석조 부장판사)는 주식회사 E건설이 천안세무서장을 상대로 낸 부가가치세부과처분취소소송 항소심(2009누1325)에서 "제2기분 부가가치세 1억3,000여만원의 부과처분을 취소하라"며 1심판결을 취소했다고 3일 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "원고는 2000년 2월14일 A산업으로부터 이 사건 제1세금계산서를 교부받아 이를 근거로 2000년 제1기 과세기간의 매입세액공제로 신고했다"며 "늦어도 이 사건 제1세금계산서를 교부받은 2000년 2월14일에는 공급가액이 위와 같이 확정된 상태에서, 이 사건 도로개설비용 분담계약에 따른 대금이 수수되었는지 여부와는 관계없이 이 사건 도로의 사용이라는 물적 용역을 제공받아 이를 사용할 수 있는 상태에 놓이게 됐다고 봄이 상당하다"고 설명했다. 재판부는 따라서 "이 사건 도로개설비용 분담계약에 따른 용역의 공급시기는 2000년 제1기에 해당하고 이에 대한 부과 제척기간은 앞서 본 바와 같이 5년이므로 그 기산일로부터 5년이 경과하였음이 역수상 명백한 2008년 3월3일 이루어진 이 사건 처분은 그 부과 제척기간이 경과한 후의 것으로서 무효이다"라고 판시했다. E산업은 1999년 12월29일 함께 공동주택사업을 하기로 한 A산업의 도로부지 사용대가로 도로개설비용 중 일부인 11억여원을 지급하기로 하는 계약을 체결하고 도로사용승낙을 받았다. A산업은 E산업이 대금을 지급하지 않자 2004년께 도로개설비용 분담금지급을 구하는 소를 제기했으나 기각됐고 다시 항소해 E산업이 2억5,000만원을 지급하라는 조정결과가 확정됐다. 이에따라 A산업은 2006년 7월18일 위의 조정결과를 포함한 제2기세금계산서를 발행했고 천안세무서장은 제2기분 부가가치세로 1억3,000여만원을 부과했다.