지방자치단체의 개발 사업으로 인해 토지를 수용당한 원소유자가 해당 토지에 지어진 시설물까지 토지보상법에 따라 가격보상을 받았다면 철거의무를 부담하지 않는다는 법원 판단이 나왔다. 서울행정법원 행정4부(재판장 김정중 부장판사)는 5월 12일 두양주택과 두양엔지니어링(소송대리인 법무법인 혜안 공대호, 이인석, 신동훈, 곽정훈, 명광재, 최병천, 임재혁, 김현익, 박효영 변호사)이 서울특별시장을 상대로 낸 행정대집행비용 납부명령 무효확인소송(2021구합83635)에서 원고승소 판결했다. 서울 노원구 내 토지를 매수해 자동차운전전문학원을 운영하던 두양은 동북선 경전철 차량기지 사업으로 인해 2019년 9월경 자진 폐업했다. 서울시가 이 토지를 포함한 지역에 동북선도시철도 민간투자사업을 시행하기로 결정했기 때문이다. 두양은 1999년 이후 3년마다 개발행위허가를 연장하면서 해당 토지 위에 학원 운영과 관련된 가설건축물 및 가로등, 옹벽 등 시설을 설치했다. 개발허가에 따른 가설건축물의 존속기간은 2019년 9월 1월이었고, 이에 두광은 기간만료 전 가설건축물 존치기간 연장신고를 했으나 노원구청장은 연장신고 처리불가로 통보했다. 한편, 두양은 해당 토지와 가설건축물, 지장물에 관해 보상협의를 진행했으나 합의에 이르지 못해 재결신청을 했고 서울특별시지방토지수용위원회는 2020년 11월 수용 및 사용개시일을 이듬해 1월 15일로 정해 해당 토지를 수용·사용하고, 손실보상금을 508억여 원으로 정하는 내용의 재결을 했다. 이에 대해 두양은 이의신청을 했고 중앙토지수용위원회는 2021년 7월 손실보상금을 514억여 원으로 증액하는 이의재결을 했다. 노원구청장은 해당 토지에 대한 수용재결이 이뤄지자 두양에게 가설건축물에 관해 수용개시일까지 자진철거를 요청하는 내용의 공문을 두 차례 발송했다. 서울시는 2021년 2월 두양에게 공유재산 및 물품관리법 제83조 및 행정대집행법 제3조 제1항에 따라 해당 토지 지상에 설치된 가설건축물과 기타 지장물을 자진철거(이전)할 것과 만약 이를 이행하지 않을 경우 대집행 할 예정임을 3번에 걸쳐 계고했으나 두양이 응하지 않자 행정대집행영장통지를 했다. 결국 서울시는 같은 해 7월 강제철거를 하고 두양에게 지장물 철거 공사와 건설폐기물 처리에 관한 행정대집행 비용 등 5081만 원을 납부하라고 통지했다. 이에 불복한 두양 측은 "토지보상법에 따라 이전비가 아닌 물건의 가격으로 손실보상을 받았기 때문에 철거의무를 부담하지 않는다"고 주장하면서 소송을 냈다. 재판부는 두양 측 주장을 받아들였다. 재판부는 "철거 대상 지장물을 포함한 해당 토지 지상에 설치됐던 지장물에 대해 물건의 가격으로 보상하는 내용을 재결 및 이의재결이 이뤄진 사실이 인정된다"며 "특별한 사정이 없는 한 두양에 대해 그 철거 등을 요구할 수는 없고 시행사가 직접 제거해야 한다"고 밝혔다. 이어 "철거 대상 지장물에 대해 물건의 가격으로 보상하기로 하는 재결이 이뤄진 이상 두양은 더 이상 지장물에 대해 철거의무를 부담하지 않는바, 그 이후에 이뤄진 서울시의 철거명령 및 계고처분은 의무를 부담하지 않는 자에 대해 발해진 것으로 위법하다"며 "그 하자의 정도가 중대하고 명백해 무효"라고 판시했다. 서울시는 이 같은 1심 판결에 볼복해 항소했다. 내달 18일 항소심 첫 재판이 열린다.

세무서의 압류 처분이 국세심판소의 재결에 의해 취소됐더라도 세무서가 다른 사유를 들어 다시 압류 처분을 내릴 수 있다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부(주심 김신 대법관)는 학교법인 수송학원이 경주세무서장을 상대로 낸 압류처분 무효확인소송(2014두40029)에서 원고일부승소 판결한 원심을 파기하고 원고패소 취지로 최근 사건을 대구고법으로 돌려보냈다. 경주정보고와 월성중학교를 운영하는 수송학원은 1983년 12월 경상북도 교육감으로부터 용도변경허가를 받아 소유하고 있던 경주시 천북면 오야리 토지를 교육용 기본재산으로 등재하고 학교 야구부와 축구부 연습장으로 사용해왔다. 1990년 4월 수송학원은 야구부 해체를 이유로 "오야리 토지를 수익용 기본재산으로 용도 변경한 후 처분하고 그 처분대금을 정기예금으로 대체해 관리하겠다"는 취지로 다시 용도변경을 신청해 허가 받았다. 그러나 수송학원은 오야리 토지를 처분하지 못했고 다시 교육용 기본재산으로 변경하는 허가는 받지 않았다. 1996년 수송학원이 법인세를 체납하자 경주세무서는 오야리 토지를 압류처분했고 수송학원은 이에 불복해 국세심판소에 심판을 청구했다. 국세심판소는 "오야리 토지는 교육용 기본재산으로 경매목적물이 될 수 없는 부동산이어서 압류할 수 없다"는 수송학원의 주장을 받아들여 1997년 4월 압류처분을 취소하는 재결을 했다. 이후 2004년 10월 경주세무서는 수송학원이 또 법인세를 체납하자 "오야리 토지는 학교 교육에 직접 사용되지 않고 있어 교육용 기본재산이 아니다"라며 다시 압류처분했다. 그러자 수송학원은 "압류 처분은 무효"라며 소송을 냈다. 법인세 체납으로 압류된 토지 '교육용 재산'으로 압류취소 재판부는 "행정심판법 제49조는 '심판청구를 인용하는 재결은 피청구인과 그 밖의 관계 행정청을 기속한다'고 규정하고 있지만, 재결의 기속력은 재결의 주문 및 그 전제가 된 요건사실의 인정과 판단, 즉 처분의 구체적 위법사유에 관한 판단에만 미친다"며 "종전 처분이 재결에 의해 취소되었더라도 종전 처분 때와는 다른 사유를 들어 처분을 하는 것은 기속력에 저촉되지 않고, 여기서 동일한 사유인지 다른 사유인지는 종전 처분에 관해 위법한 것으로 재결에서 판단된 사유와 기본적 사실관계에서 동일성이 인정되는 사유인지 여부에 따라 판단해야 한다"고 밝혔다. 대법원, 학교법인의 압류무효확인소송 일부승소 원심 파기 이어 "이 사건 재결에서 국세심판소는 오야리 토지가 교육용 기본재산으로 등재돼 있다는 사실을 인정한 후 이를 교육용 기본재산으로 판단했을뿐 그 실제 이용현황에 관해서는 아무런 사실인정이나 판단을 하지 않았다"며 "이 사건 압류처분은 종전 압류처분 당시 오야리 토지가 교육용 기본재산으로 등재돼 있어 압류금지재산에 해당한다고 본 이 사건 재결의 사실 인정 및 판단과는 기본적 사실관계가 동일하지 않은 사유를 바탕으로 이뤄진 것이므로 재결의 기속력에 저촉된다고 볼 수 없다"고 설명했다. 앞서 1심은 세무서의 손을 들어줬지만, 2심은 "이 사건 압류 처분은 이전 압류처분에 대한 재결의 기속력에 반한다"며 수송학원의 손을 들어줬다.

주택재개발 조합이 조합원들을 돈으로 매수한 건설회사를 총회에서 시공자로 선정하는 결의를 했다면 이 결의는 '경쟁입찰'을 규정한 조합 정관에 반해 무효라는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별1부는 응암제2구역 주택재개발정비사업조합 조합원 A씨가 조합을 상대로 낸 총회 결의 무효확인소송(2013다50466)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 최근 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "주택재개발조합의 정관에서 시공자 선정을 '일반경쟁입찰 또는 지명경쟁입찰'로 하도록 정하고 있는 경우 정관이 정한 바에 따라 총회에서 시공자의 선정 결의가 이뤄졌다면 특별한 사정이 없는 한 그러한 총회결의가 무효라고 볼 수는 없을 것이지만, 형식적으로는 경쟁입찰의 방법에 따라 총회에서 시공자 선정 결의를 했다고 하더라도 조합이나 입찰 참가업체가 시공자 선정과정에서 도시정비법령이나 조합 정관에서 정한 절차나 금지사항을 위반하거나 조합원들에게 금품을 제공해 '시공자 선정동의서'를 매수하는 등 부정한 행위를 했다면 이같은 부정행위가 시공자 선정에 관한 총회 결의 결과에 영향을 미쳤다고 볼 수 있다"고 밝혔다. 이어 "입찰에 참여한 B건설사가 조합원들에게 상당한 금원을 제공하는 대가로 서면결의서 등을 받아 이를 총회에 제출하거나 금원을 받은 조합원으로 하여금 총회에 출석해 투표하도록 한 것은 경쟁입찰의 공정성을 해하고 조합원들의 자유로운 결정권이나 선택권을 침해하는 것으로 조합 정관이 경쟁입찰 방식으로 시공사를 정하도록 한 취지에 정면으로 반한다"며 "따라서 이 같은 결의는 정관이 정한 바에 따라 이뤄졌다고 볼 수 없으므로 무효"라고 판시했다. A씨는 2010년 B사가 조합원 총회 직전까지 1인당 50만~3500만원의 돈을 주며 조합원들을 매수했는데도 시공사로 선정되자 소송을 냈다. 당시 조합 정관은 시공자의 선정은 일반경쟁입찰 또는 지명경쟁입찰 방법으로 하도록 규정하고 있었다. B사는 이 과정에서 조합원 매수 혐의로 기소돼 유죄 판결을 받기도 했다. 앞서 1,2심은 "B사가 조합원 매수 혐의 등으로 유죄 판결을 받은 사실은 인정할 수 있지만 그것만으로 그 후에 다시 개최된 총회에서 이뤄진 시공자 선정 안건에 관한 결의까지 조합 정관에 위배돼 무효라고 볼 수는 없다"며 조합 측의 손을 들어줬다.

대전광역시 유성복합터미널 개발사업과 관련해 대전도시공사가 ㈜롯데건설 등과 체결한 협약이 무효라는 법원의 판결이 나왔다. 대전지법 민사12부(재판장 장성관 부장판사)는 15일 유성복합터미널 개발사업 후순위협상대상자인 ㈜지산디앤씨, ㈜매일방송, ㈜생보부동산신탁 등 3개사가 구성한 컨소시엄이 "기한을 넘겨 체결된 우선협상대상자와의 협약은 무효"라고 주장하며 대전도시공사를 상대로 낸 사업협약체결 등 무효확인소송(2014가합2116)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 "㈜롯데건설 등 3개사가 구성한 컨소시엄이 대전도시공사와 2013년 11월 6일 첫 협의를 진행한 때부터 협약체결 기한이 되기까지 시간이 충분했음에도 힘겨루기를 하다가 기한을 넘겼다"며 "정당한 이유없이 공모지침을 어긴 ㈜롯데건설 컨소시엄은 협약서 제출기한 종료와 동시에 우선협상대상자 지위를 잃었다"고 밝혔다. ㈜롯데건설 컨소시엄은 유성복합터미널 민간사업자 공모에 참가해 우선협상대상자로 선정됐으나 정당한 이유없이 사업협약 체결기간인 2013년 12월 27일까지 대전도시공사와 협약을 체결하지 않았다. 그럼에도 대전도시공사는 우선협상대상자의 지위를 상실한 ㈜롯데건설 컨소시엄과 이듬해인 2014년 1월 6일 사업협약을 체결했고, 후순위협상대상자였던 ㈜지산디앤씨 컨소시엄은 이 협약체결이 무효라며 소송을 냈다.

재개발조합을 설립할 때 재개발사업 촉진구역 토지 등의 소유자 동의율은 지방자치단체로부터 설립인가를 받을 때가 아니라 지방자치단체에 설립인가를 신청할 때를 기준으로 판단해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 특별3부(주심 김신 대법관)는 지난달 24일 김모씨 등 5명이 서울시 성북구를 상대로 낸 조합설립인가처분 무효확인소송 상고심(2012두21437)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 도시 및 주거환경정비법 제16조는 재개발사업 추진위원회가 조합을 설립하려면 토지 등 소유자 4분의 3 이상과 토지면적의 2분의 1 이상 토지소유자의 서면 동의를 얻어 관할 행정청에 인가를 받도록 하고 있다. 이 소송에서는 조합설립 인가신청일 이후 인가처분일까지 사이에 토지 등 소유자들의 소유관계가 변동이 있을 때 신청일과 인가일 중 어느 날을 기준으로 정족수 산정에 반영할 것인지 문제가 됐다. 재판부는 판결문에서 "조합설립 동의에 서면동의를 요구하고 그 동의서를 조합설립인가 신청 시 행정청에 제출하도록 하는 취지는 동의 여부에 관해 발생할 수 있는 분쟁을 방지하고 행정청으로 하여금 조합설립인가 신청 시에 제출된 동의서에 의해서만 동의요건의 충족 여부를 심사해 동의 여부의 확인에 행정력이 소모되는 것을 막기 위한 것"이라고 밝혔다. 이어 "행정청이 처분일을 기준으로 다시 일일이 소유관계를 확인해 정족수를 판단하기는 현실적으로 어려울 뿐만 아니라 처분 시점이 언제이냐에 따라 동의율이 달라질 수 있어 처분일을 기준으로 동의율을 산정하면 인가신청 후에도 소유권 변동을 통해 의도적으로 동의율을 조작하는 것이 가능하게 돼 재개발사업과 관련한 비리나 분쟁이 양산될 우려가 있다"고 설명했다. 서울시는 2009년 1월 성북구 길음동 일대를 주택재개발사업 촉진구역으로 지정했다. 성북구는 주택재개발사업을 위해 주택재개발정비사업조합설립 추진위원회 설립을 승인했고, 추진위원회는 2010년 4월 촉진구역 내 토지·건물 소유자 등 1363명 중 1035명으로부터 조합설립 동의를 받아 조합설립 인가를 받았다. 하지만 조합설립인가신청을 한 후 인가처분을 받을 때까지 토지 매매 등으로 소유자가 28명이 증가했다. 앞서 항소심은 조합설립인가 신청 후 변동된 정족수를 기준으로 삼았다. 재판부는 "인가처분일을 기준으로 정확한 소유관계를 파악해 소유자의 의사가 왜곡되지 않도록 해야 한다"며 "현실적인 어려움이 있더라도 설립인가 신청일과 인가일 사이에 발생한 소유권 변동을 무시할 것은 아니다"라고 밝혔다.

국내 최대 규모의 재건축 아파트인 서울 송파구 가락시영아파트의 재건축 결의에 하자가 있으므로 취소하라는 대법원 판결이 나왔다. 2003년 재건축 조합이 설립되면서 10여년째 추진 중인 재건축 일정은 다소 지연될 전망이다. 조합 측은 2004년 아파트 주민 83.35%의 동의를 받아 재건축을 결의했지만 2006년 신축 아파트의 평형과 세대, 부대시설 등을 일부 변경한 시행계획을 만들어 2007년 총회에 상정했다. 새 계획은 조합원 6709명의 57.22% 찬성으로 통과됐다. 그러나 윤모씨 등 일부 주민은 "최초 결의와 비교해 사업비와 조합원 분담금이 대폭 증가하고 분양 평수와 무상 지분율은 대폭 감소했다"며 "결의 내용을 본질적으로 변경하는 것이므로 더 많은 주민의 동의가 필요하고, 정관 변경에 준하는 엄격한 가결 정족수 규정(조합원 3분의 2 이상 동의)을 적용해야 한다"며 2010년 2월 소송을 냈다. 1심은 윤씨 측 주장을 모두 받아들여 원고승소 판결했지만, 2심은 원고패소로 판결했다. 대법원 특별3부(주심 이인복 대법관)는 지난달 27일 윤씨 등 3명이 가락시영아파트 재건축정비사업조합을 상대로 낸 사업시행계획 승인결의 무효확인소송 상고심(2011두3692)에서 원고패소 판결한 원심을 깨고 원고일부승소 취지로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 당초 재건축 결의를 한 뒤 조합은 일부 내용을 변경했고 새 계획안도 결의됐지만 정관의 주민동의 요건에 흠이 있어서 취소돼야 한다는 취지다. 재판부는 "도시정비법은 조합의 비용 부담이나 시공자·설계자의 선정 및 계약서 내용과 같이 조합원에게 큰 영향을 미치는 사항은 정관에 포함시키도록 규정하면서 이를 변경하려면 조합원 3분의 2 이상이 동의하도록 하고 있다"며 "따라서 당초 결의와 비교해 조합원의 이해관계에 중대한 영향을 미칠 정도로 실질적으로 변경된 경우에는 '특별 다수'의 동의 요건을 규정한 도시정비법 규정을 유추 적용해 조합원 3분의 2 이상의 동의를 요한다고 봐야 한다"고 밝혔다. 또 "이 시행계획은 '조합원 과반수 출석, 출석자 과반수 찬성'으로 의결한다는 정관에 따라 결의됐다"며 "그러나 의결정족수 요건을 갖춰 결의됐다는 점만으로 적법하다고 할 수는 없고, 여기에는 조합원 3분의 2 이상의 동의 요건을 갖추지 못한 흠이 있다"고 지적했다. 재판부는 "다만 사업계획이 실질적으로 변경된 경우의 결의 요건에 관한 법리가 대법원 판결 등으로 명확히 제시되지 않았으므로, 그 흠이 객관적으로 명백하다고 보기는 어려워 무효 사유는 될 수 없고 취소 사유에 해당한다"고 덧붙였다.

도시계획 변경승인을 받았다는 이유로 개정된 폐기물처리법 시행령을 적용해 폐기물처리시설 설치비용을 부과한 것은 부당하다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정11부(재판장 문준필 부장판사)는 지난 4일 SH공사가 송파구청장을 상대로 낸 폐기물처리시설 설치비용 부과처분 무효확인소송(2012구합18462)에서 이같이 판단했다. 다만 재판부는 이러한 하자가 무효사유는 아니라고 보고 SH공사에게 패소판결했다. 재판부는 판결문에서 "폐기물처리법 시행령이 2004년에 개정되면서 폐기물처리시설 설치비용 납부대상이 '조성면적 100만㎡ 이상'인 사업에서, '조성면적 30만㎡'로 변경됐다"며 "부칙에 위 규정은 시행령 시행 후 '실시계획승인'을 받는 개발사업부터 적용한다고 규정돼 있다"고 밝혔다. 재판부는 "SH공사가 시행령 개정 전인 2003년에 60만㎡ 면적의 택지개발사업 실시계획을 승인받았지만, 시행령 개정 후인 2004년 조성면적을 66만㎡로 변경하는 변경승인을 받고 개정 시행령의 적용을 받아 폐기물처리시설 설치비용을 부과받았다"며 "SH공사가 받은 '실시계획변경승인'은 개정 시행령이 적용되는 '실시계획승인'에 포함되지 않아 설치비용부과는 위법하다"고 판시했다. 하지만 재판부는 "송파구청은 환경부의 유권해석에 따라 부과처분을 했다"며 "처분이 법령의 요건에 반해 설치비용을 부과한 것으로 하자가 중대하기는 하나, 명백하다고 볼 수 없어 당연무효에 해당하지 않는다"고 설명했다. SH공사는 2003년 서울시장으로부터 송파구 장지동 일대 60만㎡에 대한 택지개발사업 실시계획 승인을 받고 사업에 착수했다. 당시 SH공사의 사업계획은 폐기물처리시설 설치비용 납부대상인 '조성면적 100만㎡'에 미달해 설치비용 납부대상에서 제외됐다. 하지만 이듬해 폐기물처리법 시행령이 '조성면적 30만㎡ 이상'으로 확대됐고, SH공사는 2005년 개발 면적을 66만㎡로 확대한 개발계획변경승인을 받았다. 이에 송파구청은 법 개정 후에 사업계획을 변경해 다시 승인을 받았다며 2006년 폐기물처리시설 설비비용 45억여원을 부과했다. 이에 SH공사는 불복해 지난해 6월 소송을 냈다.

부동산 취득시 부과되는 등록세는 과세대장의 공부상이 아닌 현황상의 지목을 기준으로 산정해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 행정3부(주심 김신 대법관)는 지난달 27일 토지소유자 이모씨 등 3명이 부천시 오정구를 상대로 낸 등록세 등 추가부과처분 무효확인소송 상고심(2011두4558)에서 원고승소판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "지방세법 시행령에서 농지의 정의에 관한 규정을 둔 것은 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 등기·등록 이전에 등록세를 납부해야 하므로 그 세액을 일정한 기준에 의해 산출할 수 있도록 해야 한다는 등록세 납부절차상의 특수성과 종합토지세 과세대장이 등기부나 토지대장 등 지적공부보다 토지현황을 더 잘 반영하고 있어 실질과세의 원칙에 부합한다는 점을 고려한 것"이라고 밝혔다. 재판부는 "따라서 지방세법 시행령에서 말하는 종합토지과세대장상의 지목이란 공부상의 지목이 아니라 현황상 지목을 의미한다"며 "원심이 공부상 지목을 기준으로 부천시의 세금부과처분이 무효라고 판단한 것은 지방세법 시행령에서 말하는 종합토지과세대장상의 지목에 관한 법리를 오해한 위법이 있다"고 덧붙였다. 이씨 등은 2003년 9월 공동으로 부천시 오정구의 토지 3800여㎡를 사들였다. 오정구는 이씨 등이 구입한 토지의 지목을 과세대장 공부상 지목인 '전'으로 보고 농지에 대한 등록세율 1%를 적용해 등록세와 지방교육세를 징수했다. 오정구는 2008년 6월 이씨 등이 토지취득 당시 종합토지세 과세대장 현황상 지목이 '대지'였음을 이유로 등록세율 3%를 적용해 세금을 다시 산정한 뒤 기존에 농지를 기준으로 납부한 세액을 제외한 등록세 1억6000여만원과 지방교육세 3억3000여만원을 추가로 부과했다. 이씨 등은 "공부상 지목을 기준으로 세금을 부과한 뒤 현황상 지목을 기준으로 다시 세액을 산정한 것은 위법하다"며 소송을 냈다. 1, 2심은 "공부와 현황이 다를 경우 현황에 의해 세금을 부과해야 한다는 지방세법 시행령은 종합토지세에 관한 규정일 뿐, 등록세에 대해서도 적용된다고 볼 근거가 없다"며 원고승소판결했다.

사업실시계획 승인 전 환경영향평가를 거치지 않은 제주 해군기지 건설사업은 합법이라는 대법원 판결이 나왔다. 사업실시계획 전에는 사업지역을 지정하는 단계일 뿐이므로 환경영향평가는 사업의 구체적 단계인 기본설계 승인 전까지 거치면 된다는 취지다. 사업 승인에 일부 위법성을 인정했던 원심과 달리 대법원이 합법성을 인정함에 따라 해군기지 건설사업은 탄력을 받을 전망이다. 대법원 전원합의체(주심 민일영 대법관)는 5일 제주 서귀포시 강정마을 주민 강모씨 등 438명이 국방부를 상대로 낸 국방·군사시설사업실시계획승인처분 무효확인소송 상고심(☞2011두19239)에서 원고일부승소한 원심을 파기하고 원고패소 취지로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "구 환경정책기본법 등 관계법령은 사전 환경성 검토협의는 실시계획 승인 전에, 환경영향평가서는 기본설계의 승인 전에 각각 요청·제출하도록 규정함으로써 사전 환경성 검토와 환경영향평가가 갖는 고유한 목적과 기능을 고려해 그 이행시기를 달리하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "구 국방사업법상의 '실시계획 승인'에는 공익사업을 위한 토지 등의 취득 및 보상에 관한 법률에 따른 사업인정과 극히 제한적인 인·허가 의제의 효력만 인정될 뿐 사업시행에 필요한 각종 인·허가 의제의 효력이 포괄적으로 인정되지 않아 사업시행자는 실시계획의 승인을 받은 후 다시 구체적인 계획을 수립해 사업시행절차를 추진하게 된다"며 "결국 실시계획의 승인은 사업지역의 지정단계일 뿐이고 그 단계에서는 환경영향평가의 취지를 달성하기도 어려우므로 국방·군사시설사업에서 국방사업법상 '실시계획승인' 전에는 사전환경성 검토를, '기본설계 승인' 전에는 환경영향평가를 거치도록 하는 것이 합리적이다"라고 설명했다. 재판부는 "원심이 구 환경영양평가법 시행령상의 기본설계의 승인이 실시계획의 승인을 의미한다는 전제하에 승인처분 전 환경영향평가를 실시한 바 없다는 이유로 위법하다고 판단한 것은 환경영향평가서 제출시기 등에 관한 법리를 오해한 위법이 있다"고 지적했다. 반면 전수안·이상훈 대법관은 "구 환경영향평가법 시행령의 기본설계의 승인 전은 구 국방사업법상 실시계획의 승인 전을 의미한다고 봐야 하므로 무효이고, 무효인 시행령 규정에 따라 행해진 국방부의 승인처분은 하자가 중대하고 명백해 무효다"라며 반대의견을 냈다. 2006년 5월 국방부는 제주남방해역과 해상교통로에 대한 효율적인 감시 등을 목적으로 제주해군기지 건설방침을 발표했다. 2007년 서귀포시 대천동 강정마을 회장은 제주도지사에게 해군기지 유치건의를 했고, 도지사는 이를 받아들여 강정마을을 제주해군기지 건설사업지로 발표했다. 1·2심은 2009년 1월 승인된 해군기지 설립기본계획이 환경영향평가를 거치지 않은 하자가 존재해 무효이지만, 해군본부가 계획승인 후 환경영향평가를 실시했고 도지사와의 협의를 거친 뒤 변경승인을 받은 이상 변경된 해군기지 설립계획까지 위법하다고 볼 수 없다고 판결했다. 한편 이 사건 이후 국방사업법은 이번 판결 다수의견과 같은 취지로 사업계획과 실시계획을 구별해 사업계획 단계에서는 사전환경성검토를, 실시계획단계에서는 환경영향평가를 거치도록 개정됐다.

주유소 진출입로에 대한 도로점용료를 주유소 지가를 기준으로 산정해 부과해온 지방자치단체의 관행에 법원이 제동을 걸었다. 이에따라 지금까지 과다하게 산정된 도로점용료를 내왔던 정유업체들의 줄소송이 이어질 전망이다. 서울행정법원 행정4단독 정성완 판사는 지난 22일 국내 정유업체인 GS칼텍스가 서울 강북구청장과 도봉구청장, 동작구청장, 송파구청장을 상대로 제기한 도로점용료부과처분 무효확인소송(2010구단10566등)에서 모두 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "도로점용료의 산정기준 등 점용료의 징수에 관한 조례가 인접한 토지의 개별공시지가를 도로점용료 산정의 기준으로 삼도록 한 취지는 도로 자체의 가격산정이 용이하지 않아 인근에 있는 성격이 유사한 다른 토지의 가격을 기준으로 함으로써 합리적인 점용료를 산출하고자 하는 데 있다"며 "여기서 말하는 인접한 토지란 점용도로의 인근에 있는 토지로서 도로점용의 주된 사용목적과 동일 또는 유사한 용도로 사용되는 토지를 의미한다(대법원 2009두12730)"고 밝혔다. 재판부는 이어 "도로점용료의 산정기준이 된 원고의 토지는 주유소 부지로 사용되고 있는 반면 원고가 점용하고 있는 도로는 주유소에 출입하는 차량을 위한 진출입로로 사용되고 있다"며 "원고가 도로를 점용하는 주된 사용목적과 비교할 때 주유소 부지인 원고의 토지는 점용부분의 사용목적과 동일 또는 유사한 용도로 사용되고 있다고 할 수 없는 것이어서 도로점용료 산정의 기준토지가 될 수 없다"고 판단했다. 이번 판결에 따라 구청들로부터 유사한 도로점용료 부과처분을 받아왔던 주유소업계의 줄소송이 이어질 것으로 보인다. 주유소 부지가 아닌 인근 도로의 개별공시지가를 기준으로 도로점용료를 산정할 경우 엄청난 액수의 도로점용료를 절약할 수 있기 때문이다. 실제 강북구청이 지난 2009년1월 강북구 수유동에 있는 GS칼텍스 소유의 주유소 진출입로에 대한 도로점용료를 산정하면서 기준으로 삼은 주유소용지의 개별공시지가는 1㎡ 당 350만원이었지만 진출입로와 비슷한 용도로 쓰이는 인근 도로의 개별공시지가는 1㎡ 당 109만원에 불과하다. 이처럼 인근 도로가 산정기준 토지가 되면 이 주유소의 진출입로에 대한 도로점용료는 437여만원에서 136여만원으로 줄어들게 된다. 이 때문에 전문가들은 관련 소송이 쏟아지기 전에 도로점용료 산정기준이 되는 '인접한 토지'에 대한 명확한 가이드라인을 마련하는 것이 시급하다고 지적하고 있다. 원고측 소송대리를 맡은 소택영 변호사(사법연수원 36기)는 "이번 판결이 도로점용료 산정기준에 관한 가이드라인을 마련하는데 일조할 것으로 생각한다"고 말했다.