부동산매매법인이 취득 후 보유만 하고 있던 부동산을 업무사용 유예기간인 5년이 지나 팔았더라도 일반 법인과 달리 5년간의 대출이자는 법인세 부과대상에서 제외하는 과세특례가 적용된다는 판결이 나왔다. 일반 법인이 부동산을 업무에 사용하지 않고 5년이 지난 뒤 부동산을 팔면 부동산을 취득한 날로 소급돼 법인세가 다시 부과되지만, 부동산매매법인은 부동산 매매가 본래 업무이기 때문에 법인세법 시행규칙이 규정하고 있는 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다는 취지다. 법인세법 시행규칙은 '부동산을 업무에 사용하지 아니하고 양도하는 경우'에는 부동산 취득일부터 양도일까지 기간 전부의 대출이자에 대해 과세를 하지만, 유예기간이 지난 뒤 업무용으로 사용한 부동산의 경우는 유예기간이 끝나고 업무용으로 사용하기까지 걸린 기간의 대출이자에 대해서만 과세를 한다. 대법원 특별3부(주심 김재형 대법관)는 부동산 개발·공급 등 부동산매매업을 하는 ㈜부영(소송대리인 법무법인 화우·율촌·태평양·양헌)이 서울남대문세무서장을 상대로 낸 법인세 부과처분 취소소송(2014두44342)에서 최근 원고패소 판결한 원심을 취소하고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 "법인세법령은 부동산매매업을 주업으로 영위하는 법인의 경우 일반 법인과 달리 부동산을 매매하는 것 자체가 법인의 업무에 해당한다는 특성을 고려해 여러 특례규정을 두고 있다"며 "따라서 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 부동산매매용 토지를 양도하는 것 자체를 법인의 업무에 직접 사용한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 이어 "결국 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용 부동산을 취득한 다음 유예기간이 지난 후 물적분할 등을 통해 양도한 경우는 법인세법 시행규칙 제26조 9항 단서의 '업무에 사용하지 않고 양도하는 경우'에 해당하지 않는다"며 "이 단서에 따라 부동산 취득일부터 양도일까지의 기간 전부가 아니라, 본문에 따라 유예기간이 지난 다음날부터 양도를 통해 직접 사용하기 전까지의 기간만이 업무와 관련이 없는 기간에 해당한다"고 판시했다. 부영은 1997~2004년 서울 강서구 등촌동의 토지 193만여㎡를 보유하다 2009년 지주회사 전환을 하면서 설립한 부영주택에 이 토지를 이전했다. 부영은 이 과정에서 부동산 취득일로부터 5년이 경과하기 전에는 과세특례가 적용되고, 유예기간 5년 이후부터 부영주택에 이전하기 전까지는 비업무용 부동산으로 과세특례가 적용되지 않는 것으로 2009년 사업연도 법인세를 계산해 남대문세무서에 신고했다. 법인세법령은 비업무용 부동산 등 자산을 취득·관리하면서 생기는 차입금 지급이자 등의 비용은 당해 사업연도의 소득금액 계산에서 손금에 산입하지 않도록 해 법인세 부과대상에 포함시키고 있다. 다만 업무에 사용하려고 하는 준비기간 등을 고려해 비업무용 부동산이라고 하더라도 추후 업무용으로 사용하는 부동산은 5년의 유예기간 내에는 세제 혜택을 주고 있다. 그러나 유예기간 중이나 후에 업무용 부동산으로 사용하지 않으면서 처분하는 경우에는 부동산을 취득한 때부터 세제혜택을 소급해 적용하지 않는 조항을 두고 있다. 반면 유예기간이 지난 후 업무용으로 사용할 경우에는 5년의 세제혜택을 인정하고, 이후 기간은 세제혜택은 주지 않는 방식을 취하고 있다. 남대문세무서는 2012년 "부영이 토지를 고유업무에 사용하지 않고 보유하다가 유예기간이 지나 양도했다"며 "유예기간을 적용하지 않고 토지 취득일부터 양도일까지의 기간 전체를 과세대상으로 봐야 한다"며 법인세 173억여원을 부과했다. 이에 부영은 "일반법인과 달리 부동산매매업을 주업으로 하는 법인이라 재고자산인 부동산을 양도하는 것은 업무에 직접 사용한 것"이라며 소송을 냈다. 1심은 부영의 손을 들어줬다. 그러나 2심은 "법인세법 시행규칙 단서에서 양도의 개념에 '부동산매매업을 주업으로 하는 법인이 매매용부동산을 양도하는 경우'를 명시적으로 제외하고 있지 않다"며 "부영이 토지를 취득한 때로부터 물적분할일까지의 기간을 업무와 관련이 없는 보유 기간으로 본 세무서의 처분은 적법하다"며 부영에 패소 판결을 내렸다. 김용택(41·사법연수원 36기) 화우 변호사는 "부동산매매법인의 5년 과세특례의 인정범위를 명확하게 정리함으로써 법인이 주택공급을 위한 주택 매입에 적극적으로 나설 수 있는 토대를 마련해 준 판결"이라고 말했다.

서울 강남구 역삼동의 빌딩 스타타워를 매각해 거액의 양도차익을 남긴 론스타펀드Ⅲ가 16억여원의 세금을 물게 됐다. 대법원 행정3부(주심 신영철 대법관)는 23일 론스타펀드Ⅲ의 버뮤다 법인 허드코 파트너스 코리아가 역삼세무서를 상대로 제기한 법인세부과처분 취소소송 상고심(2011두3951)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 깨로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "구 법인세법은 외국법인의 국내 원천 양도소득에 관해 거주자의 경우와 같이 양도소득 중 부동산 양도소득이나 그와 같은 성격의 소득으로 차별적으로 높은 세율을 적용할 필요가 있는 부분을 별도로 규정했다"며 "이러한 고유 입법 목적을 반영하기 위해 구 소득세법 시행령 규정에 따르지 않고 독자적으로 자신의 시행령 규정에 과세요건을 위임한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "원심이 이 사건 양도소득 중 허드코사의 귀속분이 구 소득세법 요건을 모두 충족하지 못해 법인세법상 소득에 해당하지 않는다고 판단한 것은 법인세법과 시행령에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다"고 판단했다. 론스타펀드Ⅲ는 강남구 역삼동의 스타타워 빌딩을 사들인 후 되팔아 2450억원의 양도차익을 얻었고, 역삼세무서는 2005년 허드코가 스타타워 지분 2%를 보유한 것을 근거로 16억7500여만원의 세금을 부과했다. 1심 재판부는 자산 비율 요건만 충족하면 법인세를 부과할 수 있다고 보고 원고패소 판결을 내렸으나, 2심은 주식소유비율 50%와 주식양도비율 50%를 과세요건으로 규정한 구 소득세법 시행령을 근거로 원고승소판결을 내렸다.

농지보상금 일부를 줬더라도 객관적으로 정당한 사정이 있고 금액도 상당한 정도였다면 법인세법상 접대비로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 행정9부(재판장 박병대 부장판사)는 최근 한국유리공업(주)가 "채무자에게 준 농지보상금 20억원과 승소금 9,000만원을 전부 손금불산입해 부과한 6억7,000여만원의 법인세는 부당하다"며 종로세무서장을 상대로 낸 법인세부과처분취소소송 항소심(2009누29532)에서 1심을 취소하고 "6억7,000여만원의 법인세 중 7,800여만원을 초과하는 부분을 취소하라"며 원고 일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "법인세법상 접대비는 원활한 기업활동과 기업의 신장을 도모하기 위해 필요한 경비로서 기업체의 영업규모와 비례관계에 있는 만큼 엄격하게 해석해야 한다"며 "이 사건의 쟁점이 되는 채권의 포기 또는 채무자 회사에 대한 권리의 인정은 그 포기에 이른 경위와 금액 등 제반사정에 비춰 볼 때 객관적으로 정당한 사유가 있고 포기 내용이 상당하다고 인정돼 쉽게 접대비로 인정할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "원고 경영진은 20억원의 농지보상금 분배약정 체결 당시 이번 사건의 농지에 대해 구 농지법이 적용되고 있다고 믿고 있어 그에 대한 수용보상금 전부에 대해 원고만이 권리를 갖는 것은 힘들다고 믿고 있었다"며 "채무자인 회사가 원고에 대한 막대한 외상매출금 채무를 변제하지 못하는 등 부실징후를 보여 외상매출금채권의 조기회수의 필요성, 소송비용 등 부수적인 여러 문제들을 고려한 끝에 농지보상금 분배약정을 체결한 것으로 이해된다"고 덧붙였다. 재판부는 그러나 "대물변제로 받아 원고에게 소유권이 확정적으로 귀속돼 있던 토지와 건물에 대한 중앙토지수용위원회의 수용재결에 불복해 제기한 소송에 따라 추가로 지급받게 된 9,000만원의 승소금은 장차 법원에서 인정받는 경우 원고에게 귀속될 수 있는 권리를 사전에 임의로 포기한 것으로 볼 수 있다"며 "승소금 9,000만원을 손금불산입한 부분은 적법하다"고 설명했다.