헌법불합치 결정으로 개정된 국세징수법 제78조2항을 부칙이 헌법재판소 결정일인 2009년4월30일 이후부터 적용하도록 하고 있더라도, 헌재의 헌법불합치결정 당시 법원에 소송계속 중이던 사건에는 개정된 법조항을 적용해야 한다는 판결이 나왔다. 이는 "헌법불합치결정에 의한 개선입법의 소급적용여부와 그 범위에 대해서는 원칙적으로 입법자의 재량에 맡기되 예외적으로 헌법불합치결정의 취지나 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면 등을 고려해 헌법불합치결정 당시에 법원에 계속 중인 사건에도 소급효가 미친다고 해야 한다"는 대법원판례(대법원 2003다52647 등)에 따른 것이다. 서울행정법원 행정5부(재판장 이진만 부장판사)는 A씨가 "위헌인 구 국세징수법 제78조2항 후문에 따라 결정된 배분거부처분을 취소해 달라"며 한국자산관리공사를 상대로 제기한 배분거부처분취소소송(2010구합32013)에서 지난 16일 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "헌법재판소가 헌법불합치결정을 통해 법률조항을 합헌적으로 개정 또는 폐지하는 임무를 입법자의 형성재량에 맡긴 이상 그 개선입법의 소급적용여부와 소급적용의 범위 역시 원칙적으로 입법자의 재량에 달린 것"이라면서도 "(해당조항의 적용중지를 명하는) 이 사건 헌법불합치결정의 주문 및 결정취지와 위헌법률심판에서의 구체적 규범통제의 실효성 보장이라는 측면을 고려할 때 적어도 이 사건 헌법불합치결정을 하게 된 당해 사건 및 헌법불합치결정 당시에 이 사건 법률조항의 위헌여부가 쟁점이 돼 법원에 계속 중인 사건에 대해서는 헌법불합치결정의 소급효가 미친다고 해야 한다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "개정된 국세징수법의 부칙이 이 사건을 개정규정의 적용범위에 포함하지 않더라도 이 사건에 대해서는 종전의 법률을 그대로 적용할 수는 없고 위헌성이 제거된 개정규정이 적용되는 것으로 봐야한다"고 판단했다. 한국자산관리공사는 지난 2007년8월 지방세가 체납된 부동산을 매각하고 그 대금을 임차권자인 A씨 등 채권자들에게 배분했다. 이 과정에서 공사는 공매대금 미납으로 인한 보증금은 국가에 귀속됐다는 이유로 배분금액에 포함시키지 않았다. 이에 A씨는 공매대금의 국가귀속을 규정한 국세징수법 제78조2항을 이 사건 배분처분에 적용한 것은 위법이라며 소송을 냈다. 이후 소송 계속 중이던 2009년4월 헌법재판소 "대금미납으로 매각결정이 취소된 경우 납부한 계약보증금을 국가에 귀속시키도록 규정한 국세징수법 제78조2항 후문은 헌법이 보장한 평등의 원칙 등에 위반된다"며 서울행정법원이 낸 위헌법률심판 제청사건(2007헌가8)에서 재판관 8대 1의 의견으로 헌법불합치결정을 내렸다(법률신문 2009년5월4일자 5면). 이에 따라 국회는 지난 1월 헌재결정 취지에 맞도록 국세징수법을 개정했지만, 개정규정이 헌재 결정일인 2009년4월30일 이후 매각결정이 취소된 경우에만 적용되도록 부칙조항을 둬 논란이 됐다.

3백세대 규모이상의 공동주택 분양입주자에게 학교용지 부담금을 부과토록한 법률조항은 위헌이라는 결정이 내려졌다. 헌법재판소 전원재판부(주심 金京一 재판관)는 인천지법이 “분양면적에 상관없이 세대수만을 기준으로 획일적으로 특별부담금을 부과하는 것은 평등원칙 등에 위배된다”며 구 학교용지확보에관한특례법 제2조2호와 5조1항에 대해 낸 위헌법률심판제청 사건(2003헌가20)에서 지난달31일 재판관 전원일치 의견으로 위헌 결정을 내렸다. 재판부는 결정문에서 “학교용지는 의무교육을 시행하기 위한 필수요건으로 이를 달성하기 위한 비용은 국가의 일반재정으로 충당해야 한다”며 “부담금과 같은 별도의 재정수단을 동원해 특정한 집단으로부터 그 비용을 추가로 징수해 충당하는 것은 의무교육의 무상성을 선언한 헌법에 반한다”고 밝혔다. 또 “의무교육이 아닌 중등교육에 관한 교육재정과 재정조달목적의 부담금을 징수할 수 있다고 하더라도 주택건설촉진법상의 수분양자들의 구체적 사정을 거의 고려하지 않은 채 수분양자 모두를 일괄적으로 동일한 의무집단에 포함시켜 동일한 학교용지 부담금을 부과하는 것은 합리적 근거가 없는 차별”이라고 밝혔다. 학교용지부담금제도는 지난 95년 도입된 이후 2001년부터 전국 지방자치단체들이 조례로 정하면서 부과되기 시작해 지난해 6월까지 모두 3천3백70억원을 거둬 학교용지 구입액으로 2천4백31억여원을 사용했다. 하지만 위헌논란과 함께 납부 거부 등 조세저항이 거세자 정부는 지난 3월24일 특례법을 개정, 부담금 부가대상을 1백세대 규모 이상으로 낮추고 부과대상자도 수분양자에서 개발사업자로 바꾸었다. 그러나 헌재의 이번 위헌결정 취지에 따르면 개정된 특례법 역시 위헌일 가능성이 높다. 이번 결정에 따라 이 사건 제청신청인들과 현재 행정소송을 제기해 법원에 계류 중인 사람들, 학교용지 부담금 고지서를 받은 날로부터 90일이내에 이의신청을 한 사람들은 부담금을 납부했더라도 환급받을 수 있게 됐다. 하지만 헌재 위헌 결정에 형벌법규를 제외하고는 소급효가 인정되지 않아 이의신청없이 부담금을 이미 납부한 사람들은 위헌결정에도 불구하고 부담금을 환급받을 수 없어 형평성 시비가 일 것으로 보인다. 지난 99년 택지초과부담금 위헌결정 때도 6만여 납세자가 이의신청 등 불복절차를 밟지 않아 1조4백여억원을 돌려받지 못해 형평성 논란이 제기됐었다.