2년 이상 거주하지 않아 비과세요건을 충족하지 못했더라도 출퇴근 편의를 위해 주택을 양도했다면 양도소득세를 부과할 수 없다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정3단독 조민석 판사는 25일 변호사 A씨가 반포세무서장을 상대로 제기한 양도소득세부과처분취소 소송(2010구단28109)에서 원고승소 판결했다. 재판부는 판결문에서 "양도한 아파트에서 새로운 직장까지 거리가 43.5㎞로 자동차로 1시간4분이 소요되고 대중교통으로 1시간33분이 소요되며, 새로운 거주지에서 새로운 직장까지는 거리가 6.2㎞로 자동차로 21분이 소요되고 대중교통으로는 32분이 소요되는 사실이 인정 된다"며 "이를 비교하면 출퇴근의 편의를 위해 거주지를 옮길 필요성이 충분히 인정돼 '구 소득세법시행령' 제154조1항단서 제3호에서 규정한 '근무상의 형편'으로 아파트를 양도한 경우에 해당한다"고 판단했다. 구 소득세법 제154조1항은 1세대 1주택의 양도소득세 비과세 요건으로 해당 주택을 3년 이상 보유하고 그 보유 기간 중 2년 이상 거주해야 한다고 규정하고 있지만 같은 항 제3호에서는 근무상의 형편으로 양도하는 경우에는 1년 이상 거주했다면 양도소득세를 비과세 하도록 규정하고 있다. A씨는 2005년7월 고양시 소재 아파트를 구입해 소유권이전등기를 마치고 2007년2월부터 인천지검 검사로 근무하면서 해당 아파트에서 거주했다. 이후 A씨는 검사직을 그만두고 서울 삼성역 인근 법무법인에서 근무하게 되자 기존 아파트를 매각했다.

아파트 공사가 예정돼 있다는 사정만으로는 토지성질에 큰 변화가 있는 것으로 볼 수 없는 만큼 종전의 개별공시지가를 적용해 양도소득세를 부과해야 한다는 판결이 나왔다. 이번 사건은 1필지 토지 일부를 매각해 과세관청에서 매각부분에 대해 새로이 공시지가를 정한 결과, 분할매각된 부분에 아파트 건설사업이 추진중이라는 이유로 토지전부를 매각한 경우보다도 양도소득세가 더 부과돼 문제가 됐던 사건이다. 분할 후 양도한 토지가 임야인 잔여토지와 달리 형질에 크게 변화가 생겨 새로 감정가를 산정해야 하는 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당하는지 여부가 쟁점이 됐다. 특히 법원은 이번 판결에서 분할된 토지가 개별공시지가 없는 토지에 해당하기 위해서는 토지의 형질이 변경돼 분할 전 토지의 공시지가를 가액으로 도저히 볼 수 없는 특수한 사정이 있는 예외적인 경우에 한한다고 엄격한 기준을 제시했다. 서울고법 행정7부(재판장 이성보 부장판사)는 지난달 23일 신모씨 등 2명이 “토지가 분할되더라도 종전과 같은 공시지가를 적용해 양도소득세를 부과해야 한다”며 노원세무서장과 동대문세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송 항소심(2008누3953)에서 1심을 취소하고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “문제된 토지가 아파트 건립용으로 사용될 것을 전제로 양도되고 또 아파트건설사업을 ‘신청’한 것으로는 볼 수 있으나, 이런 사정만으로는 토지특성에 큰 변화가 생긴 것으로 볼 수 없다”며 “아파트 공사가 예정돼 있고 공사절차가 준비중이라는 사정만으로는 토지의 특성이 달라졌다고 볼 수 없고 아파트건설사업신청이 아닌 건설사업계획이 ‘승인’된 시점이 돼서야 비로소 토지의 특성이 달라졌다고 봐야한다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “토지의 분할 당시 분할 전의 토지에 관해 개별공시지가가 고시돼 있었다면 분할된 토지의 기준시가를 평가할 때 ‘같은’ 개별공시지가를 적용할 수 있는 것이 원칙이다”라며 “다만 토지의 분할로 인해 개별공시지가 산정의 기초자료가 되는 토지특성이 달라져서 분할 전 토지의 개별공시지가를 분할 후 토지의 지가로 보는 것이 불합리하다고 볼 특별한 사정이 있는 경우에는 새로 감정가를 산정해야 하는 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당한다”고 덧붙였다. 지난 96년 제천시의 땅 7만1,000㎡를 상속한 원고들은 지난 2004년 토지 중 일부의 위치를 특정해 2개의 주식회사에 44억원에 매도했다. 매도후 원고들은 분할 전 토지의 개별공시지가를 기준으로 양도소득세를 신고해 약 5,000여만원을 납부했으나 과세관청은 토지에 아파트건설사업이 추진중이어서 새로 감정가를 산정해야 하는 ‘개별공시지가가 없는 토지’에 해당한다고 봐 원고들에게 총 2억2,000여만원의 양도소득세를 부과했다. 원고들은 이에 불복해 소송을 냈고 1심에서는 패소했다.

아파트 분양권끼리 맞바꾼 경우에도 비슷한 분양권 거래사례를 참고해 양도소득세를 부과해야 한다는 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2단독 崔恩培 판사는 4일 안모씨와 조카 이모씨가 아파트 분양권을 맞바꾼 뒤 "분양권에 별도 프리미엄을 붙여 팔지 않았는데 양도소득세를 부과한 것은 부당하다"며 각각 중부세무서와 금천세무서를 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(2003구단5566)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "두 사람이 분양권을 맞바꾸면서 분양권 가격을 감정하는 등 객관적 가치를 산정하지 않아 실거래가액을 확인할 수는 없으나 유사 거래사례를 보면 단지 서로 분양권 취득가 차액만 정산했다고 믿기 어렵다"며 "비슷한 시기의 같은 평형 아파트 거래사례에 따라 양도소득세를 부과한 피고의 처분은 적법하다"고 밝혔다. 안씨는 지난 2001년10월 자신이 소유한 서울이촌동 한강변의 54평형 아파트 분양권과 조카 이씨가 소유한 서울방학동 49평형 아파트 분양권을 1억5천5백만원을 더 받는 조건으로 맞바꿨으나 관할세무서가 양도소득세를 부과하자 '분양권 취득가액의 차액만큼 서로 정산한 것 뿐이라 별도의 양도차익이 없다'며 소송을 냈었다.

임대주택도 주거용 주택에 해당, 주택임대사업자가 거주하는 주택을 양도할 경우 '1가구 1주택 양도'로 볼 수 없다는 판결이 나왔다. 서울고법 특별7부(재판장 吳世彬 부장판사)는 2일 주택임대사업자 정모씨(53)가 "임대용 주택을 거주용 주택으로 봐 양도소득세를 부과한 것은 부당하다"며 동작세무서장을 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송 항소심(2003누16862)에서 원고항소를 기각하는 한편 구소득세법(2002년12월 개정되기 전 법률) 제89조 제3호에 대해 낸 위헌제청신청(2004아96)도 "이유없다"고 기각했다. 재판부는 판결문에서 "1세대가 2개 이상의 주택을 소유하고 있는 경우, 주거용으로 사용하는 1개 주택을 제외한 나머지 주택을 모두 임대용으로 사용하고 있다고 해도 나머지 주택들은 소유자의 주거용으로 전환할 수 있는 것이어서 주거용으로 사용하는 1개 주택의 양도에 대해 양도소득세를 과세하더라도 주거생활의 안정이나 거주이전의 자유를 해치지 않는다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "모든 임대사업자의 임대용 주택을 소유주택에서 제외할 경우 임대주택이 부동산투기에 이용될 가능성 또한 적지 않다"며 "임대사업자의 임대주택에도 양도소득세를 과세할 필요가 있다고 할 수 있고 그로 인해 헌법상 평등의 원칙이나 행복추구권, 직업선택의 자유에 반한다고도 할 수 없다"고 덧붙였다. 정씨는 지난 2001년7월 안양시에 있는 아파트를 양도하면서 양도소득세 2천여만원을 납부했다가 다음해 이 주택이 '1가구 1주택'에 해당돼 비과세 대상이라며 납부한 세금을 돌려달라고 주장했지만 세무서가 "임대용 주택을 포함, 1가구 3주택"이라며 환급을 거부하자 소송을 내 1심에서 패소했었다.

투기과열지구안의 민영아파트를 분양받기 위해 매입한 제2종국민주택채권을 사채업자에게 싸게 팔았다면 그 손실액 역시 분양권 취득의 필요경비로 봐야한다는 법원의 판결이 나왔다. 이번 판결이 확정될 경우 채권입찰제로 불가피하게 국민주택채권을 매입했다 사채업자 등에 할인매각하고도 이를 필요경비로 인정하지 못해 양도소득세를 납부했던 사람들의 환급청구가 잇따를 것으로 보인다. 서울행정법원 행정1단독 金官重 판사는 15일 박모씨(46)가 성동세무서를 상대로 낸 양도소득세부과처분취소 청구소송(2003구단5320)에서 “원고에게 부과된 8백여만원의 양도소득세를 취소한다”고 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “채권입찰제 적용 아파트를 분양받기 위해 매입한 국민주택채권 비용은 아파트 취득을 위한 필수비용”이라며 “국민주택채권을 증권사에 팔아야 그 손실을 필요경비로 인정한 소득세법 시행령과 규칙은 위법하다”고 밝히고 “상환기간이 20년이나 돼 금리변동 등에 따른 불확실한 수익성으로 제2종국민주택채권을 매입하는 것을 증권사가 기피해 팔기도 어렵고 실제로 1996년 발행된 국민주택채권 4백74억원 가운데 증권사 매입액은 379만원에 불과한 현실에서 제2종 국민주택채권 매입자가 이를 할인하고자 하는 경우 개인 채권매매업자에게 매도할 수 밖에 없음에도 증권사에 양도한 경우만 그 매각차손을 필요경비로 인정한 규정은 납세의무자에게 실현하기 극히 어려운 사항을 요구하는 것으로 입법적 정당성을 보장할 수 없는 것”이라고 설명했다. 재판부는 "피고는 국민주택채권을 사채업자에게 매각한 경우까지 인정하면 과세관청이 매각금액을 확인하기 어렵다고 하지만 이는 과세관청 편의에 치우친 것이고 확인이 어렵다면 증권회사의 평균할인률을 적용해 계산하면 된다"고 판시했다. 박씨는 96년12월 채권입찰제인 서울봉천동 아파트를 1억6천여만원에 분양받으며 8천6백여만원 상당의 제2종국민주택채권을 샀다가 곧바로 사채업자에게 3천4백여만원으로 할인해 팔아 5천2백만원의 손실을 입었지만 증권사에 팔지 않았다는 이유로 세무서가 손실액을 필요경비로 인정하지 않고 양도소득세를 부과하자 소송을 냈었다.