과세당국의 종합부동산세 부과 처분은 정당하다는 법원 첫 판결이 나왔다. 서울행정법원 행정2부(재판장 신명희 부장판사)는 14일 A씨와 B씨가 서울 삼성세무서장과 반포세무서장을 상대로 낸 종합부동산세 등 부과처분 취소소송(2021구합58707)에서 원고패소 판결했다. 재판부는 종부세 부과 처분의 근거가 된 법률 조항에 대해 위헌법률심판을 제청해달라는 신청도 기각했다. 재판부는 "주택은 우리나라 국민들이 보유하는 자산 가운데 차지하는 비중이 높은 점, 단순한 투자자산이 아니라 주거의 안정과도 밀접한 관련이 있는 자산인 점 등 특수성이 있다"며 "(따라서) 필연적으로 급변하는 상황의 변화에 따라 다양한 방식으로 행정수요에 적절히 대처할 필요성이 요구되고, 규율대상이나 방법 또한 지극히 다양하거나 수시로 변화될 수 있는 성질을 가지고 있어 명확성의 요건 또한 상당부분 완화해 규정하는 것이 오히려 바람직하다"고 밝혔다. 이어 "종부세는 부동산 보유에 대한 과세를 강화함으로써 조세부담의 형평성을 제고하고, 부동산 가격을 안정시키려는 데에 주된 정책적 목표가 있다"며 "징수하는 세액을 지방자치단체에 교부해 지방재정의 균형발전과 국민경제의 건전한 발전에 이바지하고자 하는 것으로서, 이러한 입법목적은 정당하다"고 설명했다. 또 "공시가격을 기준으로 과세기준금액을 초과하는 분에 대해 누진세율에 의해 과세하도록 한 것은 입법재량의 범위 내에서 부동산의 가격안정과 담세능력에 상응한 과세를 도모하기 위한 것"이라며 "납세의무자들을 합리적인 이유 없이 차별대우하는 것이라고 할 수 없고 응능부담의 원칙에 위배된다고 보기 어렵다"고 했다. 그러면서 "토지의 경우 원칙적으로 생산이나 대체가 불가능해 공급이 제한돼 있고, 일반 국민의 토지나 주택에 대한 의존도 또한 다른 재산권의 대상에 비해 현저하게 크다"며 "토지와 주택을 다른 재산권과 달리 취급해 종부세를 부과한다고 해도 합리성이 없다고 할 수 없으므로, 이를 두고 평등원칙에 반한다고 볼 수 없다"고 판시했다. 서울 강남구와 서초구에 아파트를 소유한 A씨와 B씨는 세무서로부터 각각 200여만원과 1000여만원의 종부세를 부과받았다. 이에 조세심판을 청구했으나 기각되자 지난해 3월 소송을 냈다. 이들은 공시가격과 공정시장가액비율에 의해 종부세가 산정되는 것이 국회에서 제정한 법률에 따라 과세 조건을 규정하도록 한 조세법률주의에 어긋난다고 주장했다. 또 재산세·양도소득세와 동일한 대상에 대해 종부세를 부과하는 것은 이중과세이고, 부동산을 보유한 자와 다른 자산을 보유한 자를 이유 없이 차별하는 처분이라고 반발했지만, 재판부는 받아들이지 않았다. 종부세 부과에 불복해 일반 납세자와 시민단체, 법인 등이 소송을 낸 경우는 많지만 법원의 판결이 나온 것은 이번이 처음이다.

서울 강남구 역삼동의 빌딩 스타타워를 매각해 거액의 양도차익을 남긴 론스타펀드Ⅲ가 16억여원의 세금을 물게 됐다. 대법원 행정3부(주심 신영철 대법관)는 23일 론스타펀드Ⅲ의 버뮤다 법인 허드코 파트너스 코리아가 역삼세무서를 상대로 제기한 법인세부과처분 취소소송 상고심(2011두3951)에서 원고승소 판결을 내린 원심을 깨로 사건을 서울고법으로 돌려보냈다고 밝혔다. 재판부는 판결문에서 "구 법인세법은 외국법인의 국내 원천 양도소득에 관해 거주자의 경우와 같이 양도소득 중 부동산 양도소득이나 그와 같은 성격의 소득으로 차별적으로 높은 세율을 적용할 필요가 있는 부분을 별도로 규정했다"며 "이러한 고유 입법 목적을 반영하기 위해 구 소득세법 시행령 규정에 따르지 않고 독자적으로 자신의 시행령 규정에 과세요건을 위임한 것으로 봐야 한다"고 밝혔다. 재판부는 "원심이 이 사건 양도소득 중 허드코사의 귀속분이 구 소득세법 요건을 모두 충족하지 못해 법인세법상 소득에 해당하지 않는다고 판단한 것은 법인세법과 시행령에 관한 법리를 오해한 잘못이 있다"고 판단했다. 론스타펀드Ⅲ는 강남구 역삼동의 스타타워 빌딩을 사들인 후 되팔아 2450억원의 양도차익을 얻었고, 역삼세무서는 2005년 허드코가 스타타워 지분 2%를 보유한 것을 근거로 16억7500여만원의 세금을 부과했다. 1심 재판부는 자산 비율 요건만 충족하면 법인세를 부과할 수 있다고 보고 원고패소 판결을 내렸으나, 2심은 주식소유비율 50%와 주식양도비율 50%를 과세요건으로 규정한 구 소득세법 시행령을 근거로 원고승소판결을 내렸다.

주택재개발사업시 따로 분양신청을 하지 않은 현금수용보상자에게도 주거이전비를 지급해야한다는 판결이 나왔다. 재개발 분양신청을 한 개발참가자의 경우 도시정비법에서 공익사업법상의 보상규정을 준용하도록 하는 규정이 있으나, 현금수용보상을 받고 분양신청을 하지 않은 경우에는 명시적인 준용규정이 없어 문제가 돼왔다. 부산지법 행정1부(재판장 고규정 부장판사)는 2일 부산 A구 주택재개발사업에 편입된 건물소유자 박모씨가 B재개발정비사업조합을 상대로 낸 주거이전비등 청구소송(☞2011구합915)에서 "B조합은 박씨에게 주거이전비 510만원과 이주정착금 500만원, 이사비 보상액 50여만원 등 총 1,060여만원을 지급하라"며 원고 일부승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "공익사업법시행규칙 제55조2항은 '공익사업시행지구에 편입되는 주거용 건축물의 거주자에 대해 이사비를 보상한다'고 규정함으로써, 협의취득과 수용을 구별하지 않고 공익사업시행지구에 편입되는 건축물에 거주하는 소유자에게 이주정착금을, 소유자와 세입자 모두에게 주거이전비와 이사비를 지급하도록 하고 있다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "공익사업법이 협의취득과 수용을 구별하지 않고 이주정착금, 주거이전비와 이사비를 지급하는 제도의 취지는 자신의 의사와 상관없이 생활근거지를 떠나게 된 이주자들로 하여금 수용이 없던 것과 같은 상태로 생활이 돌아갈 수 있도록 지원하고자 함에 있다"며 "이러한 제도의 취지에 비춰볼 때 공권력에 의한 주택재개발사업으로 인해 생활근거지를 떠나 이주하게된 건축물소유자가 공익사업법상 협의취득과 유사한 현금청산을 했다는 사유만으로 수용된 건축물소유자 또는 공익사업법상 건축물소유자와 달리 취급될 이유가 없다"고 설명했다. 박씨는 2006년 사업시행인가된 주택재개발사업구역의 주거용 건물소유자로, B조합 조합원이었다가 분양신청을 하지 않아 조합원지위를 상실, 현금청산대상이 됐고 2007년2월 B조합에 건물을 매도했다. 박씨는 B조합에 주거이전비 등을 청구했으나 B조합이 지급하지 않자 "주거이전비 1,600여만원을 달라"며 소송을 제기했다. 한편 지난 4월 서울고법에서도 서울 동대문구 주택재개발에서 소유건물을 매도한 현금청산자에게 같은 취지로 주거이전비 등을 지급하라는 판결을 내린 바 있다.

회원제 골프장의 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 보고 세금을 부과한 것은 정당하다는 판결이 나왔다. 부산지법 행정1부(재판장 고규정 부장판사)는 4일 골프장을 운영하는 A사가 "골프장 내 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 분류해 과세한 것은 부당하다"며 양산세무서를 상대로 낸 종합부동산세등 취소소송(☞2008구합1055)에서 원고패소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 "대중골프장과 다른 차별화를 시도해 개방형이 아닌 폐쇄형으로 운영되면서 체육기회 제공 외에 재산으로 인식되고 있는 회원제 골프장의 특성과 원형보전임야는 골프장과 임야를 차단하는 역할을 하고 있어 일반인이 아닌 골프장 이용자만이 접근할 수 있는 점 등을 고려하면 수익이 창출되는 운동시설용 토지 등과 동일하고 골프장사업과 무관한 '골프장에 연접한 단순임야'와는 본질적으로 다르다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "골프장의 원형보전임야에 대한 종합부동산세의 부담이 크지만, 경제적 부담을 감수하더라도 골프장을 취득해 사업을 운영할 것인가는 경제적 선택의 문제이지 골프장업의 운영을 법률적으로나 사실상으로 금지하는 것은 아니다"라고 설명했다. A사는 경남 양산시에서 회원제 골프장을 운영해왔다. 2006년12월 A사는 골프장 내 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 분류해 종합부동산세 4억5,400여만원과 농어촌특별세 9,100여만원을 납부했다. 2007년6월 A사는 원형보전임야를 종합합산과세대상으로 분류한 종합부동산세법과 구 지방세법은 조세평등의 원칙과 직업선택의 자유를 침해하는 위헌적인 규정이라며 세금을 환급해달라고 세무서에 청구했으나 거부당하자 소송을 제기했다.

부동산을 명의신탁할 경우 과징금이 면제되는 법률혼 부부와 달리 사실혼 부부에게는 과징금을 부과하게 한 법조항은 합헌이라는 헌재결정이 나왔다. 헌법재판소는 신모씨가 사실혼관계의 배우자에게 자신 소유의 아파트를 명의신탁해 이후 구청으로부터 과징금을 부과받자 "법률혼 부부와 달리 사실혼 부부에게만 명의신탁에 따른 과징금을 부과하게 한 것은 차별"이라며 낸 헌법소원(2009헌바400)을 재판관 8명의 의견으로 기각했다. 헌재는 결정문에서 "사실혼 배우자 사이에서도 특례를 인정한다면 공부상으로나 외관상으로 쉽게 확인이 안되는 사실혼관계를 가장해 명의신탁을 행하는 탈법행위를 막기 어려우므로 특례대상을 법률혼관계의 부부 사이의 명의신탁에 한정해야 할 필요가 크다"고 밝혔다. 헌재는 이어 "자발적으로 사실혼을 선택한 당사자는 법적구속을 받지 않으려는 스스로의 적극적인 의사에 따라 국가의 개입을 거부하는 것이므로 명의신탁을 금지하는 규정을 위반한 결과 부과되는 공적 규제로 인한 불이익을 감수하는 것이 불합리하다고 보기는 어렵다"고 설명했다. 헌재는 또 "고용보험법 등 각종 사회보장법에서 사실혼 배우자를 배우자로 인정해 일정 범위 안에서 법률혼에 준해 보호하고 있지만 이것은 사실혼관계의 부부 중 일방이 사망한 경우 잔존 배우자의 경제적 안정을 도모하기 위한 것에 불과할 뿐이고 공법관계에서는 획일성이 요청되므로 사실혼과 법률혼을 동일하게 취급할 수 없다"고 덧붙였다. 신씨는 최모씨와 사실혼부부로 살던 중 서울 성북구 소재 아파트를 최씨 명의로 소유권이전등기를 마쳤다. 이후 사실혼관계가 파탄나자 신씨는 최씨에게 명의신탁해준 아파트의 소유권을 돌려달라는 소송을 제기했다. 신씨는 재판을 해 아파트 지분 1/2에 대해서는 소유권을 돌려받았다. 판결이 확정된 후 구청은 아파트 지분의 1/2을 최씨에게 명의신탁했다는 이유로 신씨에게 과징금 1,280만원을 청구했다. 그러자 신씨는 과징금부과처분취소소송을 제기하고 법원에 해당 법률에 대해 위헌법률심판제청을 신청했다 기각당하자 헌법소원을 냈다. 현행 '부동산 실권리자명의 등기에 관한 법률' 제8조2호는 배우자 명의로 부동산에 관한 물권을 등기한 경우에는 벌칙 등의 조항을 적용하지 않는다고 규정하고 있다.

종중의 재산분배에 관한 총회결의가 불공정해 무효가 된 경우 차별받은 종중원은 총회의 새로운 결의가 없는 한 곧바로 분배금 지급을 청구할 수 없다는 대법원판결이 나왔다. 이는 종중의 토지매각대금 분배에 관한 총회결의가 무효로 판단되더라도 법원은 합리적이라고 판단되는 분배를 직접 명해서는 안 된다는 취지다. 대법원 민사3부(주심 신영철 대법관)는 유모씨 등 12명이 종중회를 상대로 낸 보상금 청구소송 상고심(☞2007다42310)에서 원고 일부승소한 원심을 깨고 사건을 최근 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "종토를 특정인에게 명의신탁했다는 이유만으로 직계손에게 방계손보다 2배 이상 더 분배하거나 해외이민자라는 이유만으로 재산분배대상에서 배제하는 것은 종원의 본질적 권리를 부당하게 침해하는 것으로 그 분배결의는 무효"라고 밝혔다. 재판부는 이어 "종중 토지매각대금의 분배에 관한 총회결의가 무효인 경우, 종원은 무효확인 등을 소구해 승소한 후 새로운 종중총회에서 공정한 내용으로 다시 결의하도록 함으로써 권리를 구제받을 수 있을 뿐이고 새로운 종중총회의 결의도 거치지 않은 채 종전 결의가 무효라는 사정만으로 곧바로 종중을 상대로 분배금지급청구를 할 수는 없다"고 설명했다. 따라서 재판부는 "원심이 종중 토지매각대금 분배에 관한 총회결의가 무효인 경우에도 종원이 바로 종중에게 재산분배를 청구할 수 있다고 전제하고 원고들의 청구를 일부인용한 것은 위법하다"고 판단했다.

법원이 재개발 지역에서 임차인의 토지·건물 사용·수익권을 제한한 '도시 및 주거환경 정비법(도시정비법)' 조항이 기본권을 침해한다며 헌법재판소에 위헌법률심판을 제청했다. 서울서부지법 민사12부(재판장 김천수 부장판사)는 23일 서울 용산구 한강로 2가 일대 임차인 14명이 낸 도시정비법 제49조6항에 대한 위헌법률심판 제청신청을 받아들였다(2009카기195). 이 조항은 정비사업 관리처분계획 인가시 해당 지역 토지, 건물의 소유자와 전세권자, 임차인 등의 사용·수익권이 정지되는 것으로 규정하고 있어 강제철거의 근거가 되는등 부작용이 많았다. 재판부는 결정문에서 "재개발 지역내 분양대상자의 상가임차인 등은 이 조항에 의해 임차권이 박탈되는 효력이 발생하나 도시정비법은 이와 관련한 보상에 대해 아무런 규정을 두고 있지 않다"며 "이는 헌법 제23조3항이 규정하고 있는 '공공필요에 의한 재산권의 수용·사용 또는 제한 및 그에 대한 보상은 법률로써 하되, 정당한 보상을 지급해야 한다'는 원칙을 위반한 '보상규정 없는 공용수용'으로서 헌법에 위반된다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "구역내 청산대상자나 임차인의 경우 수용절차가 예정돼 있어 권리구제를 꾀할 수 있으나, 분양대상자의 상가임차인 등의 경우는 수용절차가 예정돼 있지 않아 이 조항이 재산권 박탈의 유일한 근거조항이 된다"며 "이는 기본권 제한에 있어 정당한 권리구제방안이 확보되고 청문의 기회가 부여돼야 한다는 적법절차의 원칙에도 위반된다"고 설명했다. 또 "도시개발법에서는 종전 토지에 대한 사용·수익 제한효과가 모든 임차인에게 동일하게 적용되는데 반해 도시정비법은 분양대상자의 등기임차인 등에게만 권리의 존속을 인정하고 있다"며 "이는 임차인을 합리적인 이유없이 차별하는 조항으로 헌법 제11조 평등원칙에 위반된다"고 결정했다.

부동산을 15년 이상 보유한 ‘비거주자’에게도 45%의 장기보유특별공제를 적용해야 한다는 판결이 나왔다. 이는 1세대1주택 ‘거주자’에게만 45% 공제를 인정해 온 과세관청의 관행에 제동을 건 판결이어서 상급심의 판단이 주목된다. 서울행정법원 행정5단독 전대규 판사는 지난 9일 장모(55)씨가 “보유기간 15년 이상인 비거주자에게도 장기보유특별공제율 45%가 적용되므로 초과납부한 양도세를 환급해달라”며 반포세무서장을 상대로 낸 경정청구거부처분취소소송(2008구단14695)에서 “구 소득세법 제95조 2항 제3호 단서의 장기보유특별공제는 비거주자에게도 적용된다”며 원고승소 판결을 내렸다. 재판부는 판결문에서 “비과세나 감면 등과 달리 장기보유특별공제는 그 성격상 물가상승에 대한 공제의 의미가 강하므로 거주자나 비거주자를 특별히 차별해 적용할 여지가 없다”고 밝혔다. 재판부는 이어 “중과세율을 규정하고 있는 구 소득세법 제104조 1항 등도 ‘1세대’라는 용어를 사용함에도 불구하고 중과세율은 거주자는 물론 비거주자에게도 적용된다는 것이 일반적인 해석이자 실무”라며 “1세대를 거주자에 한정된 개념으로 보면 부동산 투기수요 억제목적의 중과세율이 비거주자에게 적용되지 않게돼 입법목적에 반한다”고 설명했다. 재판부는 또 “장기보유특별공제를 규정한 구 소득세법 제95조2항 제1, 2호 및 제3호 본문은 거주자와 비거주자에게 모두 적용되는데, 제3호 단서만 비거주자에게 적용되지 않는다는 합리적인 이유가 없다”고 덧붙였다. 장씨는 1986년6월에 구입한 서초구 소재 아파트를 2007년4월에 양도하면서 장기보유특별공제 30%를 적용해 1억6,500여만원의 양도소득세예정신고를 했다. 그러나 곧이어 장씨는 “부동산 보유기간이 15년 이상이므로 구 소득세법 제95조 2항 제3호 단서에 따라 장기보유특별공제율을 45%로 적용해 양도소득세 3,700여만원을 환급해 달라”며 경정청구를 했다. 하지만 같은 해 8월 반포세무서가 “단서 규정은 거주자인 경우에만 적용된다”며 거부처분을하자 지난해 10월 소송을 냈다.

종합부동산세법 중 세대별 합산조항은 위헌이라는 헌재 결정이 나왔다. 헌법재판소는 또 1주택 장기보유자 등에 대해 예외를 두지 않고 있는 주택분 종합부동산세의 부과규정에 대해서는 헌법불합치 결정을 내렸다. 그러나 종부세법 자체에 대해서는 합헌으로 판단했다. 헌법재판소 전원재판부는 13일 강남구 주민 등이 낸 헌법소원사건과 올 4월 서울행정법원이 종부세의 세대별 합산조항에 대해 위헌제청한 사건(2006헌바112, 2008헌가12 등) 등에 대해 세대별 합산조항은 재판관 7(위헌):2(합헌)으로 위헌, 주거 목적 1주택 장기보유자 등에도 종부세를 부과하는 조항에 대해서는 6(헌법불합치):1(일부 헌법불합치):2(합헌)의 의견으로 헌법불합치 결정을 내렸다. 재판부는 다만 토지분 종합부동산세의 부과규정과 종부세를 국세로 정한 규정에 대해서는 재판관 전원의 일치된 의견으로 합헌결정을 내렸다. 재판부는 "세대별 합산규정은 조세회피를 방지하고자 하는 것으로 그 입법목적의 정당성은 수긍할 수 있다"면서도 "가족간의 증여를 통해 재산의 소유 형태를 형성했다고 해서 모두 조세회피의 의도가 있었다고 단정할 수 없고, 우리 민법은 부부별산제를 채택하고 있어 배우자를 제외한 가족의 재산까지 공유로 추정할 근거규정이 없으며, 공유재산이라고 해서 세대별로 합산해 과세할 당위성도 없는 점 등을 볼 때 적절한 차별취급이라고 할 수 없다"고 밝혔다. 재판부는 이어 "주택분 종합부동산세의 납세의무자와 과세표준, 세율 및 세액을 규정하고 있는 종부세법 규정은 적어도 주거 목적으로 한 채의 주택만을 보유하고 있는 자, 그 중에서도 특히 일정 기간 이상 이를 보유하거나 또는 그 보유기간이 이에 미치지 않는다 하더라도 과세 대상 주택 이외에 별다른 재산이나 수입이 없어 조세지불 능력이 낮거나 사실상 거의 없는 자 등에 대해서 과세 예외조항이나 조정장치를 둬야 한다"며 "이와 같은 주택 보유의 정황을 고려하지 않은 채 다른 일반 주택 보유자와 동일하게 취급해 일률적 또는 무차별적으로, 그것도 재산세에 비해 상대적으로 고율인 누진세율을 적용해 다액의 종부세를 부과하는 것은 입법목적의 달성에 필요한 정책수단의 범위를 넘어 과도하게 주택보유자의 재산권을 제한하는 것으로서 피해의 최소성 및 법익 균형성의 원칙에 어긋난다"고 덧붙였다. 이에 대해 목영준 재판관은 "납세의무자의 주관적 요소에 따라 납세의무자 여부와 적용세율을 달리하는 것은 재산세의 성격에 비추어 타당하지 않다"면서도 "과세표준을 시가에 근접한 공시가격을 기준으로 정하면서도 과세표준의 상승폭 제한 또는 물가상승에 따른 보유공제 등 과세표준에 대한 조정장치를 마련하지 않은 것은 헌법상 과잉금지 원칙에 위반해 주택장기보유자의 재산권을 침해한 것"이라고 일부 헌법불합치 의견을 냈다. 반면 조대현 재판관은 "1주택의 경우에 일률적으로 과세하는 것이 헌법에 위반된다고 볼 수 없고, 세대별 합산과세제도는 세대원들의 소유명의 분산을 통한 조세회피행위를 방지해 종부세 부담의 실질적 공평을 도모하려는 것이므로 합헌"이라고 합헌의견을 밝혔다. 김종대 재판관도 "주택은 그 소유권이야 개인별로 귀속되겠지만 그 사용은 세대를 이루어 사는 가족들의 공동주거로 쓰이는 특수성이 있다"며 "과세단위에 관한 논리상의 결함도 없고, 1주택 보유자에 대한 과세예외조항에 관해서도 입법재량의 한계를 일탈했다고 보기 어렵다"고 합헌의견을 밝혔다. 2005년 1월1일 국회를 통과한 종부세법과 관련해 헌재에는 2006년 12월 접수된 헌법소원과 올해 4월 서울행정법원이 제청한 위헌법률심판 등 모두 7건의 사건이 계류돼 있었다.

종합부동산세 부과를 둘러싼 논란이 헌법재판소에서 불붙었다. 헌법재판소 전원재판부는 18일 강남구 주민 등이 낸 헌법소원사건과 서울행정법원이 세대별 합산조항에 대해 위헌제청한 사건 등 7건의 종부세사건(2006헌바112, 2008헌가12 등)에 대해 공개변론을 열었다. 이날 변론에는 청구인측 대리를 맡은 민한홍·전정구 변호사와 이전오 성균관대 교수가 참고인으로 나왔으며, 국세청 등 정부측을 대리하고 있는 서규영·이선희·손호철 변호사와 안경봉 국민대 교수가 참고인으로 나와 찬반양론을 펼쳤다. 부동산 투기억제 등을 위한 종합부동산세는 2005년 공시가격 9억원 초과주택, 공시지가 6억원 초과 나대지 등에 부과하도록 제정돼 시행됐다. 2006년부터는 부과대상이 확대되고 과세방법도 개인별 합산에서 가구별로 합산하도록 개정됐다. 그러자 청구인들은 종합부동산세 부과는 재산권 침해라고 주장하며 헌법소원을 제기했고, 정부측은 부동산가격을 안정시키기 위한 합법적인 세제라고 맞서고 있다. 이날 가장 큰 쟁점은 세대별 합산조항과 종부세가 미실현 이득에 대한 이중과세인지 등의 여부다. 또 투기와 관계 없는 1가구 1주택 장기보유자에 대해서도 똑같이 종부세를 부과하는 것의 정당성에 대해서도 양측이 격돌했다. 부동산에 대한 세금은 국세가 아닌 지방세로 해야한다는 주장과 이는 단지 입법정책에 따라 판단해야 한다는 반론도 이어졌다. 청구인측 전정구 변호사는 모두변론을 통해 “종부세는 미실현이득에 대한 과세, 이중과세 금지원칙 위반 등 헌법상의 재산권보호를 위반한 것”이라고 주장했다. 민한홍 변호사는 “종부세를 1년에 3,000만원을 내야한다고 하면 한달에 월세 250만원을 내는 것과 마찬가지”라며 “국민들에게 국가의 재산에 세들어 살게한다는 비참한 마음을 가지게 한다”는 다소 독특한 주장을 내놓기도 했다. 이에 대해 정부측 대리를 맡은 정부법무공단의 서규영 변호사는 “종부세는 토지의 공공재적인 성격을 강화해 보유세를 현실화한 것에 불과하다”며 “종부세는 고가주택 보유자에게 부과되는 세금이므로 인간다운 생활을 할 권리를 침해했다고 보기 어렵다”고 덧붙였다. 세대별 합산조항에 대한 논의도 뜨거운 쟁점으로 떠올랐다. 이전오 성균관대 교수는 “2002년 헌재에서는 자산소득의 부부합산과세에 대해 위헌결정을 내린 바 있었고 이번 세대별 합산도 그 연장선상에서 봐야한다”며 “조세회피는 과징금이나 증여세 등 다른 방침으로도 얼마든지 막을 수 있다”고 강조했다. 반면 서 변호사는 “종부세법 제정 당시 세대 구성원간 증여사례가 눈에 띄게 증가해 2006년도에 세대별 합산과세를 도입한 것”이라며 “혼인한 자에 대해 사회관념에 위배되지 않는 합리적인 차별은 인정될 수 있고 세대별 합산은 자산분배를 통한 조세회피방지에 실효적인 방안”이라고 강조했다. 1가구 1주택 장기보유자에 대한 형평성 문제도 거론됐다. 청구인측 민 변호사는 “종부세는 1가구 1주택자, 특히 다른 재산이 없는 노년층 및 장기 보유자 등에 대해서도 세금을 부과하고 있다”며 “주택은 인간생활을 위한 필수품이고 이를 가지고 있는 1가구 1주택자를 투기자로 볼 수 없고 이는 헌법이 정한 구체적 평등에 어긋난다”고 밝혔다. 서 변호사는 “종합부동산세 제도라고 하는 전체 시스템을 놓고 봤을 때 1가구 1주택에 대한 특별한 보호는 입법목적달성에 지장이 생길 수 있다”며 “또 1가구 1주택 보호 필요성 있다고 해서 30~40억 하는 주택 소유자에게도 특별한 보호를 허용하는 것이 헌법적으로 옳은지 의문”이라고 반박했다.