부동산 취득시 부과되는 등록세는 과세대장의 공부상이 아닌 현황상의 지목을 기준으로 산정해야 한다는 대법원 판결이 나왔다. 대법원 행정3부(주심 김신 대법관)는 지난달 27일 토지소유자 이모씨 등 3명이 부천시 오정구를 상대로 낸 등록세 등 추가부과처분 무효확인소송 상고심(2011두4558)에서 원고승소판결한 원심을 깨고 사건을 서울고법으로 돌려보냈다. 재판부는 판결문에서 "지방세법 시행령에서 농지의 정의에 관한 규정을 둔 것은 등기 또는 등록을 하고자 하는 자는 등기·등록 이전에 등록세를 납부해야 하므로 그 세액을 일정한 기준에 의해 산출할 수 있도록 해야 한다는 등록세 납부절차상의 특수성과 종합토지세 과세대장이 등기부나 토지대장 등 지적공부보다 토지현황을 더 잘 반영하고 있어 실질과세의 원칙에 부합한다는 점을 고려한 것"이라고 밝혔다. 재판부는 "따라서 지방세법 시행령에서 말하는 종합토지과세대장상의 지목이란 공부상의 지목이 아니라 현황상 지목을 의미한다"며 "원심이 공부상 지목을 기준으로 부천시의 세금부과처분이 무효라고 판단한 것은 지방세법 시행령에서 말하는 종합토지과세대장상의 지목에 관한 법리를 오해한 위법이 있다"고 덧붙였다. 이씨 등은 2003년 9월 공동으로 부천시 오정구의 토지 3800여㎡를 사들였다. 오정구는 이씨 등이 구입한 토지의 지목을 과세대장 공부상 지목인 '전'으로 보고 농지에 대한 등록세율 1%를 적용해 등록세와 지방교육세를 징수했다. 오정구는 2008년 6월 이씨 등이 토지취득 당시 종합토지세 과세대장 현황상 지목이 '대지'였음을 이유로 등록세율 3%를 적용해 세금을 다시 산정한 뒤 기존에 농지를 기준으로 납부한 세액을 제외한 등록세 1억6000여만원과 지방교육세 3억3000여만원을 추가로 부과했다. 이씨 등은 "공부상 지목을 기준으로 세금을 부과한 뒤 현황상 지목을 기준으로 다시 세액을 산정한 것은 위법하다"며 소송을 냈다. 1, 2심은 "공부와 현황이 다를 경우 현황에 의해 세금을 부과해야 한다는 지방세법 시행령은 종합토지세에 관한 규정일 뿐, 등록세에 대해서도 적용된다고 볼 근거가 없다"며 원고승소판결했다.